“兵，阴谋而诡道也，从来无数人谈兵之理。臣故疏裁总兵，心苦矣。战守之总兵且恐其多，况内臣而六员乎！”其结果是：君命难违，圣旨必遵。袁崇焕抗疏不允，便善处同内监之关系，曾同内臣刘应坤、纪用及总兵赵率教，并马巡历锦州、右屯地带，所见各城，灰烬之余，颓垣剩栋，白骨遍野，残冢依稀，“内臣见所未见，感倍于臣。遂邀镇臣与祝于北镇山神，誓图所以恢复者”。后袁崇焕奏请内监纪用等“移巡阅关外，与袁崇焕料理边事”。袁巡抚同监军太监周旋，得到了他们的一些理解。镇守内监奏报袁崇焕重建的宁锦防线，城势更高，堡垒更固，设备更严，军力更强，“著著皆实，毫无粉饰”。袁崇焕在极力协和与内监关系的同时，还调整同督、将的关系。
明获宁远大捷后，督师王之臣、巡抚袁崇焕、大将满桂之间，先是“同心戮力，共保宁城”；至是产生“廉蔺之隙”。他们或相互参劾，或乞移别镇，或上疏求去，或面和心异。朝廷拟将满桂调离宁远，回任京师。王之臣疏求把满桂留下，调到山海关。但袁不同意，奏请“乞休”。王之臣也疏请“引避”。庙堂谕言：“始因文、武不和，而河东沦于腥膻；继因经、抚不和，而河西鞠为蓁（zhēn）莽——覆亡之辙，炯然可鉴。”朝廷鉴于督抚生隙、文武不和的教训，决定王之臣加衔回兵部，命袁崇焕兼制调度关门兵马。但是，事过不久，改变主意。朝廷要他们“鉴不和之覆辙，破彼此之藩篱，降志相从，和衷共济”。经过廷议，袁、王留任，但袁管关外防务，王管关内防务，分辖信地，同功同罪。袁崇焕毕竟是个光明磊落的大丈夫，冷静下来后，从大局出发，知道是自己的不对，于是上奏请再用满桂，同意将满桂留任，并愿与之和好。六年（1626年）七月，令满桂为征虏将军、驻山海关、兼管四路。调总兵赵率教由前屯移驻宁远，总兵左辅先代居前屯。
明军辽西诸城官将做出调整，遣将分守。于山海关，由满桂任征虏将军，统兵镇守。于前屯，以其系辽东南路前屯路城，合宁远卫城，而称为宁前路，由总兵赵率教带关内兵马，出壁前屯，以捍关门，并援宁远，后改任左辅镇守前屯。于宁远，袁崇焕在《战守布置大局疏》中，做出周详而切实的部署，甚至对城上设置西洋炮及司炮官员、对街道牌甲的守兵饮食等都做了安排，并将中右所画入宁远防守汛地，还将觉华岛水师策应做出安排。袁崇焕则驻守宁远，并率总兵满桂（后移镇关门），副总兵王牧民、左辅、刘永昌、朱梅，参将祖大寿，中军何可纲（又作何可刚）等分信协守。于锦州，由太监纪用和总兵赵率教（后移镇于此）镇守。后袁崇焕擢祖大寿为前锋总兵官，“挂征辽前锋将军印，驻锦州”。四月，命原宁夏总兵杜文焕为总兵，调赴宁远。总兵尤世禄驻锦州，总兵侯世禄驻前屯，左辅加总兵衔驻大凌河城；满桂照旧驻关门，节制四镇及燕河、建昌四路，赐尚方剑，以重事权。当后金兵渡辽河的警报传来时，明朝迅即调整各将防地，重新部署兵力：命满桂移镇前屯，原驻此地侯世禄同三屯总兵孙祖寿移驻山海、宣府，黑云龙移驻一片石，蓟辽总督阎鸣泰移镇山海关城。临战前，总兵赵率教尚在锦州负责筑城，责令他与副将左辅、朱梅，监军太监纪用等“婴城固守”。袁崇焕奉命驻宁远，“居中调度，战守兼筹”。这些将领久历战阵，作战勇敢，富有经验。如满桂、赵率教、左辅、祖大寿等都经历宁远血战，立下军功。天启帝称赞“左辅、祖大寿、朱梅俱久在塞垣，将略素著，兵民倚赖”。
以上诸将，所守之城，即为信地，专责其成。战则一城援一城，守则一节顶一节。信守不渝，死生与共。袁崇焕将年迈母亲和妻子从南国接到危地宁远，赵率教也把自己的妻儿迁来居住。他们誓言：“土地破，则家与之俱亡！”
