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不过他们之间的关系仍然是诚恳的、密切的。总统、司法部长、司法部副部长伯克·马歇尔、白宫顾问助理李·怀特和民主党全国委员会副主席路易斯·马丁都经常同黑人领袖保持接触。黑人领袖们知道他们有一位愿意倾听并了解意见的总统。当威尔金斯和一个代表团敦促他提出立法议案的时候，他们对总统拒绝改变方针时所显示的魅力和坚韧意志，以及他欢迎他们施加压力“以抵消来自另一方面的压力”时所表现的坦率，全获得了深刻印象，1963年林肯诞辰那天（传统上只由共和党人予以庆祝），总统在白宫举行了一个盛大的招待会，有一千多名黑人领袖和民权战士参加。他们对他的战略所感到的不满多少已有所缓和，因为总统对他们相当尊重——不带一丝优越感，不把自已看作应享受优越地位的人，而是象他对所有美国公民那样，尊敬和重视他们。多数黑人领袖是精明的评判者，他们很明白，哪些政治家深深懂得他们的重要价值，而哪些人则主要是看重他们的选票，——虽然肯尼迪开始时也许更多地关心他们的选票，但到了六十年代，上述的第一种情况，对他变得越来越重要了。
而且，黑人领袖们还感到满意的是，他确实打算行使总统的全部法定的和道义的权力，以取得比以往任何时期更为巨大的成绩。由于最高法院1954年作出了取消种族隔离的决定，民权斗争就加速开展起来了。在以住的年代里，推动民权斗争的担子基本上是落在司法部门肩上的（虽然杜鲁门总统取消武装部队里种族隔离的那道行政命令，在早期是一个显著的成绩）。立法部门在1957年和1966年作出过微小的、但意义重大的贡献。现在，到了1961年，行政部门通过诉讼、谈判、道义上的劝告、行政命令以及总统的行动和指示等方式，史无前例地把全部权力都投入了争取民权的事业。
也许最重大的改变是，总统迅速而积极地在公众中一般地支持平等权利的原则，特别是支持最高法院关于取消种族隔离的决定，这也许是最重要的一个变化了。那些现在看来如此不相干的次要成果，在那个与现在迥然不同的年代里帮助树立了一种全新的风气。例如，政府官员拒绝在实行种族隔离的听众面前演说，并且（除了某些例外）表明他们抵制参加实行种族隔离的私人俱乐部。（阿瑟·克罗克愤怒地说，华盛顿的大都会俱乐部拒绝接纳黑人的规章，总统是管不着的。后来，当他怒气冲冲地说，政府有意不让刚果叛乱领袖莫瓦泽·冲伯前来我国时，总统对格里狄龙俱乐部讲，他将邀请冲伯到美国来，如果克罗克肯邀请冲伯到大都会俱乐部去的话。）行政当局还用讥讽的语调通知格兰特第三领导的纪念内战一百周年委员会，他们只能使用非隔离性的设施。美国各个职业介绍机构全接到通知，要它们拒绝接受那些上面注有“只收白人”的征聘书。联邦各雇员工会和娱乐团体也得到通知，凡实行种族歧视的都不予承认。总统出席并发表演说的新闻俱乐部午餐会，不再全是白人参加了——他的特工随从人员和白宫的汽车司机也不全是白人了。
在1961年中期举行的一次记者招待会上，总统没有支持“自由乘车者”的全部战术——他们包租了黑白人同乘的公共汽车驶到迪克西去，以考验州际旅行工具取消种族隔离后的情况——却支持他们不受干扰地越过任何一州和所有各州界线的权利。“自由乘车者”发生的情况——包括阿拉巴马州的暴徒焚毁汽车、袭击教堂之类的肆无忌惮的暴力行为——是混乱状态即将出现的一种先兆。这不仅对总统，而且对司法部长的决心和耐心都是一个考验。司法部长在民权方面日益加深的信念和孜孜不倦的努力，在下文叙述的一切事件中全起了重要的作用。
