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在宋楚瑜不肯受命的情况下，国民党内部，便只有一个选择，即让马英九站出来。其实马英九从政性格承袭于老国民党文化，他不喜欢拉帮结派，好处是不沾锅不犯错，坏处是没人愿意跟他打天下；以此从政性格与马英九的秉性，似有几分相似。如马英九在仕途上始终与财色划清界线。他处理财色问题非常小心，几乎不收“大礼”，与记者朋友相聚只要有女性在场，马不会单身独处。非但是马的个性如此，马英九夫人周美青亦然，朋友聚会她从不参加话题对答，除倾听朋友高论外，还会拿出书本阅读直到散会。以马氏夫妇性格与其父马鹤凌好交朋友、爱说话的个性相比，显然是他以父为戒，谨言慎行，于此马英九纵然名满天下，相交无几人乃是他从政性格的反射。
1996年，马英九被迫离开“法务部”，只在“内阁”中出任位高权虚的“政务委员”。当时，台湾各大报刊都在显着位置刊登了马英九挥泪离职的照片，不少国民党员甚至民进党人都替他鸣不平。民进党“立委”叶菊兰（后任“交通部长”）公开在“立法院”向马英九表示：“从政多年来，我从未公开赞美一个国民党员，但今天是例外，我要公开赞美你！”
面对政局的混乱，马英九深感失望。1997年 5月，他发表了酝酿已久的“不知为何而战”的辞职声明，宣布辞去一切公职返回政大教书。
第六章：台北市长任内拒绝竟选台北市长1997年 5月，马英九辞去公职后，回到台湾政治大学，继续当他的教授。现在他轻松多了，可以静下心来读书研究学问了，这么多年来忙于工作，几乎让他没有时间去认真看书做学问。他为自己列出了一个长长的读书计划。从政那么多年，经历了那么多的风风雨雨，现在突然静下来，他还不大习惯，只有把自己全副精力埋进书本里，他才能让自己静下来。不久，他就完全沉浸在学问里，开始正儿八经的做起了他的职业教授。当了一年教授，过了一段清闲日子，又早已把李登辉看透，没了从政的兴趣了，所以拒绝竞选台北市“市长”。
台北市是台湾最大的“直辖市”，执政的国民党自然不能再次眼睁睁的看着它落进民进党的陈水扁手中，否则国民党将无法向全体党员交代。于是，国民党方面，动员了很多力量做马英九的工作，包括许多元老级的人物上门劝说，可是，马英九始终是那句话：不干。从他内心来说，李登辉把他的心伤透了，他已经没有了从政的兴趣，宁愿做一个无职无权的普通老百姓，清清闲闲的做他的大学教授。国民党方面没了办法，只好请出马英九的父亲出面做儿子的工作。
党内登记日期越来越近，马鹤凌一次又一次做工作，而马英九却丝毫不为所动。他对马英九说：“这是国民党的特殊时期，如果这一仗败了，那么，未来国民党在台湾的势力，就会越来越弱，搞台独的民进党就会越来越强。为了台湾，你有责任挑起这个担子。”但马英九仍然拒绝。现在的马英九，已经不是小时候父亲眼中的乖乖宝了，并不是父亲的什么话都能听得进去的，现在，历尽狂风暴雨的涮洗，他的翅膀已经硬了，有了自己的主意了。
马鹤凌见自己劝说无效，便发动国民党内万人连署。到了登记截止日的前一天，他又打电话约儿子谈判。并告诉儿子，党内有许多人要见他。面对一班国民党元老级人物的恳求，又有父亲出面，马英九不好不给面子，便同意第二天在敦化南路协商。这一天是登记截止日，如果马英九拖过这一天，便不再有登记权，那么，国民党只好考虑提名其它人了。
马鹤凌同一大批老同事赶到敦化南路，可是左等右等，不见马英九到来。经过询问，才知道马英九临时出了点状况，在晶华酒店主持一个会议。马鹤凌带着一帮人，呼啦啦赶到了晶华酒店，这才找到马英九。原来，当天有一个法学会议，马英九是台湾法学学科的带头人，自然要参加这样的会议。会议主持人是会长是丘宏达教授，这次会议，本来是由丘宏达主持，他只是去听一听就可以了。正因为如此，他才准备出席一下，然后借故离开会场去见父亲。没料到，丘宏达当天身体状况不佳，无法主持会议。主持的任务便落到了马英九头上。他如果离开，这个会便开不了。
