为了全面提升台北市的投资环境，马英九强调，“市府”除了积极将台北市打造成为无线宽频的网络新都外，也致力推动电子化政府，包括教室计算机、提供免费电子信箱、免费上网训练等措施。目前台北市 91 万户家庭中，88％ 拥有计算机、84％ 使用网际网络、宽频网络接取率 64％，台北市更预计两年半后让全市成为全球第一个无线城市。
台北市拥有丰沛的人力资源，包括大学院校二十七所、MBA 人数亚洲第一、生物科技产业发达、相关研究机构都设在台北等，台北市拥有的条件可谓“天生丽质难自弃”。尽管具有多项优势条件，马英九同时也点出台北市投资环境面临的困境。首先，他说，全球都在进行区域经济整合，但台湾在区域经济中的地位，已有被逐渐边缘化与疏离的趋势，尤其东协和大陆、日本和韩国未来陆续签订“自由贸易区协议”，一旦台湾被边缘化，后果很严重，一方面台岛的货物进入大陆，会有比较高的关税，另方面可能迫使台商出走大陆，对台湾非常不利，他对台湾未来在经济上可能被边缘化的危机感到十分忧心。
“三通”迟未开放对产业发展相当不利，马英九说，主张“三通”不是爱大陆、反台湾，也无关“统独”问题或政治考虑，完全是为了吸引国际大厂。台湾要成为亚太营运中心，就不能不“三通”，只有“三通”才能节省企业成本，才能达到“深耕台湾、布局全球”的目标。他也重申开放松山机场成为两岸直航机场的必要性。他期待通过当局与民间的努力，让台北及台湾更茁壮。
11月 4日，美国密西根大学政治系教授李侃如访问台湾，在会见马英九时，李侃如对未来两岸的关系说担忧，马英九也说，“促谈”是两岸须努力的目标。会面后，马英九转述两人会面的内容时称，李侃如说，从去年十二月美国总统布什在白宫接见中国总理温家宝，以及美国国务卿鲍威尔上周在北京发表的谈话，都可看出美国对台湾态度的转变。提及两岸问题，马英九说，李侃如相当关心未来两岸关系是否会持续停滞或恶化，因此他说“促谈”是双方必须努力的目标。无论如何，两岸都应努力促谈，“即使是谈小事，也好”。他说，李侃如相当赞同这个观点，并担心两岸一旦“擦枪走火”，将处于无法收拾善后的情势。
2005年 6月 15 日，马英九在一个公开活动中致辞时说，希望两岸能够尽快开放直航，这将鼓励外商来台北成立亚太营运中心，对台湾经济发展有正面助益。两岸如果开放直航，台北和上海可当天往返，节省商界时间；更重要的是，一旦“三通”，将有利跨国公司来台成立营运中心，制造业、出版、娱乐等都能以台北市为据点，为台湾带来商机。
8 月 8日，马英九在与媒体茶叙时，谈到谢长廷表态同意开放台湾飞机飞越大陆空域时，说这条政策明显是“水果逼出来的”。在当前民意压力下，台湾当局的两岸政策不得不松动。马英九说，这并非坏事，“下次蓝军跟大陆谈更进一步的，绿军再跟进，把‘三通’带出来，我觉得这是好事情。”马英九指出，台湾今年第二季外贸出超只有 4亿美元，若绿色执政把台湾带入逆差时代，在历史上的评价就非常严重。他反问，若因经济被边缘化，台湾无法成为亚太营运中心，当地市场又这么小，外商何必留在台湾？
9 月 9日，马英九在接受《洛杉矶时报》专访时指出，大陆对台政策展现出了“软的更软，硬的更硬”的务实作风，而他则会尽一切努力，使两岸走向和解的道路，使两岸人民享有永久的和平。马英九解释道，软的方面，指取消台湾水果输往大陆的关税、降低台湾学生在大陆就读学费、开放大陆民众来台观光等，使两岸经贸往来更加紧密；硬的方面指大陆在原则方面，更坚决地反对“台独”。马英九强调，连战的“和平之旅”证明，只要搁置争议，两岸有很大空间创造双赢的局面。他还说，胡锦涛总书记在抗战胜利 60 周年纪念活动讲话时，肯定国民党在对日抗战中的表现说明，两岸关系的改善“可见一斑”。他说胡锦涛的讲话“令人印象深刻”，他会尽一切努力，使两岸人民永享和平。
