此相关的禁区，几乎全都被突破，现在解除，只剩下一个理念上的突破而已。
正因为理念是最难突破的，所以在“革新小组”内部，有关解除戒严议题，仍然遇到许多阻力，有部分人认为，戒严可以宣布解除，但民众的某些权利，还是应该用另外的方式加以限制，不能任由他们的意愿行事，比如申请出入境问题，如果完全没有规矩，那么，此前逃往海外的那些台独分子怎么办？他们是不是可以任意出入并且在台湾大肆宣扬台独而政府却对此不闻不问？再比如，公民能够任意组织游行集会吗？真的那样，岂不是全乱套了？台湾岂不是成了那些“台独分子”的舞台？
这些问题确实是困扰“革新小组”的最大难题，为此，马英九专程向蒋经国进行了一次汇报。蒋经国就此提出了两大原则，归结起来，这两大原则为“五不变和一从宽”，所谓五不变，即国民党的执政党地位不能变，“国民政府”的“法统”不能变，反共的基本国策不能变，“临时条款”和“宪法”不能变，“复国建国”的目标不能变。至于一从宽，则是在这五不变的原则下，解除戒严后民众的自由和权利可以从宽，不能更严。他特别强调说：“解严后当然应该更宽，不能更严，否则就是换汤不换药。”
由蒋经国的这番定调可以看出，他想的是组织一个监督国民党的反对党，但这个反对党是不能执政的。他的这一设想，为后来留下了诸多变数。
1986年 10 月 7日下午，蒋经国接见美国媒体《华盛顿邮报》董事长、发行人葛兰姆女士，马英九虽然担任国民党中央党部副秘书长，却仍然是蒋经国的英文秘书，所以，这次会见，仍然由马英九担任翻译。蒋经国对葛兰姆女士说：“我国将解除戒严，开放组党。”
这件事，马英九早已经知道，并且为此工作了好几个月，但是，一直都是在严格保密的状态下进行的，现在，蒋经国对外人提起此事，尤其对方是传媒人，这便说明，此事第一次公开向外宣布了。当时，马英九意识到，这对于台湾地区来说，是一个历史性的时刻，标志着台湾的民主改革，向前跨出了历史性的一步。这件事极为重要，作为翻译，他不能有任何差错，所以他审词度句，对葛兰姆女士逐字逐句地翻译说，“我们即将在制定国家安全法后终止戒严”，“开放政党合法登记”。
这句话，对于台湾岛内来说，却是石破天惊。岛内民众都欢呼雀跃，奔走相告。
10月 15 日，国民党中央常务委员会一致通过了 12 人革新小组提出的两项革新方案，即解除在台澎金马地区的戒严令，制订“动员勘乱时期国家安全法”；会议还决定取消党禁，修正《非常时期人民团体组织法》和《选举罢免法》，以规范政治团体和各类民众团体的活动，并使得合法地位的政治团体候选人，在不同的政治立场上，以平等地位从事公平的政治竞赛。
这只是在“中常委”的全体会议上通过，还不代表正式实施，所以，完成这一“改革”，还需要一个历史的过程。可党外人士，已经从蒋经国对葛兰姆女士的谈话中弄清了国民党高层的意图，所以迅速组党成功，并于 11 月 10 日召开民进党第一次“全国代表大会”。这次会议可以说是在半公开的情况下召开的，还没有正式开放党禁的国民党当局，虽然知道此事，却也没有采取任何阻挠行动。
不仅如此，1987年 1月 18 日，国民党同意给民进党“立法院党团”在“立法院”内设置办公室。如此一来，党禁虽然还没有正式宣布开放，实质上，国民党已经承认了民进党的存在，并且第一次在名义上的最高权力机构“立法院”出现了两党并存的格局。
2 月 5日，“行政院长”俞国华宣布开放实行 39 年的报禁，重新研究报纸的登记和增张问题。在此前后，当局对校园的控制也大为放宽，大学的国民党党部将撤销，以前严禁学生跳迪斯科以及女生蓄长发等禁令，也将取消。
这段时期，马英九可以说是最为忙碌的，虽然有“12人革新小组”，但实际上，所有的文案工作，都是由他主持。因为解除戒严被当成第一要务，所以，最为重要的是加紧制订“国家安全法”，作为法学博士的马英九，自然不可能置身事外，这部法律的整个文案工作，就是他在起草。
