马英九当选国民党主席，其政治生涯从此步入前所未有的巅峰，与此同时，他也步入了前所未有的雷区。他当选的消息刚刚传出，媒体纷纷载文，称他未来面临几大挑战：首先，国民党的党内团结是他所面临的最大挑战。显然，因为这次选举，他和王金平之间，已经出现了一次“决斗”，虽然此前分析人士认为国民党有可能因此而分裂的可能大大减小，但双方较上了劲却是事实，选前国民党大佬包括马英九的父亲在内所担心的国民党分裂，仍然未能完全消除。国民党高层是支持王金平的，连战的选票投给了王金平，不仅如此，连战的女儿连惠心也将选票投给了王金平。据说国民党高层目前仍然掌握相当权力的一些人，都是支持王金平的，这对于马英九未来执掌国民党是不利的，甚至有可能成为障碍。今后，马英九和王金平阵营的合作，将会异常困难。
马英九上任后，泛蓝整合，是他的一个艰巨任务。泛蓝阵营的重要力量是国民党和亲民党，从某种意义上说，泛蓝整合，也就是国民党主席和亲民党主席之间的整合，然而，宋楚瑜和马英九之间，整合的可能性有多大？
当初，宋楚瑜和马英九之间，确实是有矛盾的。2000年，宋楚瑜要参加竞选，但李登辉坚决阻止，马英九支持连战，站在了李登辉的立场上，宋楚瑜是否会有点恼火？谁也不清楚。2002年，马英九竞选连任，宋楚瑜主动向马英九表示好感，要站出来为他助选，但被马英九拒绝。即使如此，宋楚瑜还是自己站了出来，甚至公开下跪为马英九拉票，舆论称宋楚瑜打悲情牌。但到了 2004 年，枪击案发生后，宋楚瑜是泛蓝阵营的斗士，所有的拼真相活动，均为宋楚瑜组织指挥，但最终却遭到了马英九的狙击，马英九派出警察拿着高压水枪驱散示威人群。宋楚瑜因此对马英九大为恼怒，直到 2005 年马英九参加党主席竞选时，宋楚瑜提起此事，仍然显得有点咬牙切齿。
马英九也知道这件事伤了很多国民党人以及亲民党人的感情，所以，2005年的纪念“319 ”一周年大游行，他也参加了，多少挽回了一点票源。此次国民党选举，宋楚瑜身在美国，但他行前用录像带的方式表示了支持王金平，而亲民党内不少人也持同样的态度。
现在的事实是，马英九当选了，这便给 2008 年国亲联盟提出了一个严峻的议题。如果仍然像 2004 年一样，两党共同推出候选人的话，那么，国民党推出马英九，亲民党推出宋楚瑜，两人将怎样搭配？无论是在台湾政坛还是在原国民党内，宋楚瑜的资格比马英九都要老得多，让宋楚瑜来担任马英九的竞选副手？虽然这样的组合，可能成为泛蓝阵营取胜的保障，问题在于，宋楚瑜是否甘居马英九之下？
台湾人对马英九的期望值民进党可以说是一个竞选党，他们是从国民党的高压下冒出来的，所以，斗性十足，竞选战经验丰富。马英九是谦谦君子，只会一味地提倡“文明选举”，却没有太多明争暗斗的方法。宋楚瑜倒是一个好的斗牛士，可惜，他恐怕不会和马英九配对。记得有人谈到连战竞选时的一个细节，说是他的助选班子要他扮演航天员，给他弄了一套太空服穿着。他做秀之后，脱下太空服，说的第一句话便是：“若是家父还活着，看到我这样，一定会罚我的跪。”
此人同时说，马英九和连战是同一类人，他们那种绅士风度，一旦站上竞选台，既缺乏煽动力，更缺乏杀伤力。相反，台湾这些年被陈水扁、宋楚瑜、李敖、陈文茜这些人训练出来了，需要的是出口伤人的功力，这恰恰是马英九所缺乏的。
何况，有人认为，马英九比王金平容易对付，也并非完全没有道理。这些年，陈水扁等人将族群对立已经搞到了无以复加的程度，马英九的省籍，可能会成为他最大的障碍。尤其重要的是，马英九现在就冒出头来了，民进党有整整 3年的功夫整倒他，这个时间，实在是有些可怕。所以马英九未来几年面对的最大的问题是民进党，是怎样应对未来 3年中民进党的“逢马必反”。
