成立了哀典委员会，由陈公博任主任委员，周佛海、王克敏、褚民谊为副主任委员。南京政府于１１月１２日发出公告：“国民政府汪主席于民国三十三年十一月十日申时，在日本名古屋帝大医院逝世，距生于民国纪元前二十九年五月四日已时，享寿六十有二，谨于十一月十二日恭迎遗体回国成殓，择期举行国葬，饰终典礼，由国民政府会同中央党部组织哀典委员会敬谨办理。”
１１月１２日下午六时，装载汪精卫遗体的专机降落在南京光华门外机场、陈公博、周佛海、王克敏等一百余名官员到机场迎候。南京政府按照汪精卫生前的遗愿，把汪的陵墓建在国父孙中山陵墓左侧的梅花山上，表示他生前是孙中山的助手，死后也要追随左右。由于汪精卫生前有过陵墓不要劳民伤财的遗嘱，加上南京政府的财政有限，所以汪精卫陵墓的规模不大。不过汪精卫的棺木外面用钢筋混凝土浇灌了厚厚的一层墓壳，倒是十分坚固。
汪精卫死后，南京政府推举陈公博为国府主席，继任行政院长及军事委员会委员长，但陈公博坚持在最高职务上加个“代”字，陈公博说：“现在汪先生走了，人亡政息，这台戏也该结束了。我来继承汪先生的职位，是来办理收场的，而不是来继续演出的。”此时日本的败局已定，南京政府也处于风雨飘摇之中。
１９４５年８月１５日，日本宣布无条件投降。８月１７日，陈公博在南京主持召开中央政治会议，决定解散南京国民政府，把中央政治会议改为南京临时政务委员会，军事委员会改为治安委员会。当晚，陈公博广播发表了《国民政府解散宣言》，至此，历时５年４个月的短命政权宣告结束。
陈公博解散南京政府后，向日本方面提出到日本避难的意愿。此时日本已投降，但还是安排让陈公博、林柏生、周隆庠等人于８月２５日秘密飞往日本。陈到日本后，化名东山公子，隐居于京都郊外的金阁寺。但不久陈公博等人潜居日本的消息泄露，中国政府向日本提出将陈公博等人引渡回国的要求，作为战败国的日本只得无条件答应中国的要求。日本前首相近卫文吕得知陈公博要被引渡回国，匆匆赶到金阁寺和陈公博道别，近卫说：“实在对不起。。。“，陈公博倒爽快地回答说：“大家都是为了自己的国家和民族，说不上谁对不起谁。”
１９４５年１０月３日，陈公博一行７人被引渡回中国受审。１９４６年４月４日，江苏高等法院开庭审讯陈公博。陈公博对指控他的汉奸罪表示不服，在法庭上为自己辩护说：“我认为抗战应该，而和平是不得已。平心静气去想想，当日汪先生来京之时，沦陷地方至十数省，对于人民只有抢救，实无国可卖。在南京数年为保存国家人民的元气，无日不焦头烂额，忍辱挨骂，对于个人只有熬苦，更无荣可求。到了今日，我们应该念念汪先生创立民国的功勋，念念他的历史和人格”。１９４６年４月１２日，法庭判决陈公博死刑，于１９４６年６月３日执行。临行前，陈公博要求向陈璧君告别。在陈璧君的囚室外，陈公博向陈璧君深深鞠了一大躬，双手捧上自己用过的一把茶壶，说：“夫人，我先随汪先生去了。牢中别无长物，一把茶壶，权做留个纪念吧！”
陈璧君被捕后，更是表示坚决不服罪。１９４６年４月１６日江苏高等法院开庭审讯陈璧君，陈璧君在法庭上说：“日寇侵略，国土沦丧，人民遭殃，这是蒋介石的责任，还是汪先生的责任？说汪先生卖国？重庆统治下的地区，由不得汪先生去卖。南京统治下的地区，是日本人的占领区，并无寸土是汪先生断送的，相反只有从敌人手中夺回权利，还有什么国可卖？汪先生创导和平运动，赤手收回沦陷区，如今完壁归还国家，不但无罪而且有功。”法庭最后判处陈璧君无期徒刑，陈璧君接到判决书时却说：“本人有受死的勇气，而无坐牢的耐性，所以希望法庭改判死刑。”
