面临的严峻挑战和考验马英九当选国民党新一任党主席，预示着国民党开始进入“马英九时代”，连战确定的大陆政策仍将得到贯彻，但泛蓝能否整合、2008年泛蓝军能否夺回执政权尚有待观察。
一、马英九当选是其形象与实力、国民党基层党员强烈要求夺回执政权心态的必然结果。
实力雄厚、人脉丰富的王金平发起猛烈的组织战攻势，国民党主席连战及多数中常委、亲民党主席宋楚瑜等泛蓝重要人物支持王金平，但马英九仍然高票当选，原因是多方面的。
首先，坚强实力、清新形象和改革魄力是马英九胜选的根本因素。马英九连任二届台北市长，是国民党内唯一一位击败陈水扁的“英雄人物”，被泛蓝军称为“人气王”、“超级政治明星”和“国民党东山再起的期盼”。马英九自从政以来，形象清新，人格操守受到各界肯定，赢得多数党员、尤其是女性党员的支持。马英九承诺当选后组织青年团，任用年轻人担任国民党副主席，对年轻党员具有很大的吸引力。马英九自今年宣布参选以来的民调一直领先王金平，多数泛蓝军支持者支持马英九 2008 年参选“总统”，就是最好的说明。
其次，国民党基层党员强烈要求改革、夺回执政权的心态，是马英九当选的重要因素。国民党这个“百年老店”，弊端重重，组织涣散，影响力与整体实力逐年下降。尤其是国民党连续两次在“大选”中失败，即使“连宋配”也难逃失败命运。国民党基层党员期待国民党权力机构“世代交替”，渴望国民党改革，为“百年老店”展现新气象，最终在 2008 年东山再起，夺回执政权。马英九一贯主张国民党改革，扫除黑金，予人开拓进取的形象，给泛蓝选民以“2008年总统选举胜选”的希望，符合泛蓝选民的需要。《联合晚报》评论文章认为，夺回执政权是“泛蓝选民的钢铁意志”，马英九的魄力与形象吻合这个工具角色所应具备的条件。事实上，马英九不只在台湾北部大胜，在“本土意识”强烈的中南部也遥遥领先，甚至在王金平的老家高雄县也有 3500 多票的优势，充分说明在“改革、胜选”的总目标下，国民党基层党员不分地域、不分省籍支持马英九。
再次，国民党党员结构对马英九有利。国民党约 105万党员中，台湾南部党员只占党员总数的三分之一，而中部、北部的党员占三分之二。更主要的是，约19万坚决反对“台独”的黄复兴党部党员被视为关键票源。
第四，王金平形象不如马英九，“不排除‘台独’选项”的言论又得罪了深蓝选民，而他所擅长的组织战战力相当有限，是王金平败选的重要原因。王金平十度连任“立委”，三任“立法院长”，善于与岛内各党派、地方派系打交道，被称为“唯一一位能受连战、宋楚瑜、李登辉、陈水扁接受的政治人物”。而王金平自选战开打以来走上层路线，主打传统的组织战，依靠地方派系，给人更多的是“守成”的形象，离泛蓝选民的要求相差甚远。国民党失去政权后，不再有足够的资源供养传统组织，见风使舵的国民党地方派系不少倒向民进党。在中南部民进党执政县市，国民党地方派系更形同瓦解。与此同时，基层国民党员自主性迅速抬头，派系运作作用有限，不愿听命党中央的指挥棒。另一方面，王金平“成功策动”三位外省籍大老、百余名将领力挺，看好度迅速升高，激起挺马群众的危机意识。此次选举投票率是 50。17％ ，而黄复兴党部投票率高达 70％，正好说明了这一点。
二、国民党即将进入“马英九时代”，但马英九处理党务的能力面临考验，党主席权威面临一系列挑战。
坐拥台北“市长”的行政资源，背靠国民党机器和国民党资源，尤其是坚强的民意支持，马英九在 2008 年泛蓝“总统”参选人提名战中抢得先机，形同通过 2008 年“总统”选举党内初选。