此外，马英九上任后面临的第一件事，便是年底的县市长选举，如果在这次选举中，国民党落败，那么，马英九未来的路将更加的艰难。
实际上，以上这几大难题，仅仅只是大陆学者隔岸观火的分析，还远远没有触及马英九更为核心的危机。据台湾的有关人士分析，马英九的危机，第一在于他在台北“市长”任上，市政上的表现并不如前几任，行政能力是不如宋楚瑜的。而一旦当上国民党主席，那么，就要看他的党政能力了。此前，他一直没有直接处理过党务，这方面是否有能力，一些人持保留看法。他们担心，一旦马英九在这方面表现不佳，那么，未来的 3年，便会成为他生命的滑铁卢。
有关台湾方面对马英九的分析，我们不妨部分引用一下陈文茜所做的一个节目的内容。
陈文茜最初是民进党的坚定支持者，但民进党上台后，她立即发现，陈水扁者之流，和她最初所认识的那个人完全不同了，变得异常的面目可憎。她对于陈水扁以及民进党极为失望，因而退出变成了一个无党派人士，后来又倾向国民党。她的这一改变，使得她在台湾的处境出现了微妙变化，她在台湾的电视节目，受到了民进党的围剿，多次被以各种理由封杀。在此情况下，她便来到香港，和凤凰卫视合办了一个节目。
马英九当选国民党主席之后，陈文茜的节目专门邀约一批台湾人专题讨论了马英九其人。
在节目的开场白中，她说：“马英九和宋楚瑜都是外省人。李敖觉得马英九没有宋楚瑜能干，所以他不认为有任何一个外省人有能力赶越宋楚瑜当省长时候的声望。”陈文茜说，她不这样认为。她说，“我不同意李敖的看法，你只要看看李敖太太的眼睛看马英九在电视上时候的神采，你就知道马英九的票仓在哪里。连日本女人都会风靡一个韩剧的裴勇俊，如果这个事情可以成立的话，我认为马英九是台湾第一个外省人真正可以不像宋楚瑜跑遍 309个乡镇，他只要维持他那个样子，完全可以征服大多数女性和年轻人。”
在节目中，陈文茜分析说，目前台湾的蓝绿阵营，几乎是五比五。虽然很多民意调查显示蓝军比较大，但实际上，很多蓝军人士更看好中国大陆，他们回到大陆之后便不想再回台湾投票了。如果他们回台投票的话，恐怕还是势均力敌。但如果马英九党内再出问题，那大概就没救了。所以，陈文茜问台湾名记董智森：“马英九自己阵营里面一定有很多评估，他们最喜欢民进党的对手是谁？”
董智森说，他们最希望的对手是吕秀莲，不希望是苏贞昌。他说：“台湾的选举很奇怪，有时候能力也不是那么重要，陈水扁也没有什么能力。台湾的选举是四年一次，有很多人看这个人是明星。现在台湾最主要的明星是马英九，他大概是一个半，陈水扁是一个，还有半个是苏贞昌。马英九碰到苏贞昌，苏会比较自卑因为他老。但是苏贞昌知道自己嘲笑自己的丑，变成很可爱。我没有头发，但是我很亮。他会用这种方式去自我解嘲，因此可以获得很多选票。”
陈文茜自己是传媒人，同时，她也是政治人，既是传媒明星，也是政治明星。因为她一直做政论性节目，所以，很多人都希望听一听她对台湾政治或者政治人物的看法。马英九当选，立即有很多媒体采访她，问她对马英九的看法，或者是对 2008 年的看法。面对这类问题，她便说：“不用看那么远，下个月他有党工的薪水 2个亿，他有对台湾银行的负债 5个亿，他当选已经负债 12 个亿。他如果做不到，国民党只有变成天天三点半在跑支票。国民党就成一个跳票的党，他党主席也就完了，他的党也完了，根本跑不到 2008 年。”
台湾著名传媒人的张启楷接过这一问题说，国民党现在的问题很多，这所有问题，全都压在了马英九一个人的身上。第一个问题，便是党产和薪水问题。第二个是人事安排问题。正因为如此，所以连他的爸爸都不支持他，希望他不要去抢这个党主席，应该让连战留下来，好好把整个党带好，他自己要专心处理好 2008年。当然，张启楷也承认，如果马英九能够在这 3年间将党务处理好，那他在 2008年的机会是很大的。
