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居内久总理与齐亚·哈克总统的首要分歧是如何治理巴基斯坦。
居内久作为一位文官，一向主张在巴基斯坦实行西方的议会民主制，建立民主制度。1985年3月以居内久为总理的文官政府成立后，他积极主张恢复被齐亚·哈克将军军管后停止的政党活动，并于1986年1月首先在国民议会内成立了以他本人为主席的穆斯林联盟作为执政党。以后他又要求齐亚·哈克将军放弃非政党政治的主张，推动参议院和国民议会通过了恢复政党活动的修正法案。
齐亚·哈克作为一位军人政治家，靠军队起家，对议会民主制和政党政治十分反感，主张建立一种适合巴基斯坦国情的政治制度。他说；“我国的条件与西方国家不同，我们不能热衷于西方议会民主制。美国和英国所需要的东西同我们的需要完全不同。世界上有许多国家的民主制度同西方民主制大相径庭，而它们的制度照样运行得令人满意。”齐亚·哈克还说，美国的制度赋予总统全权，英国则赋予总理全权，而我国则需要使总统和总理的权力分配平衡，所以我们对1973年的宪法进行了修改。说穿了，就是齐亚·哈克将军不想让议会民主制和政党政治来束缚、限制他这个军人总统的权力。
居内久与齐亚·哈克的另一个重大分歧是如何对待军队。
居内久担任文官内阁总理后，面对国内外要求取消军管的巨大压力，从不同方面缩小军队的作用，不想让军队继续在国家的政治生活中起支配作用。1985年底，齐亚·哈克将军被迫宣布取消军管后，居内久总理迅速把大批把持政府各部门工作的军人遣返回军营，消除他们对国家政治生活的影响。这一行动损害了军人们的利益，引起他们的不满。
1988年4月10日，设在首都伊斯兰堡附近的欧杰里军火库发生大爆炸。储藏在库内的由美国提供的援助阿富汗游击队的火箭、导弹等轰鸣飞舞长达40分钟，射落到居民区，造成上百人死亡，数千人受伤，仅军火损失就达3000万美元。居内久政府在事发后组织了由5名部长组成的调查组进行调查。调查结果认定爆炸事件是由于军人玩忽职守造成的一起严重的责任事故，因此居内久政府公开追究军队的责任，要解除两名负有领导责任的军队高级将领的职务。这一举措使文官政府与军方的矛盾进一步激化。
另外，居内久执政后，巴基斯坦财政赤字严重，1986—1987年度赤字高达520亿卢比，1981－1988年度更上升为600亿卢比。已占当年国内生产总值的9％以上。严重的财政赤字使巴基斯坦内外债大幅度增加，其中内债总额已占到国内生产总值的40％，严重影响和制约了经济的发展。面对严峻的经济形势，居内久政府提出从1988一1989年度起两年中冻结占财政支出40％以上的军费开支，并准备在6月讨论1988－1989年度财政预算时大幅度削减军费。这又触痛了军方的神经，招致军方的强烈责难。
齐亚·哈克总统作为一位军人政治家，是依靠军队的支持夺取政权并维持统治的。他深知军队在巴基斯坦政治生活中的决定性作用，因此担任总统十年后仍然兼任陆军参谋长一职不肯让出，集军政大权于一身，丝毫不敢放松对军队的控制。为了保持军队对他的支持，本身就是军人的齐亚·哈克处处维护军队的利益和权威，一再强调军队在国家政治、经济生活中的重要作用。因此，居内久政府在军管结束后迅速把大批把持政务的军人遣回兵营；在欧杰里军火库爆炸问题上追究军队领导人责任；计划冻结并大幅度削减军费的举措，都严重地触犯了军队的利益，动摇了齐亚·哈克统治的基础。齐亚·哈克为了保住政权，必须铲除来自文官政府的这些威胁。
此外，在国内社会治安、经济政策、阿富汗问题等一系列内政外交问题上，居内久总理部与齐亚·哈克总统产生了深刻的分歧，难以弥合。