马鹤凌等人赶到晶华酒店，再次打电话给马英九。马英九只好临时离开会场来见父亲。这一帮老人见了马英九，先是声泪俱下地劝进，一个个言辞恳切。可马英九认为，自己既然已经一次又一次拒绝了，就不可能再答应，他向来说话算数，言出必行，这是他做人的基本原则，因此，他不能做出尔反尔的事。所以，无论怎样劝说，马英九就是不答应竞选台北市长。
那些国民党的老党工见劝说无效，便采取了更进一步的行动——有位老人说着说着，情绪一激动，竟然对他说：“英九，我在这里求你了。”话音刚落，双膝一屈，竟然跪了下去。马英九一下子慌了。这些人全都是自己的父执辈，父亲还在自己的面前，他怎么能接受这样的跪请？他立即伸手要扶起这位老人，不料这个没扶起，又齐刷刷跪了一片，一个个老泪纵横。
老人们纷纷表示，如果马英九不答应，他们今天就跪在这里，直到他答应为止。马英九的眼泪一下子夺眶而出，为了这些老人，他不得不答应下来。
马鹤凌拿出早已经准备好的表格——上面所有内容，均由他代儿子填好了，相片也贴上了，惟一缺的，便是马英九本人的签字。马英九看了父亲一眼，从他手里接过签字笔，满含着热泪，在登记表上仔细签下了自己的名字。签完字，马英九把纸笔递回父亲手中，说：“爸爸，我尽孝了！”父亲反驳说：“你错了，这不是父亲来要求你，而是党国需要你，这是尽忠，是尽忠报国！”
得知国民党推出马英九和自己竞选“市长”的消息，陈水扁脑袋一麻，立即意识到，自己碰上一个前所未有的敌手了，这次有一场恶仗要打，前途凶多吉少。
陈水扁是有名的辩护律师，伶牙俐齿，巧舌如簧，最大的特长，就是善于从鸡蛋里挑骨头，寻找到对手的弱点或者短处，然后以最为猛烈的炮火轰击，这些炮弹之中，真假都有，假中掺真，真中含假，因为其中有真的，于是，便被一些不明真相的人以为全都是真的。但是，现在遇到的对手是马英九，他感到棘手了，因为他知道马英九这人为政极为清廉，名声很好，恐怕找不到什么缺点。连蒋经国都说马英九是个“没有缺陷的年轻人”。他想来想去，实在没有办法，只好寻些捕风捉影的事，硬往马英九头上栽桩，否则他的炮弹就难以发射了。
于是陈水扁把自己的手下人召集到一起，面授机宜，吩咐他们去查找马英九的“问题”，不管是私生活问题，经济问题，还是家庭问题，只要能与马英九挂得上钩的全搜集拢来，有用没用他自有办法。小事说成大事，一分说成十分，这本来就是他的特长。手下人连连点头，干劲分头行动。
陈水扁想，像马英九这样的大帅哥，是众所周知的“女人性幻想对象”、“女性的梦中情人”、“最佳捐精人选”、“最美的政治人物”，不可能会没有一点点私生活问题。只要抓住一点，肯定把马英九打翻。手下人查来查去，结果，却什么都没有得到。马英九这个似乎不扎堆，平常除了工作上的来往，和异性从来都没有私交，更不会上酒吧之类的地方。
陈水扁没有泄气，这一招不灵，那就从经济上寻找突破点，国民党的腐败，是民众最反感的一个问题，后来国民党失去政权，沦为在野党，主要也就是因为这个原因。陈水扁想，只要能够抓住马英九有腐败的可能，哪怕是捕风捉影，也可以将他打下马。手下人查了半天，所有能够动用的力量，全都动用了，结果发现，马英九的家庭经济状况只不过是一般，吃的、住的和普通老百姓差不多。他在美国那段时间，妻子和他赚了一点钱，算是小有积蓄。回到台湾后，他有政府的那份还算可观的薪水，妻子在银行部门工作，收入比普通人高。他本人没什么不良嗜好，花钱很少，除了“法务部长”任内有些权力，可以搞点腐败外，担任其它职务的时候，想腐败不是那么容易。而当“法务部长”时因为扫黑，一般人就算是想送黑金给他，也不大敢。这条路又走不通。
