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这一时期，马英九除了干这些职责之内的工作之外，还干了大量职责之外的工作。最主要的是主持“修宪”工作。这项工作，在蒋经国时代便已经有了动议，然后由李登辉提出来的。此前“中央民代新陈代谢案”，可以说是为这次“修宪”做准备，而此次“修宪”的重要条款之一，便是“总统”选举办法。
马英九在主持“修宪”文案时，采用的是蒋经国所定的调子，即“委任直选”。所谓委任直选，是指由民众选出“国民大会”代表，再由这些代表根据所代表民众的意愿，投票选举“总统”。这种选举方法，好处是“国代”均由各个地区选出，为当地选民所熟悉或者喜爱，代表着相当的民意。此外，“国代”选举和“总统”选举一次完成，缩小了选举规模，是一种非常节约的选举。当然，肯定也存在弊端，比如“国代”很可能受某些因素左右，只代表个人而不代表民意。又比如，美国选举中所存在的问题，获胜者胜了选举人票，却并不一定胜了民意。
这一方案，李登辉最初也是同意的，因此便成为定案。但是，李登辉表面一套，背后一套。他在暗中发起了这次论争。至于李登辉的个人目的，也十分清楚。自他掌权以来，一直都为一件事感到异常头疼，那就是“府院”分权。“行政院长”虽然由“总统”提名，“立法院”通过，表面上看，“行政院”是在“总统”领导之下。可实际上，在许多方面，“行政院”的职权非常之大，像李登辉这种“总统”远不如蒋经国等能够绝对控制权力的情况下，“行政院”便容易形成和“总统”对立的局面。如果“公民直选”，“总统”的职权，在名义上便要大得多，“府院”分权甚至是对立的情况，便不容易出现。此外，李登辉掌权以来，一直存在着争议，他如果能够“民选”当上第一届“民选总统”，这种争议，便自然消失了。
为此，李登辉首先开始在民间搞小动作，一方面煽动一些人出来高叫要搞“公民直选”，另一方面又暗中操纵舆论。如此一来，所有人措手不及，尤其是马英九他们这些负责起草有关文案的人，离三中全会召开只有几天时间，需要拿出一个新的选举方案出来，简直是在开法律的玩笑。
为此，马英九和李登辉便产生了巨大的矛盾，马英九由此看出李登辉这个人极其阴险，为了自己个人的利益，可以置全体民众的利益而不顾，可以置法律的严肃性而不顾，任意枉为。
最终，李登辉利用那些怀有朴素民主意识的民众获得了这次大争论的胜利，极其匆忙地弄出了一个“公民直选”方案。这个方案因为没有充分的酝酿以及多次的讨论修改，存在的弊端是显而易见的，在后来的实际选举中，这些弊端一一显现。由于这一事件，马英九彻底看透了李登辉，两人间的矛盾，愈来愈深。而李登辉也觉得马英九已经不是自己的支持者，便开始在各方面打压他。
马英九扫黑与李登辉的排挤1993年 2月至 1996 年 5月，马英九担任台湾“法务部”部长。以前的“法务部”，基本没什么具体执法行动，相应的执法行为，均由相应的职能部门完成。从某种意义上说，“法务部长”是个闲职，历任“法务部长”做的都是太平官。但马英九做“法务部长”却没闲着。马英九在“法务部”部长任上的政绩，大概从陈水扁一则攻击马英九的话中可以看出点门道：“马英九最自豪的就是查贿选。但是我们发现，马部长任内，共起诉被告 7530人，结果被判刑有罪确定的不到一成！其中，省市议长、副议长被起诉了 38 位，如果依马英九把起诉人数当成政绩的逻辑，结果是没有一个被判有罪；而第三届‘立委’选举，马部长共起诉了 5098 人，判决确立的竟然不过 59 人！这又叫什么人权正义？马部长乱查贿选，堪称史无前例！！”
