另一方面，民进党也在 3月 18 日指责，泛蓝在绿军领先的南台湾展开扣压身份证的行动，他们收购一些选民的身份证，在 3月 20 日选举结束后才归还，以降低泛绿票仓的投票率，依此达到做票的效果。对此蓝营表示自己从未采取这类行动，是地方人士自发行为，而且根本没有卷入金钱交易。
在选举进入白热化的最后阶段，台湾各界的人士都纷纷公开了自己的投票意向。中央研究院院长、诺贝尔化学奖得主李远哲在 3月 18 日正式宣布，支持陈水扁。李远哲在 4年前的 2000 年总统大选中就已经挺扁，这次再度挺扁，而且与陈水扁一起召开记者会。他表示，陈水扁团队虽然执政经验不足，但是“有理想性，可塑性高”，因此继续支持。但是台湾评论普遍认为，李远哲这次的挺扁效力远不如四年前高，有些评论家甚至称他已经“信用破产”。台湾学术界很多人也批评李远哲，再度破坏学术中立的原则。
台湾商界的两名重要人物，台塑董事长王永庆和长荣董事长张荣发虽然没有公开支持连宋，却批评政府迟迟不开放三通。其中张荣发一直是陈水扁的长期支持者，但是陈水扁上台后因三通问题两人关系破裂。台商的回台投票率是历次选举中最高的，他们中的大多数人都支持连宋。台商投票主要是因为民进党政府长期指责台商“不爱台湾”，而且迟迟不开放三通。
台商会长估计，大约会有 15 万台商返台投票，可以影响 30 到 45 万张选票。很多台商早在 2004 年 1月就在大陆台商中为所支持的候选人拉票，甚至传出在大陆举行竞选造势活动的消息，后因国台办介入，才被取缔。他们中的许多人在大陆、香港的机场中就已经举出“中华民国国旗”和连宋的竞选旗帜，公开挺连。除此之外，居住在其它国家的台湾侨民也纷纷返台。一般认为，越多台商和侨民返台投票，对泛蓝就越有利。
319 枪击案引发的抗议在 2004 年的“总统”大选中，陈水扁以不到 3万票极微差距击败对手连战，但其对手连战提出选举无效之诉；大选之前的 3月 19日，陈水扁与其竞选搭档吕秀莲被人枪伤，此事引起争议，包括支持陈水扁的泛绿人士当中，都有很多人认为是陈水扁高明的苦肉计。台湾旅美刑事鉴定专家李昌钰则指出，陈的伤口是枪伤造成，并且非近距离射击。但李昌钰认为由于案方现场未能及时封锁保全证据，现有证据难以进一步详细调查射击者的动机与身分。台湾刑事局专家令曾指出，从“中华民国”选举赌盘中获取暴利的作庄者（组头）为了左右情势，也有可能涉案。
3 月 19 日下午 1点 45 分，正在民进党票仓台南市扫街拜票的陈水扁、吕秀莲据称遭到枪击，吕秀莲膝盖受伤，陈水扁腹部轻微擦伤。根据吕秀莲本人的说法，子弹可能是先击中她的膝盖后，再弹到陈水扁腹部，两人后被送往奇美医院治疗，两人都意识清醒，没有大碍，医院外已经聚集大批民进党支持者。
“总统府”秘书长丘义仁在 3点 30 分证实，陈吕两人遭到枪击，并表示已经找到子弹，但是没有说明一共开了几枪、找到几个子弹，以及是否已经逮捕凶嫌。“总统府”也表示已经激活国安机制，并表示不会推迟第二天的选举投票。连战也在得知消息后表示“希望他们尽早康复”。
针对这次事件，一些人已经表示有所怀疑，因为根据电视画面所见，子弹在汽车挡风玻璃右侧撞击，留下一个弹孔，但是当时陈水扁站在汽车的右侧，吕秀莲在左侧，因此子弹应该是先打倒陈水扁，再击中吕秀莲。有舆论认为，选情在枪击事件之前泛蓝声势高涨，连宋当选在望，因此认为泛蓝支持者没有理由与动机去枪杀一个即将下台的总统，而相反民进党则有可能为了选举而上演“苦肉计”。但另一方面，有人也认为，吕秀莲在上星期 13 日已经弄伤了脚踝，所以没有需要再为拉票而上演苦肉计。尚有舆论揣测，此为“总统”选举地下赌盘负责人差遣杀手前往狙击。
事件发生后，民进党立即宣布停止当天下午和晚上的一切竞选活动。连宋阵营也表示立即停止竞选活动，并由马英九和连战夫人连方瑀到医院探望陈水扁。此外，枪击事件发生后，台湾实时激活国安机制。
