在回答“未来两岸关系会和连战的做法有什么差异”时，马英九表示，应该是一样的，连主席跟胡锦涛总书记所达成的五项愿景，实际上几乎把我们长期的主张都涵盖进去了，在此之前，我们内部大致都有讨论过，所以大方向是一致的，我们有时候甚至还感觉到连主席所达成的愿景超过了我们的想象。例如和平协议，因为“像这样的承诺其实就比撤除飞弹要更有实质的意义”﹔同样经济方面，大陆愿意跟我们谈共同市场。我觉得大陆愿意做这样的承诺很不容易，因为连先生是反对党的主席，他做的承诺不执行，他并没有什么责任﹔可是胡锦涛先生是中共的总书记、国家主席，他做的承诺是要兑现的。换句话说，连先生帮现在的“政府”做了一个球，就看看它要不要去打，如果它不打，等到我们执政，我们还是要去打的。机会之窗是打开了，就看你要不要去用。
对于被称为“不沾锅”，马英九说，“我做人也很有原则，我 4月 3日就宣布，确实有些‘锅’是‘不沾’的，黑金我不沾、酒色我不沾、‘台独’我不沾﹔哪些锅我是沾的﹖改革我沾，团结我沾，‘爱国’我沾。”
谈到当选后如何面对未来，马英九指出，“国民党过去被人家认为有黑金色彩，以致于 2000 年败选。连主席上任所提出的‘排黑条款’（有黑金色彩者不予提名）我会继续推动，会推广到其它领域，譬如选举我们就不用传统的请客、吃饭，不要变成主要的方式，也不要送礼，民智已开，这次选举你可以看得很清楚。从这些地方都可以慢慢了解到时代在变、环境在变、潮流也在变，我们今天不变，明天就后悔。”
随着国民党在此次台湾地区“县市长选举”大胜，马英九的政治能量也大涨，美国对这位国民党新领导人表达“高度兴趣”。据透露，选前美国方面透过国亲两党“驻美代表”袁健生力邀马英九于“县市长”选后“访”美。美国希望马英九 06 年初访美。马英九将于 06 年农历年后、2 月间访问英国，拜会英国政要、参访剑桥大学等。
当马英九 05 年 7月中旬旋风式赢得国民党主席选举后，美国也看好马在 2008年的未来性。相关人士不讳言，民进党这次“三合一”选举败选后，马英九在美国方面的评估中，份量更形重要，已用未来可能的台湾领导人来看待马，并透过袁健生向国民党表达高度欢迎马英九访华府。但由于不喜美方积极游说军购态度，马英九私下也对幕僚提及，美国希望邀请他访问华府，恐怕“醉翁之意不在酒”，还是希望能游说军购案成功，因此马对美国行的兴趣始终不大，远不如美方的殷殷盛情。
马英九对军购是不赞成的。05年 12 月 26 日，马英九接受美国之音专访时，就台、美、中关系表示，美国对两岸的政策，从二十世纪七十年代“上海公报”以来，一直延续至今，变动不是很大。美国扮演平衡的角色，而台湾最好的角色就是维持现状。马英九说：“因为它必须要采取一个中国的政策，中共才会跟它打交道，不然的话，中共不会跟它和解。但是，它这一个中国的政策又不能伤害到台湾的利益，因为毕竟台湾是一个比较自由、比较民主的社会。所以它一定要采取一个兼顾两面的政策。当台湾在独立的问题上太强烈的话，美国就会希望台湾收敛。同样的，美国如果觉得中共方面在动武的意图上表现太积极的话，也会给它警告。美国扮演的是一个 balancing（平衡）的角色”。“
美国这一政策符合美国在东亚地区的总体战略考虑。而美国在东亚地区的战略重心，是围绕着如何同时保持与中国和日本两个国家的友好关系。与此同时，中国大陆近年来的变化，也深深影响美中关系的演变，进而影响到美台以及两岸关系未来的发展。
中国的经济发展对美国来讲有非常重要的意义，而全世界都不可避免要跟那十几亿人做生意，但是在政治上，中国大陆还没有办法跟美国相比，军事上也没有办法相比。美国不可能忽略中国大陆未来的发展，而中国大陆对美国的态度，也不是那么推心置腹，因为它总觉得美国想要当世界的霸主。所以，一方面中国自己表示是和平崛起，也不会有任何霸权的想法；另一方面，又担心美国对它有某种程度的防堵。但是，大家都至少在表面上展现出一定的自制，因为美国和中共维持一个和平的关系，对东亚的安定非常重要。
