马英九说，台北六年多来持续关心慰安妇、台籍日兵、七七事变、台湾义勇队以及非武装抗日运动等议题，目的一方面要重新肯定李友邦、蒋渭水等抗日先贤的伟大情操，一方面也在提醒民众莫忘台湾人被殖民的苦难岁月。台北市文化局长廖咸浩也说，只谈终战而不提台湾光复的颠倒价值观，对不起当年死于日本统治的 65 万台湾先民与抗日志士，今年特别要深刻省思“殖民现代性”神话，认清日本人现代化背后剥削、歧视台湾人的殖民本质。
渔民们为马英九献上有破洞的渔网，希望各界正视钓鱼岛主权，以补破网毅力保卫领土。随后，在农运诗人詹澈朗诵《岛殇》声中，马英九与当年保钓人士一道，舀起一瓢瓢钓鱼岛海域的太平洋海水倾入光复纪念碑前的水池。
2005年 10 月 27 日，为纪念台湾原住民发动的抵抗日本殖民统治的“雾社事件”75周年，马英九一大早就来到台湾中部南投雾社山区，向原住民抗日英雄莫那鲁道的纪念碑致意。这年适逢台湾光复 60 周年、“雾社事件”75周年，马英九谈起这段抗日战争史表情严肃。他身穿原住民服装，在向莫那鲁道的纪念碑致意时说，尊敬这位原住民领袖，因为莫那鲁道是代表原住民维护自己的尊严，抵抗歧视、不公平待遇的一位代表人物。
“雾社事件”发生于 1930 年 10 月 27 日，当时，南投雾社的 300多名原住民不堪忍受日本殖民者的奴役和欺压，在原住民领袖莫那鲁道的带领下，发动起义，杀死了 134名日本人，史称“雾社事件”。事件发生后，日本出动大量军队，对原住民进行武装镇压，将起义地区的百姓不分男女老幼一律屠杀。莫那鲁道自杀身亡，雾社族人将它的遗体运回后，建了纪念碑纪念莫那鲁道。
马英九在钓鱼岛等问题上的强硬立场，令日方非常不快。2006年 7月 10 日至 13 日，马英九展开就任国民党主席后的首次日本之行，会晤了多位日本党政高层人物。在马英九抵达日本成田机场时，部分右翼分子就在机场外举行了抗议，要求“中国人马英九滚回去”。当晚日本侨界设宴欢迎马英九时，一群日本右翼分子在会场外高喊“我们不欢迎马英九访日”。7 月 11 日，马英九在会见著名右翼分子、东京都知事石原慎太郎时表示，历史错误要承认，并公开敦促首相日本小泉纯一郎停止参拜靖国神社。这更引起了日本右翼力量的强烈反弹。11日下午，马英九在东京邀请报界名流茶叙。席间，马英九谴责了中日甲午战争日本的侵略行径。会后，这些资深的日本记者竟然私下说：“在马英九吸引年轻人的脸蛋下，怎么有 100年前的脑袋？”这说明日本舆论界对马英九的爱国立场积怨尤深。
在马英九行前，日方已经扬言要降低对马英九的会见规格，显示日本政界对于马英九是“疑胜于信”、“疑多于知”。尽管国民党强烈的“外交攻势”打破了可能的冷场，使马英九没因接待规格降低而大丢脸面，但日本官方及民间对其“不留情面”的直陈和抗议，从一个侧面反映出日本对马英九的不满。在这种情况下，马英九于 7月 13 日提前返回台湾。他解释说是要回去亲自指挥抗击台风的救灾工作。但明眼人可以看出，这和日本对他的冷遇多少有些关系。
美国之行晤见佐利克马英九在日本受到冷遇，在美国却受到了前所未有重视。2006年 3月 19 日，马英九抵达美国纽约，展开为期 11 天，美国 5个城市的访问。马英九的这次访问，备受两岸关注。这是马英九当选国民党主席以来第一次访问美国，行程包括纽约、华盛顿、波士顿、旧金山和洛杉矶，其中尤其以华盛顿的访问最受瞩目。这次虽然马英九以在野党主席的身分到达纽约，但是美国政府还是派出官员接代，规格很高。虽然马英九已经出访美国多次，但是这次的出访美国官方十分关注，很显然美国方面是把马英九视为蓝军的“总统”候选人，所以想要了解马英九对于两岸问题和军购的问题，因此对于马英九接待的规格比过去还要高。马英九几场公开的演讲活动，门票销售一空，后来还特别多加开一场，足见马英九在华人地区受欢迎的程度。马英九访美行程满档，虽然女儿马唯中在美国工作，却也没时间见上一面。
