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可是，变革还是缓缓地超过了封建秩序。十字军东征使成群结队的半原始西欧人与穆斯林商业与工业接触；贸易一直进发到十字军所到之处；意大利商船和商业舰队从北欧的海湾驶出，开始把东方的香料、丝绸、食物和挂毯运到欧洲港口，随之还带来了书籍和思想。随着海上运输商业开始复苏，内陆运输也繁荣起来。粗俗的乡镇变成了城市，有些城市，最早是波罗拿和巴黎，还建起了大学，哲学又以经院哲学的形式出现了，它主要是花费巨大的精力来解决有关信仰的一些大问题的逻辑论证工作。首先，经院哲学家们（或者叫烦琐哲学家）都因为《圣经》的权威和纲领中载明的教理，以及圣奥古斯丁及其他教父们的著作无可置疑的敬畏而大受局限。这些烦锁派的哲学家们检验哲学和宗教问题的方法是，先提出一个命题，再取一个负面的立场，引用圣经和教父们的著作来为这个观点辩护，然后用确定的命题来辩驳它，再用《圣经》中其它的引语和教父们的语录来为这个观点辩护。然而，随着时间的推移，他们慢慢意识到还有其它一些更为刺激的知识来源。有一部分是从中东的作品中得知的，因为那里的求知活动从来都没有间断过，更大一部分是从西班牙和康斯坦丁那布尔的阿拉伯和犹太学者，尤其是阿维塞纳、阿佛尔罗和莫西·梅蒙里兹，他们重新发现了希腊哲学和心理学，尤其是亚里士多德。
对许多的烦琐哲学家来说，他严密的逻辑、广博的知识和相对现实的世界观是从教父们枯燥无聊和来世的空想中的解放。亚里士多德，而不是柏拉图或者圣奥古斯丁成了他们心目中最高的权威。可是，在许多年里，烦琐哲学家们分成了两大阵营：神秘柏拉图派（大部分是圣芳济会的修道士）和知识型亚里士多德派（大部分是多明我派）。神秘柏拉图派认为亚里士多德的自然主义和逻辑是对信仰的威胁；而亚里士多德派，其中有阿伯拉尔、彼德·隆巴尔德、阿尔伯塔斯·马格那斯和托马斯·阿奎那，却认为这是对基督教教义真理的支持和证实这道真理的途径。激烈争执几十年后，亚里士多德派争赢了：阿奎那的哲学和解了亚里士多德主义和基督教，并利用理智来证明了教义的真理，并从此至今成为天主教的正式哲学。
天使博士：至托马斯·阿奎那
阿奎那的崇拜者称他为天使博士，可他是何等样一个人呢？算不得一个引人注目的人：默不出声、圆鼓隆冬的一大堆裹在僧人的黑袍里，通常迷恋于自己的思想中，其虔诚和勤奋的一生几乎没有任何戏剧可言，一介书生而已。
阿奎那的父亲阿奎诺伯爵的城堡在罗马和那布里斯的中间，他是日尔曼的贵族，其母亲是西西里的诺尔曼王子的后裔。托马斯出生于1225年，长大成人后一脸条顿人的相貌：身材高大、厚重，面容方阔，一头漂亮头发——也像条顿人一样很迟钝。有人说，他一生只生了两次气，他在同学中的浑名是“西西里的大木牛”。
他5岁的时候被父亲送入几英里外蒙特卡罗的本尼迪克丁修道院住读。他在那里度过的童年很难说是欢乐和无拘无束的，等他14岁离开的时候，已经成了一位禁锢的学者和苦行僧。在那布里斯大学又学习5年之后，他做了多明我僧人，令他的家人大为失望，因为他们曾希望他最终成为声望甚高的蒙特卡罗修道院的院长，而不是一名生活在贫穷之中的托钵僧。在他母亲的唆使下——他的父亲已经去世——阿奎那的兄弟们绑架了他，并在自家城堡里关押了他一年，希望他会改变主意。他没有，反而用圣者的平静接受了自己的命运，他在囚室里继续自己的研习活动。
然而，他的确发过脾气，因为他的兄弟为了引诱他脱离苦行生活，曾把一名妖艳的美妇悄悄塞入囚室。阿奎那一看到她就惊慌失措地捡起一根燃烧的火根满屋追着她打，并把房门上的十字架都烧着了。他的兄弟们再也不给他送美妇来了。最终，阿奎那的虔诚感动了他的母亲，她帮他逃脱出去。1245年，他作为巴黎的一位多明我会神甫恢复了生活，并师从亚里士多德的拥护者阿尔伯塔斯·马格那斯学习神学。