1987年 6月 16 日，《戡乱时期国家安全法》在“立法院”获得通过。1987年 7月 1日，《戡乱时期国家安全法》正式公布施行。
次日，“行政院长”俞国华主持“院务会议”，讨论“实施细则”。俞国华是在原“行政院长”孙运璇突然中风病倒后接任这一职务的，他属于蒋家的忠实把门人，跟随蒋氏父子几十年，可以说忠心不二。但是，他本人能力有限，长期当幕僚性格相对懦弱，加上主政后运气不佳，一连遇到几场大的自然灾害，所以政声不佳，很难控制“行政院”内的那些人。由于这种种原因，此次院会开了个不了了之。
蒋经国得知后，极为恼火，当即将俞国华找到官邸，责问他为何跟不上政治改革的步伐。最后下令解除戒严不能拖延到下星期的例会。俞国华没办法，只好打破每星期一次例会的惯例，当天下午召集了第二次会议，同意了废除戒严令，通过了实施细则。7 月 14 日，蒋经国正式签署发表，宣布 7月 15 日零时起在台湾地区解严，从此，长达 38 年的戒严结束了。
两岸解冻改善关系马英九在担任副秘书长期间，参与的另一件盛事，可能是至今为止，他这一生中所参与的最有意义的一件事，对于整个中华民族，意义深远，那就是两岸关系的改善。
台湾方面一直宣传说，两岸关系发展到今天这样的局面，是因为蒋经国的英明决断。这种说法，显然是在美化蒋经国，实际上，蒋经国在处理这一问题时，一是两难，一是被动。真正起到决定性作用的，还是邓小平。
1983年 7月 25 日，《人民日报》报道了邓小平同美国新泽西州西东大学教授杨力宇谈话的一些主要内容，在这次谈话中，邓小平首次提出了“一国两制”解决台湾问题的构想，第一次强调可以对等谈判。
邓小平说：解决台湾问题的办法由两岸执政的国共两党实行对等谈判，你不吃掉我，我不吃掉你；同时充分尊重包括台湾人民在内的全国各族人民的意愿，真诚地希望同海内外一切主张祖国统一的党派、团体和社会人士交换意见。实现台湾与大陆和平统一的根本方针是尊重历史现实，实行“一个国家、两种制度”，即在中华人民共和国内，大陆实行社会主义制度，台湾实行资本主义制度，双方都不把自己所实行的政治社会制度强加给另一方。
这个谈话中，一国两制，是一个划时代的创造，是前所未有的设想。而“两岸执政的国共两党”这种提法，也第一次承认了国民党在台湾执政这一事实。更将两岸提到了对等的地位。所有这一切，都是具有划时代意义的。
针对邓小平的“一国两制”，蒋经国的应对是“三不政策”，即不接触，不谈判，不妥协。
直到 1986 年，蒋经国将几个大是大非的议题交给“12人革新小组”研究，这次提交的问题中，并没有改善两岸关系的问题。但在民间，这一问题越来越显得重要，两岸阻隔已经 37 年，当年随着国民党政府退到台湾的那些老兵，目前都是 60 岁上下的人了。他们之中，相当一部分因为逃到台湾时身无分文，满身伤残，到了台湾之后，因为物价飞涨，从政府拿到的一点抚恤，维持生活都成困难，又因为当地人对外省籍的国民党政府的仇恨和不信任，当地姑娘不愿嫁给他们，而外省籍的年轻姑娘，大多又都是有钱有势的主，这些老兵根本无法找到适合的女人结婚，所以，很多人一辈子独身。步入暮年，孤苦伶仃，思乡心切，可想而知。因此，这些老兵返乡探亲甚至是回乡居住安度晚年的诉求，异常强烈。
就周边形势来看，中国和英国就香港回归的谈判已经结束，和葡萄牙就澳门回归的谈判同样取得成功，“一国两制”制度，即将在世界上首次实施。台湾方面虽然对这些消息竭力封锁，但是，一些热情支持祖国统一的爱国人士如陈香梅、李政道、杨振宁、丁肇中、王赣俊、李远哲等国际名流，奔走于两岸之间，充当了民间交流的信使。而另一些人，其中很多与台湾关系密切的人士，绕道其它国家，秘密进入中国大陆。他们带往台湾的消息，对于台湾社会造成了不小的冲击。
