，伺机起事。建武2年（公元1335年）7月，北条高时之子时行攻下镰仓。8月初，尊氏未经天皇任命便自封为征东将军，率军东征。当他打败时行军队后，便宣布反对“中兴”政权。次年1月尊氏攻入京都；但旋被逐出，驰往九州，在那里得到九州、中国、四国等地武士的支援，回师再攻京都。这时站在天皇方面的武士已经不多，对天皇政权感到失望的畿内“恶党”们也不再受楠木正成的驱使。是年5月，滨川（兵库县境内）会战中尊氏大败新田义贞和柿木正成的联军、迫正成自杀，随即攻克京都。“建武中兴”至此天折。
同年尊氏在京都另立一位天皇——光明天皇（公元1336年—公元1348年在位），被幽禁的后醍醐天皇伺机逃到大和的吉野，建立政权，自称正统（南朝）。于是出现南北两个对立的朝廷，日本史上称之为“南北朝”（公元1331年—公元1392年）。延元3年（北朝历应元年，公元1338年）尊氏从北朝天皇那里获得征夷大将军称号，在京都建立了足利幕府（后改称室町幕府）。
足利幕府的统治机构同镰仓幕府颇相类似，但尊氏的理想不是北条氏的执权政治，而是源赖朝的将军政治。在将军之下设有辅政机关“执事”（公元1362年年改称“管领”），其地位相当于镰仓时代的“执权”，但无“执权”实权，实际等于将军的秘书长。“执事”下设“侍所”、“政所”和“问注所”，这三所除“侍所”外，其权限较镰仓时代大为缩小。还恢复了“评定众”与“引付众”，但已形同虚设。所有这些机关的具体事务都由各“奉行”处理。作为地方机构，尊氏在要地镰仓设“镰仓府”，在奥羽置“奥州探题”（后又置“羽州探题”），在九州置“镇西探题”。“镰仓府”辖10国（关东8国，加上甲斐、伊豆2国），下设机构一“如幕府，故向有小幕府之称。其长官初称“关东管领”，后改称“关东公方”，尊氏嫡子义拴首任其职，后由其弟基氏取代，足利姻戚上杉氏任“执事”（后改称“关东管领”）辅佐。此外各国置守护，按北条先例，将细川、今川等足利氏一族武将安插在要国，作将军支柱。守护不限一人一国，有不少兼任数国守护之职。
足利尊氏效法源赖朝、北条泰时实行政治革新。他在继续沿用 镰仓武家法典《贞永式目》的同时，结合当时形势。，按“量时设制”原则制成新法典《建武式目》17条，作为足利幕府开创期的基本施政方针。《建武式目》总结了镰仓幕府和中国自周秦迄隋唐历代封建统治的历史经验，禁止官吏贪污行贿、奢侈腐化，提倡节俭；规定用人要精选，使称职者出任官吏，尤其是各国守护；还禁止权贵和僧侣插手政界。
为实现国家统一，尊氏不断发动对吉野朝廷的军事攻势。南朝方面宿将北田显家、新田义贞等相继死去，延元4年（北朝历应2年，公元1339年）后醍醐天皇在建立南朝3年之后亦病死。随后的时期，幕内统治集团内部分裂，幕府实力削弱。尊氏支持急进派高师直（？—公元1351年）反对保守派足利直义（尊氏之弟），正平6年（北朝观应2年，公元1351年）高师直战死后又同直义斗争，次年消灭直义，斗争基本获胜。然而南朝由于得到直义党羽的支持又重整旗鼓，两度攻入京都。正平10年（北朝文和4年公元1355年）尊氏扭转了局势，取得决定性胜利，为最后消灭南朝政权、实现全国统一奠定了基础。不久尊氏死去（公元1358年）。
第二节 室町前期的幕府统治
一、守护领国制度的形成与庄园制度的衰落
和镰仓幕府不同，足利幕府并末拥有有御家人那样封建主从关系很强的家臣，为了对抗皇室、贵族、大寺社等旧势力，为了压制在动乱期间增强了抵抗力量的农民，巩固封建主专政，只有依靠各国守护的力量。正平7年（北朝文和元年，1352）足利尊氏以其子足利义栓的名义发布了“半济法”，法令赋予守护以征收“兵粮米”的名以谈征收属于公家、贵族和寺社庄园一半年贡的权力。这一半年贡由守护和国内武士瓜分。此法令的范围最初仅限于京都周围8国，后来扩大到日本全土。法令的有效时间也从临时的一年无限期延长下去。从此守护实际上合法地支配了庄园一半以上的土地。