10月 20 日，马英九在台湾工商协进会“公亮纪念讲座”发表演讲时，再度呼吁尽快实现两岸“三通”。马英九说，很多年前他就说台湾可以成为台商的全球营运中心，以及外商的亚洲营运中心。现在，台湾仍有优势，但想要走ＩＴ设计等研发路线，当前人才却显不足，所以台湾应该与全球包括大陆相通，人才要通、交通也要通，台湾才能与世界竞争。
他说，美国、欧洲在台商会的会员一直在减少当中，因为这些商会说，如果两岸不“三通”，没有良好的竞争力，台湾对外商来说将只是本地市场，而非区域中心。马英九强调，他说的这些，是考虑到什么对台湾最有利，以及以台湾为主的出发点，完全没有任何政治考量。希望当局能为加强台湾的竞争力而努力。
改善两岸关系的新构想不久，马英九在国民党中央党部接受了香港有线电视专访。在专访中，马英九强调，目前唯一能够将台湾低迷的经济拉出谷底的，就是全面跟大陆做生意。他说，中共在两岸问题上比以往富有弹性，尽管两岸价值观有不同之处，但更应因此加强沟通。
马英九回答记者提出的问题时说，从感觉上讲，胡锦涛总书记的做法更务实。“像他跟连（战）主席达成了 5项共同愿景，我刚从报上看到时都吓一跳，那些承诺是蛮大的。因为共产党在大陆是执政的，国民党在台湾是在野的，国民党承诺的东西，其实并没有真的算数，但是共产党讲了的是要兑现的，那是不容易的。”
马英九说，事实上大陆这几年也在改变，比如说现在基层也开始有选举，开始重视法治。事实上通过往来，反而会使得双方更了解，降低两岸敌意。统一是一个更高层次的问题，要到了双方交往到一定程度之后，这个问题才会出现。现在大陆关心的是台湾不要搞“独立”，并没有催促台湾去统一。
至于两岸何时才能实现三通，马英九说，在陈水扁任内很难实现，因为民进党当局只是在这里拖，台湾的商机、生机也因此越来越糟糕。例如，去年在台湾的股票市场新上市的公司有 38 家，今年只有 8家，其它的公司，都跑到了香港去上市。原因就是他们对台湾的股市兴趣越来越低。马英九忧心地说，台湾的对外贸易也开始在萎缩，竞争力受到影响。可是民进党执政者似乎不以为意，只是一味地觉得，跟大陆方面不能有太多的往来，否则就被吃掉，或者会变成一个黑洞被吸进去。其实这些想法似是而非，并不能够解决台湾的问题，只会让台湾越来越萎缩。
他说，台湾的资金、技术，大陆实际上都有了，台湾现在应该利用靠近大陆这个非常有利的地理位置。反观民进党的政策，却使得台湾变成东亚的边陲，把自己好象搬到关岛的位置一样。如果台北直飞上海的话，只要 80 分钟，实际上现在去一趟上海，要六七个小时。但他信心十足地指出，希望打造一个正派清廉、改革、有竞争力的政党。放下国民党统治年代的包袱，承认过去的错误。只要国民党在 2008 年重新执政，两年内一定“三通”。“我们实在想不出来，有什么不做的理由。”
马英九说，利用大陆的市场、土地、相对廉价的劳工，能够让台湾的企业发展。如果“三通”实现的话，台湾就可以变成台商的全球营运的中心，然后又可以变成外商的亚太营运中心，也可以变成一个全球集资中心。他说，台湾去年有360 万人次到大陆，现在住在大陆的台湾人就可能接近 100万，这样大的量已经发生了。“有人担心台湾人去大陆的速度变快会不会有更多人去？其实如果大陆对台湾有吸引力的话，就算把台湾摆到美国去他还是会去呀。我们倒是希望能够利用比较近的距离，把台湾壮大。”
他还说，如果将来国民党执政之后，一定会开放两岸学生的交流，让学生在比较年轻的阶段，就可以去了解同样是中国人，为什么想法会有不同。“我说句良心话，其实想法并没有那么不同，人对很多价值的看法，应该都是一致的。”
