如果执意竞选，可能造成泛蓝分裂。他表示“我不支持马英九选党主席。”
此事被媒体公开后，马英九立即受到“议员”的质询：“家人都不支持你，你还会继续参选吗？”马英九回答说：“我尊重父亲的意愿。”有议员立即问他：“你到外面去拉票、拜票，自己的父亲却不支持你，不觉得很奇怪吗？”马英九说：“这应该没有太大的关系。任何人都有表达意见的自由。”
据台湾媒体报道，马鹤凌已经不是第一次公开不支持儿子。上一次是差不多一个月前，马英九去“三军军官俱乐部”争取退休党工的选票，马鹤凌是退休党工之一，当时便坐在台下。马英九在台上拉票时，马鹤凌站起来，公开支持连战。马鹤凌的大女儿、马英九的大姐马以南像从前一样，得知弟弟又要竞选，便从美国返回，担任弟弟的助选工作。她当时便想劝阻父亲，不料父亲非常生气，当着许多退休党工的面，怒骂女儿“混蛋”，还说：“我没有你这个女儿。”
由此可见，在连战继任或者是马英九竞选党主席这件事情上面，马鹤凌和儿女确实是站在不同的立场。
国民党高层对连战的“劝进”达到了高潮。以副主席江丙坤为首的数十位中央委员联名要求连战续任主席，直到 2008 年“大选”。江丙坤说，王金平必须顾及“立法院”，马英九必须顾及台北市政，连战是“无业游民”一个，唯有他才能改善两岸发展，应该连任党主席担任历史重担，贯彻党务革新与改革。他说，国民党必须赢得 2008 年台湾领导人选举，希望连战在此之后再交棒。
随后召开的国民党中常会上，中央党部外面出现了大批支持连战的人群，他们高举标语牌，上面写着：“跪请战哥继续领导我们”，可谓情真意切。他们并非只是说说，十多位国民党大佬级人物，果然是跪成了一片，十分悲情。会场内劝进声更是不绝于耳，国民党中央委员、前台北“市长”黄大洲表示：“王院长、马市长，你们还要选的话，老实讲，民众不会了解那么多，在此时此刻对国民党伤害有多大！”他要求二人干脆别选了。
但是，连战的初衷显然没有改变。中常会后，国民党发言人郑丽文转述连战的态度：他没有参选党主席的意愿。同时表示，对于党主席选举，党内意见分歧，他始料未及，他感到忧心。党主席选举是攸关国民党深化民主的里程碑，希望选举能顺利完成。
6 月 1日，马英九、王金平两位参选人就参选政见进行了 30 分钟报告，随后限额 20 名中常委提问。连战勉励两人进行君子之争，间接表达“不参选”的态度。6 月 8日是登记参选的最后一天，连战没有领取登记表，用自己的行动表明自己“交棒”的立场。
对于连战好长一段时间里没有明确表态，媒体提出了一个极为特别的说法，他们认为，连战不表态，是希望马英九先提出退选。有一点是明确的，尽管大陆之行以后，连战的呼声很高，但如果马英九竞选，大量的支持票都会集中在马英九身上，连战若寻求续任，胜算的可能性不高。以连战的身份，自然不愿在同马英九的竞选中落败。
这恐怕仅仅只是媒体的推论，而不是连战自己的想法。连战在国民党主席任内，成功地推动了两党交流，此事成为他一生中的绝唱，往后两岸关系的任何一次推进，都以此为基础，就他本人来说，不可能再做出比这件事更加辉煌的业绩。此时激流勇退，对于连战，无疑是最好的结局。以连战的睿智，他选择不继续连任，对他自己要有利得多。至于对未来的国民党来说，由于内部困难重重，他本人似乎也难以突破这些困局，更何况，2008年，即使他参加竞选，也不一定能够得到广泛的支持。那时，若再一次失利，他便会成为国民党的罪人，与其那时后悔，不如现在便将机会交给年轻人。
常青树和不倒翁王金平因为连战执意“交棒”，马英九和王金平，正式走到了竞选台上。