此时发生了一起意外事件，打破了台海两岸 37 年不相往来的历史。
1986年 5月 3日，台湾“中华航空公司”飞机驾驶员王锡爵驾驶波音 747货机，由曼谷飞往香港的途中，直接降落在广州白云机场。据王锡爵说，他因为思乡心切，想与 40 年不见的父亲团聚。他干出这件事，当然知道如果回台湾会受到什么样的处理，所以，自愿留下来也是自然而然的事。可是，和他同机的副驾驶董光兴、机械师邱明志却持不同的看法，他们希望返回台湾。
为了让这架货机以及另外两名机组人员返台，中国民航立即向华航发去电报，邀请他们尽快派人来京商洽。
这是一起大事件，华航自然不敢作主，直接报给了蒋经国。蒋经国下令成立由“总统府秘书长”沉昌焕、“国防部长”汪道渊、“行政院秘书长”王章清组成专案小组处理此事，他们坚持的仍然是“三不原则”，并且定出“不隐瞒，不渲染”的宣传要点。中国民航得不到答复，于 5月 11 日再次致电，明确表示这只是一次商业会谈，不涉及政治，如果华航觉得北京不方便，可以另择地点。
这原本是一起普通事件，但台湾方面高度重视，竟然交给了“12人革新小组”处理。他们讨论后觉得可以在香港进行谈判，蒋经国听取报告后，批准了这一建议，决定由华航香港分公司代表总公司在香港谈判。5 月 20 日的谈判进行得非常顺利，双方都是中国人，历史性的第一次接触，令所有与会人员心情都非常好，最终会谈在热烈的掌声中结束。香港媒体称此为历史性重大突破。
这虽然是一起商业性的谈判，但打破了蒋经国的“三不政策”，且让台湾民众看到了大陆的诚意。因此，在接下来有关取消戒严的一些社会活动中，台湾的民主人士又加进了一项重要内容：“开放探亲，取消三不”。两岸交流的呼声，在台湾岛内正式公开化。
1986年，蒋经国关于台湾将解除戒严以及开放组党的消息公开后，人们已经意识到，开放报禁，可能比开放党禁来得更早，台湾的媒体，因此开始适当放开，有关两岸交流的呼声，开始变相出现在媒体上。
1987年 4月 5日，一家台湾民办大报首先试探这一禁区，刊发文章称，台湾北部几县的渔民 80 ％到过大陆与大陆进行贸易活动，当局有关单位明知此类“通共”行动，但并未“严格禁止。”
8 月 11 日，一家大报竟然违反禁令，刊登了邓小平的生活照片。9 月下旬，一家报纸刊登了在新加坡访问的大陆著名影星和台湾著名影星林青霞越洋长途电话的对话录。还有报纸介绍陈香梅等人来往于大陆以及台湾的情况，更有报纸发出评论，质问当局对此默认，“三不”何在？
9 月 15 日，台湾一家大报的两名记者违反禁令，绕道日本进入大陆采访。10月下旬国民党中党部的报纸所属的一位记者，到达北京采访中共十三大。11月2 、3 日，该报又刊发了中共政治局 5位常委及时任总书记的照片。
在报界进行这一类宣传的同时，台湾岛内，老兵以及某些“立委”，正在为此而努力。1987年春节期间，有商人看到老兵思乡是一次商机，便印了一些广告衫，上面印一些思乡的字句，比如“举头望明月，低头思故乡”、“思乡”、“妈妈，我想回家”、“浓浓的乡情”等，这些文化衫一推出就广受老兵们欢迎，随后，老兵们穿着这类文化衫走在台湾街头，有些老兵甚至约在一起，招摇过市，形成一种无声的抗议。到了后来，甚至发展到组织起来集体请愿。
老兵的这些诉求，很快在“立法院”得到了反应。“立委们”需要民众的选票，所以，特别注意民众的呼声，国民党籍“立委”赵少康、洪昭男在“立法院”提出质询，建议政府开放老兵赴大陆探亲。马英九列席了这次会议，因此知道这个情况。
接下来，蒋经国接见外宾，马英九担任翻译。这项工作结束之后，蒋经国像从前一样，问道：“英九，有什么事吗？”马英