多元化、反对党不断强大的现实，国民党必须放下一党独大的身段，处理好与反对党的关系，并善加利用反对党之间的矛盾。基于以上原因，国民党在 1996 年 4月以后就着手党的整顿与改造。之后，国民党中央推出了一系列改造计划。
在 2000 年前，国民党因长期执政而几乎垄断了岛内所有的政治、军事、经济与社会资源，并依凭执政资源在岛内各种大小型选举中获得多数席位。在 2000年 3月的台湾地区最高领导人选举中，因国民党本身分裂导致票源分散，而丧失执政权，沦为在野党。下台后，尤其亲民党从国民党内分裂出去后，国民党的实力迅速下滑。
首先是表现在选票上的实力迅速下滑。在“一党专政”时期，国民党不仅在全岛性的“总统”、“立法委员”、县市长等大型选举中一般都能获得过半数的选票和席次，在县市议员、乡镇市长以及村里长等基层选举中，更是经常囊括 80％以上的席次。下台后，虽然国民党在基层选举中仍能获得 70％以上的席次，但在大型选举中的得票率却迅速下降。如在“总统”选举中的得票率由 1996 年的 54％下滑为 2000 年的 23。1％：“立委”选举得票率由 1998 年的 46。43％ 下降为 2001年的 28。56％ ，席次由 123席下滑为 68 席；县市长选举得票率由 1997 年的 42。22％下滑为 2001 年的 35。15％ ，获得 9个席次，连同台北市，目前执政的县市共有10个。
其次在政党认同度迅速下跌。根据岛内各种民调机构所做的民调显示，在 2000年以前，国民党的政党认同度一般都能保持在 30％以上，但是下野后却急剧下跌到 20％以下，一直在 14％左右徘徊，居于民进党、亲民党之后。
第三是党员人数下降。在 2000 年以前，国民党自己号称有 200万党员。下台后，为了凝聚党员的向心力，国民党自 2000 年 9月起进行的了为期 4个月的党员重新登记。虽然国民党官方数字显示，参加党员重新登记的党员人数已突破100 万，但党中央私下访查发现，实际上真正自行缴交党费、承认自己仍属国民党员的仅余 34 万人。
在李登辉主政的 12 年期间，逐渐偏离一个中国路线，将中国国民党改造为“台湾国民党”，导致党内理念不清、路线争议不断，新党、亲民党相继出走。为凝聚人心，国民党决定重新确立立党理念和路线。在政治定位方面：明确声明国民党是“中华民国的中国国民党，不是外省党，也不是台湾党，更不是台独党”，“本土化”绝不是族群化、省籍化、更不是“去中国化”。
在两岸关系方面：全面清除李登辉分裂路线影响，回归“一个中国”路线。追求两岸和平稳定关系，建立军事互信机制，建构台海和平区。在“国防外交”方面：建构全民参与的现代化“国防”，以精实军队战力，落实“有效吓阻、防卫固守”的战略指导。在经济方面：主张开放“三通”、松绑“戒急用忍”，建构以台湾为中心的硅谷台北、上海以及东京、台北、上海“双黄金三角”，以巩固台湾在全球经贸体系中的关键地位。促进就业机会、改善就业环境，保障劳工权益，增进劳资和谐。
2000年台湾“大选”国民党失败后，李登辉被开除出党，国民党的领军人物变成了连战。
连战 1936 年出生于西安，1957年毕业于台湾大学政治系，取得学士学位，1961年取得芝加哥大学国际公法与外交硕士，1965年获美国芝加哥大学政治学博士学位并留在美国任教，1968年任国立台湾大学政治系客座教授、政治系暨研究所主任，共历时七年。 1975 年连战出任萨尔瓦多共和国特命全权“大使”，1976年奉调回台湾，出任国民党“中央委员会青年工作会”主任，1978年 7月擢升“中央委员会副秘书长”，改兼亚盟理事，10月，出任“行政院”青年辅导委员会主任委员，共历时三年，1981年出任“交通部长”，共历时六年，1984年还当选国民党“中常务委员”，1987年调升“行政院副院长”，1988年任“外交部长”，1990年 6月调任台湾“省政府主席”， 1993 年 2月担任“行政院院长”，8 月担任国民党“副主席”，1996年 3月任副“总统”。李登辉下台后任国民党主席。