导致居内久总理被解职的直接原因，是他企图限制齐亚·哈克总统权力的一项计划被泄漏。
进入1988年，居内久总理与齐亚·哈克总统之间的权力之争逐渐明朗化。2月，居内久曾对齐亚·哈克说，你作为总统是我的上司，而作为陆军参谋长，我又是你的上司，示意齐亚·哈克最好辞去自1976年3月以来一直担任的陆军参谋长职务。对此齐亚·哈克断然拒绝。他在3月召开的国民议会的讲话中警告居内久说：“巴基斯坦所有的事情不能由我说了算，同样，任何人也不能设想把我变成他的主子的喉舌。”5月26日，齐亚·哈克在接受中国记者对他即将访华进行的采访时说；“前七年我这个总统有绝对权威，说话别人能听。后三年（指居内久政府成立后）我变成了名誉上的总统，说话不那么灵了。”
据英国《金融时报》报道，居内久总理计划在5月30日齐亚·冶克总统出访中国时，召开内阁紧急会议，宣布解除对4月10日欧杰里军火库爆炸事故负有领导责任的两名军队高级将领的职务，并把责任归咎到作为陆军参谋长的军队最高领导人齐亚·哈克将军身上，迫使他辞去陆军参谋长的职务。齐亚·哈克在得知这一消息后，十分震怒。因为陆军参谋长之职是齐亚·哈克赖以统治巴基斯坦的重要支柱，失去这根支柱，无异于失去总统权力。因此，齐亚·哈克当机立断，取消原定的访华计划，于5月29日晚抢先动手，解除了居内久的职务。
实际上，居内久在任职期间还是尽心尽职的，帮了齐亚·哈克将军不少忙，使他渡过了困难时期。
1985年在国民议会讨论对1973年宪法进行第8次修正时，国民议会的237名议员中有35名持独立见解的议员要求追究齐亚·哈克将军在1977年7月5日发动军事政变，对全国实行军法管制的责任。由于居内久利用自己的政治影响，从中大力翰旋，才使议会一致通过在宪法中加上不追究1977年军管、认可军管以木的几乎全部军事管制法令、条例的内容，使齐亚·哈克的军法管制合法化。也正是由于居内久政府的密切配合，才使齐亚·哈克安然渡过了1986年4月贝娜齐尔回国后领导的大规模群众抗议活动——“贝娜齐尔旋风”的冲击，继续维持统治。
不管怎么样，齐亚·哈克解散国民议会的决定宣布后，全国群情鼎沸。经齐亚·哈克修改后的宪法规定大选要在解散议会后90天内举行，因此，贝娜齐尔又看到了一个新的机会，一个人民党进行合法斗争的良机。人民党热情的支持者都认为，如果大选果真能像齐亚·哈克宣布的那样在政党基础上自由、公正的进行，那么“谁也无法阻挡人民党上台执政！”
可贝娜齐尔依然呼吁大家保持谨慎。尽管她公开地对举行大选的许诺作了有条件的肯定反应，但她仍有不少疑窦。她对记者们说。
“如果在90天内举行自由公正、对各政党不偏不倚的选举，我们将表示欢迎。”
因为自由公正的选举意味着人民党和布托家族会重新上台执政。由佐·阿·布托组建的巴基斯坦人民党是在野的最大的反对党，也是反对党中唯一的全国性政党。自1977年7月5日佐·阿·布托被齐亚·哈克推翻并在1979年4月4日被处死后，布托夫人和贝娜齐尔共同担任了该党的领导职务。十多年来，贝娜齐尔领导人民党始终高举着反对齐亚·哈克独裁统治，要求恢复1973年宪法的大旗，顽强斗争，百折不挠，得到了巴基斯坦全国人民的支持和同情。
但是，齐亚·哈克早就说过，他绝不会把政权归还给被他推翻的人。贝娜齐尔认为，齐亚·哈克与他自己任命的居内义总理也难于共事，他怎么能接受亲自下令处决的人的女儿出任总理呢？贝娜齐尔心中的疑虑不是没有道理的。
6月9日，齐亚·哈克总统正式宣布成立以他为首的由18人组成的看守政府，原政府成员仍占多数。他强调看守政府的主要任务是为即将举行的大选作好准备，并恢复国内稳定的局势。这样，齐亚·哈克又重新独揽了军政大权。人民的不满情绪与日俱增。