王金平 1941 年出生于台湾高雄县，比马英九大 9岁，1963年毕业于台湾师范大学，1969年被评为高雄县模范青年，1975年底当选“增额立法委员”，1993年出任“立法院副院长”，1999年至今任“立法院院长”。从李登辉时代过渡到陈水扁时代，王金平 34 岁时当选为“增额立法委员”，成为当时“立法院”最年轻的“立委”，之后他连选连任，创下“九连任”的记录，在“立法院”服务30年，在台湾政坛有“常青树、不倒翁”之称。
王金平之所以能够在台湾政坛屹立数十年，经历重大风雨而不倒，一个极其关键因素，在于他跟对了一个人，此人是国民党籍的前高雄县县长林渊源。在高雄，国民党有一个重要的地方实力派系，被台湾人称为“白派”，最初的领导人为陈新安，继任为林渊源。王金平大学毕业后，返乡协助经营家族企业，受到林渊源的赏识，从此走上政坛。
1980年，王金平因为违反“票据法”被起诉，1986年 2月被判刑6 个月。这是王金平政治生涯中一次重大危机，国民党不肯再提名他为“立委”候选人，他只好以个人身份参选。结果，凭着他个人的声望，以及背后林渊源强有力的支持，获得连任。据他自己说，每当他参加竞选时，林渊源都是他的助选班底掌舵人和最积极的支持者，老县长没日没夜地四处奔波，替他拉票，比他自己参选还紧张。
不过，李登辉搞垮了国民党，宋楚瑜从国民党分离出去，“白派”也出现了分裂，一部分人加入了亲民党，使得王金平的支持力量有所削弱。
就王金平个人形象来看，他显得非常“公平”，不偏不倚，李登辉时代，他和李登辉的关系处理得很好，直到今天为止，李登辉也不曾公开反对过他。国民党分裂而李登辉被清除之后，为了增加自己的势力，李登辉看中了王金平在国民党内的影响以及在“白派”中的实际掌门人地位，一度和他过从甚密，为了拉他加入泛绿阵营，做过不少工作。
陈水扁成为台湾地区领导人之后，为了打击国民党，也为了搞好同“立法院”的关系，在王金平身上也下过不少功夫。王金平和陈水扁“政府”的关系也因此“相安无事”，此事引来泛蓝阵营的较大不满，认为王金平惯于走中间路线，是典型的“脚踏两只船”。一时间，王金平的立场受到了泛蓝阵营的广泛质疑。为了消除这种影响，王金平不得不公开宣布，他是忠贞的国民党员，对国民党忠心耿耿，没有人比他更爱国民党。
马英九参选阻力显然是连战身边幕僚与党务主管，及王金平对马英九的观感。纵然连战已经表明不续任的意愿，但以连在党内影响力而言，不容马英九轻忽。如果马英九有连战支持旋即取得参选的正当性，自可堵对手的悠悠之口；反之，连战反对马英九参选，马英九能否知难而退，顿成问题。如同马英九参选 1998年台北“市长”一役，陷于“诚信”困局一般，除非长官出面解套，否则以马英九性格而言，“退选”连马英九都不会原谅自己，遑论接大位！
马英九惟一对手的王金平拥有实力相当可观，可以说是本土派的龙头老大。王金平在党内人缘之好，与马英九呈现强烈对比。王的从政性格与马英九不同，王出身地方型政治人物，于政坛广结善缘很少树敌，他的特色是常为朋友所累，但仍为朋友排除问题。王在党内人缘之好，与马英九呈现强烈对比。马英九具有“不沾锅”的洁癖，而王深具“老油条”性格。马英九两度当选台北“市长”，都不释出人事权力给国民党高层人士，或指派高层人士亲信进驻市府成为马英九团队与高层沟通桥梁。相对于王金平却不如此，他会适时释出资源给予落难朋友。也许是两人性格的差异，注定马英九、王金平的对垒，是场惨烈的竞逐，不论谁胜出，面对沉疴难起的国民党，马英九、王金平都必须肩负该党再造重任。
有人说马英九、王金平都是谦谦君子，对职位都很少主动出击，惟独这次党主席之争二人却一反常态地主动跳出来争取，其意为何？确切地说，均与 2008年“总统”大位之争有关。此因王金平、马英九二人均面临仕途发展瓶颈，马英九于 2006 年台北“市长”任满，在民进党执政状况下，马英九将丧失政治舞台。而王金平于 2008 年“立法院长”任满，长达三十年的民代生涯也将画上休止符，因此为登上更宽广的舞台，王金平必须更上层楼。
