打击地方恶霸、流氓、地痞的气焰，恢复地方秩序；强调严惩贪污，整饬吏治，提倡“公仆”精神，常常微服出访，搞一些“亲民”的小动作；厉行禁烟、禁赌、禁娼、改良社会风气。他还提出“建设新赣南”的口号，要在赣南树立一个“三民主义模范区”，“开创赣南新时代”，“建设‘五有’（人人有工做，人人有饭吃，人人有衣穿，人人有屋住，人人有书读）的新天地”。由于他敢于采取严厉手段对付一切与他作对的人，赣州的恶霸流氓一时有所收敛，政令基本上得以通行，从而他在赣南博得了“蒋青天”的称号。
蒋经国上任初期，对抗日战争的态度表现很积极，公开赞扬抗日民族统一战线，因此赣州一度呈现开明进步的气象。曾一度有“蒋经国在赣州搞共产了”的传说。但在他父亲“庭训”指示下，蒋经国终于在 1940 年 3月开始反共。
1940年 6月以前，蒋经国还不是国民党员和三青团员。这年 6月，他带职到重庆中央训练团党政班第三期受训一个月，才取得党团员的资格。从此他在三青团的地位迅速上升，七月便被指定为三青团临时中央干事，八月又被指定为三青团江西支团筹备主任。他在赣州赤珠岭创办“三民主义青年团江西支团干部训练班”，自己当班主任。他把从苏联学来的一套群众运动的形式，与青红帮江湖义气的精神糅合起来，在生活和训练中强调“效忠团长（指蒋介石）”，“做团长耳目”，“彼此要建立兄弟般的团结”，“同心同德，患难与共”，不分男女，都以“大哥”、“小弟”相称，造成一种“兄弟热”的气氛。这就是他大事宣传的“赤珠岭精神”。这个干部训练班共办了五期，每期一个半月，共训练干部五百多人。
这些干部后来成了蒋经国“嫡系中的嫡系”，章亚若、王升、肖昌乐等即毕业于青年干部班第一期。章亚若是江西南昌人，南昌沦陷后，1939年流落到赣州，报名参加了青干班，在这里与蒋经国相识，结下了一段不解情缘，后在桂林生下了一对双胞胎即章孝慈与章孝严。
1945年春天，蒋经国跟随当时国民党政府的行政院长宋子文赴苏联谈判，签订了《中苏友好同盟条约》，并曾受到斯大林的接见。抗日战争胜利以后，蒋经国被任命为东北行辕外交特派员。此后，他一直控制“三青团”，成为国民党一个派系的首脑，是他父亲的得力助手。 1946 年秋，实行“党团合并”。三青团的中央干事成了国民党的中央委员，团的中央监事成了国民党的中央监察委员，蒋经国的亲信郑彦棻成了中央委员会的副秘书长。从此，蒋经国在国民党中央委员会中也有了自己的一派。
1949年 1月，蒋介石宣告“下野”以后，蒋经国陪着父亲退居溪口，后来在成都登机飞往台湾。1965年 1月任台“国防部”部长，数次出访南朝鲜、日本、泰国、美国。1970年，蒋经国的特务势力在国民党内创建几乎绝对化的领导权，“太子派”在国民党中央委员与中常委中占有优越地位；调查局、警备总部、警务处头头，无一不是蒋经国系人马。在蒋经国担任“国防部长”时，“蒋部长”威势直冲“副总统”。
1972年蒋经国任台湾“行政院院长”。推行“革新保台”政策，颁布行政改革“十戒”，经济上推行“以出口为导向”政策，提出加速农村建设方案和投建“十大建设”项目等。1975年 4月，蒋介石去世后，蒋经国当选为国民党中央委员会主席。1978年 3月，蒋经国当选为“中华民国第六任总统”。1984年再度当选。1986年提出“政治革新”口号，坚持一个中国，反对“台湾独立”，宣称要以“三民主义统一中国”。次年 7月宣布解除“戒严令”，允许部分居民到大陆探亲，为缓和海峡两岸关系作了一定的努力。
马英九之所以能够成为蒋经国班底的后起之秀，完全是一种历史的必然。要弄清楚这一人脉关系，首先必须从他的父亲马鹤凌老先生说起。