6月15日，齐亚·哈克宣布伊斯兰宗教法为国家至高无上的法律。他在电视演讲中没有对这个法律作出明确的解释。到底何意？无人知晓。但舆论界普遍认为，齐亚·哈克在这时搬出伊斯兰法，矛头是对准贝娜齐尔的。
国内的乌尔都语报纸猜测，齐亚·哈克可以利用一些阿訇对伊斯兰教义的解释竭力阻止作为女人的贝娜齐尔参加选举，或者取消她成为议会中多数党领袖的资格。但贝娜齐尔怀疑齐亚·哈克能否得逞。因为经国内各宗教政党同意的1973年宪法已经宣布妇女可以成为政府首脑。况且，1985年经齐亚·哈克修改的宪法也写明妇女可以成为政府首脑。
贝娜齐尔尤其怀疑选举是否能自由公正。尽管人民党还不知道政党能否提名候选人参加选举，也不清楚何时举行选举，但贝娜齐尔仍然积极进行大选准备。齐亚·哈克曾说将在实行伊斯兰法后宣布选举日期，但至今仍未公布。贝娜齐尔怀疑齐亚·哈克在玩弄不愿同人民党在选举场上进行较量的故技。
值得欣慰的是，1988年6月20日，人民党向最高法院提出的拒绝齐亚·哈克1985年颁布的“选举人登记”条款的起诉终于有了结果。
早在1988年2月，贝娜齐尔就已向最高法院起诉，认为齐亚·哈克1985年颁布的“选举人登记”条款违法。因为该条款规定，所有政党都必须向当局注册。齐亚·哈克规定，凡希望参加选举的所有政党，都必须向当局指定的选举专员提出报告和领导成员的名单。而后选举专员就可以根据掌握的材料宣布任何一个政党不得参加大选。至于理由，则是含糊不清，任人评说。更令人难以置信的是，选举专员居然还享有剥夺任何政党的成员14年的参选权利，甚至可以判处他们7年的有期徒刑。
齐亚·哈克当局实行的这项法律显然是要把贝娜齐尔领导的人民党排斥在选举场外。在法院审理这项诉讼案时，贝娜齐尔得到了曾经带头为她父亲布托先生上诉的巴基斯坦前总检察长叶海亚·巴赫蒂亚尔先生的支持。他答应在最高法院为贝娜齐尔的人民党出庭作证。
审理这一案件的法官多达11名，这是最高法院历史上法官人数最多的一次。6月20日，最高法院一致裁决：齐亚·哈克的登记条款“全部无效”。这是贝娜齐尔领导的人民党数月来不懈努力的结果，同时也是巴基斯坦人民在道义和法律上的胜利。
“议会政府是由政党组成的政府，政党政府是代议制政府的一个根本原则。”首席法官在判决书中写道，“……选举最起码是统治得以合法化的法律手段。政党制度使议会选举的结果转变为政府。”另一位最高法院的法官同意这位首席法官的观点。他也认为：“以个人身份选入立法机构的人并不重要。只有在他们联合一起成为政党时，他们才能通过自己的活动形成一股有某种影响的力量。只有当他们成为政党成员而不是立法机构单个的成员时，他们才能达到自己的目的。”
最高法院推翻齐亚·哈克的“登记条款”，使得任何政党，不论其是否登记，都不能被阻止参加选举成为必然的现实。最高法院的判决也是很明确的．在选择加入某一个政党后参加选举是每个公民的基本权利，选举都必须在政党的基础上进行。
这个胜利，对于贝娜齐尔来说，只是万里长征走完了第一步。她所面对的对手，是在巴基斯坦政界、军界沉浮了几十年的集军政大权于一身的一名将军，尚在台上的齐亚·哈克总统绝不会坐等贝娜齐尔的频频出击而安于现状。
7月20日，贝娜齐尔正同澳大利亚大使共进早餐。这时，她得到消息：齐亚·哈克刚刚宣布，选举将在11月16日举行。
齐亚·哈克承认：按照宪法，选举应在国民议会被解散后90天内举行。但是他说，推迟选举是因为雨季、穆斯林哀悼节和朝觐月即将来临。齐亚·哈克认为，哀悼节内气氛紧张，无法举行大选。他还说，如果在宪法规定的时间内举行大选，9万多名去圣城麦加朝觐的巴基斯坦人