由于上述原因，上世纪六十年代，蒋经国在台湾的民望非常高，人们将他看成是改革派以及温和派的代表。在他的身边，也确实集中了一批台湾本土出产的精英人物。这一切，为蒋经国日后成功掌权打下了基础，同时也为后蒋经国时代留下了诸多变数。
当时的蒋经国是马英九心目中的成功者和英雄，与英雄为邻，那是一件令人激动的事。虽然马英九本人没有谈到与蒋经国为邻这件事到底给他带来了什么。但可以肯定，这确实是一股激励的力量，加上父亲不断在他耳边讲叙蒋经国的种种功绩，让他以蒋经国为榜样，马英九的心灵深处，确实有了某种认同，这为日后他的父亲建议他弃文从政而他也乐于服从，起到了潜在的推动作用。
几年后，马英九进入高三，这个学年对于马英九来说，有两件大事，一件是他在这一年加入了国民党，另一件则是他拿定了从政的决心。
马英九的家庭有了那样的背景，他能够入党，是一件水到渠成的事，只要他愿意，在国民党党章所规定的年龄范围内，随时都可以。而当时的现实还不仅如此。国民党退到台湾的时候，整体只有 200万人，只是台湾本土籍人士的五分之一，加上这批人中，相当一部分是年龄已大的老兵，而另一些国民党大佬级人物，他们的后代中，有些留在了大陆，有些去了香港甚至是国外，使得国民党外省籍出现了断层。在这种严峻形势下，蒋介石在发展国民党员的时候，政策向外省籍人士倾斜，新发展的国民党党员，台籍人士仅占其中的 30 ％，外省籍占 70 ％。有了这样一些前提，马英九这种既是外省籍，又是精英分子，同时还是先进分子的青年，就不是他是否积极申请加入国民党的问题，而是国民党要努力拉他入党了。
加入国民党，是从政的一级台阶。日后，马英九在台湾政坛平步青云，许多人不是太理解。实际上，仅仅看一看台湾国民党的结构，便可一目了然。1951年，台湾国民党党员仅仅只有 30 万人，此后直到 1974 年蒋介石时代结束，平均每年发展党员 3。7万人。按此推算，至马英九入党的 1968 年，国民党党员也就是70万左右。这些人中，大概有至少 20 万年龄已大，属于即将退出历史舞台的那种，大概也有差不多 20 万并不属于精英的那种。如此一来，马英九便是 30 万分之一了。再因为他的父亲为蒋经国工作不遗余力，他本人既是精英又是先进分子这样一些优势，又增分不少。
进入高中之后，台湾的学校便开始分科。而当时马英九所读的班级，并不是文科班级，是偏于理工的。这也有一个历史渊源，台湾的学校，并不是像大陆那种按编号分班，也不是按科分班，而是按字分班，按序分组。每一级的班，分别编为“忠孝仁爱信义和平温良恭俭让礼智诚勇谦真善美乐”，这些班，又分甲乙丙丁组。中国人讲究学好数理化走遍天下都不怕，所以，理工仍然是最多学生的首选，甲组自然就偏于理工。
这种组并不是学生自己选的，而是入校时，学校根据学生的入学成绩编的，一般考分高而且理科成绩好的学生，优先进入甲组。马英九在整个高中时代，读的就是甲组。但到了高三时，如果继续在甲组读下去，联考便只能选择理工学科。马鹤凌希望儿子毕业后从政，因此，做他的工作，希望他转到丁组，主攻法政。
马英九的兴趣极其广泛，各科成绩也都非常冒尖。但受父亲以及周边环境的影响，尤其是涉猎了很多名人传记一类书籍之后，对从政开始有了浓厚兴趣，因此，便很乐意地遵从了父亲的意愿，成功转组。
1968年，马英九高中毕业，在联考中胜出，成功地被第一志愿录取，成为台湾大学法律系学生。这为他今后进入政坛奠定了良好的基础。
台湾人口少，为了防备随时可能发生的战争，军事训练抓得很紧。台湾的大学生，入学后都要参加一段时间的军事训练，目的是为了锻炼学生的意志，同时也养成一种纪律性。集训集中在一个地点，即台中县乌日乡的成功岭训练营。这次训练的时间是很短的，仪式却非常隆重，所有受训的学生，都要受到蒋经国的接见，每年，蒋经国都亲自出席这个仪式，并且向学生授枪、讲话勉励。