他是位了不起的学生，31岁的时候，经教皇特准被授予神学博士头衔，比允许授予该学位的规定提早了3年。他有非凡的集中思想的能力，能够在极为烦扰的情况下追想一系列复杂的问题。有一次，在国王路易九世的宫庭宴会上，阿奎那在深思如何辩驳摩尼教邪说的办法，对周围的盛况、珠宝、大人物和机巧的谈话全然不知。突然间，他拍案而起，一声猛喝，吓得周遭一圈人大惊失色：“这下可就搞定摩尼人了！”
这可并不是说他就是个难以亲近的人，他说话慢条斯理，轻言细语，谈锋甚健，而且乐观达人，可是，他的头脑里面总想着高深的思想，也有太多的事情要做。从醒来到睡觉，他的每一天都填塞着研究、写作、教学和礼拜。他参加所有时间的祈祷，每天要么望一次弥撒，或者听两次弥撒，讲课或者坐下写作前都要做祈祷。
他有这么多的祈祷活动要做，可奇怪的是，1274年他在49岁去世前竟干了那么多的事情。在不到20年的时间里，他一边在巴黎大学和意大利的一些大学里讲课，一边还写作了为数众多的布道辞、宗教小册子、赞歌和祈祷辞，还有对早期哲学家著作的大量冗长的评论以及卷秩浩繁的劝教著作。
这些作品旨在劝说不信教的哲学家们，因为他们的理性论阻挡了他们的信仰。阿奎那想办法用完全不同于圣奥古斯丁狂热的神秘主义的途径来引导他们走入信仰：他给他们提供了旨在全凭理智来引导信仰的严密的逻辑哲学辩论。他在一份小册子中对一群反对者写道：“请注意，我们会纠正（你们的）错误。它不以信仰的公文为基础，而是建立在哲学家们自己的推理和声明上的。”
还有专门对神学学生的说教，详细解释并为整个天主教教义进行了辩护。共有38份讲述不同主题的专题论文，包括纯粹哲学、伦理学、法律和心理学。其中一本书里包括了解情况631个“问题”或者主题，约代表对这些问题的一万多种反对意见或者答复。阿奎那利用辩证法通过一步一步的推理检查每一个问题。结果是，这比逻辑教科书热闹不到那里去，但作为严密的逻辑推理，它是无与伦比的。
也许是操劳过度的原因，1273年12月的一天早晨，他在望弥撒的时候突然有了奇怪的感受，从那以后，他无法再写作了。“我再也干不下去了，”他说。“我已经感到，我一生写下的这些东西几乎一钱不值，现在，我等待着自己生命的终结。”3个月后，他去世了，在不到50年的时间内被教皇约翰二十二世封为圣徒。
阿奎那的神学和纯粹哲学在这里与我们关系不太大，只是，他使心理学与神学和纯粹哲学合谐相处了。他主要是在《人类论》、《人类行为论》和《习性论》这三篇专题论文中做到这一点的。他在这三篇文章里展开的东西没有什么新颖之处，他不是一位探索者，而只是基督教教理与亚里士多德主义的调和人。他的心理学大部分是以亚里士多德为基础的（不过却埋伏在阿奎那自己艰涩深奥的术语里），还零星地夹杂着加伦、圣奥古斯丁和少数其他人的思想。他把很多明显和实在的东西、一些在早期的教父作品里丢失了的东西恢复进了心理学。可是，他把这门科学冻结在其古典的思辨和诡论中，并把基督教信仰中一些关键要素输入其中，比如肉体与灵魂或者意识的二元论，这使心理学蒙上了阴影，直到今天才云开雾散。
在他论及心理学的作品中，尽管有许多托马斯式的措辞，我们仍然可以看到许多熟悉的话题。
在论及感觉时，阿奎那讨论了早期作者们熟悉的五种外部感官，再加上“常识”感觉——这是亚里士多德的概念——通过这五种感官，我们知道，通过不同的感官同时感觉到的一些材料是从同一个物体上得来的。
