后来人们将这一事件称之为“二二八事件”。台湾民众一直要求政府对这一事件予以平反。
所以当马英九说他担任“法务部长”时，“二二八补偿条例”就是他提出来的，此话一出，立即遭到本省籍许多人的攻击，认为马英九是在做秀，是在说假话。他们抱持这一观点的理由，是马英九回台湾的 1981 年，根本没有可能考虑到“二二八问题”，那时的蒋经国，也不可能将这一问题提上议事日程。
但有迹象表明，上个世纪八十年代，蒋经国确实开始思考与“二二八”相关的一系列问题，这种思考很可能是被动的，却又是不可逾越的。随着他越来越深入地推进国民党的本土化，越来越多的本省籍人士进入国民党高层，矗立在国民党和台湾省籍人士之间的这座大山，已经不可回避，到了不得不正视的程度。
有些事，很可能并非蒋经国所愿，可他却无能为力，不得不顺从某种历史的趋势，或者说，不得不屈从于国际的力量。比如蒋经国在台上时所进行的一系列改革，蒋经国本人具有一定的民主思想，他对苏联搞大清洗的触目惊心，有着深刻的体会，也对他父亲搞的独裁有比较清醒的认识，就算是他自己为了掌权，同样进行过一系列的阴谋并且使用过诸多残酷手段，这一切，都是促使他晚年推行“仁政、善政”的诱因。但不可忽视另一个事实，他掌权的时代，和他父亲掌权的时代已经完全不同，他已经不可能像他父亲那样，能够完全控制台湾政权。他父亲所搞的分而治之使得政权下面派系林立，各不相让且矛盾重重，种种一切，给他掌握政权增加了变数。
蒋经国上台后面临的最大难题是用什么人的问题。如果用父亲的老人，那么，这些老人的资格比他老，派系根底比他深，相互之间难以调和，即使不是发展到有人站出来推翻他，也一定是内部矛盾重重。如果大胆起用新人，那么，这些新人难免会受到西方政治势力的影响，受到省籍族群的影响。美国对待台湾，一直都在使多面派手法，既同中华人民共和国建交，又大力扶持台湾，同时还保护和支持台独势力。而日本对台湾始终不曾死心，多年来都在努力寻求台湾民众对日本的认同。蒋经国除了利用推行本土化，可以说无路可走。因为他一次又一次遇到“二二八”这座大山。
马英九回到台湾，加入“政府”工作的时候，正是这样一个敏感时候。蒋经国自从担任“行政院长”算起，执掌台湾大政已经 10 年，台湾政坛，本省籍官员已经超过了 50 ％，势力已经大过外省籍。这便成了“美丽岛事件”时，国民党不得不向党外人士妥协的一个关键因素。对于解决“美丽岛事件”，说国民党不想停止已经进行的改革也好，说国民党妥协也好，无论何种因素在起作用，客观上，都是国民党政府向党外人士的示弱。党外人士从而接收了一种信号，国民党正在失去对局势的控制，所有的反国民党行为，只要在“合法”的框架之下，国民党将无能为力。
所谓的“合法”框架，实际上也是一个模糊概念，反对势力，不可能不踩线，而国民党既然已经退了第一次，肯定还会退第二次第三次，对于某些看似越格的行为，他们也只能是睁一只眼闭一只眼。这里所谓的“合法”，也就是指“选举”。党外人士要在选举中取得主动，一是要结成一个组织，党禁还没有放开，组党自然是不可能，但可以组织一种助选机构。此外，自然就是争取民心，也就是争取占总人口百分之八十的台湾本省籍民众的支持。要做到这一点，最好的办法，便是去刺激“二二八”情结。
民间要求对“二二八”平反的呼声越来越高，这一事件，又一直是“台独”分子用来打击国民党的最有力武器。蒋经国怎么办？死守“二二八”防线？死守下去，别说是台湾省籍人士的反对，就是国民党内部，也会冒出强大的反对之声。在当时的国民党内，要求对“二。二八事件”进行重新定位的诉求，已经不仅仅限于本省籍官员，相当一部分中生代的年轻官员，他们也都认为这件事需要重新审视。
马英九当时的观点，便代表着台湾新一代外省籍人士。