马英九认为，当中国大陆经济力量越来越庞大的时候，它的军事力量也越来越强盛，对美国当然会造成一定程度的威胁。可是，没有人能够想象，如果这两个国家陷入战争，对这个世界会造成什么样的后果。而台湾是美国和中国最有可能发生战争危机的起因，因此，“台湾在台海局势中扮演着至关重要的角色”：“我们现在认为最好的角色就是维持现状，既不要追求立即的统一，也不要追求永久的分离。在这样的一个情势下，对台湾最有利，也符合各方的利益。”
马英九就两岸关系等问题发表看法时，再次重申了他的态度，他认为，台湾如果要在两岸关系上取得主动权，需要采取恢复两岸协商、签署和平协定、扩大经贸往来等三个步骤。马英九重提“不独不武”：“很多人都主张过的，主要就是维持现状；大陆不武，台湾不‘独’，台湾不搞法理‘台独’，大陆不进行军事进攻。”要维持这样的情势，势必要有一种协定。他不排除今后两年两岸签署中程（过渡性）和平协定的可能性，但指出这恐怕需要一段时间。而目前首先要做的是开放三通，让两岸关系从经济到政治，稳步发展。
马英九也表示，应该有更多的大陆民众来台湾，了解台湾政治的民主、经济的繁荣，然后才能够建立一种友谊。他说，“台湾的安全不能光靠武器，应该透过政治的手段，透过文化的手段，透过艺术的手段，来化解双方的敌意，我觉得这才是最高的境界。”
05年 9月 5日，马英九在接受外电采访时表示，他将尽“一切的努力”结束两岸 56 年来的分裂状态。他正面评价中共中央总书记胡锦涛为改善两岸关系采取实际的行动。例如：废除台湾水果输往大陆的关税和调降台湾学生就读大陆大学的学费。马英九说，上述的政策正逐步拆除两岸间的藩篱。这是马英九接任拥有 110年历史的中国国民党主席以来首次接受外电媒体访问，这位被美联社称为“深具魅力”的“市长”表示，他要证明他有能力把 1949 年分裂的台湾和大陆“带向和解的道路”。
马英九称两岸关系终极目标是统一。12月 21 日，身兼国民党主席的台北“市长”马英九，在接受美国《新闻周刊》国际版专访时回应有关两岸统一时间表的问题，他表示，国民党终极的目标是统一，但目前时机尚未成熟。马英九说，民进党受限于他们的意识形态，必须与大陆保持距离，导致怯懦、保守。如果国民党能重新执政，会在两年内开放与大陆直航。这一点对于台湾的经济相当关键。对台湾而言，最重要的就是要增进贸易和投资以及纾缓两岸关系。有关统一时间表的问题，马英九强调，对国民党而言，终极的目标是统一，但是没有时间表；目前我们也不认为任何一方已准备好要统一，时机尚未成熟。对于是否有“台湾和中国两个各自独立的国家并存”的可能，马英九坚定地认为，这非常不可能。
力主两岸实现“三通”
“三通”是海峡两岸间通邮、通航、通商的简称。早日实现直接、双向、全面“三通”，符合两岸同胞的切身利益和根本利益。 1949 年以后的 30 多年间，由于台湾海峡两岸处于军事对峙状态，两岸人员往来和通邮、通航、通商全部中断，两岸同胞处于隔绝状态。1979年元旦，全国人大常委会发表《告台湾同胞书》，为有利于两岸同胞互通讯息，探亲访友，旅游参观，发展经济、文化等各方面的关系，首倡两岸“双方尽快实现通邮，通航”，“发展贸易，互通有无，进行经济交流”。从此，祖国大陆方面为实现两岸通邮、通航、通商（“三通”）进行了不懈努力。
