付马英九的竞选总部主任委员陈健治。
陈健治原是台北市“议会”的议长，“台北市政府”的许多施政方案、政策等，都需要通过他领导下的“议会”批准。所以说，对于当时的“台北市”，陈健治是一个很有实权的人物。这样一个人，担任马英九竞选班底的要员，对于马英九自然是有帮助的。陈水扁班子推出一份文案，指责陈健治担任“议长”期间，曾经两次为人“说情”。陈水扁之所以利用这些事，目的只有一点，就是将马英九的班子搞乱。而普通民众，他们很难判断这之中的真伪，而马英九一是不屑纠缠这一类事件，二是这类事确实是非常难缠，即使大费笔墨，也难以在短时间内说清，何况，如果真的为这样的小事斗起来，选民只会认为马英九没有雅量。遇到这样的事，马英九往往只能是哑巴吃黄连，硬吞。
就在这项攻击案发出后，陈水扁却后园起火，自己内部出了问题。有媒体挖出陈水扁和几年前的周伯伦受贿案有关。周伯伦是陈水扁最好的政治盟友，当时和陈水扁一样，都是“议员”，两人在议会上狼狈为奸，呼风唤雨。期间，台北荣星公司向当局申请开发荣星花园，并且游说某些实权人物，周伯伦等多名议员受贿，周伯伦被指受贿 1600 万元新台币，于 1989 年被捕。这起案件经历了一场马拉松式的诉讼，长达 16 年之久，直到 2003 年才最终裁定周伯伦罪名成立，入狱 6年。陈水扁竞选连任台北“市长”时，周伯伦被捕已经接近 8年，只是有关诉讼仍然没有结果。令人费解的是，在此期间，周伯伦还一再竞选获胜，连任多届“立委”。媒体此次揭出的事件，显示陈水扁利用台北“市长”的职权，对周伯伦多方庇护，陈水扁的秘书马永成，打着陈水扁市长的旗号，为周伯伦做了很多事情。
揭发此次事件，与马英九竞选班底没有丝毫关系，只是媒体的一次监督行为。但是，马英九在事情被揭发后，利用这一事件，谈了自己的看法。马永成因为难逃干系，只好辞去陈水扁的特别助理之职。
最终，马英九因为坚持自己的竞选原则，始终以清廉为标榜，取得了台北市民的认同。他虽然是第一次参加竞选，经验不足，又遇到一个像陈水扁这种很善于打纠缠战的对手，露出过手忙脚乱、极端被动的时候，加上资金上的弱势，实在是困难重重。当马英九胜出后，他清理了一下自己的经济账，结果发现，国民党所拨的 2。5亿元，他只用了 1。1亿，剩下的，他全部交还国民党中央党部。而他所募集到的竞选资金，也剩下一大笔，他全部捐给了吴伯雄基金会。所用的竞选资金，不足陈水扁的十分之一。
按照台湾某种规定，竞选是有补偿的，每获得一票，补助 30 元。此次选举，马英九共获得 70 多万票，补助款多达 2000 多万。别的候选人，会将这笔钱坦然地放进自己的口袋，别人也无权说他们什么。但马英九没有要这笔钱，而是拿出来成立了两个基金会，一个是专门救济弱小族群的“台湾人基金会”，另一个是专门救济老人的“敦安基金会”。敦取自马英九祖母的名字，安则取自其祖父的名字。
此次台北市“市长”竞选，马英九成功地打败了陈水扁，从此在台湾有了“打扁明星”之称。台湾媒体，则将他称为惟一打败过陈水扁的国民党人。
雄心勃勃的台北市长马英九一直觉得，台湾的选举之所以越来越庸俗化，与台湾的庸俗文化发展有很大关系。所以，他当上台北“市长”以后所要做的第一件事，便是发展民族文化的精髓，除了完善和发展民间文化体系，更为重要的是，要建立一个官方的文化指导机构。
马英九上任的时候，列出了 500多件必须要完成的工作，建立文化局，是他要完成的第一批工作之一。
马英九上台伊始，国民党还是“执政党”。由于有国民党方面的配合，前任“市长”陈水扁努力了几年都没能干成的事，马英九上任后几个月便建立了。虽然不能说他的文化局的建立从根本上扭转了台湾文化庸俗化倾向，但毕竟还是起了很大的作用，在文化研究、文化保护、文化交流、文化推广以及其它方面，均起了一些积极的作用。