第一天是开训典礼，这是一个极其重要的仪式。为了这些学生将来忠于国民党的领袖，无论是蒋介石还是蒋经国，都异常重视这一活动。特别是蒋经国，他抓的是青年，自从当上“国防部总政治部主任”之后，又开始全面抓军权。后来接任“国防部长”，掌握军队成了他份内的事。他也很清楚，自己的未来，在一些年轻军人的身上，所以，每一届大学生的入伍开训典礼，他是一定要参加的，而且会亲自操持那个极其重要的仪式。
这是一个盛况空前的活动，参加者不仅仅是台湾“国防部”的高官，也包括了所有受训学生的家长，这些学生毫无疑问是台湾青年中的精英分子，而他们的家长大多数也是台湾政商等界的名流，所以，这个典礼是一个名流荟萃的活动。
马英九这次参加军训，因为党国要员云集，马鹤凌自然不便去凑这个热闹，所以是由妈妈秦厚修送他去的。在集训营中，马英九的党员身份、以前在学校中一直担任学生干部的履历以及出色的外表，迅速成为他的政治资本。因为蒋经国每年要亲自为成功岭集训营的学生授旗授枪，所以，马英九被指定为受枪代表，同时被指定为献词代表。这可以说是一种莫大的荣誉，其它的代表可能有很多，但献词代表，仅仅只有一个，献词之后，还要由这名代表将誓词呈送给蒋经国。
仪式进行中，马英九等几十名受枪新生，穿着崭新的军装站成一排，接着，蒋经国走上台来，由司仪点名，点到的人，便向前走到蒋经国面前，蒋经国顺手取过一支枪，授给这名新生，新生向蒋经国敬军礼，然后蒋经国还礼。因为新生很多，所以，接受蒋经国授枪的，只能是其中的一些代表。这一仪式需要一点时间，整个授枪仪式，彼此也不可能有太多的接触，仅仅只是接过枪然后敬礼，所以，马英九虽然第一次见到了蒋经国，彼此却难以有很深的印象。尤其是蒋经国方面，对于这些学生，几乎是连名字都难以记住。
但接下来的仪式则不同，由这些受枪代表带领全体受训学生宣誓，马英九是领誓人。整个宣誓过程，蒋经国都微笑着在一旁监誓。宣誓结束，由领誓人双手恭敬地托着誓词，走到蒋经国面前，将誓词献给他。
蒋经国接过誓词之后，会热情地和献词者握手，并且说上几句鼓励的话。不仅如此，蒋经国还会记住每一年向他献词者的名字，了解其简单的经历，并且在以后安排专人关注他们的成长和学习情况。这显然是蒋经国为了培养未来人才的一种特殊方式，所有这类学生，全都由此进入了蒋经国后备班底名单。日后，马英九受到蒋经国重用，这份良好的记录是极其重要的原因之一。
现在已经没有任何记录表明，马英九的名字被蒋经国记住是缘于这次献词。事实上，蒋经国做完这件事之后，很可能将这些名字忘记了，这些名字，只是存在于他的工作班底的名册上而已。同时，蒋经国的班底每年都要将这个名册更新，并且将名册中的优秀人员向蒋经国提供一份报告。这样的报告中，马英九的名字如果出现得多，蒋经国自然也就有了印象。
虽然没有任何资料证实马英九引起蒋经国重视的具体时间，但不可否认，这次授枪仪式对马英九未来的从政道路，产生了极其深远的影响。也正是从此时起，马英九成功地跨入了蒋经国班底的后备名单。
短短的军训生活很快结束了，马英九的大学时代开始了。正是马英九就读于台湾大学的时候，台湾开始了大规模的经济建设。
蒋经国当上“行政院长”之后，立即提出了一个大建设的一揽子规划，他所规划的建设项目多达十个，而且每一个都关乎国计民生。与此同时，美国和日本遵循对台湾经济扶持政策，美资和日资进入台湾，有了这种资金和技术上的支持，台湾的工商业开始出现了腾飞，短短几年间，经济实力大增，也为蒋经国的十大经济建设项目提供了前提。
台湾既然要大规模发展经济，自然就需要各方面的人才，所以，蒋经国此时对于年轻学子的重视，也提到了前所未有的程度。马英九在军营中的出色表现，为他进入大学一开始就处于领导地位，奠定了坚实的基础，这也成了他从政的一个重要台阶。