1987年 11 月，台湾当局决定开放台湾同胞赴大陆探亲，受到大陆方面的欢迎，长达 38 年之久的两岸同胞隔绝状态终于被打破。此后，两岸人员往来和经济、文化等领域交流的开展，推动了“三通”进程。两岸“三通”从无到有，在邮政、电信、航运、贸易、投资、金融等方面都取得了不同程度的进展。两岸直接“三通”的技术性、业务性问题均已解决。但由于台湾当局的限制和阻挠，两岸“三通”仍然处于间接、单向、局部的状态。
十几年来，两岸关系历经坎坷、曲折，但是人员往来和经济、文化等领域的交流始终保持发展的势头，推动两岸“三通”进程展现新的前景。这充分说明两岸同胞同宗同文，有着不能割舍的民族感情，有着愈益深厚的共同利益。两岸人员往来和经济、文化等领域的交流创造的丰硕成果，使得实现直接、双向、全面“三通”具有厚实的基础和内在的动力。台湾各界要求尽快实现“三通”的呼声持续高涨。这其中，马英九为实现两岸“三通”作了不懈的努力，但却遭到了台湾当局的极力压制。
2001年 12 月 11 日，美国“百人会”访问团拜会马英九，就两岸关系与台湾政治发展交换意见。马英九说，他很希望能赶快到祖国大陆访问招商，但在当局核准前，台北市只能在非政治议题上继续与大陆城市发展友谊，而上海也初步决定将以观察员身分参加明年在台北市举行的台北香港双城论坛。
“百人会”是由美籍华裔知名建筑师贝聿铭、大提琴家马友友、前加州柏克莱大学校长田长霖等人 1990 年在纽约创立，是一无党派、非政治性的全国组织，希望能在美国与亚洲的人民、文化、机构间发挥桥梁作用。这次来台访问团是由百人会副会长傅履仁将军率队，同行的二十多位成员中，还包括著名的纽约爱滋病研究中心主任何大一博士。
访问团团员对于台湾这次“立委”选举结果及政党关系很关心，马英九解释说，国民党“立委”席次滑落很多，未来必须深化改革，并与理念相同、有诚意合作的政党建立联盟，好好扮演对人民、对“国家”、对“宪法”效忠的忠诚反对党。针对百人会最关心的两岸关系，马英九说，两岸关系已经很脆弱，双方应该善加响应对方释出的善意。
在被问及有无访问大陆计划时，马英九笑着说，高雄“市长”谢长廷去年七月申请赴大陆至今未获准，“中央政府”还没有开放政务官赴大陆访问，但大陆城市官员却络绎不绝、有计划地来台招商，看得马英九很紧张，他也希望能有机会去大陆招商，但一切仍要等“中央”同意。
至于台北市与大陆交流的计划，马英九说，台北市乐意扮演火车头角色，在城市合作与竞争上扮演一定角色。如果台湾的城市都能找一个对口的大陆城市交流，就像台北市与上海市一样，交换彼此在环保、治安、交通、都市更新等非政治问题上的心得，慢慢建立关系，相信会有助于两岸关系发展。
2004年 6月 2日，马英九在呼应美国商会催促两岸“三通”谈话时称，美国商会已经连续第四年发出台湾应该尽速“三通”不然台湾将被边缘化的谈话，但在过去 4年台湾当局没有响应，展望未来四年也不乐观；马英九批评称，两岸不通，已使美国商会在台会员逐渐流失，并且这样的发展，受害的不仅是外商，还有台湾。马英九说美国商会的这次谈话非常沉痛，不知道台当局听不听得进去。马英九并强调说，两岸直航是根留台湾布局全球的最大利基；他说，过去三年多次呼吁两岸直航但都很容易被扣上“红帽子”，现在美国商会的谈话很客观。此外，马英九还提议以台北松山机场和上海的虹桥机场作为两岸直航机场，这比桃园机场经港澳到上海浦东机场来回可节省 4小时。
9 月 8日，马英九出席“台湾论坛”，以“台北市投资环境”为题发表演讲。马英九说，台北市虽具有地理位置、人才资源、基础建设等多项优势，但台湾在区域经济体中逐渐被边缘化、当局未开放“三通”是未来发展的隐忧。他强调，主张“三通”无关“统独”问题或政治考虑，完全是为了吸引国际大厂，台湾应该在维持尊严及两岸对等关系之下开放“三通”，才能达到“深耕台湾、布局全球”的目标。
为了全面提升台北市的投资环境，马英九强调，“市府”除了积极