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1996年 10 月 6日，岛内“激进台独”分子因不满民进党淡化“台独”色彩进行政党转型，而组建所谓的“建国党”。“建国党”成立后，由于其激进“台独”主张受到岛内绝大多数民众的强烈反对，该党成立后并没有取得预期的发展，不仅在接下来的 1997 年县市长、1998乡镇市长选举中以惨败告终，在 1998 年底的“立委”选举中仅取得 1个席次，获得 1。44％的选票，快速走向泡沫化。2000年 3月陈水扁上台后，该党某些成员开始回流民进党，2001年 8月台联党成立后，该党在岛内的“激进台独”地位更为台联党所取代，完全泡沫化，其政党认同度一直只有 0。2％ 左右。
“建国党”在成立前就将自己定位为“革命型政党”，采取“以党领政”的决策模式。主张实现所谓“台独建国”是“建国党”的核心理念，该党成立以来，便大肆宣扬“台独”思想、鼓吹“台独”谬论。主要内容为：（一）鼓吹建立“新而独立的台湾共和国”。该党妄称“中华民国自 1971 年退出联合国时就已经消亡，国民党政权对台湾的统治是非法统治”，必须“建立一个新而独立的国家”，并以“台湾共和国的名称，取代中华民国国号”。“中华民国宪法”也是“非法”，因而主张从根本上废除“中华民国宪政架构”，制定“新宪法”。在两岸关系的定位上，“建国党”明确将其定位为“国家与国家间关系”，叫嚣“中华人民共和国的主权与治权从未及于台湾，台湾主权及治权亦不及于中国，台湾是主权独立国家，而非中国的一省”。“台湾与中国应建立和平国际关系”，“政治、文化、经济等一切交流，必须在国对国的对等关系上进行”。
（二）鼓吹建造新的台湾文化。要“透过文化的力量，从根本寻回以台湾为主的历史、文学、艺术……等等的台湾意识！透过文化的力量，将数百年来不断被外来政权压缩、扭曲而变形的台湾，重新扶正！”该党并提出了一系列的具体主张。一是在学校的文化教育上，要以“台湾主体论”大幅修改中小学课程，要“中国历史则应退居配角，回到它本来的外国史地位”。并称在实现“独立建国”前，坚决反对承认中国大陆学历。二是重新定义并推举“台湾英雄”，将郑南榕、陈智雄等“台独”分子都列为“英雄”，将中国历史上的英雄人物如岳飞、文天祥等都剔除在外。三是极力鼓吹“台湾文化的主体性”，宣称“台湾文化永远只是台湾文化，它与中国文化有某些关连，却绝不属于中国文化的支流；在文化层次里，台湾是台湾、中国是中国；在地理与人民与政治层面，也是如此，台湾、中国，一边一国”。鼓吹要透过认识本土历史与地理相结合，让民众在内心深处接受“台独”观念，实现“脑内台独革命”，促进台湾文化的“新生”，以坚定台湾民众“保卫台湾”的决心。
（三）推动台湾以“台湾共和国名义”加入联合国。声称，“台湾外交的困难在于台湾不是一个国家”，因此台湾应以“台湾共和国”名义申请新加入联合国，争取“国际地位”，并称这是为了“表明我国的申请加入和旧中国的国共纠葛无关，也不是向中国的挑战，只是要国际社会接受四十几年来事实独立的台湾而已”。该党还常常宣称只有台湾宣布“独立”才能取得国际社会的支持，以欺骗岛内民众。
其它需要注意的党派还有台湾劳动党和绿党。台湾劳动党是相信共产主义重视“劳动者人权”的政党，主席吴荣元在戒严期间曾因创建共产党而被逮捕。绿党是全球性环境保护主义政党。
李、马关系从量变转为质变1998年，台北市“市长”选举。民进党的候选人是陈水扁。陈水扁 1950 年 1月出生，台南县官田乡人，据称为台南客家后人，祖籍是福建诏安县。昵称阿扁，后来台湾媒体习惯称呼其政府为“扁政府”。