3 月 20 日，台湾第十一任“中华民国总统”“副总统”选举举行。由寻求连任的陈水扁与吕秀莲以不到 3万票的微弱多数当选。这次的选举结果中，两组候选人的得票率是历年来最接近的，而且废票高达 33 万票，约为上一次“总统大选”选举 3倍，因此引起了泛蓝支持者的抗议。另一“总统”候选人连战称这次选举“疑点重重”，是一场“不公平的选举”，称要提出“选举无效之诉”，并要求中选会立即查封所有票箱，进行验票。台北市高等法院在 3月 21 日早晨7 点做出裁决，要求立即查封所有票箱。
在选举结果揭晓后，大批泛蓝支持者聚集在连宋竞选总部前，不愿散去，要求重点选票。在连宋离开后，群众持续聚集通晓，在高雄和台中也有群众聚集，抗议选举结果，甚至爆发警民冲突。在台中，泛蓝群众聚集在台中地检署前，要求立即查封票箱，台中“市长”、国民党中常委胡志强在凌晨 3点 30 分到达现场，与群众一起静坐抗议。
在台北，新党主席郁慕明、国亲多位立法委员也来到连宋竞选总部，支持连宋关于要求验票的要求。凌晨 4时，连宋律师团将 25 份已经签字的诉状分别递往全台 25 个县市的高等法院，同时开始有群众在“总统府”前聚集。3 月 21日上午 10 时，国民党“立法委员”章孝严来到“总统府”，称美国政府已经延后向陈水扁发贺电，表明美国方面也置疑选举结果。台北“市长”马英九、“行政院长”游锡坤也先后来到现场，要求群众保持理性，主动离开，但是没有效果。
泛蓝支持者宣布，他们将一直在“总统府”前广场静坐，直到全面验票。3月 22 日是大选后的第一个工作日，广场上聚集的群众有所减少，但是还是有很多人不愿离开，在下午下班时间，广场上的人群又开始增多。3 月 24 日，前民进党主席许信良加入到抗议行列中，并以绝食表达不满。3 月 27 日，蓝军在“总统府”前组织了大规模的游行示威。大量的国亲两党支持者聚集在凯达格兰大道，抗议选举不公，并要求重新点票。
据台北市政当局估计，参与游行的民众大约有 32 万人，不过主办单位则称有 47 万人参加。根据一些报纸进行的调查显示，59％ 的民众反对抗争，而 66％的民众赞成验票。与此同时，数百名在纽约的泛蓝支持者也举行了“纽约华人爱台湾”的集会，表示声援“3 、 27 ”大游行。此外在华盛顿等地也举行了类似的游行活动。
3 月 27 日当晚 9点，陈水扁亲自主持国际记者会，对示威事件发表强硬谈话，称“总统府”广场必须在 3月 29 日之前完全净空，称自己不是“软脚蟹”。不过他也表示愿意立即与连宋会面。
在“3 、27”游行结束后，身为台北市“市长”的马英九负责清场。在他的劝说下，大多数支持者离开了广场，只剩下上千名民众继续抗争，这些人在凌晨也陆续离开，到 3月 28 日清晨只剩下零星的数百人。 3月 28 日清晨 5点一刻，警方开始劝谕在凯达格兰大道上剩余的抗争民众离去，在此期间，民警发生了零星冲突。在早上 7点左右，清场工作已基本完成。而部分民众则转移到中正纪念堂继续静坐抗争。
马英九柔性清场成功，赢得台湾各界赞赏。连民进党也认为马英九尽责有功，知识分子也认为，马英九不姑息“暴乱分子”、呼吁群众守法的声明，值得肯定。民进党副秘书长李进勇说，持续七天在“总统府”前的国亲两党抗争行动，前晚终于和平结束，民进党表示欣慰和欢迎。在整个事件的最后关头，负责台北市治安的马英九也尽到台北“市长”的责任，国亲两党“总统府”前抗争活动得以圆满落幕，马英九也有功劳。不过，李进勇指出，整个活动过程仍有地方值得检讨。国亲两党府前抗争原是违法集会，但身为国民党高层的马英九，却以“市长”权力批准集会，令集会从非法变成合法。民进党认为，这点值得检讨。