如果是几年后，利用族群对立这一点，陈水扁一定可以多赚些选票，但在当时，政权控制在国民党手里，民进党只是在拼着一切想出头，想煽动族群对立不容易。这张牌时机不成熟，不能用。
既然别的攻击点都不行，那就只有一个办法，硬着头皮往前冲。他不是在“法务部长”任上赢得了民声吗？那好，就硬攻这一点，把他的民声打掉。还是老办法，栽桩、陷害，捕风捉影，无中生有，把成绩移到别人头上，把问题往他头上扣，让人知道，马英九其实只是一只政治花瓶，是一个无能之辈，除了有一张漂亮的脸蛋以及善于做政治秀，其它的，半点真本事都没有。如果选民将选票投给这样一个人，那就等于是自己害自己。
经过一番绞尽脑汁的冥思苦想，陈水扁推出了他的第一个竞选文案，这是一个完全攻击马英九的文案。文案中，陈水扁攻击的第一发炮弹是：“马英九担任‘法务部长’及‘政务委员’期间，岛内治安败坏，连续发生刘邦友、彭婉如、白晓燕等三大刑案，连‘内阁’声望都跌落谷底，马英九却潇洒地说了一声‘不知为何而战，为谁而战？’然后拍拍屁股离开。事实上，马英九任内完全没有扫黑，是廖正豪担任‘部长’后，才开始主导‘治平扫黑专案’，指挥检察官联合军、警、宪、调各单位，雷霆扫黑。”
陈水扁这招十分的阴毒。首先他说“马英九担任‘法务部长’期间”。因为文中所列的三起案件，全都是廖正豪任内的事，所以，背后再加上“及政务委员期间”，这样就把马英九搭进去。可“政务委员”的职责与这三起案子并没有什么关联。但有没有关联陈水扁可不管，他只要这事和马英九“任内”搭上了“关系”就行。他需要的就是让别人误以为这事是马英九在任“法务部长”时发生的。而且，马英九还不好站出来辩驳，他如果辩驳，势必向公众说明，这些案子与他无关，真正有关的人是廖正豪。廖正豪也是国民党的人，如果马英九抹黑了廖正豪，那么，国民党内部，便有一部分支持廖正豪者，会不投马英九的票。这一发炮弹，既攻击了马英九的要害，又为国民党内部的分化瓦解埋下伏笔，可谓凌厉之至。
陈水扁的第二发炮弹是是：“马英九任内，调查局连续发生严重风纪事件，包括调查站主任涉嫌强暴女秘书案、调查员涉入贩卖吗啡案、调查局副局长程泉非礼事件，更让民众对司法人员的信心荡然无存。程泉案后，马英九于 7月 11日接受媒体询问，为了推卸责任，居然说：”我在‘法务部长’任内是不管‘调查局’的！‘这种话’廖部长‘和’城部长‘绝对说不出来。“
这发招同样厉害。“法务部长”自然要管所有的违法行为，调查局出现一连串这类案件，你能推卸责任吗？可是，这里面有一个普通老百姓不大了解的情况，即调查局属于军管机构，“行政院”下面的“法务部”只是一个行政机关，普通民众，哪里清楚？反正只要是能够和马英九扯得上关系的，全都往上扯。看这则文案的人，肯定不会去查一查“法务部”有哪些职责和权限，等他们在以后的某一天知道这些了，选举早已经结束了，谁都不会为当时错投了一票而要求翻案。
第三发炮弹更厉害：“马英九任内，发生严重的黑道介入职棒签赌案，使台湾职棒运动重挫。当时，马英九你在做什么？城仲模‘部长’严厉要求调查局查办职棒签赌案，使职棒运动重现生机。而马英九又做了什么？”职业棒球比赛，在台湾属于第一热点运动项目，民众参与程度相当之高。因为涉及巨额赌金，所以黑道组织介入职业比赛，任意改变比赛结果，使得整个职业棒球赛均操纵在赌博集团的手中，这确实是台湾社会的一大问题，而且，因为涉及千万普通的棒球迷，这一问题，绝对能够影响普通民众对选票的投向。
而实际上，将这发炮弹轰在马英九身上，多少有些冤枉。如果赌博是合法的，那么，就一定存在操纵的可能。即使执法者明知被操纵，那又怎样？没有具体案子发生