陈水扁出生于台南县官田乡的一个佃农家庭，家境清贫，出生后家人甚至担心无法养活这个孩子，所以一直到 1951 年 2月 18 日才正式申报户口。陈水扁自幼勤奋好学，全家举债供其读书，再加上他的成绩优异，获得农渔会奖学金而得以完成学业。1969年于台南一中毕业后考入台湾大学商学系，但后逐渐对法律产生兴趣，于一年之后又以第一名的成绩考入台湾大学法律系。1973年，就读于大学三年级的陈水扁再以第一名的成绩考取律师资格，之后荣获韩国庆南大学荣誉法学博士、俄罗斯经济学院经济学荣誉博士。
1975年，陈水扁与中学同学吴淑珍结婚。次年，专攻海商法的陈水扁成为华夏海商法事务所律师。并为曾为全球最大集装箱轮船公司，也曾在华人最大远洋运输公司的长荣海运担任常驻法律顾问。
1979年的美丽岛事件是陈水扁踏入政坛的契机，他成为美丽岛事件被告律师团的一员，负责为主犯之一的黄信介辩护，从此开始参与党外运动。1981年，陈水扁参选台北市市议员，并以最高票当选。1984年，陈水扁担任由台湾民主先驱郑南榕创刊、作家李敖出资的自由时代系列杂志社社长，杂志社的口号是“争取百分之百的言论自由”。
1985年，陈水扁辞去议员职务，回台南代表党外人士竞选台南县县长，但是落选。在谢票行程中，陈水扁夫人吴淑珍被铁牛车撞伤，导致下半身瘫痪。1986年，陈水扁因蓬莱岛杂志事件被国民党立法委员冯沪祥控告诽谤，入狱 8个月。同年，吴淑珍当选立法委员，陈水扁次年出狱后继续律师工作并担任吴淑珍的国会助理。 1987 年民进党成立后，加入民进党并当选为中常委。1989年，陈水扁当选增额立法委员，成为民进党党团干事长。1992年，陈水扁连任立委成功。
陈水扁在担任立法委员、参加立法院国防委员会期间，主持编撰了《国防组织法》草案，并揭露多起国防军购弊案，其中包括备受关注的拉法叶军购案。1993年 7月，陈水扁被美国《新闻周刊》（ Newsweek ）评选为台湾国会风云人物。
1994年，“台北市长”首次直选。陈水扁在党内首先击败对手谢长廷，获得民进党提名为台北市长候选人。由于当时国民党刚刚分裂，新组成的新党推举呼声较高的赵少康参选，但是国民党依然派出自己的候选人黄大洲，导致亲国民党系（即后来所谓的“泛蓝联盟”）选民选票分散，使得陈水扁能够当选“市长”。“市长”选举期间，许多有关国民党主席李登辉暗助陈水扁的传言也时有耳闻。
陈水扁“市长”任内的表现极差，许多人认为陈水扁只会做表面功夫。例如陈水扁经常自夸的如兴建捷运与诸多北市交通设施的“功劳”，实际上都是在黄大洲甚至更早的国民党籍“市长”便开始规划，而陈水扁只是刚好在任内坐收前人之成果，且其任内之“政绩”多属表面功夫，少有长远之计划。1998年，陈水扁寻求市长连任，但是遭到来自国民党候选人马英九的强劲挑战，最后以微弱的票数落选。许多人认为，陈水扁对这次的落选至今耿耿于怀。
陈水扁其人，行政上没什么能力，抓经济更是一塌糊涂。不过，他有自己的特点，因为他是当律师出身，很善于钻字眼，抓重点和弱点，煽动民心，他知道什么最能引起民众的兴趣，哪些问题是选民最感兴趣的话题，又懂得将这些话题无限扩大的方法。他不在乎方法，只注重效果，凡是能够达到效果的方法，绝对可以不择手段，至于事情过去，人们知道真相时感到后悔或者认为上当，那他是不在乎的，只要效果达到了，他就认为是大功告成。正因为这种特点，在选战中，陈水扁显得异常出众，而攻击点，又选得非常准确，往往让他的对手疲于应付。
国民党选出来的人如果在这方面不能压住他，肯定没法打。此外，选出来的这个人，形象上还必须年轻、清廉、有良好的政绩，而且要有必胜的把握。将这所有一切综合起来考虑，国民党内部，并非完全找不出人，但相对有把握一举获胜的，只有两个人：一个是宋楚瑜，一个是马英九。
