接下来，蒋经国接见外宾，马英九担任翻译。这项工作结束之后，蒋经国像从前一样，问道：“英九，有什么事吗？”马英九觉得这是一次机会，便将赵少康、洪昭男提案以及此前已经有不少老兵穿文化衫请愿的事，对蒋经国说了。蒋经国当时问马英九：“你对这件事怎么看？”
马英九本人没有故乡情节，毕竟他觉得自己的故乡就在台湾，即使对出生地香港也没有丝毫印象，他所有的记忆，全都在台北。但是，他知道自己的父母故乡情结很重，就是自己的姐姐们，也都有着浓浓的故乡情结。尤其是马鹤凌，他的妹妹马元英就在大陆，这么多年过去了，年龄大了以后，常常会想起。
早在 1983 年，马元英的儿子刘肇礼，就曾接到过一封来自美国的寻亲信，这封信是在台湾的舅舅马鹤凌委托在美国的大女儿马以南从美国寄来的。从此以后，甥舅之间鱼雁往返，从未间断，达二十余载。这说明，身为国民党高级干部的马鹤凌，早在之前便已经“通共”。“通共”当然是按照当时台湾国民党的法律而言，马鹤凌老人之举，完全是思乡所致，他牵挂着家乡的祖坟，更牵挂着家乡的亲人。接到外甥回信后，马老先生异常激动，当即提笔写了一首诗赠予与自己血脉相连的妹妹马元英：“割别家乡四十年，乍看绿影七情煎。独儿卓立谁呵护，节妇余生谁爱怜。庐墨已为衰草蚀，江乡抒共生槐眠。临安未许款归去，老泪纵横感万千。”
这所有一切，马英九自然是知道的，父亲的这份乡情亲情，他是感同身受。只不过最高决策层对此始终未曾松口，他也不便说什么。此次在“立法院”听到“立委”就此提案后立即向蒋经国“汇报”，恐怕也是缘于这份浓浓的乡情。
当时，马英九对蒋经国说，他听说这些事后，觉得心里很不舒服。这些老兵在台湾生活了那么多年，听说他们中许多人一辈子没有结婚，身边又没什么积蓄，非常可怜，所以心里很难受。他觉得台湾能有今天这样好的生活，也有那些老人一份功劳。他马英九今天在享受那些人给自己提供的富裕，却对他们晚年的状况无能为力，他感到自己对他们有愧。
他这话说过之后，蒋经国好一会儿没说话。片刻之后，蒋经国要他去和“总统府副秘书长”张祖诒商量一下，看能不能搞出一个可行的方案出来。马英九想不到这么容易就得到了蒋经国许可，自然是兴高采烈。告辞之后，马英九立即和“总统府副秘书长”张祖诒取得联系，两人很快便见面了。马英九将此行的目的对他说出，才知道，蒋经国刚刚和他提起过此事。蒋经国的意思是基于人道精神，政府似可考虑开放民众赴大陆探亲。但此事需要慎重考量，提出详细方案后报批。当时，马英九和张祖诒商量了一个总体原则，然后向蒋经国汇报。蒋经国同意了这个原则，再指定马英九制订一个详细方案。
接到这项任务后，马英九立即组织了几个人开始研究这一方案。因为这是一次极其重要的事件，对外一定要保密，为了做到不轻易泄露，马英九便想给这个方案取一个隐讳的名字。他想到了《左传》第一篇《郑伯克段于鄢》中的历史典故：郑庄公为颖考叔的至孝感动，采纳其巧思与失和的母亲姜氏在隧道中重逢团聚，因此取代号为“颖考专案”。
经过几个月的积极工作，1987年 6月 4日，这个专案由马英九亲自送给了“副总统”李登辉。再由李登辉拿到“12人革新小组”讨论。据马英九说，他所起草的那个方案，在“12人革新小组”专题讨论了 5次之多，最后才定稿送蒋经国最后审定。
此前提到的台湾媒体一些相关大陆的报道也在此前后，大陆方面的一些报道称，这是因为台湾媒体推动了两岸交流的实现，这或许是因为不了解情况的某种误解，其实还有一种可能，那就是国民党已经有意做这件事，所以先在媒体上适当放一放风，试探一下有关方面的反应。
1987年 9月 16 日，合众国际社的一则电讯颇富意味。据这则电讯称，一位国民党中常会委员说，决策的国民党中央常务委员会 16 日一致通过，取消实行了 38 年的台湾人访问中国的禁令。这位要求不透露姓名的委员对记者说，这项决议已提交“内政部”，建议采纳这个新政策，并早日公布。他还说在会上没有一名委员反对，而且没有人提出政治上反攻一类的事。