对于这次访问，马英九可能与美国政府官员举行会面一事，国民党刻意保持低调。在首站纽约，马英九一下飞机就赶往参加“大纽约泛蓝后援会”成立庆祝晚会，与支持泛蓝阵营侨胞会面。马英九受到侨胞的热烈欢迎，数百名在场人士争相与他合照，马英九并和旅美台湾歌星现场合唱助兴。
马英九在会场上说，他这次访美有两个主轴议题，一个是以台北“市长”的身份谈市政，另一个是以国民党主席的身份谈国政。在纽约 24 小时的行程里，他将拜访纽约市长布隆博格，讨论城市交流，并与媒体会面。在庆祝晚会之后，马英九当天晚间 10 点就接受纽约时报的专访，他说专访主题是台北市打造无线网路城市的市政建设等议题。
马英九还与美国副国务卿佐利克等人进行了私下见面。会面在华盛顿一间私人俱乐部举行，到场的除了佐利克外，还有白宫的资深顾问及亚太事务主任。四人谈及台湾军购及两岸问题，而马英九阐述了国民党对终统问题的立场。
马英九较早前曾与华盛顿市长威廉斯会面，之后他在一个午餐会上，以“谁决定台湾的前途”为题发表演说，重申若国民党重新执政，会以“九二共识”即“一个中国、各自表述”的立场，与大陆恢复对话，建构和平框架。马英九接受美联社访问时说，台湾要为自己的行为负责，不应该在两岸问题上做出任何的挑衅行为。
这次马英九访美行程来到华府，与美国副国务卿佐立克和亚太助卿希尔，展开长达三小时的密谈，比预定一小时长。虽然双方并未透露会谈内容，但美方接待规格之高，创下纪录。原本不对外公开的这场会面，最后在大批记者的守候下，包括副国务卿佐立克、国务院亚太事务助卿希尔、亚太事务资深顾问祈锦慕、台湾事务协调科科长夏千福等官员，都在没有回避媒体的情况下，进入大都会俱乐部，与马英九展开会谈。
被媒体问到与美方官员的会面情况，马英九面带笑容回答，“我们双方都有承诺，内容不便向外界报告”。但马英九也提到，“我说了我应该讲的话”。虽然双方都对会谈内容保密，但外界认为这场会谈，应该是就美国对台军售案，以及台海情势交换意见。同时这场会谈，不但打破近年来美国外交部门接见台湾“直辖市长”或政党主席的规格，也打破了过去 10 多年来，台湾官员过境美国时，与美国官员见面的层级。
马英九一抵达华府，就在美国保守派智库“传统基金会”与美国企业研究所联办的午餐会上，对美国官员发表演说。内容主轴是阐述国民党对美、中、台，以及国防外交政策。在哈佛大学的演说，马英九提到，台湾民进党执政后，两岸就断了对话，关系交恶。如果 2008 年国民党重新执政，那么将在“九二共识”的基础上，与北京恢复对话。马英九强调，国民党将会与北京达成某种形式的和平协议暂行架构。国民党希望成为和平缔造者，而不是麻烦制造者。马英九并再次提及国民党致力维持两岸现状的立场。这场演说，让在美国智库学界地位崇高的前 AIT台北办事处长李洁明赞扬马英九是“识途老马，深得美国信赖”。传统基金会资深研究员谭慎格，则形容马英九是“非常有教养的政治人物”。
此外马英九在华府，还与 AIT执行长施蓝旗，三届历任主席丁大维、罗戴维和白乐琪等人密会。尽管一样无从得知会谈内容，但马英九引用 3月 19 日《华盛顿邮报》当中的一篇专访，提到“我提出的一些看法，美国政府听起来像音乐一样”，来形容此行他与美方建立的良好互动。
马英九访问美国，一路上不仅会见各地热情的华侨华人，频频接受媒体专访，又接连在大学、智库发表演讲，而且，除了会晤美国在台协会的历任理事主席，还与美国副国务卿佐利克以及白宫国安会官员闭门密谈，其风头之健，已远远超过之前几度以总统之尊“过境”美国的陈水扁。不过，台湾舆论在热闹报道马英九的美国行之余，却毫不客气地戳破一个残酷的事实：马英九是到美国去“面试”。