足利幕府除继续赋予守护以执行“大犯三条”任务外，正平元年（北朝贞和2年，公元1346年）还赋予守护以对“割田狼籍”的“检断权”（处理权）和“使节进行”——强制执行权。“割田狼籍”是指当发生领地地界或领地继承权之争时双方中的一方不待判决就以实力夺取的行为。对这种民事案件的处理原不属于守护权限之内。“使节遵行”权是一种判决的执行权，即在处理领地纠纷时，执行判决，将土地交还给胜诉者。这两种权力的获得，使守护在国内的统治权大为加强。
以南北朝时代的内乱为转机，名主和农民们逐渐团结起来，形成一支对抗封建统治阶级的强大力量，领主征收年贡受到影响。幕府便开始赋予守护以承包征收“公领”年贡（“守护请”）之权，不久将这个权利扩大到本所、领家的庄园。守护也获得了在其任国内征收“段钱”（土地税）、“栋别钱”（房税）及其他赋税的权力。守护极力使手中权力为扩张自己势力服务。他们无视关于“守护请”的契约，总是拖延交出承包的年贡，进而以实力为后盾完全侵吞这些年贡＇注6＇；以实施“半济令”为借口侵入庄园，掠夺年贡和土地，把家臣派入庄园；运用对“割田狼籍”的处理权和“使节遵行”执行权，在处理庄园领主与庄官、在乡领主间的土地纠纷时，总是做有利于后者的处理，以便把他们培植成为自己的家臣。这样，守护通过这种手段蚕食庄园，将国内庄园逐渐收归自己。另一方面，守护还利用军事上的指挥权，变庄园代官和武士为自己的家臣。实际上他们在公元14世纪中叶已能随心所欲地指挥国内庄园武士了。例如，正平17年（北朝贞治元年，公元1362年）若狭（福井县）守护一色范光出兵丹波（京都西北部）时，就曾发出“寺社所领地的庄官、沙汰人＇注7＇须急驰前来”的动员令。
总之，守护以扩大了的权限为基础，控制庄园，把国内武士编进自己的家臣团，成为领有自己领地、统治农民、与国内武士结成主从关系的大封建主。当时称这种守护为“守护大名”，称其国为“领国”或“分国”，守护大名领国划开始形成。
“建武中兴”没有能够阻止在乡领主的壮大。长达半个世纪的南北朝内乱固然有在乡领主问南北阵营分裂对抗的一面，但主要的还是在乡领主对庄园领主的斗争。通过这次内乱，地头、庄宫等在乡领主进一步增强了其地区领主的性质。庄园领主虽在其末设施头的“一元所领”和在其居地周围的庄园还能维持统治，但年贡的取得率已大大降低。而“半济法”的实施，“守护请”的推行及守护在辖地行政、司法权的获得，就使得庄园的剥削和统治体制更难维持。足利尊氏为防止守护大名势力过强及地方割据倾向的增长，以便在各种势力均衡下保持幕府统治地位，曾于正平12年（北朗延文2年，公元1357年）发布禁止守护蚕食庄园保护贵族财产的法令，但无济于事。随着守护大名领国制的形成，庄园制日益走向衰落。
二、足利义满的统治
第三代将军足利义满（公元1358年—公元1408年）统治时，是足利幕府最强盛的时期。天授4年（北朝永和4年，公元1378年）他布京都的室町修建了一所华丽的邸宅，广植花卉，时人称之为“花御所”，幕府政所移到
这里，从此有了“室町幕府”之称。在此之前，义满消灭了九州方面的南朝军力，进一步孤立了南朝。但是随着守护大名势力的增大，幕府同守护大名间的矛盾加深。守护大名竟干预幕政。天授5年（北朝康历元年，公元1379年）义满在一些守护武力的威胁下不得不忍痛解除他的功臣细川赖之（公元1329年—公元1392年）的管领职务。义满极力抑制那种守护大名干预幕政的倾向，把打击目标主要集中于足利氏以外的超级守护大名身上。元中7年（北朝明德元年，公元1390年），义满乘身兼三国守护之职、雄踞东海地方的土歧康行一族内江之际，将他打倒，史称“美浓之乱”。次年，他又制造借口，挑起同以山阴地方为中心、控制全日本六分之一土地、身兼11国守护职的山名一族的战端，并把他们消灭，史称“明德之乱”。元中9年（北朝明德3年， 公元1392年）他迫使已经完全无力的南朝天皇退位，保留北朝天皇，实现了全国的统一。应永6年（公元1399年）义满又挑起了同大内义弘（公元1355年—公元1399）年的战争，消灭了他，史称“应永之乱”。大内义弘曾是幕府的功臣，身兼六国守护之职，是中国地方最有势力的守护大名。