第二，筑城。后金与明朝的战史表明，后金骑兵长于野战，明朝步兵凭藉坚城。袁崇焕总结辽事以来血的教训说：“虏利野战，惟有凭坚城以用大炮一著。”大炮，需要架设在城上；坚城，成为大炮的凭藉。故辽东巡抚袁崇焕将缮筑城垣，作为建立宁锦防线的重要一着。在宁远和宁锦两次战争期间，辽军进行紧张的修城工程。天启六年即天命十一年（1626年）春，在宁远之捷后，袁崇焕即著手修治被战火毁坏的宁远、毁于火灾的中后所及前已毁损的前屯卫、中右所、中前所五座城垣。调用班军，责期完工，有违制者，分别处治。
第三部分吊丧修城（3）
修城工程尚未告竣，关内外遭到雨灾：“山海内外，官舍民居，倒塌无算；军马露处，死病相连；中前禾黍，狼藉波涛。前屯、中、后、右复然。粮草三军命脉，皆飘荡如洗。阶苔积滑，灶已产蛙。”淫雨为灾严重，城垣修而复坏，前屯、中前所、中所、后所、右所等都遭受严重水灾。宁远、前屯、中后等城，新葺之垣，遭雨倒塌。同年秋，又调秋班军复行修葺城池。至本年末，山海诸城，未完者完之，覆圮者补之，浚濠筑垣，扼险置器，壁垒一新，固若金汤。
兵部尚书冯嘉会题覆辽东巡抚袁崇焕疏，总结秋季修城工程成绩称：“山海四城，业已鼎新，诚所谓重关累塞矣。”次年春季，进行宁远迤北诸城的修治。时自高第将其尽撤去，宁远外无城障。袁崇焕奏请：“修松山等处扼要城池，以四百里金汤，为千万年屏翰，所用班军四万，缺一不可。”明廷决定调派去年秋班与今年春班，共合4万班军，修缮中左、锦州、大凌河诸城。4万班军，分班筑城，合计工时，按期责成。督令班军，期限一年，“并力修举，通期竣工”。锦州城工刚竣，后金骑兵进围；其他二城，未及完工。
此期三季（秋、冬、春），修治八城。其军事价值，袁崇焕题云：慨自河西失陷，缩守关门。无论失地示弱，即关门亦控扼山溪耳，何能屯养十三万兵马？虽进而宁前，四城金汤，长二百里，但北负山，南负海，狭不三四十里，屯兵六万、马三万、商民数十万于中，地隘人稠，犹之屯十万兵于山海也。地不广则无以为耕，资生少，具一靠于内地供给。贫瘠而士马不强，且人畜错杂，灾沴（lì）易生。故筑锦州、中左、大凌三城，而拓地一百七十里之不可以已也。自中左所以东渐宽，锦州、大凌，南北而东西相方，四城完固，屯兵民于中，且耕且练。贼来我坐而胜，贼不来彼坐而困。此三城之必筑者也。业已移兵民于三城之间，广开屯种。……是三城之完不完，天下之安危系之。此三城不得不筑，筑而立刻当完者也。锦州三城若成，有进无退，全辽即在目中。乘彼有事东江，且以款之说缓之。而刻日修筑，令彼掩耳不及。待其警觉，而我险已成。三城成，战守又在关门四百里外，重障万全。
上引题疏，重在阐明：在关宁锦防线，既要缮修南四城，以加强其南段——关宁防线；更要缮治北四城，以加强其北段——宁锦防线，屯兵屯民，恃城耕练，开疆拓地，凭城御守，战守北推200里，坐操制敌之胜券。
第三，整军。袁崇焕曾任关外监军而掌练兵事，又经历战阵，故熟知辽兵之弊。他在建立关宁锦防线过程中，以辽人守辽土，重建一支辽军。先是熊廷弼认为“辽人必不可用”，用兵应征于外省。经略孙承宗疏议，用辽人以守辽土。孙去职后，袁崇焕坚持“以辽人守辽土”为“聚兵”之计，大力推行，收到实效。他说，自辽事以来，外省调募之兵，皆为市井乌合，御敌不足，鼓噪有余，糜费金钱，不得一用，不能援辽，反而扰辽。他破除以往办法，将外兵撤回，招辽人填充。袁崇焕说：“南兵脆弱，西兵善逃。”袁崇焕奏言：“远求难致之兵，何如近取回乡之众？”袁崇焕对“以辽人守辽土”，从理论上论述，从军事上实证，从舆情上宣传，从行动上落实。他着重对辽军进行了整顿与建设——裁冗、选将、编制、治械和备饷等。
于裁冗，袁崇焕疏请撤回调兵，招补辽人。明的辽军，多从关内调募，“兵非贪猾者不应，将非废闲者不就”。袁崇焕奏请以新募辽兵取代部分调兵：“意欲稍破成议，撤回调兵，即招辽人以填之。”兵部议覆：此议“卓识深谋，迥出流辈，且选辽兵实辽伍，养辽人守辽地，智者无以易此”。经朝廷批准，裁汰调募冗兵4000余员，以辽民精壮者补充。客军官疲兵猾，困扰辽军多年，朝廷内外，未得良策。袁崇焕的上述办法，破除旧弊，切实可行。