马鹤凌老先生早年担任蒋介石的侍卫，后来又非常及时地转向了“太子党”，使得台湾权力交替的时候，他没有因为蒋经国对权力的控制而令自己失去应有的地位，反而在政坛更进了一步。但总体上说，马鹤凌在台湾政坛没什么作为，甚至可以算是可有可无的人物，他的存在，始终未曾获得蒋经国的注意，也就无法得到更快的升迁。正因为如此，马鹤凌从始至终，都未能进入蒋经国权力集团的核心圈。
蒋经国的权力圈子，其核心部分，主要是他在江西时所建立的班底。这个班底以王升和李焕为主，他们两个，才是蒋经国的得力干将。王升是江西龙南人，是蒋经国早年在江西赣州创业时的一个亲信和干将。王升后来能有握有台湾情治机关重权的辉煌，完全与蒋经国对他的提携和支持不无关系。众所周知的蒋经国在赣南与章亚若发生婚外情后的善后处理，就是王升亲自出面，将怀上了蒋经国孩子的章亚若，由江西秘密送往桂林的。章亚若后来在桂林产下两子，以及后来如何处理章亚若的死后丧事，蒋经国都委托王升亲自去办。从这些小事情上，不难看出王升与蒋经国的关系。
李焕出生于湖北省武汉市，湖北警官学校毕业，美国哥伦比亚大学教育学硕士，韩国檀国大学荣誉哲学博士。1945年起在国民党内从事党务工作，曾担任国民党中央委员会秘书长。1977年至 1989 年间先后担任台湾中视公司董事长、台湾中山大学校长、台湾教育部门负责人以及台湾行政部门负责人。连续 7届当选国民党中央委员，连续 4届当选国民党中央常务委员。1990年 8月被收入前苏联出版的《世界政治名人录》。现任国民党中央评议委员会主席团主席、太平洋基金会董事长、孔孟学会理事长。李焕先生认同一个中国原则，坚决反对“台独”，赞成两岸交流。作为国民党的大佬级人物，李焕先生曾经对台湾政坛产生过重要影响。当年因为反对李登辉推行的“两国论”，他被撤除了行政部门负责人的职务，还曾经受到过炸弹的威胁。
而马鹤凌，只是在李焕的手下，而且还不能算是最接近他的那一个。马鹤凌之所以在蒋经国的班子里很难有快速提升的机会，一方面，因为他并不是江西班底的成员，另一方面，可能与他曾当过蒋介石侍卫有着极大的关系。蒋经国用人，确实和别人不同，甚至和他的父亲也是完全不同。像那些曾经跟他父亲干过的人，他即使要用，也是慎重而用，他或许担心这些人一面对他效忠，另一面又将他的情况报告给父亲吧？像陈诚，实际上已经非常清楚蒋介石的用意，一定要将太子扶上马，因而，他在各方面都是不遗余力，但是，蒋经国对陈诚，始终都存有戒心。
另一方面，蒋经国用人也完全不按常理，只要是他信任和喜欢的，他可以一下子将此人拔到高位。这种超速拔擢在蒋经国身上，是一个极为普遍的现象，因此这也造成了蒋经国之后，整个台湾因为一大批机会主义者的进入，从而出现政治方面的大混乱。
这些超常规提拔的人中，首当其冲的，便是李登辉，其次还有像宋楚瑜、连战、马英九等人，反倒是最早进入蒋经国体系中的王升和李焕，一个被蒋经国舍弃了，另一个则疑而用之。李登辉最后之所以能够将蒋经国的天给翻了，也在于蒋经国本人将自己的基础拆毁了。李登辉在进入行政体系之前，只不过是美国和台湾共同建立的一个农业联络机构农复会的普通职员。就是这样一个职位，还是因为台湾籍的名人徐庆钟送给李登辉的。李登辉当时的级别，大概也就相当于一个正科级科员，连科长都算不上。后来，蒋经国当上了“行政院长”，负责组阁的时候，徐庆钟、蒋彦士等国民党要员竭力推荐李登辉，蒋经国则破格将李登辉提拔为“行政院政务委员”。这一级，一下子跳到了部级，甚至比普通的部级还高出半级。
但另一方面，蒋经国也会重用像马鹤凌这样一些忠实于自己的老人，只不过用的方法有些不同，基本上是按部就班。然后在蒋介石去世之后，蒋经国感到这些人确实是忠实于自己而不会另外结派的情况下，才会考虑一下他们。可此时，这批人的年龄已经大了，担任重要部门的职务，已经不太现实，便往往安排一个安慰性的高职。有关介绍文章称马英九出身于国民党高官家庭，这个高官，实际上是后来才出现的，甚至当他读大学的时候，父亲都不能算是国民党的高干。
