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对付宋楚瑜，并不是太容易，毕竟，宋楚瑜是通过民选的“省长”，任期还没有到，不能轻易调任。结果，他想出一个绝妙的主意：“冻省”。台湾政权管辖仅仅一个省，还需要设立省一级政权吗？这明明就是机构重迭，对于这一问题，实际上，早几年就已经提出来了，只是由于种种原因，一直不曾提上议事日程，现在，他要扳倒宋楚瑜，这是最好的借口。
还是像从前一样，李登辉暗中指示手下人，先让媒体大造一番舆论，然后他又假惺惺地拿到“立法院”讨论。结果自然是很快通过了。于是，他立即宣布停止“省政府”以及“议会”等相应机构的运作。宋楚瑜这个当初捧李登辉上台的“英雄”，就这么轻而易举被干掉了。
对付马英九就更容易了。马英九扫黑，触动了很多人的利益，各种压力随即而来。对于马英九扫黑，李登辉是最恼火的人之一，他让马英九去当“法务部长”，原本是想让他去当“不管部长”的，没料到他生出如此之多的事来，那些有实力的黑道人士，人人自危，自然要向李登辉施加压力。李登辉是台湾黑金政治的总头子，他下面，徒子徒孙不知有多少，这些人利益一旦受到威胁，自然会找李登辉。何况，他早已不喜欢马英九了，现在见马英九成了整个“行政院”最受民众欢迎的一个官员，成了一个政治明星，他深感不安。 1995 年底，为了打击马英九，李登辉开始行动。李登辉要除掉某个人，最惯常的做法，就是釜底抽薪，让你当光杆司令，没有任何实权。李登辉越过马英九召集“高层治安会议”，这个会议开完之后，马英九才知道消息。在这次会议上，李登辉开始重用他自己的亲信廖正豪进入“法务部”分掌权利。
李登辉希望的结果是马英九像郝柏村一样，自动提出辞职。可马英九性子好，他明知道李登辉已经对自己极度不满，将自己的权夺走了，但既不吵，也不辞职，只要有机会就施展自己的权力和本事，让李登辉一时间也拿他无可奈何。李登辉没办法了，便一边抱怨他是窝囊废，一边考虑怎样搬走他。
时机终于让李登辉等来了。1996年，治安形势开始迅速恶化。新年钟声刚刚敲响两小时，一声枪响，屏东县“议员”林明顺差点命丧黄泉。接下来的一个月时间里，又发生了几起大案，民进党籍的“立法委员”萧瑞征在自家大楼遭人开枪打死，国民党籍“立法委员”陈涌源在竞选连任时被人开枪打成重伤，高雄“地检署检察官”张金涂遭枪击成重伤。这些大案，无一不与黑道有关，例如萧瑞征曾是“十信案”的风云人物，他将多位大员拉下马，自然有人会仇恨他。而张金涂则是马英九扫黑行动的锋头人物。
两个月后，民进党籍“立法委员”彭绍瑾又在家门口被人砍成重伤。岛内普遍认为，彭绍瑾是因为积极介入反黑金政治而遭报复。因为彭不仅自己介入以及支持马英九行动，而且，多次在“立法会”为马英九张目，公开支持马英九扫黑。这一连串案件的发生，马英九受到了朝野的责难。但实际上，此时的马英九，对于“法务部”已经失去了控制权。李登辉需要的正是这种效果，他当即以社会治安恶化为由，于 1996 年 6月调马英九任无职无权的“政务委员”，由廖正豪接任“法务部长”。廖正豪上任后，治安情况持续恶化。
有人怀疑 1996 年社会治安恶化是有“高人”在背后指点，此说只是一种怀疑，如果这种怀疑属实，不知是否与李登辉有关。现实是一连串的治安案件，使得连战“内阁”饱受非议，人们并不说这一切都是因为国民党腐败的结果或者是李登辉执行黑金政治的必然结局，而是归罪于连战，说是他领导无方，要求“内阁”集体辞职。恰在此时，发生了白晓燕案。
台湾著名电视节目主持人白冰冰的女儿白晓燕，上学途中遭人绑架勒索，白冰冰虽然准备了赎金，但最终还是遭撕票。此案引起台湾社会极大的轰动，各大媒体，每天都有大量篇幅报道此案的消息。此案发生后，民间对于“政府”的不满达到前所未有的程度，民众纷纷表示，现在“政府”连一个几岁的孩子都保护不了，这样的政府能相信吗？