有一次接受采访的时候，马英九说：“‘二二八’事件时，我还没有出生，我是那之后 3年才出生的。大学时代甚至更早就知道这件事，当时的理解，‘二二八’应是族群冲突，当时同学也有人是‘二二八’家属，在户口记载上是叛徒，经常有警察来拜访。直到离开台湾赴美念书，都觉得要想办法解决。在美国的时候，有很多机会，那时‘台独’联盟的刊物，我每期都看，主要是想了解他们在想什么。除了了解国民党独裁之外，那些人在想什么。结果，我发现他们很想去中国化，也就是搞‘台独’。看这些东西，一方面让我了解到族群对立的深层原因，同时也开始对‘二二八’有了更深入的了解。”
正是在这种大背景下，蒋经国开始考虑怎样面对“二二八障碍”。马英九回台后不久，有一次蒋经国在私下谈话时，问马英九对“二二八”事件的看法，马英九借此机会，很策略地谈了自己的观点和意见。蒋经国沉默了片刻，然后表态说：“这件事非常复杂，不是一下子能够解决的。不过，可以组织一些人研究一下，在一定范围内搞些讨论。”
这显然是蒋经国的一种表态，正因为这种表态，有关“二二八事件”的讨论，便在一个相对狭窄的区域内展开，为日后对事件的平反，奠定了基础。
美丽岛事件与江南案蒋经国让马英九担任国民党中央副秘书长这么一个显赫职务，其实是想要马英九帮他完成一件大事，那就是想由他主抓“政党外交”。这充分说明，蒋经国没有忘记马英九几年前在纽约那次发言中所提出的“主动出击”的话。
但马英九上任后所面临的第一件事，不是“政党外交”，而是“政党内交”。他上任之后，台湾岛内发生了一连串的重大事件，使得国民党的威信一损再损。其中影响最大的是“美丽岛事件”与“江南案”。
1979年 12 月 10 日世界人权日，党外势力决定于高雄市集会；此活动事前的申请未被核准，但由于过去许多的例子都是在最后才被许可，于是集会与游行如期举行，最后终于酿成封锁高雄市内道路的警察与民众的冲突；数日后，政府便展开对美丽岛集团的逮捕行动，黄信介、施明德、张俊宏、姚嘉文、林义雄、陈菊、吕秀莲、林弘以涉嫌叛乱由军事法庭审判。
但更另人震惊的是在审判前的二月二十八日，因美丽岛事件入狱的林义雄家宅发生惨绝人寰的灭门大血案！林母及两个双生女儿林亮均、林亭圴惨遭不明身分的凶手潜入家中杀害，大女儿林奂圴被杀成重伤，这件灭门血案，震惊海内外。使得整个当外运动在挫折之中，更跌入哀伤的谷底。虽然美丽岛事件使得历经十年艰辛凝聚出的“党外”政团，在一夕之间几乎瓦解，但这次全岛性的大搜捕，却震撼海内外，尤其随之而来的大规模军事审判，更激起了台湾民众对政治的高度关心。也因此而引出了一批学有专精、正值少壮的辩护律师，由于承办这次的案件，使他们从幕后走到幕前，纷纷投入党外运动，成为美丽岛事件后党外反对运动的重要人物，举凡谢长廷、陈水扁、尤清、苏贞昌、李胜雄﹑张俊雄、郭吉仁……等人，都是在担任美丽岛辩护律师之后，投入政治运动的行列。
要了解美丽岛事件﹐必须先了解 70 年代初期逐渐形成“党外”民主运动。在一般上轨道的民主国家中，选举具有发挥政策凝聚的功能，但是，由于国民党入台以来所实施的“地方自治”仅称得上是一个“半自治”的型态（地方缺少财政、人事、警卫、教育等权），且中央民意代表在 1969 年以前，碍于所谓“动员戡乱”之体制，完全不让人民改选，直到修改“动员戡乱时期临时条款”，也只改选国会中的一小部份名额而已。因此，长期处在这样的政治环境下，台湾尽管有选举，但并没有完全发挥政策凝聚的功能，议会政治的意义并不彰显。
