06年 1月 5日，马英九提出改善两岸关系新构想，要“修法”迫使当局直航。马英九在接受了台湾《联合报》的专访时说，国民党将利用泛蓝在“国会”的多数优势，主动“立法”，主导政策。最晚在“立法院”下会期前，主导“两岸条例”修正，取消直航限制；若“修法”后扁政府仍拒不开放直航，将发动“直航公投”，迫使当局正视民意，订定直航政策。马英九说，这是他就任国民党主席以来，对改善两岸经贸关系新抛出的具体构想。
马英九说，国民党在县市长选举前就提出了“十全大补帖”，清楚说明“立院”党团将在本会期推动的“十大优先法案”，其中包括“台湾地区与大陆地区人民关系条例”的“修法”，取消条例中“禁止两岸直航、禁止两岸团体签署协议”等条文。目前，国民党已经在推动此项“修法”工作，不但有具体计划，也列为优先“法案”，就算这会期不能完成，下个会期也会继续。他坦承，目前面临的问题不纯粹是“法律”问题，但若“法律”问题仍阻挡在前，当然必须先排除。
从民意调查已经看得很清楚，台湾民间多数赞成两岸直航，企业界更有七成以上赞成。但对于“修法”，马英九评估并不容易完成，国民党会努力与执政党协商，就算执政党冻结“修法”过程，四个月后也会付诸表决。
马英九还拜会了国民党荣誉主席连战，就当前政治情势向其请益。马英九与连战会谈的焦点在军购与两岸关系方面。马英九说明，国民党支持合理军购，反对不合理军购，在政府财力许可下，不反对军购预算占 GDP的百分之三等。连战赞成这种作法。对于陈水扁元旦谈话中有关“新宪公投”的主张，连马都说该主张对台湾非常不利，不太可能成功。连战提醒马英九，在陈水扁元旦讲话后更要谨慎处理两岸关系，慎防元旦讲话可能带来的冲击。
1 月 13 日，马英九参加“台北新蓝海——经济管理新思维”的座谈，与远东集团董事长徐旭东对谈。徐旭东以企业的角度，向马英九表达台湾没有开放两岸直航，会减少企业竞争力。徐旭东说，许多企业对台北市的医疗、教育等政策都相当肯定，但是不来台北投资的原因就是当局没有开放两岸直航。徐旭东说，目前台北市有 91 家企业总部进驻，未来应该要有 900家，台北市的政策必须领先在前，才能和全东南亚竞争。
针对企业的心声，马英九再度重申两岸直航的必要，说甚至可以从松山机场做起。马英九还说，现在国际大趋势是国际城市必须要有城内机场；他想推动松山机场直航大陆，例如两个小时航程以内的就可以使用松山机场，这样将会对经济发展有相当大的帮助。
9 月 8日，陈水扁以“不点名”方式，批判马英九日前提出的“国民党 2008年执政，两年内一定可以马上三通”说法。陈水扁说这是非常不对，非常危险的事。对此，马英九回应说，“三通他（陈水扁）做不到，如果别人能做到，这有什么不对呢？”
随着两岸交流的日益频繁，“三通”议题也显得更加急切。马英九指出，“三通”原本就是陈水扁要追求的政策，这也是当年经发会的共识，只是陈水扁多次说要在任内推动“三通”，甚至说几年内就可以“三通”，但是都没做到。如果有人以台湾为主、对台湾有利的方式来推动“三通”，对台湾有好处，又有什么不对呢？三通危险与否，其实是设计的问题，他反问“跟大陆做生意危不危险呢”？
9 月 15 日，马英九说，希望民进党新当选的党主席能用更宽宏的视野、务实的态度，面对两岸事务。他说，不管谁当选民进党新任主席，他都希望其以宽广的视野、务实的态度，面对未来的挑战，特别是在两岸关系上，应该要把台湾带出去，而不是萎缩下去。
此外，马英九还说，要避免朝野恶斗，必须先找些共同关切的议题，这些议题并非一定是政治议题，只要能促进政党良性互动，或是讨论如何让政党更廉洁，如何避免选举贿选，他都愿意与民进党新任党主席好好讨论、交换意见。对于游锡堃当选民进党主席，马英九说，希望游锡堃可以和国民党一起催生“政党法”，也请民进党一起为防贪防腐尽力。