对于这起案件，马英九内心深处的伤痛，似乎不比白冰冰弱，也不弱于社会上其它任何人，他甚至觉得，白晓燕之死，自己负有不可推卸的责任。当初，他担任“法务部长”原是想在社会治安方面有一番作为，他也确实在朝着这个方向努力。他甚至公开表态，除非自己被黑社会的子弹打倒，否则，他扫黑的决心不变。可他没有想到的是，自己没有被黑社会的枪子打倒，倒是被自己阵营内部的权力斗争打倒了。这件事，让他对当时的李登辉政府彻底失望。在他看来，如果仍然留在“法务部长”任上，如果扫黑行动没有“政府”方面的阻力，一直持续到现在，白晓燕案，很可能便不会发生。他觉得，白晓燕并不是黑道分子杀的，而是被这个无道的“政府”杀的。
因为对李登辉执政的极度失望，虽然白晓燕案与马英九已经没有丝毫关系，他还是毅然写了辞职信，是“行政院”中第一个为此提出辞职的官员。他在辞职信中说：“‘国内’接续发生重大事件，社会为之震惊，民怨为之沸腾，英九忝为内阁之一员，对此发展深感痛心、无力，为表负责，乃决定辞去现职。”这句话，真实体现了马英九当时的心情，他是因为感到无力，然后痛心，所以才决定以辞职的方式表达自己的不满，他才会觉得“改革阻力重重，人民积怨日深……若干情势之演变，令人困惑，基层已有‘为何而战’的质疑”。
他的辞职，迅速成为一件大事，许多记者竞相采访他。有一位记者对他说：“最近民众对政府的不满和你并没有什么关系，为什么做出这么大的决定？”马英九回答说：“有没有关系，我觉得是个人的感受问题。”
其实，也并非完全没有关系。这一事件发生后，便有人提出要清算马英九，原因是他在“法务部长”任内，放宽了假释尺度，使得很多罪犯因假释而出狱，此次参与绑架白晓燕的罪犯，便有假释出狱然后又作案的。因为要打击马英九，各方面便拿此说事，他们不谈马英九打击黑势力所取得的成就，也不谈他所顶住的巨大压力，所冒的生命危险，只是盯住了这一点，认为马英九要对白晓燕案负责，要对最近社会治安恶化负责。
但是，民众对马英九却是认同的，得知马英九辞职的消息后，很多人都觉得这是台湾“政府”的一大损失。民进党“立委”叶菊兰公开在“立法院”向马英九表示：“从政多年来，我从未公开赞美一个国民党党员，但今天是例外，我要公开赞美你。”
对于马英九来说，这确实是最高评价，因为这个评价，不是来自他的盟友，不是来自喜爱他的民众，而是来自他的政敌。
马英九的奇闻轶事马英九不仅工作起来兢兢业业，铁骨铮铮，刚正不阿，热心公益事业，也是岛内最具公益形象的政治人物。作为明星“市长”，马英九给别人颁奖的机会是非常之多的，当然，也有别人给他颁奖的机会，在他所受过的所有奖项中，有一项奖极其特别，即2004年他接受“中华捐血运动协会”所颁发的特别奖。他之所以能够获得这个奖项，是因为34年来，他总共捐血达146 次，平均每年捐血达4 次以上。
在这次颁奖仪式上，马英九照例发表了一番演讲，他说，捐血不分党派，这些年来，岛内引起了不少的纷争，他建议大家用捐血来化解这些纷争，还台湾一个安宁幸福的社会。同时，他也开玩笑说，血牛已经成为历史，他是“血马”一条。在台湾，捐血的纪录，并非由马英九来保持，而是一个名叫张国森的人，他在27年时间里，捐血805 次。
马英九说，勇于卷起袖子输送爱心的情操最能显现“骨肉同胞，血脉相连”的含义。也最让人感动。马英九还称，由于六十岁就不能再捐血，所以他要赶在有生之年“拼业绩”；他的器官捐赠卡“不知签了多少张”。死后的“臭皮囊”早就捐给“慈济”公德会，他幽默地笑着说，“全身没有一处是我的。都被预约光了”。