另一方面，蒋经国不用这些和父亲有密切关系的人，却又大力提拔这些人的后代。这种对老人的安慰方式，也是蒋经国独创的。像陈诚的儿子陈履安、连震东的儿子连战、宋达的儿子宋楚瑜、马鹤凌的儿子马英九等一批所谓的国民党中生代，便是这样被提拔起来的。
马英九回忆，他第一次见到蒋经国，是在进入初中时。那时，父亲调了职，离蒋经国的核心更远了一步，但行政职务上是更上了一层楼，家里的住房，也随之改变了，从万华搬到了台北长安东路一段八号。而长安东路一段十八号，则是蒋经国的官邸，两家之间，隔着十个号码，因为单双记号，实际上，中间只隔了五个号。因为蒋经国的官邸很大，所以，彼此相距比想象中的要远一些，有二百米左右。但是，马家住的是楼房，而且是四楼，蒋经国住的却是别墅，有一个很大的院子，站在马家四楼上，可以看清院子中的一些动静。
此时，马英九对于蒋经国，也只能远观，而不可能近看。他并没有真正看到蒋经国本人，只是看到他所乘的黑色大轿车经常出入。
但是马英九有件事，却让蒋家院子里的人虚惊一场。有一年过春节的时候，马英九玩鞭炮，其中有一个冲天炮，他当时也没有想太多，点着火以后，站在楼梯上，对着外面空旷处，结果，轰的一声，那只冲天炮竟然飞进了蒋经国的院子。如此一来，普通的一件事，倒成了一起政治事件，蒋家院子里的警卫大为紧张，立即就此展开一番调查。后来发现只不过是一只冲天炮，意识到可能是孩子的闹剧，一场危机才算是过去了。
马英九对蒋经国的崇拜那时候的蒋经国，在孩子马英九的眼里，不仅是个大人物，而且是个大英雄。那是因为在当时，为了让蒋经国今后能够顺利登基，受国民党控制的台湾媒体是不遗余力地宣传蒋经国。使他的影响力迅速扩大，深入人心。蒋经国在苏联当人质时期，确实吃过不少苦，也非常脚踏实地，甚至广泛接受了平民化以及社会主义思想，并且加入了共产党。这个时期，他值得宣传的东西，是非常多的，也很能获得台湾民众的好感。回国之后，蒋介石派他去赣南，国民党于是不遗余力地宣传他治理赣南的政绩。客观上说，蒋经国治理赣南，虽然获得了“蒋青天”的好名声，实际上并没有太大的功绩，很多都是吹出来的表面文章，好看而不中用，尤其是对普通老百姓，几乎起不到什么作用。反倒是在那时建立了一个太子班底，以及着手抓青年工作，为以后顺利掌权奠定了基础。
后来，蒋经国受命到上海去整顿上海经济。这重样没有什么功绩和建树，当然，败不在蒋经国，而在其父亲蒋介石，因为那个经济整顿案本身就是一大问题，再加上国民党的腐败，已经到了无药可救的地步，所以，蒋经国上海打虎，结局的失败，是必然的。但同一件事，却可以站在完全不同的角度宣传。蒋经国在上海打虎时，那种不畏强权，敢于太岁头上动土的精神，以及他所表现的铲除腐败的决心，便被国民党的宣传机构大书特书，大肆宣扬，年轻人对过去的真实情况不大了解，自然容易受其迷惑和蒙蔽。
此外，蒋经国初来台湾时，加强党工，有效地控制了台湾，对于台湾社会的稳定，起到了一定的作用。他初来台湾时，是一个极其特殊的时期，几年前，国民党从日本人手里接过了台湾的统治权，随即将大陆那套腐败而且专制的统治带进了台湾，引起了台湾民众的极大不满。为了牢牢地控制台湾，台湾当局不得不采取高压政策以及白色恐怖，对反对人士进行了残酷的镇压和血洗，造成了台湾民众尤其是本地族群同统治集团之间尖锐的对立。在消弥这种矛盾方面，蒋经国确实起到了一定缓和作用。
由于上述原因，上世纪六十年代，蒋经国在台湾的民望非常高，人们将他看成是改革派以及温和派的代表。在他的身边，也确实集中了一批台湾本土出产的精英人物。这一切，为蒋经国日后成功掌权打下了基础，同时也