马英九要问鼎 2008 年台湾“总统”大选，态势明朗，但是，跑道上最大的一个无形栏杆还没跨过去，那就是美国政府的态度。美国对这位新任国民党主席的外省籍背景、常常流露的中国情怀、对“终极统一”的有所期待、年轻时参与“保钓”等等经历，很不放心。马英九对此完全了解，否则他就不会赶在赴美之前努力先就军购案与泛蓝阵营各方达成默契，并且先在台北接受《华盛顿邮报》专访，动情地说：“忘掉统一和独立，让我们维持现状，集中拼经济。”华邮记者形容马英九把话说得“仿佛成了华盛顿耳中的音乐”。
马英九确实小心翼翼地确保他说的话让华盛顿觉得悦耳。他到了美国不仅又数度重申“我们不会追求台湾独立，也不会追求立即与大陆统一的政策”，而且在闭门谈话中让质疑台湾究竟有多大意志要抵御大陆军事压力的美方人士表示“满意”。为了与陈水扁有区隔，批评陈水扁“法理台独”的马英九还公开地向美方保证：“台湾应该是一个和平创造者，而不是麻烦制造者。我们想成为东亚地区一个负责任的利益相关者。”听马英九这些话，再对照陈水扁也在同个时间对美国在台协会新任台北处长杨苏棣保证台美之间不会再发生“意外”，就更能了解到马扁两人努力的“共同方向”。
不论马扁两人究竟谁更“得宠”，人们清楚看到的是华盛顿左右台湾政治的力量越来越大，而且俨然成了台湾的“造王者”。例如，政论界相当一致地认为，陈水扁在神秘枪击案后胜选，最终得以渡过数十万民众示威抗议的惊涛骇浪继续坐在总统宝座上，最关键的压舱石便是华盛顿。从当时扁政府竭尽所能争取来自华盛顿的“贺电”看，美方的“祝福”重要性已不下于选票。难怪连宋功败垂成后，一股怨气是出在华盛顿官员身上。至于陈水扁本人的重要演讲词和决策，一再需要美方“过目”，最近甚至自己公开说“终统”用词是迁就美方意见等等，更说明，华盛顿对台北的干预力量超乎一般想象。这种情形，在两蒋时代，甚至在李登辉时代，都是罕见的。之所以如此，主因当然是如今台湾蓝绿各占半壁江山，不论哪个阵营选赢了，也只是脆弱多数，再加上面对北京的强势，套句民进党人的话，“不抱美国大腿，要抱谁的大腿？”
马英九在华府受到高规格接待，是美国务院刻意安排，目的是向陈水扁传递讯息，表示美国对扁已经没有耐性了。但是报道也说，布什政府非常审慎，避免过于刺激阿扁，这一方面是因为“没有安全感的阿扁可能益发觉得需要出声”，一方面则是因为扁是民选“领袖”，美国应予尊重。美国希望台北及北京了解，美国盼望台湾内部冷静平和，也希望扁信守剩下的“四不”。美国也希望各界了解，台湾内部的动汤可能引发台海不安，也可能在台湾与美国之间引发危机。
马英九 23 日在华府智库发表演说时，现场悄悄地出现一位神秘嘉宾，那就是已经离职的前美国在台协会台北办事处处长包道格，两人上演一场相见欢，包道格并语带玄机的说，马英九这次访美的规格与陈水扁访美相同。被问到美方这次高规格接待马英九有何用意，包道格答的很妙，“马英九此行访美，美方接待的规格恰如其分，就和陈水扁在过去访美的规格相当。”
美方高层直接与台湾在野领袖接触，不符美台交往惯例，因此台湾舆论解读，美方被扁政府在终统议题上耍了一招后，显然未待“布胡会”登场、已望借着马英九访美有所行动，尤其在非公开场合中暗中提升接待规格，赋予马的访问更大的意涵。美方意在告诉扁政府，华府并非没有转向可能，不只欲借马主导台湾民意，更要“以马制扁”，争取对台的操作空间。
也有媒体评论将美方此次的接待方式比照 2000 年，当年，美国在总统大选前也跟陈水扁也有过类似接触，锁定的对象显然都是“未来总统”。《中国时报》直指：“华府到底要马英九谈什么，扁其实心理有数；美国对 2008 总统大选会有多大影响，扁也肯定比谁都清楚。