现阶段出于“安定”的考虑，马英九留任现任副主席，高层党务人事不会有大幅度变动，但未来势将对国民党权力结构进行重新洗牌，中常委、一级主管，都将在马英九的主导下重新任命或改选。国民党将因“世代交替”更加年轻化，以马英九为核心的权力运作核心将随之诞生。不过，马英九面临一系列挑战。除年底县市长选举泛蓝内部的协调、党产的处理、党工工资和退休党工的安置及国民党债务偿还等问题外，最主要的是如何处理与连战、宋楚瑜和王金平的关系。马英九整合泛蓝、夺回执政权的道路将非常艰辛。
三、王、马选举心结与裂痕不可低估。党主席选举期间，王马双方阵营竞争激烈，所谓“君子之争”演变成相互揭短甚至人格攻击，王马积怨很深。选后，王金平对马英九避而不见，坚称“追随连战脚步担任国民党终身义工”，批评马英九的七次道歉“没有诚意”，拒绝马英九提出的“王金平担任国民党第一副主席”和“王马共治”的主张。李登辉、台联党则一再挑拨离间，煽动国民党分裂。未来王金平是积极与马英九合作，实现“王马共治”，还是消极抵制，甚至以“立法院”为核心与马英九抗衡，目前都很难说，但国民党分裂的可能性不大。王、马两人非常清楚，合则两利，分则两害，国民党前几次分裂的结果，都证明了这一点。
四、“宋马情结”不利泛蓝整合，但马英九成为高票当选的“泛蓝主”，客观上增加了泛蓝整合的动力。宋楚瑜与国民党新当选的党主席马英九都是“外省籍的政治明星”，但“瑜亮情结”越来越重，这客观上不利于“国亲合并”工程的推动与泛蓝军的整合。早在 2002 年底台北“市长”选战期间，马英九婉拒宋楚瑜站台，并拒绝为亲民党议员候选人辅选，亲民党对马英九心结难解。2004年“总统”选后，马英九反对激烈的街头抗争，宋楚瑜毫不客气地批评马英九是“不坚持理想的失败主义军团”。此次国民党主席选举期间，宋楚瑜公开支持马英九的竞争对手、“立法院长”王金平，亲民党“立委”甚至公开帮王金平拉票；马当选后，亲民党不但不祝贺马，反而继续与王套近乎，这加深了宋马矛盾。媒体分析，由于马英九、宋楚瑜都有意参加 2008 年“总统”选举，但泛蓝的搭档人选不可能是两个外省人，因而未来宋马之间的竞争相当激烈。
但泛蓝的整合不是以宋楚瑜的主观意志为转移的，如果宋楚瑜违背客观趋势，有可能在泛蓝军中边缘化，其领导的亲民党有可能泡沫化。首先，国亲两党合并，马英九为泛蓝共主，夺回执政权，这是“泛蓝选民的钢铁意志”。宋楚瑜如果与泛蓝选民唱反调，“只能将自己及同僚一起吹落于历史的灰烬，永远蒙尘”。亲民党在 5月 14 日举行的“任务型国代”选举中遭受重挫，当选席次甚至比台联党还少，这已经给宋楚瑜敲响了警钟。其次，宋楚瑜“省长光环”不再，对亲民党的领导权威正在削弱。周锡玮等宋楚瑜的得力干将纷纷倒向国民党，亲民党瞩意的一些县市长提名人自行与国民党提名人协商，就是最好的说明。再次，前不久通过的“修宪案”中有关单一选区两票制的内容，将进一步削弱亲民党的空间，客观上将促使泛蓝军选民向国民党靠拢。第四，民进党寄望“民亲合”，瓦解泛蓝军，实现“长期执政”。但今年 2月“扁宋会”的背景不复存在，“民亲合”难以真正实现。不只广大泛蓝军支持者不满宋楚瑜立场游移，李登辉及其操控的台联党、岛内“台独基本教义派”也反对陈水扁与宋楚瑜合作。
五、国民党能否展现新气象、泛蓝军 2008 年能否东山再起有待观察。马英九当选党主席，客观而言为国民党确立民主机制、脱胎换骨带来契机。但国民党弊端重重，积重难返，马英九能否大刀阔斧推动改革，改革措施能否有效，能否得到民众认同，目前言之过早。至于新任党主席能否带领国民党夺回执政权，更受到一系列因素的制约。一是马英九能否化解党主席选举恩怨，能否得到各方的大力支持，实现党内团结，提高凝聚力和战斗力。二是能否有效整合泛蓝军，能否以改革争取中间选民。三是马英九是否能够突破“省籍魔咒”，得到中南部民众的认同。毕竟，国民党基层党员支持马英九，不等于中南部选民、台湾选民支持马英九。四是民进党 2008 年“总统”参选人的实力与策略如何。“连宋配”尚且败选，未来如果出现“分裂的泛蓝军对抗团结的泛绿军”，则夺回执政权几无可能。如果泛蓝军团结一致，尚有在 2008 年奋力一搏、夺回政权的机会。
