块地盘，独立为王。军阀间的挣夺和混战，给中国人民带来无穷无尽的灾难。混战之处，百姓生命财产受到无情的摧残和掠夺，军阀们公开烧杀抢劫，无恶不作。在湖南平江，军阀曾下令血洗县城，宣布三日不封刀，烧杀、奸淫、抢劫，为所欲为，全城一空，百姓背井离乡，死尸载道。
1926年 7月，广东的国民革命军发动北伐。与占据在湖北、河南和湖南北部一带的吴佩孚；占据福建、浙江、江苏、安徽和江西一带的孙传芳作战，北伐军打垮了北洋军阀吴佩孚、孙传芳，湘、鄂、赣、闽四省光复，并继续向豫、皖、苏、浙进军。
1928年 2月，蒋介石又指挥第一集团军和冯玉祥、阎锡山、李宗仁的第二、第三、第四集团军对奉军作战，战胜了奉系军阀张作霖，结束了北洋军阀的统治。随后蒋介石以“裁军建设”相号召，力图“编遣”冯玉祥、阎锡山、李宗仁的军队，激起冯、阎、李等强烈不满，遂至兵戎相见，相继爆发了蒋桂战争、蒋冯战争、蒋阎冯战争。马家和其他老百姓一样，从此陷入了困境和灾难之中。
马家迁移衡东及台湾湖南这个地方，在中国近代史上，是一个极其特别的地方。清代的湘军名震一时，确实是出了不少不怕死的硬汉。到了民国，无论是国民党还是共产党，都有一大批武将出自这个地方，除此之外，湖南还出了一大批土匪。
有了这样一个背景，孤儿寡母的马家，还能有好日子过么？马立安在世时，结交了一些头面人物，虽然也有些土匪上门索要，他毕竟还能对付过去。现在，马立安不在了，那些以前的所谓官场朋友，也都翻脸不认人，暗中联络土匪，来马家巧取豪夺。马英九的母亲见势不妙，意识到如果再这样下去，别说是保住丈夫留下的这份家业，就是保住马家的根，都不是一件容易的事。
无可奈何，她只得痛下决心，结束了家族的生意，拖儿带女离开了湘潭马家堰，来到了数百里之外的衡东落户。马家在衡东住了很多年，尤其是马鹤凌，几乎整个少年时代，都是在衡东度过的。所以，有马英九祖籍湖南衡东一说。
六年后，刘肇礼的母亲马元英出落得亭亭玉立，才貌出众，经人介绍，嫁到时任湖南省财政厅长的刘岳峙（刘肇礼的祖父，蒋介石爱将）家。刘岳峙当时不仅担任湖南省财政厅长一职，而且是蒋介石手下的大红人。有了这顶保护伞，马家才又从衡东搬回了湘潭继续发展事业。马英九的父亲马鹤凌，后来担任了蒋介石的侍从官，大概与刘岳峙同蒋介石的交情不无关系。
台湾公布的有关马英九个人简历资料，说明马英九于民国 39 年（1950年）7 月 13 日出生于香港。后来，更有人准确地说出他的出生地是位于香港九龙的广华医院。实际上，身在台湾的马英九一直都没有出生证，直到几十年后，马英九从政坛暂退，进入台湾政治大学当教授，才第一次来到香港，终于在广华医院找到了自己的出生证明，这才清楚自己的准确出生日期和地点。
马英九出生于香港，这一点勿庸置疑，问题是，他何以出生在香港而不是大陆或者台湾？有关的介绍文字，出了多个不同的版本。
版本之一：1949年，马鹤凌带着妻子秦厚修从大陆来到台湾。可是，他们的三个女儿还留在大陆。为了接女儿来台，马鹤凌只身潜回大陆。他前往大陆前，因为将怀孕的妻子留在台湾不太放心，便将其安置在香港，以便自己从大陆返回时，一家人能立即团聚。就在马鹤凌在大陆找女儿的时候，秦厚修在香港生下了马英九。直到 1951 年，马鹤凌带着三个女儿从大陆来港，家人团聚，然后才一起来到台湾。
版本之二：1949年，国民党在大陆的败局已定，马鹤凌因为在蒋介石和蒋经国身边，知道国民党下一步将经营台湾，所以，他将妻女等送到台湾，安顿之后，又重返大陆。他返回大陆，据说是为了参加西南的会战。岂知，他离开不久，秦厚修因为送朋友到香港治病，来到香港，并且在香港生下马英九。因为孩子太小，一时无法离去，兼且丈夫身在大陆，她便决定在此等丈夫回来。