年底，国民党在台湾地区“三合一”选举中大胜，对于陈水扁选前曾说的“泛蓝胜选，可能紧缩两岸政策”，马英九说，他至今还搞不懂陈“总统”的逻辑，大家也都搞不懂，“所以没有太多人注意”。他还说，两岸“三通”不但有迫切性、还有必要性，为了台湾的未来，扁当局应该逐渐放宽两岸政策。马英九说，民众不必在意陈水扁在选举时说过什么话，因为他以前也曾在两次“总统”大选时强调在其任内绝对不会调军公教 18％，可结果呢？“陈‘总统’恐怕连自己讲过的话，都不会太介意！”
至于台湾未来该走哪一条路，马英九说，未来政府不管实行什么政策，第一要以台湾为主，第二是要对台湾有利；就像现在的两岸政策摇摆不定，并无助于台湾。他说，陈水扁的两岸政策在第一次经发会时就已确定为“积极开放，有效管理”，结果陈水扁并未遵守，所以，根本没必要再开第二次经发会。
台湾是东亚地理中心，地位非常有利，旁边就是全世界最大的消费市场与世界工厂，有这样的优势应该好好运用。从台湾到大陆，坐飞机只需三小时，可是因为扁政府不开放，导致飞机去一趟要花八小时，“就好象把台北搬到雅加达去一样”，不符效益。
马英九呼吁，为了台湾的未来，扁政府应该逐渐放宽两岸政策，“三通”不但有迫切性、还有必要性，“去大陆还是可以爱台湾，这不冲突！”他说，台湾必须抢占大陆市场与资源，如果政策早日开放，台积电可能已经变成横跨两岸的半导体霸权。很多厂商都告诉他，光靠台湾不可能成为一方之霸，必须到大陆投资、扩大规模。扁政府太强调意识形态，画地自限，这样会害死台湾。“我们都爱台湾，但光爱台湾不会有真正的发展，必须采取对台湾有利的政策才行！”
对于“内阁”改组如何符合台湾民众期待的问题，马英九 12 月 15 日指出，目前民进党的改革，最重要的关键不在人而在于政策问题，因为政策错了，找谁来也无法解决问题，只要政策对了，再找能力好的人来执行，才能挽救台湾的经济，让会让民进党有所为，否则只是单纯的人事变动，未来还是会有很多问题。
马英九说，民进党政策最大的错误，在于没有认识到，经济和两岸问题才是目前台湾遭遇到的最大困难，如果未来两年半这方面没有突破，台湾的经济只会愈来愈往下滑，高雄就是一个例子，因为两岸直航没有开放，使得高雄港不能成为揽来大陆货运的转运港，这不是唱衰，是因为没有竞争优势，所以没有开放两岸直航让台湾货轮到大陆揽货，高雄港处境只会越来越困难，因此，民进党改革不是靠人可以改变的。
12月 17 日，马英九在接受电台主持人访问时，直批台当局“不开放三通是不明智政策”，并预测，未来几年台湾不可能有很大的发展。马英九举例说，台北飞到上海本来只要一小时，可现在到上海却要六七个小时。他批评当局不开放三通的做法，是自我设限，等于把台北到上海的距离拉得很远，比印度尼西亚首都雅加达到上海的距离还要远，非常不智。马英九说，如果民众到上海能够像到高雄一样近的话，根本不用把家搬到上海去；并且，现在很多产业困在台湾，外商又进不来，形势不利。继而他话锋一转，“一切等政党轮替，再说吧！”
针对陈水扁 06 年的元旦谈话文告提到两岸的经贸“政策”，将会是“积极管理、有效开放”，对于这样的思维，马英九 4号说，他很担心台湾能否承受得起未来两年的空转？执政党等于是退回到自己的堡垒。国民党“立委”朱凤芝则批评，陈水扁从自闭症转为恐惧症：所谓的“积极管理、有效开放”，说穿了只是在玩文字游戏，因为开放的市场怎么管得住？且看股市一片下跌惨绿，代表两岸关系已经出了问题，在民意普遍希望两岸和谈、朝野和解、优先拼经济的时刻，当局不应倒行逆施、逃避现实。
06年 1月 5日，马英九提出改善两岸关系新构想，要“修法”迫使当局直航。马英九在接受了台湾《联合报》的专访时说，国民党将利用泛蓝在“国会”的多数优势，主动“立法”，主导政策。最晚在“立法院”下会期前