长期关押，而且他对任何鼓吹“台独”的人都不放过，一经抓起来，长期关押。1960年 4月，台湾选举各县、市长和“省议员”，蒋介石明令：凡是鼓吹“台独”的人，不得参加选举。受日本和美国支持的“台独”头子廖文毅 1960 年跑到日本的横滨组织“台湾独立统一战线”，自任“总裁”。蒋介石知悉后，派员与日本政府交涉，要日本政府取缔所谓“台湾独立统一战线”。在蒋介石的强烈反对之下，廖文毅不得不移往美国活动。
中共领袖毛泽东也看到了“台独”势力的发展对中国统一所构成的威胁，看到了蒋介石是坚决反对“台独”、主张中国统一的，对蒋介石采取的打击“台独”行动极为赞同。由此，毛泽东改变了过去的认识，提出：“国民党已经不是我们的主要敌人。我们和你们还是敌对的，但这种敌对，较之民族矛盾，已经降到第二位。” 1959 年 10 月 5日，毛泽东在同拉丁美洲十七国共产党代表团谈话时说：“我们反对‘两个中国’，蒋介石也反对‘两个中国’，我们有一致之处，有共同点。”毛泽东因此提出要与蒋介石“和”的主张。
1958年 10 月 6日，毛泽东在他亲笔撰写的《告台湾同胞书》中，对蒋介石说：我们“建议举行谈判，实行和平解决”。当年 10 月 25 日毛泽东又亲笔撰写《再告台湾同胞书》，指出“中国人的事情只能是我们中国人解决。一时难以解决，可以从长商议”，强调“世界上只有一个中国，没有多个中国。这一点我们是一致的”。
1957年 4月 16 日，周恩来接待苏联最高苏维埃主席团主席伏罗希洛夫，周恩来向伏罗希洛夫介绍原国民党高级将领卫立煌时说：“国共两党过去已有了两次合作的过程了。”毛泽东紧接着说：“我们还准备第三次合作。”第二天，《人民日报》刊出这条消息，标题为“毛主席说，我们还准备第三次国共合作”。
后来，毛泽东对此问题更是语出惊人：“台湾是蒋介石当总统好？还是胡适好？还是陈诚好？还是蒋介石好！”在此期间，著名民主人士曹聚仁还频频来往于北京和台湾之间，成为毛泽东、周恩来、蒋介石、蒋经国的座上宾，密商两岸和平统一大事。
反对党兴起与“革新小组”成立但蒋经国现在最关心的是自己政权的安危。马英九也知道蒋经国的心事，所以对“台独”分子“去中国化”的事避而不谈。马英九说：“我回来的时间不长，对于党外人士的那些诉求，还不十分了解。不过，这几年岛上所发生的一切，我都有认真观察和研究。他们之中，确实有一些人，是在忧国忧民，但另外一些人，我怀疑他们是别有用心。”
他见蒋经国很有兴趣地在听他讲话，便继续说道，他认真研究过菲律宾的情况，觉得菲律宾和台湾有极大的相似之处，两地最初都受到了美国的大力支持，无论是经济上还是政治上，美国的态度都十分明确。但后来，美国的态度显然改变了，这次菲律宾所发生的事，自然与其内部的腐败和独裁有着极大的关系，但另一方面，美国在背后支持反对派，给马科斯政府不断施压，更是一个直接的诱因。台湾目前的情况，和一年前的菲律宾极其相似，公政会虽然还不是政党，但已经形成一个带有鲜明政治色彩的实体，并且在不断壮大。如果取缔的话，美国不会答应，而且，台湾岛上，也可能引发冲突，增加不安定因素，这几年的改革努力，可能付之东流。如果放任自流，到了一定程度，他们可能会闹出更大的事来，那时，政府就不得不表态，选择的余地，反而会小很多。“
马英九的话理顺意明，言简意赅，字字精辟，更兼他思想敏捷，眼光远大，见解脱俗，说得蒋经国连连点头，“嗯！有道理！我就是担心会动摇国本。国本动摇，我就是千秋罪人呀。”马英九很清楚，蒋经国所说的“国本”，那就是无论如何不能分裂中国，这才是所有一切政治的根本。
此时此刻，蒋经国确实是被这一系列的问题困扰着，他在寻找突破的方法，却又觉得很难突破这个困局。他并不仅仅只是找马英九一个人交谈，还曾找过很多人，至于别人向他提供了什么样的建议，马英九不清楚。大约一个月以后，蒋经国似乎下定了决心，所以，他约见了党外大佬、开明派的陶百川。