陈璧君个性十分刚烈，汪精卫在日本治病时，陈璧君一直伴随汪身旁，但从来没有对日本人说过一句感谢的话，日本人对她也很发怵。１９４９年共产党夺取大陆后，蒋介石并没有把陈璧君移往台湾，而是把陈留给共产党。１９５２年，和陈璧君私交很深的孙中山夫人宋庆龄和廖仲恺夫人何香凝，去监狱探望陈璧君。１９１２年汪精卫和陈璧君结婚时，何香凝还曾作过陈璧君的伴娘。宋庆龄和何香凝告诉陈璧君，中央已经决定，只要陈璧君承认汪精卫有罪，写一篇悔过书就可以释放出狱。陈璧君却立即拒绝：汪精卫无罪。她宁可坐牢，也不承认汪精卫有罪。１９５９年６月１７日，６８岁的陈璧君死于监狱中。
与陈公博相比，周佛海要随机应变得多。早在日本呈现败迹时，周佛海就暗自与重庆联系，为自己留好了退路。当年汪精卫与日本密谈基本上是周佛海一手包办，陈公博不仅没有参与，而且还表示反对。最后汪精卫组建政府时，陈公博感到汪精卫正值用人之际，出于与汪精卫的私人情谊才接受了汪精卫的邀请，到南京政府任职。如果论“卖国罪”的话，与日本签定密约的周佛海，显然要大于没有参与密约的陈公博。但最后周佛海却比陈公博罪轻一等，只判了一个无期监禁，而官职比周佛海小得多的林柏生、梅思平等人都判了死刑，可见当时的汉奸审判亦不公正。
尽管蒋介石抗战后成为中国的民族英雄，但蒋介石在抗战时期也多次和日本进行过秘密和谈。除了抗战初期德国大使陶德曼的调停外，１９３９年１２月蒋介石密令戴笠手下的军统特务曾广冒充财政部长宋子文的弟弟“宋子良”，在香港与日方举行秘密谈判。日方对此会谈十分重视，要求继续举行高级别的谈判。１９４０年３月７日至１０日，双方在香港举行了高级别的秘密会谈，中方代表除了假“宋子良”外，还有重庆行营参谋处副处长陆军中将陈超霖，最高国防会议主任秘书章友三，副侍从长陆军少将张汉年。
会议开始时，日方出示了陆军大臣的证明书，而中方陈超霖、章友三两人只出示了最高国防会议秘书长张群的证明书，却没有蒋介石的证明书，说明蒋介石不愿直接承担和谈的责任。但陈超霖说蒋介石亲自过问此事，并在他离开重庆前，特别嘱咐他三件事：（一）必须取得日本撤兵的保证；（二）明确日本的条件；（三）会谈在秘密中进行。日方答应考虑蒋介石的撤军要求，但提出了几项撤军条件：（一）原则上承认伪满洲国；（二）放弃抗日容共政策；（三）以密约规定日军在内蒙及华北若干地区驻军防共；（四）停战后与汪精卫一派合作。
据参加会谈的日方代表今井武夫在回忆录中透露，这次会谈争论的中心是满洲国的承认问题、撤军问题、以及与汪精卫合作的问题。重庆方面表示：“满洲问题中国原则上同意考虑，但方式如何另详商议”；“关于撤兵问题，日本应将在华军队尽快全部撤退，不得另找借口延迟撤退（撤兵步骤另细订）；“关于汪精卫问题，纯属中国内政问题。在恢复和平后，根据汪氏与国民党的历史关系，中国将适当处置，无须提为和平条件之一。”但后来重庆方面表示在承认满洲国问题上政府内部意见对立，要求会谈延期。后来重庆方面一拖再拖，谈判也就不了了之。
１９４３月１１月２３日，美国总统罗斯福、英国首相丘吉尔和蒋介石在开罗举行会议，会后发表的《开罗宣言》中声明三国将联合向日本侵略势力作最后的反攻，在战争胜利后，把中国东北、台湾和澎湖列岛归还中国。但１９４５年２月美、英、苏三国首脑在雅尔塔举行制定最后对日作战方针的最高会议时，却没有邀请蒋介石参加。１９４５年８月，美、英、苏三国发表敦促日本政府立即无条件投降的《波茨坦公告》时，竟然也没有邀请中国这个对日作战最久的国家一起敦促日本投降。这些使蒋介石感到一种屈辱感，也是弱国无外交的另一种表现。