马英九敲定以柔性方式驱散示威者后，一千名防暴警察既没用上四年前驱散国民党总部示威者的水炮，也表现得很克制，尽力避免使用警棍，徒手将人群或拉或抬。“总统府”前示威和平落幕后，马英九出席公开活动时，神情轻松，眉头不再深锁，俊脸笑容再现。他评论清场行动时指出，这是一场没警民冲突及成功的清场行动，是一次从来没有过的柔性驱离行动，透过警员、女警及国亲两党党工、各级“议员”的劝说，民众都自行回家或移往中正纪念堂。他说，只有极少数人擦伤，他对台北市民高水准的表现给予肯定。
马英九打完一场漂亮的“清场仗”后，立即前往中正纪念堂，以蓝营干部身份向现场群众喊话，成为首名到中正纪念堂打气的蓝营重量级人物。马英九十分肯定前日 50 万人集会的成效，认为陈水扁是在 50 万群众的压力下才回应国亲两党的诉求，虽然晚了点，仍值得肯定。他呼吁群众和平理性，“手段一定要正当，这样才能获得舆论与国际的同情。”
从 3月 29 日开始，陈文茜每晚在中正纪念堂现场主持政论节目“文茜小妹大”，使得每天晚上参加静坐的群众人数又有增加。
4 月 2日，台湾“高等法院”首次就国亲提出的选举无效之诉开庭审理，有一名主审法官和两名陪审法官负责，原定应在当天就可做出是否验票的判决，但是因正反双方无法就如何验票以及验票费用问题达成协议，法庭决定两方应先沟通，延期判决。泛蓝后做出让步，表示同意全面验票，而放弃之前所坚持的只验陈水扁的票，但是有关费用问题却依然存在分歧。
4 月 2日，7 名台湾大学生开始绝食抗议选举不公，要求真相。他们自称无党派色彩，但忧心台湾选举的不公正，因此以 30 多名学生接力绝食至 5月 20日的方式表达抗议。宋楚瑜的夫人陈万水到场慰问学生。4 月 4日晚，在中正纪念堂前静坐的 8名学生被警政署人员强行驱离，遭到泛蓝人士的强烈抗议，他们称学生们只是静坐表达意愿，并没有妨害公共治安，警方没有权力使用强制驱逐的方式。学生们在次日再度回到中正纪念堂继续绝食静坐。马英九随后也到现场向学生致意，并称他也反对警政署强制驱逐的做法，事前只是同意警方以柔性劝导的方式规劝学生停止绝食。
到 4月 7日，民进党“立法委员”罗文嘉到达绝食现场，转达陈水扁的决定：将在 4月 12 日接见学生。但是学生们认为陈水扁诚意不够，因为此前已经表明希望陈水扁在 4月 9日之前到绝食现场探望学生。他们决定将不会与陈水扁会面，并在 4月 9日结束了第一轮绝食活动，将发动第二轮的运动，他们称之为“四月学运”。
4 月 3日，国亲两党再度在中正纪念堂举办 5万人的大型游行抗议活动，批评选举不公正。由于国亲的合法集会时间到 4月 4日即将结束，而且之后所有的游行集会申请全部被驳回，大部分泛蓝支持者在游行活动后响应连战号召，结束了街头抗争，但是还是有数百人来到“总统府”前广场抗议，他们高唱“中华民国国歌”，要求验票，在警方举牌警告集会非法后，依然不愿意离去，在 4月 4日凌晨爆发了新一轮的警民冲突。
到 4月 3日的游行后，国民党内部出现了不同的声音。国民党本土派成员认为应该结束抗争活动，准备年底的“立法院”改选。但是亲民党和国民党其它一些人则认为应该继续抗争。最终的决定是在 4月 10 日举行最后一场 20 万人的游行后不再举行游行活动，但是会继续通过司法途径来解决选举争议。他们同时也决定要发动连署发动公民投票，以成立 319枪击案独立调查委员会，他们希望这个委员会能够由“立法院”的朝野“立委”、“监察院”以及检调单位三方组成，以确保调查的公正公开。不过这个提案在“立法院”已经遭到台联“立委”拦阻，只能通过公民连署然后举行公投的形式实现。
泛蓝选民对投票结果不满，称陈水扁有舞弊嫌疑，主要争议的疑点包括：一、319 枪击事件：国亲两党支持者认为，在 3月 19 日之前的所有民调（无论是选前 10 天之前所公布的还是在选前 10 天所做的内部民调