反对日本占领钓鱼岛、参拜靖国神社马英九多次在各种公开场合谴责日本侵略中国的罪行和日本领导人参拜靖国神社，声讨日本占领钓鱼岛，与李登辉、陈水扁对待日本的暧昧态度截然不同，赢得了绝大多数台湾和海外华人的赞赏和支持。
2001年 8月 19 日，马英九以酒会欢迎来访的日本国会议员时，就日本首相小泉参拜靖国神社事与日本右翼议员展开舌战。日本右翼参议员田村秀昭说，日本与中国在 1988 年缔结友好条约时，开宗明义即说两国互不干涉内政，中国抗议日相参拜靖国神社即是干预内政，日本在战后的外交过分软弱，面对中国太过委屈求全。他辩称，外界对靖国神社存有误解，“靖国神社不是军国主义的庙”，而是供奉为国牺牲的人。至于其中包括 14 名二次大战甲级战犯，他说这是日本战败后国际法庭定的罪。不管是甲级战犯还是普通战犯，都是为了国家。
马英九说，上周他在日本访问时，媒体最关心的是小泉首相要不要参拜靖国神社。他在日本英文报“日本时报”社论上看到两个观点，使他对这个问题有了更深入的了解。第一个观点是，1944年的夏天，日本参谋本部已知道不可能赢得战争，但仍继续准备战争，以致日本军民受到很大的伤害，包括后来广岛和长崎被投掷原子弹。从这个观点看来，日本也是军国主义的受害者。他说，亚洲有些国家对小泉参拜靖国神社一事反应激烈，你们说是干预内政，但日本时报社论说，这些反应较激烈的国家如果是受害国，那就不算干涉内政。
研究钓鱼岛问题超过 30 年的马英九，2002年 9月 29 日，在接受台湾电台节目专访时指出，日本从未合法取得过钓鱼岛，不论从历史、地理、地质或国际法来看，钓鱼岛都是中国的领土。马英九指出，日本不可能永远占领钓鱼岛。他希望岛内年轻学子关心钓鱼岛被侵占问题。
针对李登辉日前大放厥词，说“钓鱼台列岛是日本领土”，引发岛内外华人社会的同声挞伐。马英九说，他不太了解李登辉为何会说钓鱼岛是“日本领土”，而历史事实却很清楚，“钓鱼岛跟台湾是一体的”。他说，地质上钓鱼岛是台湾大屯山的延伸，明清两朝都将钓鱼岛纳入海防范围。钓鱼岛目前由日本实际控制，但不代表钓鱼岛主权归属日本，日本从未合法取得归属权。现代年轻学子不太了解钓鱼岛事件，他很希望对钓鱼台的关心可以继续传承下去。
2003年 9月 27 日，马英九参加由东吴大学、“中国国际法学会”、“中华比较法学会”共同主办的“第二届钓鱼台列屿问题学术研讨会——历史发展与法律地位”中，又以“钓鱼台列屿争议的回顾与前瞻”为题发表演说。在演讲中马英九强调，钓鱼台列屿并非如日本所称的“无主之地”，从历史史迹上来看，中国不仅经常使用而且也将之纳入了海防，有许多“斑斑可考”的证据。不论从历史、地理、使用及法律的角度检讨，钓鱼台列屿都是台湾固有领土，日本虽趁 1895年甲午战争割台、清廷无力因应之时，一举窃占，但战后日本与中国订定中日和约，钓鱼台自应与台湾一并归还，且依据明代奉使日本郑舜功所蓍的《日本一鉴》，钓鱼台自明代即被视为台湾的附属岛屿，与台湾有极密切的关系。
他说，钓鱼台列屿主权归属争端的解决之道，应以“谈判交涉”为长期、且较可行的方法，但谈判不能只限于渔权，也应谈及主权；同时，争取钓鱼台列屿主权也有待历史条件成熟，但应该设法让此一问题继续维持在争议状态，以利未来时机成熟时解决，而且无论台湾民众的“统独”立场与意识型态如何，都应该对钓鱼台的主权、渔权、矿权力争到底。
2005年 10 月 23 日，马英九参加一场电视节目录影时，面对渔民代表提问，马英九再次指出，钓鱼岛本来就是中国的，面对日本进行渔业谈判时，台湾当局对钓鱼岛主权的态度必须坚定，这样渔权才会有希望。日本以钓鱼岛为基地，将经济海域划设出去，几乎把台湾所有岛屿都纳入；台湾渔民到钓鱼岛附近捕鱼，常受日本干扰。因此，渔权与主权无法分开。