1986年 5月初，蒋经国和陶百川长谈了一个小时。据有关消息透露，蒋经国和陶百川密谈的主要内容，便是和党外人士的关系问题。蒋经国请他出面与反对派人士沟通，表示国民党准备在政治民主化上做出新规定，以便党外势力有更大的活动余地。事后，陶百川马上与自由派教授胡佛、杨国枢、李鸿禧等人约见党外人士和国民党的一些人士餐述。蒋经国还在这次聚餐中讲话。
几天之后，蒋经国通过中央政策委员会副秘书长梁肃戎等人，约见公政会的主要负责人，表示要听一听他们的诉求。公政会的全称是“党外公政人员公共政策研究会”，这个组织，就是以前由党外人士组成的“党外选举后援会”。看上去，像是一个临时性组织，自从 1984 年 5月改组为公政会，给人的感觉，已经组成了一个政党，至少也是具备了政党的雏形。所以，公政会成立后不久，当局便指斥他们违反“戡乱”时期戒严令，是非法组织。从那时至今的一年时间里，公政会多次派人要求面见蒋经国，向他当面陈情，都被婉拒。这次蒋经国主动提出接触，似乎是他已经有了某种深思熟虑的想法。那时，马英九自然不知道，此事的背后，有美国在不断地施压，蒋经国已经是无路可退。
5 月 10 日，双方在台北来来大饭店会谈。双方达成了三点共识：一、双方对实施“中华民国宪法”都具有共识，至于如何推动民主宪政，则需要继续磋商；二、双方对公政会及其分会都表同意，至于“登记和名称”问题，则有待于进一步磋商；三、双方一致同意，在磋商期间共同为政治和谐而努力。
这所谓的三点共识，实际上一点共识都没有。不过，与会双方，可以说都有收获，蒋经国需要的，正是反对派对于“国本”的承诺，他拿到了这个东西。而反对派，需要的则是活动的合法性，他们同样拿到了这一承诺。最为重要一点，以前，国民党不承认反对派作为一个政治实体存在，而现在，却愿意平等对话，这本身就是一种认同。所以，反对派将其称为“惊天动地的历史性盛会”。
从此开始，公政会便迅速膨胀，短短的时间内，便在全台各地建立了分会。党外人士显然看到了组党的曙光，所以，他们决定更进一步行动，决定发起“5。19绿色行动”，抗议国民党实施戒严 37 周年，活动地点选在台北闹市区的龙山寺，发起人是江鹏坚、陈水扁、许荣淑等人。国民党对此早有准备，在示威人员到达之前，便派出大批军警将其封锁。如此一来，游行已经不可能，双方和平对峙了几个小时，于晚上 9点多由江鹏坚和谢长廷同台北警方协商，警方同意让出一条信道，参加者一一散去。
这次示威虽然和平解决，但当局对组织者还是非常恼火。为了惩戒某些人，“高等法院”竟然旧事重提，于 5月 30 日正式判处陈水扁 8个月有期徒刑，罚款不变。这显然是要给陈水扁一个下马威。
可陈水扁已经接收了诸多信号，知道当局不会采取激烈手段，自然是有恃无恐。他竟然在街头举行 7场“坐牢惜别会”，每一场都引起无数围观者和无数支持者，使得他成了大明星，成了有史以来的第一个“坐牢英雄”。接下来，他又搞了一个“一人一元轮椅行军”活动，让妻子坐在轮椅上，他推着走上街头为“蓬莱基金会”募捐，募得 300万新台币。
当局原是想给陈水扁一点小小的惩戒，没料到，陈水扁借用这件事大做文章，反而胜了一局。年底，“增额民意代表”选举开始，陈水扁因为坐牢无法参选，夫人吴淑珍坐着轮椅代夫出征，参选“立法委员”，竟然获胜，成为台北市第一位女性“立委”。