保钓运动积极分子从事青年工作出身的蒋经国，对于学生领袖的培养是非常重视的。他亲自建立了一种体制，从年轻大学生中选择一批骨干，作为未来学生领袖的预备人选。这批学生骨干，均由一笔专项资金资助他们前往美国等地学习考察。这个活动，被称为“亚太地区学生领袖访美活动”，为期两个月。
马英九作为台大学生党部推荐的第一人，加入了这个访美团。 1971 年 1月，为期 70 天的访美活动开始了，访美团走遍了美国 20 多个州，接触到了美国各阶层人士尤其是在美华侨组织。这次访美，对于马英九的世界观形成，可以说有着相当重要的作用，尤其是当时美国华侨发起的“保钓运动”，对马英九影响巨大，并且直接影响了他日后的政坛生涯。
“保钓运动”的兴起，源于 1970 年 8月 12 日美国驻日本使馆的一个声明。这个声明称，美国正考虑将琉球群岛（现日本冲绳县）交还日本，同时，他们还声称，“钓鱼列岛是琉球群岛的一部分”，美国政府准备在一年之后将其与琉球一并交还日本。在此之前，日本国内就不断有人制造舆论，称钓鱼列岛是日本领土，在美国政府表态后，9 月 10 日，日本外相爱知揆一公开声称：“尖阁群岛（日本称钓鱼列岛为尖阁群岛）属于日本，日本政府不准备同任何政府讨论其领有权问题”。
钓鱼岛位于中国东海大陆架的东部边缘，在地质结构上附属于台湾的大陆性岛屿。它位于中国台湾省东北大约 92 海里，距日本琉球群岛约 73 海里，但相隔一条深 1000 至 2000 米的海沟，该海沟成为中国和琉球群岛之间的天然分界线。钓鱼岛列岛由钓鱼岛、黄尾屿、赤尾屿、南小岛、北小岛和 3块小岛礁即大北小岛、大南小岛、飞濑岛等组成，总面积约 6。344平方公里。
别小看这 6。344平方公里的小岛，按照联合国《国际海洋法公约》关于“主权国家以 200海里内的海域为其经济专属区”的条款，钓鱼岛的实际价值是以此岛屿为依托，半径为 200海里的庞大海域以及此海域内包括海底石油、矿产、海洋渔业等海洋资源和领海、领空的交通、运输权以及未来潜在的资源等等。如果日本侵占钓鱼岛的阴谋得逞，就意味着中国东海海域将丢失 74 万平方公里的海洋国土，这个数字几乎是中国与南沙群岛周边国家领土领海争执面积的总和，比江苏、安徽、浙江、福建、山东、山西六个省的总面积还要大，是台湾省面积的20倍。因此，丢失钓鱼岛对中国来说将是难以洗刷的耻辱和永远无法弥补的巨大损失。
日本的眼光紧盯著的是钓鱼岛潜在的巨大经济和军事价值。夺取钓鱼岛是日本企图对我国东海海域海洋资源进行争夺的重要而关键步骤。同时，这几座岛屿的归属也直接影响著日本由经济大国向政治大国迈进、甚至恢复军事大国地位的战略步伐。
就海底资源而言，钓鱼岛周围海域不仅海底石油储量巨大，可达３０－７０亿吨，而且其渔业资源也十分丰富，年可捕量达１５万吨，有人曾经断定，钓鱼岛附近水域的石油资源使之“有可能成为第二个中东”。这种诱人的憧憬，足以令人为之冒险。
促使日本侵占钓鱼岛还有政治和军事方面的原因。从军事上看，钓鱼列岛有著十分重要的军事价值。该列岛可以作为日再次侵略台湾的桥梁或前进基地；也可以成为我保卫国家东海方向安全、遏制日本扩张势力南下的前哨，如果日本占领了钓鱼岛，日本军队可以在岛上设立其海空监控侦察设备以及岸基反舰及对空导弹，很容易可将台湾北部重要港口及空中航道加以封锁。如果在钓鱼岛设置雷达，可以监视方圆 400公里到 600公里的海域和空域，其范围可达到台湾北部、大陆沿岸的福州、温州和宁波等大片地区。我军事上的一举一动都可能被对方及时掌握。
日本占领钓鱼岛可以使其势力范围向西南方延伸，并可对台湾海峡附近海域的主要航道实行军