不过蒋介石又对美英苏三国不邀请中国参加最后对日作战方针会议表示担心：三国是不是准备出卖中国的利益对日讲和？蒋介石最怕日本与三国进行有条件投降的谈判，把保存汪精卫政府作为日本从中国撤军的条件。另外蒋介石也担心苏联对日宣战，出兵中国战场和日军作战，这样中国就要成为共产党的天下了。在担心被美英出卖和担心苏联出兵的情况下，蒋介石通过地下渠道，派南京政府的考试院副院长缪斌赴日与日本秘密谈判单独讲和。缪斌表面是汪精卫的人，背后却又是蒋介石的人。１９４５年３月，缪斌受蒋介石的重托，化名“佐藤”来到东京，开始了“佐藤工作”。日本对这次谈判非常重视，当时的首相小矶国昭亲自领导与缪斌的谈判。
中国方面提出的与日本单独讲和的条件是：日本从中国全面撤军，解散南京政府和取消满洲国国号，中国即可与日本单独签署和平条约。小矶首相对中国的方案很感兴趣，有意接受中国的条件。当时日本正准备进行本土决战，如果能和平体面地解决中国问题，把几十万大军撤回日本，可以有效地解决兵员不足的问题。此外和中国单独讲和还有助于瓦解同盟国阵营，在外交上也是一大胜利。但日本的军部却极力反对与中国单独讲和，小矶首相最后遗憾地说：“错过这次机会，百年以后都要后悔。”
抗战胜利后，缪斌被作为汉奸逮捕。缪斌本以为他很快就会被无罪释放，但不久却传来了尽快执行死刑的命令。缪斌于１９４６年５月２１日被处决，比“第一汉奸”陈公博的刑期还早。原来美军占领日本后，发现中国准备与日本单独讲和的“佐藤工作”秘密资料，麦克阿瑟大怒，要传唤缪斌到东京法庭出庭作证。蒋介石赶紧向美国否认曾经和日本进行过秘密和谈，另一方面却下令立即处死缪斌，这可以说是“杀人灭口”。缪斌作为南京政府的考试院副院长，并非政府要职，缪斌本人也没有特别重大的卖国行为，本来不应判死刑。将缪斌如此迅速地处死，也反映出蒋介石害怕得罪美国人的心虚。不过在日本福冈久留米市的有名古寺善导寺中，却有供祭缪斌的牌位；在东京中央区的稻荷神社，还有“和平神缪斌显彰碑”，把缪斌奉为“和平神”，表示不忘缪斌的“和平工作”。
１９４６年１月，在重庆的蒋介石通知何应钦：在重庆政府还都南京之前，必须将汪精卫在梅花山上的坟墓处理掉。１月２１日工兵用炸药炸开汪精卫的墓壳，打开棺木，见汪精卫的尸体上覆盖著青天白日满地红旗，身穿南京政府的文官礼服：黑色长马褂，胸佩大绶，头戴礼帽。由于使用过防腐剂，尸体尚未腐烂。棺内没有任何陪葬品，只发现尸体的上衣口袋里有一张３寸长的纸条，上书“魂兮归来”四个字，这是陈壁君在名古屋帝大医院汪精卫去世时写的。
汪精卫的棺木和尸体被运往清凉山火葬场彻底焚化，梅花山的坟地由工兵铲平后建了一座小亭，四周添植许多花木，彻底改变了模样。１９９４年时，在汪精卫的原墓地上面修建了一座汪精卫跪像，似乎是模仿岳飞墓前的秦桧跪像供人们唾骂。但到１９９９年１月，汪精卫跪像突然被撤除，原因尚不明了。
尽管人们常说“不以成败论英雄”，但实际上往往是“成者英雄败者贼”。如果客观分析一下当时的形势，汪精卫的南京政府存续下来的可能性亦不算小。第一种情况是日本胜利，美国放弃远东地区；第二种情况是日本有条件投降，从中国和南洋各地撤军，但日本很可能把保留汪精卫政权作为撤军条件。如果美国没有及时发明原子弹，对日本进行本土作战必然要付出巨大伤亡，美英为了自己的利益，很可能出卖中国的利益接受日本的有条件投降。另外从反共一面来看，如果苏联参战的话，苏军的首先攻击目标肯定是在中国的日军，这样中国就不免会共产化。而汪精卫政权是反共的，美英看来保留汪精卫政权总比苏联出兵中国强。第三种是日本向美英苏无条件投降，却不向中国无条件投降，这从美英苏三国不邀请中国一起发表敦促日本政府无条件投降的《波茨坦公告》可以看出这种可能性。如果这样日军就会给汪精卫政府留下一批武器装备后突然撤军，留下汪精卫政府自生自灭，就象美国抛下南越政府撤军一样。由于汪精卫政府掌握了中国三分之一的土地和近半数的人口，