马英九个人生活很简朴，他说花多了钱会有罪恶感。马英九每天工作17个小时，不抽烟、不上酒家、不跳舞、不赌博，理财法就是把薪水交给老婆。不过他有一个“马英九指定用途信托专户”，担任“国大代表”时的薪水全数捐出，目前有将近300 万元，每年固定捐出15万到20万元，作为公益用途。
穿在他身上的其它配件大多是“古董”：内衣要穿到破了才换新、手表是结婚时岳父送的礼物、热爱的蓝衬衫是大姐马以南在三十几年前送他的、球鞋仍是当“法务部长”时那双（鞋底已用飞机胎补了好几次，补一次台币50元，可以沿用一二年）、随手惯用的派克笔现在派克公司已经不出了……他十几年前的西装还会送去改改再穿，在第一次选市长的时候，他终于用断了大三时候的皮带。他只有领带的颜色挺注重，因为常须参加婚丧喜庆，必须合乎礼仪。还有袜子绝不能破洞或补过，因为会不舒适。这样一个声名显赫的政治人物，其节俭程度令人难以置信。
马英九在生活上的自律节俭几乎到了清心寡欲的程度。他恨不得把所有时间都放在工作上，几乎没有私人生活。除了从事政治活动。阅读法律、历史、文化、国际关系方面的书籍，他从不去做一些和工作无关的娱乐活动。这或许和马英九小时候严格的家教有关。父亲教育他不要有任何玩物丧志的不良嗜好，只鼓励他打球或跑步健身。结果跑步成了马英九工作之余唯一的运动。
马英九在任“台北市长”期间，一天两顿只吃盒饭，即使要出席应酬，也是吃过盒饭才去。在宴会上，他几乎不吃东西。他做市长头3 年吃了2000个盒饭，并且每次吃个粒米不剩。但是很奇怪，从来没有人认为马英九寒酸，也不觉得他失了什么品味。
马英九爱吃香蕉，午餐总要吃一根香蕉。工作忙来不及吃时，他会把香蕉放在办公桌上等忙完了再吃。有一次，马英九太忙了，香蕉摆到变黑，秘书整理时就把它丢掉了。不料马英九回到办公室，想起那根变黑的香蕉，怎么也找不到。忍不住问秘书。秘书只好尴尬地说，她看香蕉变黑了，就“处理”掉了。马英九虽没有责怪秘书，却慎重地告诉她，香蕉变黑了也可以吃，表面上黑了其实里面还是白的。秘书只好告诉马英九，香蕉已被她吃掉了，马英九这才笑了起来。
马英九身高 1。78 米，体重 75 到 78 公斤的骨架，类似西方人的“宽肩厚胸”，帮马英九制作西装的永泰西服老板林丕龄，盛赞马英九的身材。老婆不喜欢他穿浅色衣服，因为看起来比较胖，但他有时会尝试较鲜艳的衬衫，被金溥聪戏称是“香港人风格”。
马英九的右前额总有一绺头发很容易掉下来，因此必须抹上发胶才能服服贴贴。他经常必须面对镜头，因此在家会照镜子模拟，找出自己端正的表情，以免像别人那样眼歪嘴斜或怪动作一堆。他也录自己的音，努力自我练习说话，务求口齿清晰不急不徐，让情绪平稳到不影响说话内容。
马英九有时候让人看来很拘谨，甚至不近人情。他有一位大学时代的好朋友，很早便进入台湾政坛，同样非常有才华，只是官运不佳。马英九虽然比他后跨入政界，却后来居上，33岁便当上了国民党中央党部副秘书长。朋友想，大家是这么好的朋友，让他提携一下，应该没什么问题。台湾政坛就这个风气，谁不拍谁不送？他买了些东西去拜访马英九，结果，礼物被马英九退了不说，提携的话，也被马英九堵回去了。事后，他心里很气，暗想，真没想到，你是这么个不近人情的，早知就不来求你了。
事过多年，他对马英九不沾锅的性格有所了解，也将这事忘了，仍然和马英九保持着友谊。马英九当上台北“市长”前后，他在政界混得不如意，便急流勇退，弃政从商，自己去办杂志去了。
不久后，两人在一次活动上相遇，马英九问起他的近况，他如实以告。马英九立即说：“好，我要订你的杂志，一年多少钱？”他心想，都这么好的感情，哪里需要你订？立即说：“你不用订了，我每期给你寄。”
圈内的规矩，如此熟人，又是名人，赠阅杂志，是平常事一件。他也确实打算以后按期给马