但正是马英九这样一位近乎理想甚至趋于完美（当然是指相对而言）的政治人物——严格地讲是一位在中外文化传统双重背景下“东西合璧”的理想产物和政治明星，在近年来的台湾却有着“叫好不叫座”的尴尬与无奈。
不仅执政的民进党当局和泛绿阵营视马英九为最大政敌，总欲图谋去之而后快，每每以“打马批马”为能事，就连同属泛蓝阵营的盟友亲民党，也对马英九侧目而视寝食难安。尤有甚者，国民党内乃至中央领导层亦有一股波涛汹涌的“反马”浪潮，不时兴风作浪，以期“马”失前蹄。这一切，只因为马英九“不沾锅”的个性，往往给人以自视清高的形象，致使他无法拥有自身真正的政治盟友。
多年来马英九的智囊团亦即所谓的“马团队”，其实是一个相当松散的集约型组织。“马团队”的成员多为学者专家、媒体精英，精通宣传企划、公众行销。但是这些谋士平素并不在马英九身边，而是遍布岛内各地的学界、政界和文化教育等社会各界，一旦马英九有重大选战就可“招之即来，呼之即去”。就是这样一个既不严密亦不强大的“马团队”，却在马英九参与的多次重大选战中十分有效屡屡建功。以此而论，“马团队”堪称“君子不党”——即“君子群而不党，君子和而不同”的成功范例，是一名优秀政治家为人处世、治政理政的基本要求与道德准则，更是当今世界与华人社会民主政治应有的一种大家风范，对中国大陆当前致力推动的政治文明建设亦颇多助益与启迪。
对于这样一位才情志节与形象魅力俱佳的政治明星，国民党中央诸多大佬竟然不懂得“珍惜”，难怪国民党基层党员要用选票来替全党发声了。获胜的马英九坦言，他当选后的目标是为国民党创造有利条件，让国民党成为正派、清廉、改革、有竞争力的政党。
“正派”一词一般用于对个人生活作风的评价，马英九却把这个词语用来形容未来经过改革、改造后的国民党形象，正是巧妙地把自身的个人色彩、执政风格与国民党形象结合起来，可谓匠心独具意味深长，在某种程度与一定意义上也彰现出马英九矢志推行改革路线的决心和信心。
马英九以 72 ％的得票率完胜当选国民党新党魁后，得到的却是一片告诫之声。在国民党中常会上，马英九诚恳地向王金平六次道歉，承认自己在选举时讲了过头话，邀请“王院长”和他共治中央。王金平却有事提前退席，说不懂什么是“共治”。可是即便如此，泛蓝媒体还是一路赞扬王金平气度大。
7 月 29 日，中国国民党副主席王金平递出辞呈，辞去中国国民党副主席的职务。为了掩盖党内矛盾，马英九向媒体表示，副主席辞职是正常程序，包括他自己也要辞掉副主席，将来会续聘王金平，他的诚意不变。马英九说，不只是王金平要辞，所有副主席都要辞职，包括他自己在内也要辞。剩下的问题是续聘，他会续聘王金平担任副主席，这个诚意不变。
对于媒体报道连战返台后，单独接见王金平，还赞成王金平辞去副主席，马英九说，这是正确的，因为程序上本该如此。由于王金平 8月离台度假，王马更难相见，马英九说，这不会有影响，因为王金平还会回来，到时候再谈。马英九在日前接受媒体访问时也透露，王马的僵局不排除请出连战出面斡旋，解开王马心结。尽管马英九努力想挽留王金平，但王金平去意已决。
国民党继 2000 年失去“政权”之后，2004年因枪击案的影响再度失手，整个党已经处在了解散的边缘。当连战决定对“选举不公”进行抗争的时候，马英九和王金平做了完全不同的选择：马英九倾向于先承认结果、再依法起诉，而王金平选择了跟随主席，不承认结果、依法起诉的同时进行体制外抗争。
马英九一直是政治明星、媒体宠儿、国民党的形象代表，几乎是 2008 年泛蓝获胜的唯一希望。如果马英九不在，国民党整合得再好也没有意义。因为在民主社会中，党的存在最终就是为了“大选”的胜利。