在此情势下，王金平、马英九的当仁不让，各自都有不同的盘算。再者 2008年“总统”大选转瞬即到，谁控制党机器，即有“提名”主导权，为登舞台与掌握主导权，纵然国民党被形容是“破落户”，但争谁当家也决定王金平、马英九之间的政治命运。是以王金平、马英九之争既是国民党的宿途，也回避不了同门兄弟阋墙之斗，争一时也要争千秋，乃是人尽皆知的事实。这也难怪连战一再暗示，希望王金平、马英九相争不要引发决裂危机，要争就要争得不难看。连战的语重心长，王金平、马英九能否听进去，外界不得而知。
7 月 4日，郝柏村、许历农等 27 位国民党将领，以及新党主席郁慕明，在出席台“中央军事院校”庆祝抗战胜利 60 周年活动时，力挺台北“市长”马英九参选中国国民党主席。郝柏村在会上致词时力挺马英九，他称马英九是“最关心、最了解党工的人”。郝柏村并称，马英九让他体认到，无论 2008 年“大选”“拿不拿得回来”，一个“新生、健全的国民党比总统还重要”，因此马英九必须当选国民党主席；但他也相信，马英九若当选党主席，不仅可协助国民党赢回2008年执政权，更“可让国民党未来长期、健康地执政下去”。这批将领的表态，无疑更增加了马英九的胜算。
马英九与王金平的对决王金平、马英九相争既成定局，就民调数字显示，马英九赢面似略胜一筹。马英九之所以较王金平略占优势，主要有下列几项指标：一、马英九表示若担任党主席，他希望从法律角度解决党产问题。由于国民党党产过于庞大，许多党产来自于“国家”，故而每逢“选举”，对手均会以此作文章，抨击国民党是“黑金”政权，令国民党百口莫辩。为解决国民党的包袱，马英九已在构思处理相关的党产问题，希望一劳永逸地摆脱党产束缚。马英九的构思比较于王金平，王金平在“立法院”曾多次阻挡“党产条例”的付委，因为王金平认定党产是则历史问题，不能一刀切；至少要“七三开”，不能因对手的抹黑，国民党就把党产视为包袱，要解决问题可以，民进党政府不能用追溯既往抄家灭族的方式，逼迫国民党还产于民。
二、在两岸政策上，马英九认为两岸关系不是零和游戏，也不是国共问题。双方应透过民间互动交流，经贸往来，循序渐进地发展，当两岸差距拉近，歧见自然减少，彼此就能逐渐建立共识，以此化解纷争。而王金平则认为统一、独立、加入美国第 51 州都是台湾人民的选项，惟有人民才能主导两岸未来发展。比较马英九、王金平观点，马英九出身行政官僚系统，王金平是民意代表，因从政路途不同，双方思维及论点当然有极大的差异，也不能等同模拟。
三、在“国防外交”取向上，马英九是第一位对南海、东海开发问题提出远景的学者，表面上南海与东海争端是法律解释问题，然而南海与东海交汇处在台湾，马英九认为这两大海域均与台海周边环境息息相关，故而台湾应构思其所处的战略位置，以此确定台湾于区域安全所扮演的角色。马英九喜以战略角度看台湾，如马英九论及“美中台三边关系”发展时强调，美中改善关系并不必然对台湾一定产生负面影响，关键在于台湾如何运用本身实力，强化美中关系互动，进而使美中都能认同台湾于区域间扮演的角色。相对的王金平在“国防外交”问题上很少表达个人看法，似为美中不足之处。
四、在青年政策取向上，马英九喜欢阅读青少年读物，也常与青少年聚会，希望政治人物多关怀青少年的学习，这可能与马英九求学历程有关。而老于世故的王金平，经常周旋于不同政治团体之间，很少与青少年朋友之间来往，所以青少年对马英九认同度高绝非偶然。
马英九和王金平的对决，显然是各有优势，可谓势均力敌。
马英九拥有台湾北部较为广泛的群众基础，而王金平在台湾南部的地位却不可动摇。就国民党内部来说，有相当一部分人支持王金平，也正是看中了他