在台湾，陈凤馨是马英九非常信任的“闻人”，那么，陈凤馨对马英九怎样评价？
她提到了不久前金庸向马英九赠书一事。她说，金庸送给马英九《倚天屠龙记》，似乎喻示马英九可能像张无忌，非常犹豫不决，个人的武功非常高超，所以大家就拥戴他去当了明教教主，后来他因为心不够狠，手不够辣，也不知道怎么去做政治判断，众叛亲离的结果，他就拱手把明教奉送给了朱元璋。陈凤馨说：“所以我觉得金庸观察马英九观察得还蛮深路的。但马英九自己说，他觉得自己像郭靖，可是郭靖是一个死守襄阳的悲剧人物。对马英九来讲，他既不能当张无忌，也不能当郭靖，他其实要走出一条新的路。”
从这些谈话中，我们可以看到，台湾人对马英九的期望值是非常高的，同时，作为熟悉他的人、欣赏他的人或者旁观他的人，对他的认识，是非常深刻的。从某种意义上说，他们是在挑剔马英九的毛病和弱点，是在拿显微镜看问题。但从另一重意义上看，台湾毕竟已经进入了一种非常时期，民主和独裁，开明和黑暗，统一和分裂，法律和专制，诸多因素纠结在一起，正在进行一场生死之战。处于这种漩涡之中，对于任何一个政治人物来说，都是一场极其严峻的考验，人们对身处这种考验之中的马英九，寄予更高的期望，完全可以理解。
人无完人，金无足赤。马英九存在很多缺点弱点，这是毫无疑问的。而马英九面临机遇、挑战和陷阱，同样毫无疑问。未来，马英九的从政之路，是否能够走得更远，取决于他是否能够从目前纷乱的局势中走出一条自己的路。
迎来“马英九时代”
马英九当选国民国民党主席，最高兴的莫过于他的家人了，马英九的父亲马鹤凌谦虚的说，他没有什么好高兴的，只是希望国民党团结，不过言谈中，十分满意马英九的表现。马鹤凌说：“我当然高兴，还要看看国民党能不能团结，能不能情势改革？”记者问：“马市长让您满意吗？”马鹤凌说：“我很满意，他学政治。”马鹤凌在言谈之中对儿子的满意，溢于言表。
外界也关心，2008年马鹤凌对马英九有没有期待呢？因此记者问：“2008年马市长要选‘总统’，那……”马鹤凌摇头说：“他选不选我管不了，也许还有比他更高明的人要选，说不定大家还是支持王金平啊，也说不定是支持宋楚瑜啊，这个我管不了。”
马鹤凌一贯洒脱，但现在却不愿意多说话。倒是在开票前的紧要关头，很少露面的马妈妈，说话了。她说：“拼了这么久，马英九终于坐上国民党龙头大位，不管未来怎么走，最替马英九高兴的，莫过于做父母的了。”
8 月 16 日，新当选国民党主席的马英九，从国民党中央评议委员会主席团主席邱创焕手中接过当选证书，正式踏上新的政治之旅。
邱创焕深有感触地说，国民党失去政权以来，受到不少打压和困扰，幸亏党主席连战的领导，全党同志坚强团结，才确保今天的地位。他指出，国民党作为在野党还存在很多问题，需要马英九领导克服。马英九显得非常激动。他说，此刻怀着谦卑与感激的心情、强烈的使命感与意志接受党主席当选证书，感谢连战修订党章，制定党主席选举办法；感谢党员同志缔造高投票率，让他顺利当选，“在党主席选举前两三个月，全台我跑了两遍，当时感想是‘人心不死、改革有望’；当选后，我又进行团结请益之旅跑遍全台，感想则是‘人心不死、中兴有望’”。他深感自己肩上担负着重大责任，承诺未来将义不容辞地把国民党打造成正派、清廉、高效率、有竞争力的政党。接着，马英九清晰地勾勒了他的目标，指出他参选党主席就是要创造有利条件，让国民党重新执政。
不少党内大佬都参加了此次典礼，其中包括 3位前“行政院长”孙运璇、李焕和郝柏村，以及国民党副主席吴伯雄和江丙坤。但党主席连战、副主席王金平和林澄枝没有到场。不过，王金平已向马英九表达恭喜、祝福之意。按照安排，8 月 19 日，连战将正式卸任。国民党当天将召开十七全大会，大会之前先进行新老党