台北市先后聘请了一些世界知名的华裔作家和艺术家驻市进行交流，便是这项文化工作成果之一。
近些年来，由于网络的发展，以及文化庸俗化倾向等，台湾的青少年，一般都不看小说，不读诗歌，不欣赏严肃而传统的艺术、音乐等作品。传统文化和艺术，越来越边缘化和荒漠化。自从他聘请驻市作家和驻市艺术家之后，这种情况有所改善。当那些受聘的作家或者艺术家来台北进行文化交流的时候，往往会掀起一波热潮，从而影响青少年对文学和艺术的重视和热爱。
马英九也曾对自己和陈水扁的领导艺术进行比较。他说：“他（指陈水扁）比较鸭霸作风。我们常讲冬天寒风跟太阳的故事。他像冬天刮的寒风，使人得穿着厚大衣。我比较像冬天的太阳，使人感到温暖。同样是拆违建，我也拆了好多处，不但没有激烈抗争，更不可能有人自杀，至少还有两次办感恩餐会，这在台湾是历史上绝无仅有的。”
马英九拿拆违章建筑来和陈水扁相比，确实是很具有典型性。拆违工作，是优化投资环境、提升城市形象的基础工作。城市环境就是投资环境，城市形象就是市民形象，一个违法占地、违法建设成风、管理无序的城市，无论如何是吸引不了大量外来投资的。违法违章建筑破坏城市规划，侵占城市土地和空间，影响市容市貌，损害城市形象。城市要发展，就必须要有规划，要按规划建造，就必须拆去那些违规建筑，这在世界上的任何一个城市都一样。目的一个，方法却有多种。
陈水扁任上，要拆一个违建社区，这可是个大动作，涉及许多人的切身利益。可是，那里的房子，又确实都是违规而建。陈水扁的做法是说拆就拆，一声令下，有关工程部门到了，军警也到了，谁不同意就抓谁，人抓了，房子拆了，结果引起许多人抗议，人们上街游行示威，希望通过这种方式迫使市政府屈服。可陈水扁就是硬，他谁的账都不买，亲自带着人去现场，亲自指挥，谁出面都没有用。最终，有人闹到要自杀，事情闹得很大，远近尽知，也因此得罪了不少的人，造成了极坏的影响，也给“政府”的形象抹了黑。
马英九任上，也有几次大行动，拆的范围比陈水扁的还要大。物主们大概受了陈水扁那次拆违建的影响，于是就事先秘密串联，准备到时候闹事。一次，几个女人在市政府门前下跪请愿，而且看上去还挺年轻漂亮的，过往行人，能不同情？自然是围了一大堆人，媒体的记者来了，他们纷纷进行采访，并且找到马英九，希望他表明态度。事实上，这几个人只是那些被拆物主的“先头部队”，更多的物主是躲在后面伺机而动。
马英九的态度非常明确：“‘打造历史名城，共建美好家园’，这是全体市民的共同心愿，同样需要全体市民为之努力。城市违章建筑，破坏了城市规划，影响城市形象和城市管理，也影响了市民正常的生活和工作，市民反映强烈。这些问题不及早处置，迅速解决，不仅破坏我市的发展环境，损害城市形象，而且会严重影响社区居民的生活环境和生活质量。只有拆除违章建筑，才能清除威胁市民生产、生活安全的隐患，优化经济发展环境，提高城市竞争力，给老百姓一个明确的说法，给社会一个公正的解释，创造安全、舒适、文明、优美的人居环境。有记者采访，我欢迎，我还要呼吁记者多报道此事，一旦让大家都明白了，物主自然也知道，不让拆是不行的。”马英九拆违建，往往是先礼后兵，而且运用舆论支持，让被拆的人无话可说。
马英九拆违章建筑，最典型的案例，便是拆到他的党主席李登辉的头上。李登辉租住在台北士林区中社路 1段 9巷翠山庄高级别墅区，这个地区，仅仅只有16幢高级别墅，每幢别墅占地约 700平方米，周围有山有水，环境一流，是台湾权贵阶层的住所。李登辉所住的 13 号，位置极好，月租金是 30 万元新台币。有关资料显示，这幢别墅，系 1975 年取得使用执照，其后再未申请过任何建筑施工执照。该住宅 1980 年的面积不过 350平方米，但到 1994 年已经增建到 900多平方米。台“总统府”2000年更编列公费，为李登辉的“豪宅”再次进行修缮扩建，将原先的两层楼增建为 3层，使其面积再增加约 180平方米。为了这次修缮，台湾的纳税人为此支付了超过 2000 万元新台币。