正确解读一下这番话，我们发现一个事实，马英九 3年任内，仅查贿选一项，便起诉了 7530 人。而这些人中，涉及“第三届立委”选举的，便多达 5098 人。台湾多大个地方？不过 2300 多万人口而已，比陕西省的人口还少，仅贿选，便涉及如此之多的人。这个数字表明，三年内，每 2700 人中，便有一人涉及贿选，而 2700 人中，大约有一半的人没有选举权或者是不会参加投票。数字何其触目惊心。从而也可以看出，马英九查贿选，决心和力度有多大。
据 1994 年 7月 18 日台湾《自由时报》报道，在 1994 年基层村里长及乡镇市民代表选举中，据保守估计，有黑道背景的当选者至少有 150人，而各县市情况有所不同，台中县各乡镇市民代及村里长的选举中，有 20 多位黑道人士参选并当选，当选率达 100％。
彰化县乡镇市民代选举中，有 50 人当选。嘉义县乡镇市民代选举中，黑道兄弟多以高票当选。高雄县乡镇市与村里长选举，与黑道关系密切的当选者有 40多位。台湾不少乡镇市民代，实际成为黑道势力的地盘，黑道治乡的名称，也由此产生。
台湾不仅地方民意机构日益黑化，就连“中央级”民意机构——“立法院”和“国民代表大会”这种最权威的地方，也成为黑道角逐的目标。“黑道老大虽不如地方民意机构那样多，但也有数位，而且，都是位高权重，实力非一般人可比。据台湾媒体报道，全面直选后的各届”立法院“，一般均有 10 位左右的黑道”立法委员“，其中更有几位黑道”立法委员“连选连任。尽管有不少”立法委员“本身不是黑道出身，但与黑道关系密切。黑道大佬办红白喜事，往往会有许多”立法委员“公开现身，并且毫不遮掩自己同黑道的关系。
为什么会出现这种情况？看一看李登辉以及他宠信的几位政坛大佬的说法，便可知一二。
李登辉曾说：“黑道势力中外都有，不独台湾才有，社会自由化了，各种力量都可以出来。”按他的说法，黑道的出现，是社会自由化的表征，黑道越猖獗，越表明这个社会自由化程度越高，越民主。而李登辉的信徒则说得更为清楚明白：“当政者应容忍某种程度的金权黑权存在……金权黑权是巨大的社会力，对政权的取得与维持有帮助。”
此人还振振有词地说，“站在民主政治立场，黑社会分子为中华民国国民，享有宪法所赋予的一切基本人权，包括选举与被选举权，及参加政党从事政治活动之权利。既是如此，黑社会分子只要没有被法律制裁剥夺公权，而同时又拥有足够的民众基础，则其被提名或被选为各级民意代表，乃是民主政治之当然现象。”另一位李登辉的要员则说：“黑道也是选民，为什么不能有民意代表？”“黑道都是爱国的，没有黑道就没有中华民国。”
马英九不会持有这样的观点，在他看来，黑道就是犯罪，如果明知这些人是黑帮分子，并且仍然在从事一系列犯罪活动，却不能惩治他们，甚至让他们以非法手段进入各级民意机构，那不仅是对法治的践踏，而且是对人民的犯罪。
刚刚当上“法务部长”时，他看到台湾刑事警察局呈报上来的一份资料，台湾各县市 1994 年新当选的议员中，有帮派、管训记录及刑事前科者共 300人，超过总数的三分之一，在台湾 21 个县市议会中，这次当选的大部分议会正、副议长有种种不同的犯罪记录和前科，甚至有犯有杀人罪的前罪犯。这份资料令马英九触目惊心，他当即决定开展以贿选为目标的扫黑行动。
他决定采取这项行动的时候，“法务部”的一些公职人员以不同的方式劝他不要太冒尖，这件事肯定吃力不讨好。这类案件因为背景极为复杂，又是有组织犯罪，查起来非常之难，取证的可能更是微乎其微。将涉案者逼急了，万一不能过关，他们也往往是出钱拉上一两个替罪羊了事。结果很可能是打虎不成，自己反被咬上一口。马英九要办这件事，首先便有可能得罪这些情治部门。此外，所有的黑道势力，都有特殊的背景，他们甚至在高层都说得上话，一旦把他们逼急了，自己的乌纱帽便有可能不保。正因为如此，历任“法务部长”都只是当太平官，对于诸多涉及黑道的各类案件，全都睁一只眼闭一只眼。