版本之三：1949年，马鹤凌全家到达台湾，一段时间后，他奉命前往大陆公干。考虑到在台湾没有任何亲人，马鹤凌便将妻子安置在香港。随后，马英九在香港出生，直到 1岁以后，父亲从大陆来到香港，一家人才离开香港前往台湾。
有人说，马英九的名字源于他的出生地——香港九龙。但据马英九的父亲马鹤凌说，儿子名字中的“英”字，其实并非指香港属英国殖民地。他是一个强烈的爱国主义者，他不会以儿子的名字来做这种纪念。同时，他是一个中国传统文化的继承者和捍卫者，而在中国传统文化中，取名是很有讲究的，第二个字，往往是此人的辈份。湖南湘潭湖田马氏族谱所记，实际是这一支第二十代的字辈。他们所使用的分别是“上尊大人，英才继起”八个字，马鹤凌是人字辈，他的儿子，自然就是英字辈。这个英字，代表的是英才而不是英国，与香港是英国殖民地没有半点关系。马英九名字中的英字，可以说，并不是马鹤凌为儿子取的，而是祖上传下来的。
事实上，“马英九”这个名字，早在马英九出生前便已经有了。那时，马鹤凌就对妻子说，如果生的是个男孩，便叫他英九。妻子虽然也是名门闺秀，可国学方面，毕竟没有马鹤凌研究得那么深那么透，一时不明白丈夫为什么要取这个“九”字为名。他对妻子解释说，九的含义非常广，中国国学最讲究九了。孔子《论语》中有“君子有九思：视思明，听思聪，色思温，貌思恭，言思忠，事思敬，疑思问，忿思难，见得思义”的话，马鹤凌极其喜欢并且引为座右铭，成为自己终身奋斗的目标。还有父亲也希望儿子的身体有“九如”的健康：“如山如阜，如冈如陵，如川之方至，如月之恒，如日之升，如南山之寿，如松柏之茂”。 经过马鹤凌一番解说，妻子秦厚修也觉得这个九字用得好用得绝，所以立即同意了。
在香港，马英九仅仅生活了一年。1951年，马鹤凌结束了他在香港的工作，返回台湾。马鹤凌到台湾后，时刻没有忘记亲人和祖国大陆。在与家人阔别四十年后，马鹤凌给已年届七十的妹妹寄了一首七言绝句：“割别家乡四十年，乍看绿影七情煎。独儿卓立谁呵护，节妇余生谁爱怜。庐墨已为衰草蚀，江乡抒共生槐眠。临安末许款归去，老泪纵横感万千。”寄托了对亲人的无限思念和对祖国大陆的深深眷恋。
不仅如此，马英九的骨子里还浸染着割舍不断的浓浓湘情，虽然从没回过湖南老家，但能够说一口地道的长沙话，最爱喝的白酒也是湖南特产酒鬼酒。台湾是中国白酒继大陆之外最大的消费市场，包括五粮液、贵州茅台酒等知名度颇高的白酒都先后进入了台湾市场，湖南特产酒鬼酒更是受到台湾许多政商名流的青睐。2001年 6月 10 日，酒鬼酒董事长王锡炳、总经理宋清宏率代表团一行前住台湾考察，就曾拜会过时任台北市市长的马英九。
得知家乡朋友远道而来，马英九格外高兴，在交谈中，马英九兴致勃勃地提议：“我们莫讲国语哒，讲长沙话罗！”据当时参加会见的代表回忆，马英九的长沙话说得很地道，间或插一两句老长沙的俚话，让人倍感亲切。马英九解释说，他虽然出生成长都在台湾，但从小却是由长沙宁乡籍的外婆一手带大的，外婆不会说国语，几十年来他和外婆的交流一直是用长沙话。
马英九说，他一直很想回家乡看看，但这个愿望至今仍未实现。每每有家乡的客人来到台北，他也一定会用家乡话来交流。马英九给外界健康、清新的形象，很容易让人误会他滴酒不沾，其实不然，马英九也颇有酒量，尤其喜爱红酒。而举行家宴的时候，他有时候会拿出家乡产的酒鬼酒来喝一小杯，聊慰思乡之情。只有最受他尊敬的客人，才能喝到他珍藏的家乡产的酒鬼酒。
马英九深受父亲的影响，对大陆有着深厚感情。他的两个女儿皆以“中”字为名：大女儿马唯中，小女儿马元中。家国情怀昭然。每当马鹤凌给马英九讲起在祖国大陆的故事时，父子俩都会忍不住热泪纵横。