六、国民党既定的大陆政策不会有大的改变。连战的“和平之旅”得到了国际社会和岛内民众的肯定。连战与胡锦涛总书记会谈之后发布的“新闻公报”的主要内容，列入了国民党十七全大会的决议，成为国民党的政纲和政策。连战交棒后，仍将是国民党智库的董事长，还担任国民党“荣誉党主席”。另一方面，马英九选前明确承诺，未来将按照连战既定的大陆政策“走下去”，选后又希望连战“继续指导”泛蓝的整合及国民党大陆政策的推动。
总体上看，泛蓝选民反对“台独”，要求推动两岸关系，连战在泛蓝军中具有较高的威望和影响，仍将在“马英九时代”发挥影响。连战确立的“反对台独”、“和解与合作”的路线将成为国民党未来大陆政策的基石，马英九领导的国民党仍将是岛内反对“台独”、促进两岸关系的重要力量。
当然，受限于省籍和其它一些因素，马英九的大陆政策仍有一些不确定的地方。马英九将“三民主义”作为国民党的核心价值，将“民主、和平、新台湾”作为国民党的政治路线，仍抱持“反共立场”，甚至“仿效民进党的民粹手段，煽动对大陆的不满”。未来马英九出于吸引本土选票的考虑，会否刻意加大所谓“新台湾”的论述，刻意保持所谓“与大陆的安全距离”，在推动两岸关系方面步伐有多大，会否像连战一样积极主动，目前都是一个未知数。
马英九担任国民党主席，意味着国民党进入了马英九时代。但马英九也面临五大考验。
考验一：如何化解王马矛盾。国民党主席竞选过程比较激烈，给党内团结带来了负面影响。如何做好党内整合，对马英九来说是面临的第一个考验。国民党曾经因为分裂，在 2000 年台湾“大选”中失去了台湾主政权。现在国民党又面临团结的问题，特别是马英九与王金平的矛盾，如果团结搞不好，将影响国民党今后的发展，影响年底的县市长选举和 2008 年“大选”。虽然，党内矛盾出现了缓和迹象，国民党不会出现分裂，但如何整合依然需要马英九进一步拿出诚意和智能。
考验二：如何化解党内改革阻力。马英九之所以能以高票当选，与他打出改革的旗帜有很大关系。国民党是一个有百年历史的政党，内部积累了不少问题，许多党员特别是基层党员对因循守旧的现状不满，都希望国民党进行彻底改革。马英九担任国民党主席后，必须兑现他对广大党员许下的承诺，党内改革势在必行。然而，要改革就必然牵动党内利益格局的调整，会受到旧势力的阻挠和反制，国民党的改革之路不会平坦。因此是对马英九的严峻考验。
国民党改革的议题很多，如干部的年轻化、党内选举制度的改革、党产处置、中央与地方党部精简等，这些问题的处理，都牵涉到利益调整和人员出路问题。但国民党只有通过改革，脱胎换骨，改变旧的制度、旧的模式、旧的面孔，树立创新的政党面貌，才能赢得广大党员和更多选民的认可，扩大选民基础，才有希望在台湾2008年“大选”中重新夺回主政权。
考验三：如何加速泛蓝整合。马英九要在台湾政坛扩大优势，还有许多工作要做，其中之一就是做好泛蓝整合或合并。这项工作必须在一两年显现大体的轮廓，否则将影响泛蓝 2008 年的“大选”选举。从目前来看，泛蓝政党的高层对泛蓝整合没有达成共识。然而，作为马英九来说，推动泛蓝整合或合并是必然的，因为这是泛蓝选民的期待，泛蓝如果在 2008 年之前不能实现有效的整合或合并，还是无望夺回主政权。因此，马英九肯定会挟持旺盛的人气推动泛蓝整合。
泛蓝整合困难的是国亲整合。亲民党现在还是台湾“立法院”的第三大党，而宋楚瑜对自己在台湾政坛的作为心有不甘，总想找机会再试试，因此对泛蓝整合反应消极。国亲整合，需要马英九拿出智