他自己也很清楚。因此在 2004 年 3月的“选举不公”抗争中，马英九选择了和国民党保持距离，为自己、也是为了党，保留一个跨党派的干净形象，留得青山在，不怕没柴烧。从这次党主席直选结果可以看出，他的策略成功了。人民需要一个不牵涉权力斗争、没有内幕交易、一直捍卫法律的新鲜人物。这就是宠儿的正确道路。从某种意义上说，马英九是花，其它的国民党人都是绿叶。马英九的问题是，有的时候他过于考虑自己，例如这次党内直选，他明知必然当选，还无证据地攻击王金平“贿选”，简直就是帮民进党收集在 2008 年攻击他自己的材料。
这次党主席选举的结果，让马英九有机会证明他去年 3月的选择是对的。但是整个党还要继续，国民党还有如泥潭般的党产、党工问题需要应付；在“立法院”，还必须靠党的“议员”去和民进党斗争；年底地方“选举”，还有恶仗要打。马英九可以控制自己的道德形象，也可以控制媒体的公关方向，但他还不会控制这个有百万党员的百年老店以及“立法院”过半的泛蓝党团。这些应该继续交给“清污老手”王金平。马英九赢得的主席更应像一个名誉主席，大家劝他让权，其实非常合理。
而 04 年三月之前，泛蓝群众其实一直对王金平有所警惕，因为他是本土派的领袖，而大家一度认为如果泛蓝 04 年选败，王金平会把自己的人马组成台湾国民党。因为泛蓝的失败看上去是一个连续下降的事件，2004年再败，那整合泛蓝就很难了。但枪击事件之后的泛蓝抗争中，一向被认为有些“圆滑”的王金平做出了一个非常让人感动的动作：坚定地站在了连战身边，制止了本土派的离心倾向。
如果说连战的抗争决定，以愤怒来聚集泛蓝基本盘的话，王金平则是在民进党和国民党本土派中间划了一条不可跨越的线。这条线的作用很大。以这次党主席直选为例，虽然马王争得也很难看，但并没有严重的省籍矛盾：马英九获得的高票没有本省外省之分。国民党这一年半，基本成功摆脱了李登辉埋下的、民进党操作的省籍话题圈套，国民党转型成一个偏右的全台湾的党。如果不摆脱这个话题圈套，国民党还是一个外省概念党，只要民进党再设局，2008年国民党还是会与“政权”无缘，毕竟外省人只占台湾人的 15 ％。这样的转型成功，当然王金平功不可没。
因此，当党内元老们和泛蓝友人从内部民调得知马英九要大幅度获胜的时候，他们纷纷在最后几天为必然要输的王金平站台助选，甚至很多不是王金平阵营的人，都选择站在了王金平这边。连战还故意让媒体看出自己是投了王金平的一票。当王金平意识到自己输了的时候，他发现孤独的不是自己，而是马英九。有人担心他会因此分裂出去，其实，当整个党中央和整个“立法院”党团都和王金平站在一起的时候，王金平还要分裂出去做什么？这就是王金平输了，却反而获得了更多的支持的原因。
马英九当选国民党主席后，陈水扁虽然送去了祝贺花篮，但内心很不是滋味。于是，民进党一方面鼓动王金平另立山头，另一方面阻挠马英九访问大陆。民进党“立委”林进兴称，象征外省族群的马英九当选国民党主席，象征着大多数国民党党员对本土领导人的排斥与担忧。未来，台湾政治将进一步陷入“外省”与“本土”的族群斗争中，本土派要想在国民党内成为核心更是难上加难。林进兴建议王金平带领 30％的本土派党员出走，另组“台湾国民党”，或许还可以闯出一片天地，否则“包括王金平在内的国民党本土派人士继续留在党内只有两条路，其一就是永远当轿夫，其二就是只能充当被酬庸的样板。如果要在国民党内仅当‘义工’，实在太委屈王‘院长’了”。
对于马英九，林进兴直言不讳地提出，民进党应该把他作为 2008 年“大选”的“假想敌”。由于马英九表示当选后愿意访问大陆， 18 日，“陆委会主委”吴钊燮强调，马英九具有“直辖市市长”的身份，依据规定必须是参加国际性会议，并经当局相关主管机关审查才可离岛。也就是说，在台当局现行法令规定下，马英九无法比照连战的模式受邀访问大陆。