他以多少带有亚里士多德风格的方式细分了心灵的各种功能，把它们分为“生长性的”（其自行调节的身体功能），“有感知力的”（感觉、胃口、运动）和“理性的”（记忆、想象和理智或者智力）。可是，他极度地夸大了“哲学家”（他经常这样称呼亚里士多德）的一个草率建议，说有两种智力。第一种智力的功能，或者“可能智力”，是理解、判断和就我们的感觉进行推理，第二种智力的功能，或者“代行智力”，是要从我们的感觉中抽取思想或者概念”，并通过信仰来了解其它的一些真理，比如不能通过推理得知的三位一体的神秘性。
阿奎那没有提供经验证据来证明两种不同的智力的存在，他的结论是以逻辑和教理合并而成。因为，不管灵魂里面是什么东西，它都会关系到身体的感觉、感知和情绪——不管是什么，只要它是灵魂－肉体在有生命的期间的一部分——它就不能够在死后仍然存在。可灵魂却会存在下去，因为教理是这么说的。它一定就是灵魂－肉体这个单元传递更高和永恒知识的那一部分，因此也是永生的，这就是代行智力。
阿奎那因此就调和亚里士多德的心理学和基督教教理，因为亚里士多德心理学不允许个人死后还有生命存在的说法，而基督教教理却坚持认为这是铁定的事情。然而，为了让容易消逝的“可能智力”成为一种我们可以通过它来创造思想的机制，他从自己的心理学中排斥走了神秘柏拉图主义关于天生思想的说教。他跟亚里士多德站在一起，认为婴儿的意识就是白板一张，它具有从经验中抽取思想的能力。天生思想的教条会在以后的一些世纪里毒害心理学，可是，它并非阿奎那所为。
可是，他的确区分了从肉欲中产生的欲望和从性情暴躁中产生的欲望，这对概念他是从加伦处学来的，而加伦又是从柏拉图那里得来的。阿奎那比先辈更细致地发展了它，通过定义、演绎和常识来组织材料。其概要如下：当肉欲是因一件好事而起时，我们会感到像爱、欲望和欢乐这样一些情绪；当它是因为一件邪恶的事情而起时，则我们会感到仇恨、厌恶和悲伤。当性情上的欲望被很难得到的好的事情唤起时，我们会感到希望或者绝望；当被一件邪恶的事情唤起时，则会有勇气、恐惧或者愤怒。
对情绪的这种分类，尽管它好像是人为的，而且在今天听起来也有点假道学的味道，可是，它确是较为系统一些，也比以前任何一位哲学家的观点要透彻一些。更为重要的是，阿奎那以近乎现代的程度强调快乐和痛苦是情绪的基本构成材料，为此，他应该得到荣誉。
在就意志这个话题的讨论中，阿奎那按照教理的要求强调说，意志的自由确存在。可是，他说这话的前提是从亚里士多德心理学得到的。首先，他就理智的本质比意志“更为神圣和崇高”这个论断进行了深奥难懂的形而上的推理。而后，他更为直露一些地说，理智决定什么是善的，而意志却寻找满足对此物体的欲望。我们禁不住奢求欲望所需的物体，我们在决意为这些欲求做什么的时候也是自由的，可是，意志从属于智力，它会决定什么应该去追求，什么应该去避开。（如果我们决意去做邪恶的事情，那是因为没有真正的理解。）可是，有一种情况下，意志是比理智更好的一位裁判：
如果所欲求的目标比灵魂崇高一些，其本质是在里面由理智来理解的，则意志比理智崇高……爱上帝要比仅仅知道上帝好得多；反过来说，只理解有形的物体要比爱有形的东西好得多……通过爱，我们紧靠着以卓越的形式升起在灵魂之上的上帝，在这个情况下，意志比理智崇高。
这又一次证明了阿奎那在信仰和理智之间的调和。他的目标是要利用自然的理智来证明天主教信仰的真理，可是，如三位一体、化身、最后审判以及上帝的本质等的神秘性却不能通过感官或者理智的证据来演绎，而只有通过信仰来认知。因此，他就确立了一个二重的认识论：我们通过经验和理智认知一些事物，而其它的事物却只有通过启示来做到。这种自然主义心理学与基督教迷信思想的混合物会对后世的许多信仰