马英九偏偏不信邪，迅速开始了声势浩大的扫黑行动。他的扫黑行动，主要集中在三大方面，一是肃贪，这是针对官员的；二是查贿，同样针对的是官员；三是扫黑和反毒，这是为了还台湾一个纯净的天空，挽救更多的青少年。更为关键一点，他要做出一种姿态，对黑道势力起到一种威慑作用，从而打开扫黑的局面。
他这边行动一开始，将他的家人吓坏了。家人朋友纷纷劝他，这事别那么张扬，那些黑道人物是不好惹的。黑道也放出风声，叫他别赶尽杀绝，否则先考虑一下自己的归宿。面对重重压力的时候，是他的父亲站出来支持了他。他的父亲对媒体公开说：“文天祥和郑成功只活了 39 岁，英九已经比他们多活了 5年了。诸葛亮死时 54 岁，英九也只差 10 岁。”
任职三年间，马英九雷厉风行，肃贪、查贿、扫黑、反毒，共起诉 7500 多人，其中有将近 400人具有“民意代表”身份。因查贿得罪了太多权贵，三年后，他被调任位高权虚的“政务委员”。
1996年，李登辉终于如愿以偿，当选为第一任“民选总统”，此时，他第一个要对付的人，不再是那些国民党的元老级人物，而是那些令他极为不放心的中生代。连战、宋楚瑜、马英九这些崭露头角的人物一个个上了他的黑名单，成为他要对付的第一批。
首先是连战，他从政，深得其父真传。据说，他的父亲连震东曾向他面授机宜，告诉他，当官就像骑自行车，要不断地点头，又不断地用力蹬。所以，连战当官，禀承的恰恰是这两个要点。但是，并不等于说他就因此只是言听计从，他当过“外交部长”，又当过一任“台湾省主席”，现在让他当“行政院长”，却又不让他组阁，他自然不乐意，对于李登辉交给他的那一长串名单，他并没有照单全收。例如和李登辉关系极为密切的原“台北市长”黄大洲，竞选连任时输给了陈水扁，便有意要去“行政院”弄一个“部长”当当。李登辉也默许这件事，连战却说：“黄大洲和我是亲戚，现在用他不大好。”挡了驾。同时，他又在“行政院”内安插了几个自己的人。对此，李登辉心中，已经对他产生了不满。
再就是宋楚瑜，李登辉替他安排了一个好职位，让他去当“国防部长”，可是，宋楚瑜志不在此，他知道，一旦涉足军队，想出来不那么容易，而以后自己想在政界更上一层楼的时候，又会有军人不能干政的麻烦。他已经看中了“台湾省主席”这个位置。这件事，让李登辉对宋楚瑜的忠诚起了疑心。宋楚瑜虽然善于嘴巴冲锋陷阵，同时，也是个实干家，而且能力在所有中生代中，绝对属于第一。他当上“台湾省主席”之后，便一头扎进了基层，全省 309个乡镇，他一个不漏地走了一遍，有些乡镇，他甚至去过好几遍。一年多时间，他竟然干了这样一件事，马不停蹄地在乡下奔走，差不多每天就是一个乡镇。他一再宣称，“省主席”的办公室是在台湾省的每个角落。为了这次大巡回，他订了一辆 9人座位的福特旅行车，车上备有书报袋、传真机和电话，他在车内就可以随时与台湾当局、省府及地方人士联络。因为宋楚瑜在车上办公，全省范围内，任何一地出现紧急情况，他总是能够第一时间亲临现场指挥，一时间，到处可以见到宋楚瑜的身影，媒体每天都是他的消息，出镜率远远超过了当“总统”的李登辉。
宋楚瑜的影响力迅速扩大，直逼“总统”的李登辉。1994年 12 月首届“台湾省长”选举，他以 473万票当选。这个得票数，令李登辉大吃一惊，他突然想到，如果宋楚瑜竞选“总统”并且同样得到这么多票，那么，他的好日子便到头了。此时，他才真正意识到宋楚瑜想去当“台湾省主席”的真实意图所在。他被这件事吓了一大跳，开始考虑怎样制裁宋楚瑜了。
对付宋楚瑜，并不是