分化国民党一直是民进党的目标，在马英九当选党主席后尤其明显。台湾“中央研究院”研究员瞿海源在台湾媒体撰文指出，就个人声望而言，陈水扁从来就不是马英九的对手，历来民调都显示他输给马英九很多。从政党支持率的消长情况来看，今年 2月，民进党和国民党的支持率都有所上升，国民党止住了 2004年“大选”后的颓势，仅比民进党低 3个百分点。这是一个重要的转折点。接下来，民进党渐渐输给国民党。4 月连战访问大陆，岛内形势大变，民进党的支持率下降到 18％，是两年来的最低点，国民党则升至 24％。 到了 5月，民进党的支持率虽然回升到 23％，但国民党此时已大幅上升到 31％。 这在 2000 年民进党执政后极少见到，甚至可以说是第一次。从中可以发现，国民党进行改革就会使民进党的支持率下降，所以国民党选出新的党主席并不是一党之事，民进党也将越来越受到它的影响。这也不是马英九和陈水扁之间声望的消长，而是政党政治竞争的结果。
追随连战任党永远的义工8 月 1日，王金平在北加州达摩镇万佛圣城参访时，拈香祝祷很长时间。王金平说，他借这个机会为台湾祈福，祈求台湾能够安全、安定，两岸问题能够和平解决。他表示，祈求台湾能够安全、安定，两岸问题能够和平解决，而在与马英九的关系上，王金平表示他会尽力支持协助马英九，并会在年底的县市长选举中协助辅选。很多国民党员担心王金平如果不协助新当选的国民党主席马英九，国民党的党务工作以及选举辅选都将很困难，王金平表示，没有这样的问题，他会从旁支持协助马英九。
8 月 11 日下午，王金平赴国民党中央，与党主席连战恳谈一个多小时，确定维持不续任第一副主席的决定。王金平说他已获得连战的谅解，追随连战任党永远的义工；但党以后有任何需要，或新任主席有任何指示，他一定会全力以赴为党奉献服务。
王金平返台时，马英九亲自去接机，王马两人气氛缓和不少，王金平是否续任国民党第一副主席，备受关注。下午约三时许王金平抵达党中央，与连战恳谈一个多小时，会后王金平说，连战对他的想法表示“尊重与理解”，但是希望他能慎重考虑。他自己决定不续任副主席。王金平说，他感谢连战 4年前提名，经过 16 全代会任命他为副主席，新任的党主席接任后，他将随同连战提出辞呈，跟连战同进退。
王金平表示，连战已聘请他担任国民党中评会主席团主席，他说今后将以中评会主席团主席身分全心全力为党奉献与服务。王金平表示，马英九办公室已经联系要和他见面，他预估会面时间应该在国民党 17 全会之前。他强调，他非常乐意和马英九见面交换意见，谈党未来的问题，这是党员职责所在，但他希望马英九不要保留副主席位置给他。
8 月 15 日，王金平在接受台湾电台专访时，首次透露了他与连战 11 日会谈时的内容，并再度明确表示，基于为国民党着想、考虑，他认为不接国民党副主席比较好。王金平说，他和国民党主席连战 11 日见面时曾向连战说明了自己的看法。他认为，担任副主席不见得对党奉献比较大，某些时候反而会碍手碍脚；过去他担任副主席，最主要的贡献在于“立法院长”身份，而不是国民党副主席有什么能耐奉献给党。况且现在局势和过去不同，单纯担任“国会议长”合乎台湾体制，所以他决定不当副主席，而是以党员、义工的身份为党努力、奉献，让马英九依照原有理想尽情挥洒，创造国民党最美好的前途。连战最后决定尊重他的想法。虽然决定不再续任国民党副主席，但王金平表示他愿意接受连战聘任，担任国民党中评委主席团主席。
可以预见，在未来的两年多中，泛蓝人士对于马英九会更加苛责，而王金平，一定会在新的权力妥协中找到自己的地位，继续控制国民党党务和“立法院”泛蓝党团。因为只有这样，国民党才能获得 2008 年盼望已久的胜利。因此可以说，马英九当选国民党主席，其政治生涯从此步入前所未有的巅峰，与此同时，他也步