此消息发布后，引起各方的关注，因为报道未透露姓名，因此各方猜测颇多。最典型的一种说法，指这不是一起泄密事件，而是国民党有意而为之。
10月 15 日，“行政院内政部长”吴伯雄在记者招待会上正式宣布民众可以探视“三等亲”为由前往大陆。11月 2日，第一批返大陆探亲的人士正式成行。
据马英九公布说，台湾方面统计，1988年台湾总计有近 44 万人次前往大陆，到了 1992 年，已经突破 100万人次，到了 21 世纪，平均每年超过 300万人次。在贸易方面，台湾对大陆贸易于 1992 年开始出超，此后年年超过对美国的出超。台湾的经济增长率中，对大陆贸易出超部分，便占了 22 ％，他非常肯定地说，如果没有这笔贸易，那么，自上世纪 90 年代以来，台湾经济，将出现严重的外贸赤字。
可以说，这些年的台湾经济，正是由对大陆贸易在支撑着。而这一具有历史意义事件中，马英九所做的贡献，是不可忽视的。
蒋经国的最后岁月1987年 12 月 25 日，是国民党“行宪”40周年纪念日，每年的这一天，都要同时举行“行宪”纪念大会、“宪研会”和“国大代表”年会联合开会典礼。
“总统府”事前已经获得情报，民进党将于会场内外发动示威，特别是会场内，“国代”们在蒋经国讲话时，会有抗争举措。中央党部秘书长李焕和“国家安全局长”宋心濂主持“安全会议”商讨对策，大家的意思是蒋经国的身体状况不佳，最好不要出席这次会议。但蒋经国否定了这一提案，表示一定要参加，而且坚持要发表讲话。
当天上午 9时，蒋经国准时到达中山堂，随后由蒋孝勇等推着轮椅出现在主席台上，蒋经国向与会者挥手致意。
马英九出席了这次会议。据他回忆说，蒋经国上台后，向代表们作了简短的致意，然后由“国大”何宜武秘书长代读“总统”讲词，重申民主改革的决心。在此期间，台下民进党“国代”开始抗议，举起白布标语大声喊叫。马英九说，当时，他非常认真地注意过蒋经国的表情，他说：“当时经国先生的表情和现场情景，给英九留下永难忘怀的印象。”
蒋孝勇有关此事的回忆更为详细一些。他说，蒋经国原是准备照着稿子读完讲词的，前一天，他还吃力地背过几遍。但是，他刚刚开始宣读前面的致辞时，第 14 排中间的 11 名民进党“国代”突然站起来，一齐举手连续高喊：“全面改选！”经其它“国代”劝说后，他们暂时平息了。蒋经国此时可能由于太激动，已经无法将讲词读完，才改由何宜武代读。当读到有关充实“中央民意机构”的原则时，民进党再一次行动，举起“国会全面改选”的白布，大声抗议。
蒋孝勇说，这是蒋经国主政 9年以来，首次在他面前出现抗争动作。蒋经国当时似乎并没有特别的回应，面带微笑向大家拱手致意之后才离开会场。事后有人说，蒋经国的眼睛不好，大概根本没看见，没听到。蒋孝勇说，父亲的眼睛不好是事实，但他的听力很好。
从这天以后，蒋经国的情绪显然大受打击，变得异常沉默。几天之后的元旦，台湾正式解除实施了 38 年的报禁。1 月 12 日下午，由李登辉召集“12人革新小组”会议，正式讨论由马英九起草的“充实中央民意机构专案”。
这是一个极其重要的改革方案，有关未来大局，均在这个草案之中。蒋经国之所以匆忙想弄出这个改革方案来，大概也是意识到自己生命快到尽头了，有了这个专案，未来一段时间之内，台湾政局，不至于会发生大的问题，至少国民党执政的局面，不太可能在短时间内改变。可是，人算不如天算，这个议案才第一次提交讨论，尚没有任何结果，蒋经国的健康便急转直下。