这件事还考验了他们的机智，因为当时联邦并没有一个明确的解决办法。“肯尼迪弟兄”——南方后来就这么笼而统之地称呼他们——调遣了六百名联邦执法警官到阿拉巴马州去保护“自由乘车者”，使南方的州长和市长们感到羞惭而去执行法律和维护秩序，对干扰州际交通或允许对旅行者施加暴力的警察官员和三K党人提出诉讼，由州际商务委员会采取行动，在州际铁路和公共汽车终点站的餐厅、候车室和休息室内实行种族混合，并且促使主要的铁路线和公共汽车路线在一切终点站对全体乘客都取消种族隔离。他们利用联邦机场和其他航空经费作为讨价还价的力量，促使十五个航空终点站也取消了种族隔离，有两个是通过诉讼后才取消了的。早在1950年，最高法院在理论上就已经宣布在州际运输工具上实行种族隔离是非法的。到了1962年年底，种族隔离在这方面才终于不复存在了，一个黑人第一次能够从国家的一端旅行到另一端，而不再在候车室内看到“白人专用”或“黑人专用”的招牌了。
在此期间，总统还处理了选举权的问题。他深信给予南方黑人选举权——在那里，有许多县内登记的选民不到10％，而北方黑人登记的却有三分之二——将来会戏剧性地改变南方政治领袖在其他一切民权法案上所采取的不妥协态度，改变几个州政治权力的均势，并使南方政治摆脱那些在竞选运动中只会叫喊“隔离黑鬼”的蛊惑人心的政客们的影响。后来，他才认识到，赢得这种选举权还不足以迅速地根除掉因袭下来的百年积弊。但这是一个重要的开端。他在1961年最早采取的行动之一是，资助田纳西州海伍德县和费耶特县为争取投票活动而被逐出的黑人烟农。联邦法院下达的一项命令制止了驱逐他们的行动，同时在过渡期间，政府还用联邦剩余的粮食赈济了他们。司法部调查了南方其他各县的情况，列举出有十六个黑人占多数的县，可是竟然没有一个登记的黑人选民。
根据1957年和1960年有限的选举权法律，三年中着手处理的诉讼案件不到十二起。没有一件发生在密西西比州——参议院司法委员会主席的家乡州。1961年以后的三年间，起诉并获胜的案件就达三十六起以上，还有几十起在审查之中（包括密西西比州的许多起）。在种族歧视盛行的南方，几乎每一县内都进行了调查、处理或采取了法律措施。许多州县都接受劝告，自动放弃歧视性或种族隔离的选民登记和投票办法。在其他地区——例如密西西比州的福莱斯特县，他们的登记人员奉到法院命令后，接受了一百零三名黑人提出的申请书，但却认为其中的九十四名没有登记资格，包括有大学学位的——这就需要法院采取进一步的行动、在另外一些地区，担心报复是黑人登记的主要障碍，所以在这些地区行政当局提出了诉讼，或者向黑人提出了保证，以防止经济、肉体、法律和其他方面的恐吓。在路易斯安那州东卡罗尔教区，一系列的联邦诉讼案件使黑人自从南北战争以后第一次能够投票。在亚拉巴马州梅肯县，新登记的黑人占投票人数的40％——而且一个种族主义者候选人落选了。在其他地区，黑人候选人初次出现。一旦障碍拆除了，私人基金会和私人组织也展开工作，使黑人对选举登记感觉兴趣，并有所准备。总统在司法部长就两年选举进展情况提出的报告上批道：“继续解决各项案件。”
根据1954年的决定，联邦政府无权解决学校为取消种族隔离而提出的案件。但是它起诉了一些案件去落实法院的裁定，同时还参预了私人提出的一些案件。早在1961年，新奥尔良的教师由于担任黑白人混合班级的教学工作，受到了州立法机关停止发薪的威胁，法院于是采取了行动，以保障他们的薪金。前一年，司法部拒绝了地方的联邦法官向联邦求助的要求。这时，合众国的所有法官都得到通知，政府决心不顾政治后果而执行宪法和法院的裁定。在亚特兰大、小石城、孟菲斯、达拉斯和其他城市，政府通过同地方官员进行静悄悄的非正式的磋商，不诉诸暴力便使当地的学校对黑白人学生同时开了门。在弗吉尼亚州爱德华王子县，公立学校可耻地关闭起来，以回避法院裁定的黑白人学生共同上课的办法。在对该县提起的公诉中，谈判和干预取得了效果。司法部长指出，该县是非洲南撒哈拉以外世界上少数几个不向全体学童提供免费初等教育的地区之———总统听到这种情况后直摇头，表示难以置信，并一再催促结束这种情况。司法部帮助作出安排，使这些学校重新开学，并在过渡期间安排了临时性的班级。政府发布了一项行政命令，结束了在联邦资助的学校里，对居住在联邦土地上的学童，实行种族隔离的办法。