于选将，袁崇焕先前重血缘关系，疏荐其叔袁玉佩、其亲戚林翔凤等，但此构想，未能实现。时袁崇焕荐选官将，由远选而为近取——“将则近取”，就是从在战火中并肩战斗过的军官中选拔。遴选“猷略渊远，著数平实”的赵率教，“辽人复辽，此其首选”的祖大寿，以及不受私馈、韬钤善谋的何可纲等为股肱大将。宁远大战后的五、六月间，袁巡抚疏准营伍调补将领共26员，就是一例。
于编制，整顿关上与关外、南兵与北兵、招募与家丁等编制混乱、互不相属的状况。经过整编，核实为92231员名，其序列：分战兵与守兵——战兵为机动作战部队，分为步营、骑营、锋营、劲营、水营，含步兵、骑兵、车兵、水兵等兵种；守兵为戍城守堡部队，按其所戍城堡大小，分为屯守、马援、台烽等不同编制；另有镇军、驿骡、拨马，以警卫、驿传和哨探。辽军整编后，明章程，严法度，分屯束伍，齐肃训练。
于治械，袁崇焕奏称，“关外不苦无兵，只苦无盔甲、器械、马匹”。他奏请添置火炮，整修器械，查盔甲，点守具，辽军武器装备，得到极大改善。
第三部分吊丧修城（4）
于备饷，屡疏户部，催运粮饷；并奏准“于关外另设饷司，与关内分收分发”。后锦州被围近月，城内粮食，尚且盈余。
经过整顿的辽军，战有良将，守有精兵，上下协调，彼此呼应，严格训练，整肃纪律，提升了辽军整体的战斗力。
第四，屯田。建立关宁锦防线有两个相关的难题：辽军粮饷难驰解，辽东流民难安置。筹措粮饷，安置流民，以辽土养辽人，以辽人守辽土，办法之一，就是屯田。用兵之道：进则因粮于敌，退则寓兵于农。辽事以来，熊廷弼、孙承宗亦主屯田，但人去而屯废。时宁远战火刚熄，袁崇焕急请银45万两，但不够用。袁崇焕奏请屯田，天启帝以军情急迫，严加防御，“屯田事从容酌议”。粮饷供给不上，战争形势紧迫。袁崇焕再上《请屯田疏》，极言不屯有“七害”，而屯田有“七利”。疏再上，获旨许。袁崇焕将屯田、御守、争战相结合，使民安、兵强、镇富相联系，从而促进了关宁锦防线的重建及其强固。
第五，抚蒙。漠南蒙古东部诸部，靠近关宁锦防线。明朝对蒙古，注重抚赏，联蒙诸部，对抗后金。抚赏分作关内、关外进行，王象乾管关内，袁崇焕管关外。作为辽东巡抚的袁崇焕，对察哈尔林丹汗与哈喇慎36家，赏酒食，颁额赏，进行笼络，联手蒙古，以“一意防奴”。他对受后金攻逼纷投明边的漠南蒙古内喀尔喀部民，给以安置。他利用矛盾，后金灭叶赫，叶赫贝勒金台石的孙女是林丹汗的苏泰汗后，以此联结他抗金。林丹汗也扬言“助明朝”。他重联合，约察哈尔部林丹汗遣其领兵台吉桑昂寨将10万众东行，并约内喀尔喀“亦西来合营”。他重宣谕，锦州有事即遣人令察哈尔部领赏，贵英恰“率拱兔、乃蛮各家从北入援”。以上举措，力求使“西不与东合”，就是不使西部蒙古同东部后金联合，为巩固关宁锦防线、抗御后金军西犯增强了力量。
明辽东巡抚袁崇焕重建关宁锦防线，以精明之指挥，坚固之城池，勇劲之军旅，有效之屯田，守为正著、战为奇著、款为旁著之战略，凭城用炮、以炮护城之战术——关宁锦防线在宁锦激战中，成为坚不可摧的长城。与之同时，皇太极也在加紧备战。
清太宗时所制的“皇帝之宝”宁远鏖战结束之日，便是宁锦激战准备之始。袁崇焕在重建关宁锦防线、准备未来大战之时，皇太极也在进行战争准备。宁远之战是宁锦之战的前因，宁锦之战则是宁远之战的后续。从宁远之战结束，到宁锦之战以前，有一年零四个月的时间。在这段时间里，后金发生了四件军政大事：第一件是努尔哈赤病死，皇太极继承汗位。第二件是明朝