武力讨伐的成功并不能解除义满对守护大名的担心。应永5年（公元1398年），幕府确定“三管领：、“四职”之制，即规定次于将军的要职“管领”由出身足利一族、拥有实力的守护大名纫川、田山、斯波三家轮流担任，即所谓三管领；次于管领的要职“侍所”长官“所司”由京极、一色、山名、赤松四家交替担当，即所谓四职。此举无疑是为防止强大的守护大名世袭权力的发生并使他们互相牵制，以便使室盯幕府在守护大名永处均势下保持自己为首地位。但它的地位并不稳定，即使在义满统治期室盯幕府也始终没有达到象镰仓幕府那样的集权程度。
在义满后继者的统治年代里，成长为大封建领主的守护大名势力的发展，导致地方分裂主义倾向日益增强。镇守关东地方的特殊行政长官关东管领尽管是足利氏一族的人，也仍然对幕府保持着极大的独立性，甚至规舰将军职位。第六代将军足利义教（公元1394年—公元1441年）虽在水享11年（公元1439年）消灭了关东管领（“永享之乱”），但并没有导致幕府地方权力的巩固。将军家内部、和将军家接近的封建领主之间以及地主封建主之间的冲突不断发生。
来自幕府直辖地（“御料所”、“料所”）的收入是幕府的主要财源。据《诸御料所方御支证目录》及其他史料得知，散在日本各地的直辖领地约200余处，但收入不详。显然，在幕府财政支出日益增多的情况下，入不敷出。于是幕府在交通要道设关口，即所谓关所，对人、马、货物征收关税；在码头、渡口设卡、征收码头税、渡口税，即所谓津料。明德4年（1393）幕府定“仓役”、“洒屋役”。“仓役”是对经营高利贷的“土仓”（当铺）按收取抵押品的多少课税。“酒屋役”是对兼营高利贷的酿酒业者按酿酒坛数课税。这两种课税成为幕府的重要财源。义满、义教之时年课4至12次不等。此外幕府还征收土地税（“段钱”）和房税（“栋别税”）。
三、幕府与朝廷
足利氏开府以来，尤其足利义满继任将军以来，公武两政权的关系发生了新的变化。其一，朝廷拥有的诸种权能大多被逐渐吸收于幕府权能之中。确认公家、寺社领地之事本属朝廷职权范围，以天皇发纶旨、院发院宣的形式宣布，而至公元14世纪70年代则改由幕府发将军签署的“御判御教书”（文件）的形式宣布；审判权方面，对于与在乡领主无关而只是两个“本所”之间领地纷争的审判，一直在朝廷的记录所或院的文殿举行，将军只能以“执奏”这种制度外的方法来左右。然至建德元年（北朝应安3年，公元1370年）前后，审判干归脆在幕府法庭进行；天皇即位大典、大尝会＇注9＇和伊势神宫改建修缮等所需经费，原由朝廷从地方征收临时税解决，至公元1370年前后这种税的征课权与免征权转归将军之手；都城京都的检断、土地问题等市政权原属朝廷检非违使职权，至天授6年（北朗康历2年，公元1380）以后则被吸收于幕府侍所、政所权限之内。
足利义满的祖父尊氏、父义栓两代仿源赖朝先例，官位只叙到二位、权大纳言。然而，不断把朝廷诸种权能吸收于将军和幕府权限之内的足利义满，在传统的朝廷身份秩序中迅速取得最高位阶。他从公元1380年起二、三年内历任从一位左大臣、准三后、藏人所别当、院别当、源氏长者、淳和奖学院别当等要职。应永元年（公元1394年）将将军职让给义持，取得朝廷最高荣誉职太政大臣职，可谓位极人臣。从此历代将军均取得大臣身分。将军实际上已居于日本最高统治者的地位，朝臣则竞相为取悦将军不遗余力。应永9年（公元1402年），中国明惠帝在国书中称义满为“