1 月 13 日清晨，王家骅到达后，先在自己的办公室坐了一会儿，估计蒋经国要起床了，便到医护房间等蒋经国。约 7点钟，蒋经国醒来，然后按铃叫副官，王家骅和副官一起到卧室，副官拉开窗帘，略作整理。蒋经国问：“王主任在吗？”蒋经国视而不见，可见此时，他差不多已经瞎了。王家骅走到他面前，向他报告今天的工作安排。用过早餐，王家骅照例为他读报，读完报，才八点多钟。王家骅说：“现在离常会开会时间还早，您先休息一下吧。”
因为蒋经国的情况不是太好，王家骅劝他不要去开会了，他也表示同意，随后躺下来。但没多久又醒过来，打铃叫副官，说自己睡不着，有点恶心，又吃不下饭。随后呕了一阵子，但什么都没有吐出来。副官叫来医生，蒋经国说他很不舒服，表情显得异常痛苦。副官于是联系“荣总”的两位专家立即赶来。
在此期间，蒋经国睡着了。约 11 时，蒋孝勇来到官邸，看望了一下父亲，觉得他睡得很好，还打呼噜，就退出了。可是，他离开没多久，蒋经国醒了，打铃叫副官。副官进去后，蒋经国说，中餐他就不吃了，吃不下，又问：孝文呢？副官说，孝文在用餐。蒋又问：孝武呢？副官说，孝武先生现在还在新加坡，蒋哦了一声，又躺回床上。
约 12 点 40 分，蒋又打铃，副官进去，蒋说恶心想吐。副官拿过不锈钢弯盆，摆在他的面前，另一只手帮他轻轻拍背。没多久，蒋经国开始吐了，吐出来的是大口大口的血。副官吓坏了，连忙叫医生。医护人员立即紧急抢救。蒋经国吐完，躺下来休息，大家以为状况稳定了。没料到室内还没整理好，蒋经国又想吐，吐完之后，就卧倒回床，再没有醒来，下午 3时 50 分，心脏停止了跳动，终年 78 岁。
4 个小时后，8 时零 8分，“副总统”李登辉宣誓就任“第七届总统”。
蒋经国病逝，不久就在台湾岛内流传着一个可怕的猜测，说蒋经国是被人谋害而死，甚至有人怀疑将经国是被“台独”分子谋害死的。因为蒋经国去世当天，他的医疗小组居然远在台湾南部，没有得到任何预警。按照常规，以总统身份的蒋经国，这种事情几乎是不可能也不应当发生的。病逝前一天，他尚在总统府办公，召见国民党中央党部秘书长李焕，询问国民党十三大的筹备情况，丝毫没有病入膏肓的迹象，他本人一再表示“身体还可以撑下去”。
蒋经国生前患有糖尿病，但医疗专家断言，糖尿病患者不会七孔流血而亡。蒋经国死时却从口角、鼻孔、耳孔四处流血，无法擦尽。七窍出血，应验了中国民间传说的中毒暴亡之征。
现在还没有确切证据来证明蒋经国的死与“台独”阴谋有何直接联系。但蒋经国的思想在死前却与“台独”势力格格不入，到了水火不兼容的地步。80年代蒋经国继承蒋介石遗志，在表面上高呼“反共”、坚持“三不”政策，并声称要“以三民主义统一中国”，但他与蒋介石不同，他不仅坚持国家的统一，还坚决反对“台独”。他曾说：“不愿做中华民国的罪人，也不愿做中华民族的罪人”。晚年，他大刀阔斧地进行“政治革新”，首先在台、澎地区解除戒严令，开放党禁、报禁、改善了国民党的形象，并在逝世前 3个月，开放了台湾同胞赴大陆探亲的禁令，有助于缓和两岸关系。同时，在经济上台湾 70 年代的起飞，使它列入亚洲“四小龙”之位，这些都与他采取的一些开放政策有关。
秘密特使穿梭两岸高层中共党的十一届三中全会之后，在以邓小平为核心的第二代中央领导集体的主持下，一系列开明的对台政策相继出台，给台湾国民党当局以巨大冲击。对此，国民党主席蒋经国也感受到了，并在其生命历程的最后10年里一直关注着两岸统一大业，使两岸关系有了重大突破。
新中国成立后，海峡两岸长期处于紧张的军事对峙。中共十一届三中全会后，敏感的人们发现，已喊了 30 年的“解放台湾”的口号正悄悄地从新闻媒体中消失。1978年 10 月，国务院副总理邓小平在会见日本文艺评论家江藤淳时指出：“如果实现祖国统一，我们对台湾的政策将根据台湾的现实来处理。”同年 11月，邓小平在会见缅甸总统吴奈温时再次表示：