亲民党与新党亲民党是 2000 年 3月 31 日，独立参选人宋楚瑜凭借在 2000年“总统”选举中所赢取的 466万票，正式宣布成立以“人民第一”为宗旨的亲民党，并逐步发展为国民党、民进党之外的台湾第三大党。
亲民党成立后，依凭党主席宋楚瑜的个人魅力及“立法院”党团的优秀问政品质，取得了稳步的发展。在 2001 年底的县市长与“立委”选举中，第一次参选的亲民党在“立委”选举中获得 46 个席次，得票率为 18。57％ ，在县市长选举中获得台东与连江两个席次，得票率为 2。36％；在 2002 年初举行的县市议员、乡镇市长选举中，亲民党获得 4席乡镇市长，49席县市议员；在 2002 年 6月举行的乡镇市民代表及村里长选举中，亲民党共获得 58 席乡镇市民代，20席村里长；在 2002 年底台北、高雄县市长及市议员选举中，亲民党共在获得 8席的台北市议员，7 席高雄市议员。
在亲民党成立前夕，台民意调查机构所做的调查显示，亲民党已拥有 12％的支持度，之后一直稳步向上发展，一般维持在 17％左右，居于民进党和国民党的支持度之间。宋楚瑜以 30 万票的些微差距败选后，宋楚瑜在选举中的死忠支持者逐步转化为亲民党的党员、认同者或支持者。亲民党成立首日，各地要求加入亲民党的民众非常踊跃，该党正式党员现已突破 6万大关。从亲民党党员的省籍来看，外省籍、本省籍（包括闽南人和客家人）、原住民等各个族群都有，打破了外界有关由外省籍的宋楚瑜所创立的亲民党将沦为“外省党”的疑虑。
2002年 5月 15 日，在亲民党首次举行的由党员直选党主席选举中，同额竞选的现任党主席宋楚瑜以 99。46％ 的超高得票率顺利连任。目前副主席为宋楚瑜在“总统”选举时的副手搭档张昭雄，秘书长为宋楚瑜担任“台湾省长”任内的“省府秘书长”蔡钟雄，副秘书长为前“省府”发言人秦金生、资深新闻人廖苍松。亲民党目前的工作重心主要放在“立法院”党团，除去已退党的无籍“立委”丘创良，病逝的党籍“立委”谢钧惠，亲民党目前共有 44 位“立委”，包括刘文雄、李庆安、李庆华、李永萍、庞建国、孙大千、冯定国、沈智能、周锡玮、秦慧珠、黄义交、谢章捷、钟绍和、傅昆其等人。
亲民党成立之后，陆续就政治、经济、社会以及两岸关系方面提出了一系列的主张。在两岸关系方面，主张依循“国统纲领”相关原则，在“一个中国，各自表述”的“九二共识”基础上，进行两岸协商，惟未来台湾现况的任何改变，皆须经台湾全体人民的同意。主张发展两岸经贸，尽速开放“三通”，以大陆市场及资源发展台湾经济。在政治上主张建立权责相符的“宪政体制”，回归“双首长制”的宪政规范等等。在经济上主张解决失业问题，改善投资环境，加速财金改革，重振经济发展。厘清政商关系，杜绝一切黑金白金政治，创造廉洁有效率的投资环境等等。在“国防、外交”是，主张建立全民“国防”，强化科技战力，发展“多元外交”与“全方位外交”，采务实态度参与国际社会。
亲民党主席宋楚瑜 1942 年生，其父为宋达。曾就读于台湾政治大学外交系，1966年赴美深造，先后获得美国加州大学政治学硕士、天主教大学图书管理学硕士及乔治城大学政治系哲学博士学位。1974年任“行政院”蒋经国英文侍从秘书，并担任蒋经国的英文翻译。1979年任代理“新闻局长”，1981年被选为国民党第十二届中央委员，1984年后任国民党中央文化工作室主任、中央党部副秘书长、秘书长、台湾“省主席”，1994年当选为台湾“民选省长”。1999年，宋楚瑜与国民党决裂，以独立参选人身份参加 2000 年“总统”选举。失败后，成立亲民党，任该党主席。
新党是 1993 年 8月 10 日，赵少康、王建煊等 7名国民党中生代“立委”因不满李登辉日益偏离一个中国原则，推行“台独”分裂路线而另组新党。
