一上任，便给了蒋经国又一个好印象，他辞掉了除“市长”薪水之外应得的一切，如研究费、车马费、制装费等。这一消息经过报界大炒，蒋经国看到后，极为欣赏。三年后，他又接任“台湾省主席”。
据有关消息称，当初，蒋经国考虑“副总统”人选时，主要考虑的是族群搭配。他本人是外省籍，所以内定的调子是选择一个湖北省籍的副手，以显示权力的平衡。如此一来，选择的范围便非常狭窄，当时仅仅只有两个候选人，一是李登辉，二是林洋港。蒋经国最终考虑了李登辉而放弃林洋港，原因在于林洋港是通过自我奋斗一步一步走上来的，他在台湾政坛每向前走一步，都会建立一些自己的人脉关系，从而形成了一个较为复杂的人事关系网。李登辉则不同，他是蒋经国一手提拔起来的，在党内没有很深的根系，和他关系密切一些的，大都是蒋经国极其信任的那一帮新人，如连战、宋楚瑜等人。蒋经国自然不可能想到，这些人日后会成为李系最为得力的生力军。
经过长期接触，蒋经国发现马英九实在是个不可多得“将才”，早就有心要重用他，于是就借这次调整之机，将马英九提拔为国民党副秘书长。但提拔马英九，当时在党内的阻力非常之大。
在国民党内，最高职权是党主席，其次则是中常委，再然后是中央党部秘书长。因为秘书长本身就是中常委，通常不太可能负责与秘书长相关的事务，副秘书长自然就实际行使秘书长职责，这就使得副秘书长实际成了中常委下面的第一人。这一职务，使得马英九一下子在国民党内超越了很多人。而以台湾党政比较，党主席和“政府总统”是同一人，这一人之下，党的第二重要人物，便是中央党部秘书长，“政府”的第二实权人物是“行政院长”，这两个职位，在理论上是平级的。那么中央党部副秘书长一职，便相当于“政府”的“行政院副院长”。
马英九只不过当了几年“总统府第一局副局长”以及蒋经国的英文秘书，便立即被提拔到“副院长级”，没有丝毫政绩却一下子超越了很多人，几乎有了问鼎之势，无论是国民党内部的元老派还是中生代，心里都不会平衡。这种超速升迁，真正是坐直升飞机。
谈起国民党内部的根系，马英九的父亲此时还只是国民党内部的一名中级党工，在以后马英九仕途发达之后，他才被连提几级，成了高级干部。而中生代骨干人物中，陈履安的父亲陈诚，曾是蒋介石最倚重的干将，宋美龄的干女婿，蒋经国到台湾后的紧密合作者，后来的“行政院长”以及“副总统”。连战的父亲连震东，在连战进入政坛之前，便已经是“行政院副院长”的级别，是湖北省籍官员的领袖。论能力或者文凭，这两人和马英九均相当，进入政坛的时间却比他早得多。此时，陈履安只不过是“国家科学发展委员会主任委员”，也就是“部级”而已，比马英九低了半级。连战只不过是“交通部长”，同样比马英九低了半级。当年“四大公子”的另一位钱复，此时的职务只不过是“外交部次长”，理论上，还只是“副部级”，比马英九整整低了一级。
心里不平的，还有宋楚瑜。此时，宋楚瑜的职务是“文工会主任”，同样只是“部级”。台湾方面的消息称，正是此时，马英九和宋楚瑜之间，出现了矛盾。后来有人称两人间有一个“瑜亮情结”，宋楚瑜大有“既生瑜，何生亮”之慨。
更为有趣的是，马英九和宋楚瑜两人的祖籍是一致的，都是湖南湘潭人，也都是留美博士出身，两人的父亲，也都是老牌的国民党党员。所不同的是，宋楚瑜比马英九大 8岁，进入台湾政坛比马英九早 7年。若论进入台湾政坛，两人所走的路是一模一样的，均是在美取得博士学位，然后等待时机，终于有一天，蒋经国征召了，于是毅然返回台湾，担任蒋经国的英文秘书一职。
略有不同的是，宋楚瑜在英文秘书的职位上干了几年，直到让蒋经国对他有一种父子情感的认同，才将他提为“新闻局副局长”，又几年后，才提为“新闻局局长”。可马英九是由蒋经国自己发现的，因此，一回到台湾，首先担任的是“总统府第一局副局长”。在行政上的起点，已经比宋楚瑜高出了一大截。有关这一截，宋楚瑜当时大概不会在意，因为此时他已经是“新闻局局长”，俨然是国民党和台湾政府的代言人，响当当的“正部级”。马英九虽然一开始就捞了个“副部级”，毕竟只是政坛小毛孩，初生牛犊而已。