宋楚瑜是学政治出身，对付陈水扁这种诉棍型的人，可能会有点弱势。但他伶牙俐齿，反应敏捷，斗志旺盛，而且极具煽动力，真的斗起来，大概也不会输给陈水扁。至于形象方面，他在“台湾省长”任上，政声非常之高，有目共睹。他当选“台湾省长”的票数，连李登辉都大吃一惊，可见他取得了多少民心。
其次便是马英九了。马英九和陈水扁一样，也是学法律出身，而且学历上比陈水扁高出一大截，口才比陈水扁也好很多，给人的感觉是，虽然年轻，却极其持重，办事很有章法，总是胸有成竹。至于形象方面，他在“法务部长”任上，取得了巨大的成功，民众是一片叫好之声。个人又洁身自好，非常爱惜自己的羽毛，陈水扁即使想攻击，也找不到什么攻击点。
其实马英九任蒋经国秘书时，论敬不如钱复，蒋对钱的建议虽非言听计从，但会认真考虑；论亲不如宋楚瑜，宋可直赴七海官邸，蒋视宋如家人。相对于马英九扮演角色，则是单纯的“技术官僚”，非有必要马英九很少提供决策建言。蒋经国与马英九之间的另类接触，引人好奇。尤其在 1984 年 6月蒋突然指定马英九出任国民党副秘书长负责推动“政党外交”，引发政坛地震。因为在国民党“排班论辈”资历中，马英九以 35 岁之龄跃居大位超越钱复、宋楚瑜等人，的确是极不寻常的人事调整，直到多年后，身为当事人的马英九仍不知蒋经国用意何在。
马英九与蒋经国关系，随着蒋去世，画下不甚完美的休止符。接着李登辉登场，李、马英九关系则量变转为质变。此因马英九从未投靠李登辉阵营，也未参与反李斗争；兼以马英九“不沾锅”的从政性格，李登辉自始至终均无收编马英九念头，使双方关系互动变得异常微妙。如马英九由国民党副秘书长转任研考会主委过程中，起因于前研考会主委魏镛，因故得罪李登辉；而李登辉为插手国民党业务，将马英九转调研考会主委；由此可以看出李、马英九关系的亲疏远近。
李、马英九关系不仅于此，在政府当局成立陆委会，原先规划首任陆委会人选是马英九，然而李登辉却指派黄昆辉出任陆委会主委，马英九则调任常务副主委兼发言人。而后李登辉为筹划“宪改”指定施启扬、马英九等人负责规划，当施、马英九提出“委任直选制”时，李登辉完全推翻前议，改以“公民直选”“总统”，使马英九从政人格遭到质疑。
从两岸政策到“宪改”，马英九负责规划业务均与李登辉思维有所抵触，而人矛盾加剧，此时若非马英九昔日长官李焕、郝柏村、连战等人力挺，按国民党官场文化，马英九绝对干不下去。果然在马英九接任“法务部长”，因查贿问题造成地方型政治人物纷纷向李登辉反映“再查下去恐有动摇政权之虞”，使李登辉不再容忍马英九。而马英九辞官归故里已是时间迟早问题。果然马英九因治安败坏、黑金横行问题发表“不知为何而战”的声明，辞卸政府公职返回政大教书。
在当时的国民党中生代中，政声最好的，原本是连战、宋楚瑜和马英九。这三个人中，连战当过“外交部长”、“台湾省长”、“行政院长”，当时又是“副总统”，在担任了如此之多的职务之后，人们对他的行政能力，实际已经开始失望——当然，这种失望，与李登辉搞乱“行政院”大有关系，马英九一度辞去“法务部长”一职到政治大学做教授，就是对李登辉的抗议。而宋楚瑜却成了一匹黑马，在“台湾省长”任上所取得的成功众所瞩目。马英九在“法务部长”任上同样获得了巨大成功。这两个人的存在，对李登辉形成了威胁，他自然要想方设法，将这两个人整下去。
他整宋楚瑜是一道“冻省”命令，便从此断送了宋楚瑜在台湾政坛再进一步的可能。宋楚瑜知道即将“冻省”的消息后，反应非常激烈，他迅速向李登辉递交了一封辞职信。可是，李登辉拒绝批准他辞职，他便以“请辞待命”的方式完成余下的两年任期。
既然宋楚瑜不可能再当下一任“省长”，由他来竞选台北“市长”拼陈水扁，自然就是最佳人选。然而，宋楚瑜有自己的打算，他想直接参选下一届“总统”，所以，不肯接受这个任务。
在宋楚瑜不肯受命的情况下，国民党内部，