在经过 70 年代多次的选举之后，一些标榜“党外”的民主运动人士逐渐凝聚起来，形成一个民间政团；又于 1979 年初，党外杂志《夏潮》《这一代》遭到停刊处分，党外人士余登发父子因“知匪不报”被捕，引发一连串抗争行动，朝野之间形成一股剑拔弩张之势；同年 8月，政论杂志《美丽岛》创刊，发行人为黄信介，社长为许信良，副社长就是后来在台湾 2000 年和 2004 年“总统”大选中获胜的吕秀莲，《美丽岛》杂志以社委的型式组成，在实质上具有政党政治的雏型，网罗了全台各地的党外人物。并在全台各大城市分别设立分社及服务处，且每在一地成立服务处时，便在该地展开群众聚会。因此，《美丽岛》杂志社所引发的一连串群众聚会，引起国民党统治当局极度的敏感与不悦。
“美丽岛事件”以那样一种方式解决，实际给党外人士以正面的鼓舞。此时，美国又一直在后面支持这样一股力量，给国民党政府施加了不少的压力，而国民党内部，也开始出现分化，一大批新生代，对于国民党所执行的专制统治是持有看法的。此后的一段时间，国民党虽然对新闻实行了进一步控制，但党外人士的斗争，却花样翻新，恰在此时，江南先生撰写的《蒋经国传》在美国出版，随后的 1984 年 10 月 15 日，江南先生在美国旧金山家中的车库准备去自营的瓷器店时，被从角落射出的 3颗子弹夺去了生命。此案顿时引起舆论大哗，海外华人纷纷发表谈话，一开始就将矛头指向蒋经国，公开指责这是一起政治谋杀。美国各界人士在旧金山成立“江南事件委员会”，悬赏 2万美元缉拿凶手。
美国警方也感到震惊，决心立即破案，教训一下在美国胡作非为的国民党特工。美国联邦调查局电讯监听机构，于当天录下了从旧金山国际机场打到台湾的国际长途，其中有“交易已成”的暗语。接下来查明，美方通话者为台湾黑社会组织“竹联帮”总头目、人称“旱鸭子”的陈启礼，台湾方通话者为台湾“国防部情报局上校副处长”陈虎门。不久，美方拘捕了竹联帮在当地的负责人俞大钧，俞大钧供出杀害江南的凶手是竹联帮的陈启礼、“总护法”吴敦、“忠堂”堂主董桂森三人，他们已经潜回台湾。
台湾方面恰在此时发动了“一清专案”，首当其冲的打击对象便是竹联帮。而发起“一清专案”的竟然是“安全局”而不是“调查局”或者“情报局”，更不是警察机构。所谓“一清专案”，实际是一个扫黑专案，这类案件，职责上是由警察部门负责的，而“安全局”、“调查局”和“情报局”，则是军事情报部门，专职负责的是安全案件而不是刑事案件。事件就这么蹊跷，美国方面发生了“江南案”，台湾则差不多同时由“安全局”开始了“一清专案”，结果，第一场战役，便将三名凶手缉获。
有人怀疑整个事件是一大阴谋，是由台湾情治单位相互倾轧引起的。至于目的嘛，自然因为情治单位太多，互不统属，彼此矛盾，勾心斗角，谁都想把对方整倒。这只是一种推测，并无太多佐证。
三名凶手虽然很快被抓获，但台湾方面并没有和美国通气，有关情治单位以及国民党高层人士也相互隐瞒，根本不承认此案属于高层密谋。美国方面因此怀疑台湾实际是用这种方式将凶手暗中保护起来，大为不满，开始向台湾施加了很多压力。台湾不得不表示一种姿态，声称一定要将此案查个水落石出。美国人对台湾并不信任，他们表示，已经查获陈启礼作案前所录的一盘录音带，谈及受台湾情治单位指使作案等细节。
迫于美国方面的压力，蒋经国不得不于 1985 年 1月 10 日召集中央党部秘书长蒋彦士、“安全局长”汪敬熙、“国策顾问”沈之岳、“情报局长”汪希苓、“调查局长”翁文雅等人开紧急会议。据后来透出的消息说，汪希苓见无法隐瞒，只好说出是“情报局”安排了这起暗杀的事实，蒋经国听后，大为惊讶，完全不相信在自己一手控制的情治部门，竟然能干出如此恶劣的事来。他在会上当即指示：“务使全案水落石出，而且不论职级如何，涉案者一律不得赦免。调查完毕之后，将案情公开让民众知道。”并且下令逮捕“情报局局长、海军中将”汪希苓、“副局长、海军少将”胡仪敏、“第三处处长、陆军上校”陈虎门。
1 月 13 日，“中央