到达台北之后，马家住在万华一带。万华是台北的富人区。在整个日据时代，万华一带，住的都是台北本土冒出来的富人，虽然他们的财富相对于那些日本商人要少一大截，可对于整个台北的穷人来说，他们的富裕，不是一般人所能想象的。当时的台湾首富蔡溪，就住在这里。
因为这里是富人区，环境自然是台湾最好的。台湾的富人，是在日据时代形成的，他们也不太可能像那些统治一切的日本人一样，将商业区和居住区严格区分开来，所以，万华一带，也是商业繁荣区，居民来自五湖四海，五花八门，难免会有贫富悬殊，鱼龙混杂。
马鹤凌刚刚来到台湾，职位又不高，便可以住在这样一个区域，可见当时的蒋经国，对他是十分信任的和重用的，至少说明当时的党工，身份极其特殊，各方面待遇十分优厚。当时的经济条件，马英九谈到陈水扁时，曾经提及。他指出，自己和陈水扁相比，幼年时家庭条件稍好一些，但也不是非常宽裕那种，小时候同样属于没什么零用钱的。这其实也可以想象，即使蒋介石将大量的黄金白银运去了台湾，毕竟坐吃山空，各方面都得紧缩开支，党工的待遇虽相对一般人好，也好不到哪里。何况，马家祖孙三代，十几口人生活，日子能不艰难？正因为如此，马英九的母亲秦厚修，不得不出来工作。她的工作单位是陈诚主持的重要建设项目石门水库。
马鹤凌是一个十分爱国爱家的人，打从马英九开蒙，懂得读书时起，马鹤凌便开始教他，自己的家乡在湖南湘潭，那里有美丽的湘江。“自门前的湘江边，湘水涟漪，碧波荡漾，下望朱亭，上望石湾，空间辽阔。我家在这湘江岸畔，就像一只匍匐的大鹏，展翅欲飞。”直到今天，这段话，马英九还可以脱口而出。
对于这个儿子，父亲寄予莫大的期望。后来有人说，当英九还小的时候，马鹤凌便希望他将来能够成为“中华民国总统”，这种说法，未免太夸张。当马英九正处于幼年时，台湾是蒋氏的家天下，经过几年折冲，蒋介石已经完全控制了台湾政权，并且正暗中扶持太子蒋经国继位。这是一个极其明显的家天下父传儿承的搞法，别人或许会被蒋介石表面上的言辞蒙蔽，马鹤凌作为蒋经国麾下的一名党工，不可能不清楚。在那种形势下，如果做帝王梦，就是谋反，就是大逆不道。以马鹤凌的儒学渊源，无论如何，他都不可能有这样的想法，更不可能做这样的事。
父亲对子女的严格教育父亲马鹤凌是马英九人生的基石。在教育孩子方面，马鹤凌是极其严格的，虽然马英九是独子，可父亲对他的严厉，远远超过了对几个女儿。马英九说：“父亲就像是理论家，母亲就像是实践家。”虽然在母亲的支持和爱护下成长，每天还督促他读古文、念唐诗，但是严厉的父亲对他的影响更为深远。
马鹤凌一路指点着独子的仕途，但两人个性相差太多，经常意见相左。例如马英九第一次竞选市长前，原本已经说过一百多次不会参选，未料父亲却禁不住媒体的纠缠，透露出将会说服儿子投入选战，从此大众有了成见，觉得马英九只是个听话的儿子，自己根本决定不了大事。后来马英九的表现可圈可点，也逐渐有了自己抉择上的坚持，不过到了 2005 年竞逐国民党主席，父亲再度在镜头前和儿子唱反调，媒体一阵错愕，但也都体贴马英九的处境。好在马英九顺利当选主席后，父亲也同感欣慰。
小时候学校教育恶补成风，不补习仿佛就跟不上时代，刚好马鹤凌的中学同学开了一家补习班，表示愿意让马家小孩免费补习，没想到马鹤凌毫不留情地说：“你不要害我的小孩！”父亲不拘泥于世俗的勇气，一直深印在马英九的脑海里。
马英九的父亲和母亲都是国民党中央政治学校的毕业生。这所学校的前身是国民党中央党务学校，校长由蒋介石亲自兼任。还未毕业的马鹤凌，在新婚时就响应蒋介石“一寸山河一寸血，十万青年十万军”的号召，成为“青年军”的一员。马鹤凌不是为功利而追随国民党，而是终身信奉三民主义的理想而成为一名称职党工。抗战胜利后，他曾本着“民生主义”理念，回到老家，召集家中佃农，把积欠的帐目全部烧毁。1949