对于日本首相小泉纯一郎再度参拜靖国神社，挑战日本的和平宪法与司法判决，马英九说，台湾应正式向日本表达严正抗议。日本军阀当年发动侵华战争，同胞死伤数千万，财产损失不计其数。这些伤害同胞的日本军人，尤其是各级战犯也入祀靖国神社。亚洲许多其它国家曾在二次世界大战中，受到日本同样的伤害，当小泉纯一郎再度参拜靖国神社，中国大陆及韩国都向日本表达严正的抗议，台湾也应该向日本抗议，才对得起死伤的同胞。
2004年 7月 07 日，纪念“七、七抗战”六十七周年，台北市举办了“台籍志士抗日回顾展”，这场回顾展由台北市文献委员会举办，选在日军受降所在地中山堂，共展出八、九十幅珍贵历史照片，回顾日据时代岛内和抗战时期大陆地区的台籍志士抗日运动，时间轴线自公元 1895 年马关条约签订后，历 1937 年7 月 7日日军大举侵华，至 1945 年台湾光复，共分为“反侵略之武力反抗期”、“争民权之民族运动期”及“祖国抗战、台湾光复”三个单元。
马英九参加了开幕式，并一一参观展出照片。马英九出席开幕典礼时表示，现在纪念“七、七抗战”的人愈来愈少，但台北市政府不会忘记这个伟大的日子。“错误可以原谅，但历史不能忘记”，希望大家能在尘封多年的照片中，重新回顾当年台籍志士奋勇抗日的可贵一页，记取历史教训。
2005年 10 月 25 日，马英九在台湾《中国时报》发表“纪念台湾光复一甲子——重温先贤典范，再造台湾精神”的专文，马英九在这篇纪念台湾光复的文章中回顾了甲午战争后清政府割让台湾的历史，并说，为了纪念台湾光复 60 周年，从九月起，在国民党中央党部左右外墙上挂上台湾抗日先贤的巨像，并将以连续更替的方式延续下去，他们是蒋渭水、李友邦、罗福星、莫那鲁道、林献堂、连雅堂、赖和、张我军、杨逵…等等前辈。他们代表了日据时代台湾精神的开创者，在光复节的这一天，我们有必要重温典范，再造时代精神。
他在接受采访时指出，国民党执政时代，对于罗福星、蒋渭水这些台湾先贤先烈，有些给予褒扬、有些颁发旌忠状、有些还为他们建造纪念馆，不过时间久了，大家渐渐遗忘，这次趁着台湾光复六十周年、甲午战争一百一十周年的机会，让大家重温这些历史。他强调，当年台湾这些抗日志士也是领导国民革命的先贤先烈，换句话说，他们与大陆的革命先烈同期呼吸、同起脚步，彼此没有差别，因此他特别用这样的论述方式呈现。马英九说，有些参加抗日运动的人，在“二、二八事件”或白色恐怖期间遭受不公平或不当待遇，国民党在适当场合也曾公开道歉，希望一方面还原历史真相，一方面达成双方和解，更能彰显国民党与台湾非常密切的关系。
马英九在文章中说，台湾被迫与大陆分离，实际上两者的生命之旅从未切割，两岸志士仁人始终相互支持，并肩作战。日本据台的第二年，兴中会即在台湾成立分会，台湾前辈不仅反抗日本统治，同时直接参与国民革命，在打倒帝国主义和殖民主义的目标上，台湾和大陆并不存在界线。台湾光复在台湾历史上是非常重要的日子，但台湾的执政党却什么都不纪念，“好象想忘掉一样”，是不对的；历史总是历史，不能忘记，一旦忘记历史，就会做出许多“荒腔走板”的表现。
2005年 10 月 28 日，马英九冒雨参加台湾光复六十周年系列之一的“水祭钓鱼台”活动。这天，霏霏细雨中，暌违已久的《台湾光复歌》再次响起。在马英九的带领下，台北各界于中山堂广场光复纪念碑前隆重纪念台湾光复 60 周年。
马英九在致词中回顾了甲午战争之后清政府割让台湾以及钓鱼岛的历史。他指出，历史证明，钓鱼岛历来属于中国领土，当年钓鱼岛与台湾一起被日本占据。台湾光复，钓鱼岛自然应该回归中国，绝不能对日本退让。
马英九说，台北六年多来持续关心慰安妇、台籍日兵、七七事变、台湾义勇队