翠山庄位于水土环境保护区内，有关部门规定，这类区域建筑高度不得超过7 米，建筑面积不能多于占地面积的 30 ％。李登辉却不听这么多，依然我行我素，先后两次扩建，已经属于严重违规。目前高度为 3层，超过 10 米，建筑面积超过占地面积的 65 ％，属于违法。在陈水扁任上，陈水扁对此不闻不问，视若无睹。现在马英九要拆违建，这幢别墅自然是最大的拦路虎。马英九不象陈水扁那样看人所作。马英九的态度非常明确，只要是违建，就一定要拆，不管对方是谁。
李登辉自然不干，站出来大打悲情牌，说马英九是反骨仔，他一下台，立即就翻脸不认人。为此，台湾舆论一时大哗，沸沸扬扬吵了好几个月。几乎所有人都拿眼睛盯着马英九，看他将这个现国民党主席前“总统”怎么办。马英九却不顾这些，公开表示，一定要公事公办，“一视同仁，即报即拆”。对违法用地违法建筑必须要以铁的手腕，重拳出击，从严治理。因此，市政当局向李登辉发函，规定 10 日内自行拆除，否则将派员强制拆除。
马英九说，陈水扁好斗，行政时比较喜欢冲撞、对抗。无论是处理政务还是处理竞选，他都体现这一风格。但马英九自己性格不一样，他比较温和，如果要区别一下的话，陈水扁比较严苛，马英九虽然也是学法出身，但他更偏重于儒家的以德治政，希望施以宽仁。
他说：“同样是达到目的，但是不一定要付出比较高的社会成本。我没有那么强势，好像缺乏魄力，其实，事情还是做成了！……没有破坏社会和谐，族群对立不严重。我觉得这是王道、中道的做法，传统儒家的做法。”这一点，马英九说得十分清楚明白，这也确实是他和陈水扁甚至是其他当政者的区别。同时，这也是马英九一直受到攻击的地方，几乎所有的人，包括那些支持马英九的人，都觉得他太弱，太温和，缺乏魄力。
有一位资深传媒人评价说：“不光马英九温和，他身边的那帮人，和他的性格非常相近，同样是比较温和。所以，他的整个班子，看上去都缺乏一种魄力。但是，尽管如此，马英九事事处处以身作则，给人一种信赖和鼓舞，这说明马英九没有一点官僚架子，是一个真正为市民办实事的人。”
连任台北市长2002年，为寻求连任台北“市长”， 10 月 27 日，马英九正式成立其竞选总部。国民党几乎全员出动为马英九打气。党主席连战，副主席蒋仲苓、吴伯雄、王金平，马英九竞选总部主任委员江丙坤，以及多位国民党籍“立委”、党籍县市长都到场为马英九加油“挺选”。
台北市府团队也在副市长欧晋德率领下，一齐穿着白夹克向民众致意。亲民党的秘书长钟荣吉亦赴现场表示对马英九的支持。两三千名支持马英九的群众，把竞选总部前的整条八德路挤得水泄不通。马英九在台上提出“让台北成为台湾的骄傲，让台北市民成为最后的赢家”两个目标，并重申追求“优质选风”的理念。
“总统”陈水扁则为李应元站台及上街头游行造势，与 10 月 16 日李登辉之女李安妮的站台效应相比，陈水扁对于李应元选情的拉抬明显大于李安妮。在“台北市民较青睐谁呢”的调查中，有 43。62％ 的人支持马英九，29。27％的人支持陈水扁。陈水扁于是批评马英九“心目中只有中华人民共和国，只有香港特首董建华，没有‘中华民国’的陈‘总统’”。但在民调中，有 68。34％ 的民众不同意这种说法，只有 15。45％ 的人同意其说法。
马英九说，他不但要赢得选举，也要挑战他自己、挑战全世界与台北市发展情况相当的城市，赢得未来 4年台北市的升级。引人注目的是，尽管民进党阵营不断进行大规模的造势，包括播出电视广告、举办大型晚会，马英九阵营始终显得很低调。马英九说，台湾经济不景气，他要“