新党成立之初，活跃于台湾政坛，表现出强劲的生命力，成为国民党、民进党之外的第三支力量，并在“立法院”扮演关键性少数的角色。但自 1997 年后，新党因政治诉求失焦、内讧不断等原因逐步陷入泡沫化危机，在 2001 年底“立委”选战中，更因同质性极高的亲民党的挤压而走向泡沫化。表现在选票上的实力逐渐消弱。在初试啼声的 1993 年底县市长选举中，获得 5。54％的选票，一举跨过 5％ 的政党门槛；1994年底省市长选举得票率为 7。70％；1995年底第三届“立委”选举得票率为 12。95％ ，获得 21 个席次，成为“立法院”关键少数；1996年初第三届“国代”选举得票率为 13。67％。但是自 1997 年后，新党的实力不断削弱，如在 1997 年底县市长选举中，新党仅获得 1。42％的选票，颗粒无收；在 1998 年底的“立委”选举中，新党得票率下滑至 7。06％，仅获得 11 个席次；在 2001 年底的县市长及“立委”选举中，新党仅在“立委”选举获得 1个席位，得票率降至 2。61％，因未跨过 5％ 的政党门槛而走向泡沫化。其次是党员少。
由于新党在成立之初自我标榜为“柔性政党”，因而在党章规定，党员享有充分的自主权，随时可以加入或退出，也不必交纳党费，导致新党缺少实质意义上的党员，大多为认同新党的“义工”和“精神党员”。在新党实力鼎盛的时候，新党自己号称“精神党员”达到 6万，目前党员总数仅有千余人。第三是政党认同度低。新党在成立之初的政党认同度高达 10％，最高峰为 15％，但之后认同度逐年下除，目前仅维持在 2…3％ 之间。
新党的政策主张在“建党宣言”中明确标榜将发挥“革新政治、安定政局、制衡两党”的作用，认同孙中山先生的理念，追求民族统一、政治民主、民生均富的目标，坚守公义、平等、安全、务实、干净的原则。具体主张为：在两岸关系方面：新党主张中华民族应固守原有之疆域，守死不去，一寸山河一寸血，不容异族染指，亦不容分裂国土。坚决反对“台湾独立”、割裂民族脐带，自绝于10亿同胞。在发展两岸经贸方面，开放两岸直航，促进全面交流；保障台商权益，争取大陆市场；建立互利共生的“大中华经济圈”。在政治方面：反对专制政治，反对独裁，主张实行“内阁制”，反对黑金贿选等等。在组织运作上，则以议会为中心、民意为依归、选举为方法，并以民选公职人员为组织运作的核心。
新党在组党宣言中宣布了五点宣言和八项主张，核心包括“政治改革、党内民主、反金权、反台独”。新党成立后，生气勃勃，第一次参加“立委”竞选就取得了 21 个席位，成为台湾政坛的第三势力。但后来由于内讧不断，其发展受到了很大影响。
目前新党的发展面临很多因素的制约和挑战。一是民意基础不够雄厚，政经资源有限。虽然新党强调以中产阶级、知识分子和弱势族群利益“代言人”自居，但其支持者以大陆籍军公教人员和荣眷属为主，势力范围以台北市等都会型地区为主，其中又以中青年知识阶层占多数，以致被贴上“外省党”、“都会党”标签。由于台湾的所谓“政党政治”从一开始就走上一条过分依赖政经资源的畸形发展之路，因此现阶段新党在本省籍民众占总人口多数的台湾势难成为主流政党。
二是政风难树一帜，问政表现乏力。在“内政”、“外交”等问题上，新党的政策主张不能向民众清楚地表明其与国民党或民进党有所区隔，这是新党面临的一个深层次发展瓶颈。一些新党成员自诩为“正统的国民党”，提出“反李不反国（民党），反独也反（中）共”，就说明了该党在理念和主张上的矛盾性和局限性。
三是“明星”效应难以为继，素质开始下降。新党由建党时的所谓“七人党”发展为岛内第三大党，在很大程度上是依赖几个“明星”人物的形象，并以此成为外省族群倚赖和年轻人青睐的对象而成长。但时至今日，“明星”光环渐退，时有龃龉，内讧不断，不仅使党的号召力受挫，而且直接影响了组织运作而导致党的体质下降。四是选举成绩不佳，地位和影响江河日下。