同时，政府还采取了其他的行动和颁布了其他的命令，在武装部队的后备队中，在民防人员的训练中，在国外基地军事人员的待遇问题上，在联邦资助的图书馆里，以及在由全国科学基金会和根据全国国防教育法拨款办起的暑期学院训练班中，禁止实行种族隔离或种族歧视。司法部提起公诉，以终止联邦资助的医院内的种族隔离。它汇编了“法庭之友”简报，反映就业和公共食宿待遇方面的非种族歧视的情况，还对全国各地的警察暴行提起了公诉。
在这些行动中，有些是悄悄地进行以减少抵抗，有些则是大吹大擂进行以儆戒效尤，有些是为了应付危机的，有些则是为了促成进步的。总统仍旧在寻求着最不致造成分裂的途径——而种族隔离的壁垒则逐步地被夷平了。
密西西比州
1962年秋天，总统优先处理了另一个种族事件。这个事件起因于黑人詹姆斯·梅雷迪斯申请进入全是白人学生的密西西比大学所发生的对抗。它最终不可避免地使密西西比州和联邦也发生了对抗。这件事当时被称为内战结束以来州同联邦当局发生的一次最严重的冲突。它的顺利解决不仅维护了平等权利这项原则和法律的尊严，而且还维护了总统的最高权力。
一年多以前，梅雷迪斯就打算注册进入他的家乡州奥克斯福德地方的这所由纳税人出资维持的公立大学。一长列的法院裁决，包括最高法院的裁定，全命令准许他入学并结束地方官员的阻挠活动。可是公然的违抗却以一个世纪以来空前未有的方式继续着。这时，第五巡回区联邦上诉法院——由八名南方法官组成——判定密西西比州州长罗斯·巴尼特和副州长保罗·约翰逊由于阻挠梅雷迪斯入学而犯有蔑视法庭罪。法官们在忍无可忍的情况下，指示联邦政府强制执行法庭的判决，并镇压一场近乎叛乱的行径。
总统和司法部长承担了这个责任，稳步地、谨慎地采取行动来对付这个事件。他们希望在联邦中种族隔离最严重、偏见最深的这个州里避免使用武力或引起暴力行为。他们希望不使州长巴尼特变成殉道的英雄。当时外间谣传他打算同比较有头脑的、说话温和的约翰·斯坦尼斯竞选参议员。他们希望劝说密西西比州的官员——最后也劝说大学的行政人员——和平地、负责地按法律行事。最后，他们希望证明在不采取行动和采取使用联邦部队这一行动之间，可以采取许多其他的步骤——包括使用专门应付这种局势而受过特别训练的少数、许多、甚至整个中队的联邦执法警官（包括代理执法官、边境巡逻警察和联邦监狱警卫队）。
1962年9月下旬，形势急转直下。在这个月的最后十天里几乎每天都作出了新的努力——在法庭上，在大学里，在州立大学董事会中，在州长办公室或是在同州长私下通的电话中。陪同梅雷迪斯的执法警官人数逐天增加。同巴尼特的谈话一次比一次尖锐。鲍勃·肯尼迪和卓越的司法部副部长伯克·马歇尔领导着这场斗争，这就再次突出地说明了巴尼特所藐视的不是约翰·F·肯尼迪，而是美国政府的尊严。
到9月30日星期天，巴尼特终于认识到难逃的后果。总统发布了一项声明和一道行政命令，准备把密西西比州国民警卫队置于联邦政府的权力之下并部署一些其他的部队。他宣布将在星期天晚上通过电视向全国发表一篇演说。巴尼特在同司法部长和总统的一系列秘密电话商谈中，提议允许他英勇地站在校门口，等执法警官的枪口对准他后再屈服。但这出小戏可能会冒风险，因为成群结队的学生、县司法官员、州