1985年 12 月 25 日的“行宪纪念大会、国民大会宪政研讨委员会第二十次全体会议、第一届国民大会年度会议”联合典礼上，蒋经国出席致辞，他开始拿着讲稿读，后来突然放下事前拟好的讲稿说：“现在，有两个问题，经国想做一个明确地说明：第一就是，总统继承者的问题，只存在于专制和独裁的国家。在我们以宪法为基础的中华民国，根本是不存在的……所以下一任总统，必然会依据宪法而产生，那就是，由到会代表先生们代表全国国民选举产生之。有人或许要问，经国的家人中有没有人会竞选下一任总统？我的答复是，不能也不会……第二就是，我们有没有可能以实施军政府的方式来统治国家？我的答复是，不能也不会。执政党所走的民主、自由、平等的康庄大道，绝不会变更宪法，同时也绝不可能有任何违背宪法的统治方式产生。”
接下来 1986 年 3月召开的国民党第十二届三中全会，成立了由“总统府资政”谢东闵、谷正纲、黄少谷、“副总统”李登辉、“行政院长”俞国华、“立法院长”倪文亚、“司法部长”林洋港、“总统府国策顾问”袁守谦、“总统府秘书长”沉昌焕、“中央党部秘书长”李焕、“内政部长”吴伯雄、“台湾省主席”邱创焕等 12 名“中常委”组成的“革新小组”，二人一组，分别讨论：一、“中央民意代表和机构”问题；二、地方自治问题，即是否开放省市长选举问题；三、“国家”安全法令问题，即解除戒严问题；四、民意社会组织制度问题，即组党问题；五、强化社会治安问题。
这五大问题的提出，等于发出了一大信号，蒋经国要解除戒严，开放党禁，直选“省市长和中央民意代表”。
这个“革新小组”还没有讨论出结果，党外人士的组党，却快马加鞭。11月10日，民进党在台北举行了第一次“全国代表大会”，台湾真正意义上的反对党成立，从此宣告了台湾一党专制时代的结束。
在这次解除戒严、开放党禁活动中，马英九所起的作用，显然是不小的，他作为“革新小组”内部的工作人员，参与了某些重要文件的起草工作，也曾向蒋经国提供了一些建议，从某种意义上说，他反对戒严、主张开放党禁，同时也主张组党的步子应该放慢一些。这种观点，甚至和党外人士中相当一部分人，比如党外代表人物康宁祥等人的意见是一致的。只是党外人士中那些主张去中国化的分子迫不及待，匆忙推出了新党，此后所发生的一切，可以说，许多人都始料未及，也并非蒋经国等人所能控制。
蒋经国要解除戒严，开放党禁，一个关键原因，在于美国方面的压力。据钱复回忆，当初，蒋经国将他调往“外交部”，然后又将他派去了美国，一个极其重要的任务，是希望钱复能够修复中美建交后的美台关系，由他充当台湾和美国政府之间的联络人。也是巧合，这一段时间，钱复在美国的一项重要任务，便是和美国政府商谈军购案，此前，美国方面已经松口，不料菲律宾政坛巨变发生，美国对台湾的态度，似乎突然变了，他们约见钱复，表达了美国政府对台湾的“人权状况”大为不满。
为此，钱复急急忙忙赶回台湾汇报，蒋经国立即在中山楼召见他，两人有过一番长谈。钱复向蒋经国介绍，最近一个时期以来，台湾出了好几件大事，像七十年代末的“中坜事件”、“美丽岛事件”、“林义雄灭门血案”以及“台大教授陈文成死亡案”等，都已经引起美国方面的不满。到了八十年代，又发生了一连串的大事件，最令美国不满的是“江南案”，台湾的暗杀，竟然杀进了美国，连带美国的治安形象也受到影响。后来，美国查到相关录音带，证实这是一起政治谋杀，和台湾的情治单位有关。然而，台湾的官员却矢口否认，最终美国恼火了，表示要对这些官员进行测谎。那些官员在强大的压力下，才不得不承认，即使如此，这一案件，至今仍然有诸多未解之谜。
钱复说，目前，美国最为不满的是台湾实施戒严，没有言论和结社自由，选举被官方控制等，美国政府表示，他们必须对台湾的人权状况认真检视，如果不理想，将会考虑取消对台军售。蒋经国说：“我晓得你在这个问题上受了很多委屈，我要告诉你，这个问题我也想了很久。不能做，做了会动摇‘国本’的。”
蒋经国显然考虑到了一点，戒严一旦解除，等于为“台独”分子返台活动打开了方便之门，