如果论人脉关系，宋楚瑜更是要远远胜过马英九。
人脉关系的建立，一是与父辈的地位有关，一是本人的主导思想和交际能力有关。在这方面，马英九确实够另类，他似乎不屑于搞这类关系，和任何一个集团或者是个人，都保持着一种不即不离的关系。就算是朋友之间，他也不像别人那样，要么是酒肉朋友，要么是生死之交，要么是刎颈之交，要么是忘年之交，要么是父子之交。可他则是君子之交，总是淡淡的，没有丝毫利益相关。这就给人一种感觉，马英九此人，似乎不太讲情面，似乎有点冷血，因而，身边朋友总是少之又少。
宋楚瑜则全然不同。首先，他父亲就有一大帮朋友，这些朋友的后代或者下级，又被他接收过来。他无疑属于一个很善于外交的人，认识一个人，很容易便和对方成为了好朋友，给人的感觉，他极其义气，为朋友两肋插刀。比如，马英九竞选连任台北“市长”时，宋楚瑜为了帮马英九拉选票，在一次助选活动中，竟然声泪俱下地跪下来，求人们将选票投给马英九。这一跪，跪得惊世骇俗，也跪得舆情四起。这种事，如果换个角色，让马英九去做，恐怕拿刀子架在他的脖子上都不一定能够做出来。
这次提拔，在职务上面，宋楚瑜落到了马英九之后，虽然宋楚瑜后来也担任了国民党中央党部副秘书长，甚至担任了国民党中央党部秘书长，进入了中常委，但就担任副秘书长的时间来看，比马英九晚了三年。这也就是说，马英九由蒋经国的英文秘书到国民党中央党部副秘书长，仅仅用了 3年时间，而宋楚瑜走完这一历程，用了 13 年时间。多出整整 10 年。宋楚瑜是那种天不怕地不怕的性格，生点闲气，那是有这个可能的。
客观地说，马英九和宋楚瑜之间，矛盾是有，但不如台湾岛内某些媒体所渲染的那么严重。毕竟，在那一段极其特殊的时期，两人都作为国民党中生代的代表人物出现，而马英九由于性格关系，在国民党内又没有什么强大的支持力量，而在有关改革以及其它诸多方面，又是站在同一阵营，抱持相同观点的。从这种意义上说，他们之间的联合，应该远多于矛盾。而其后的一段时间，马英九受到李登辉的打压，远远落到了宋楚瑜的后面，因此，宋楚瑜大概也不觉得马英九的存在对自己是个威胁。
由于马英九从政资历很浅，又由于他年轻，更由于他的“不粘锅”性格，所以当初蒋经国提名由马英九担任中央党部副秘书长的时候，遭到了很多人的反对，自然，也有很多人虽然没有表示意见，心里却是不满的。可当时的蒋经国，一言九鼎，即使别人不愿意，也很难改变他的决定，马英九担任副秘书长，因此成为事实，以至于闻者咋舌。也就是因为这一惊世骇俗举措，有的人后来说，马英九是蒋经国暗中指定的隔代传人。蒋经国是否有意让马英九成为他的隔代接班人，这点我们无法知晓，但有意识的大胆重用马英九，这却是毫无疑义的。
面对“二二八障碍”
有一次接受采访的时候，马英九说：“我到‘总统府’上班的第一天，当时就认为要解决这个（指历史上的‘二。二八事件’）问题。后来无巧不成书，担任‘法务部长’时，‘二二八补偿条例’就是我提出来的。”
马英九这里谈到的“二二八”，就是在台湾历史上影响很大的“二二八事件”。事情还得从抗战结束时谈起。
抗战结束后，日本不得不将强占 50 年的中国领土台湾交还中国，长期遭受殖民统治的台湾民众，此时的心情，可以说是欢欣鼓舞，扬眉吐气，对于回归，是热切期望并且真诚欢迎的。随后，国民党政府在台湾设立台湾行政长官公署，派国民党大佬级人物陈仪来台湾担任行政长官，集党政军大权于一身。从理论上说，当时那种特殊的历史背景下，国民党政府根本不可能在台湾建立一个类似于美国的三权独立的政府，无论是清代还是日据时代，台湾都是实行的集权统治，所以，国民党当时所执行的体制，对于台湾民众来说，并非如后来有些人所说，是无法接受的，甚至是比日本人更专制的。
但此时国民党政府已经高度腐败，他们以胜利者自居，派出大量的接收大员，巧取豪夺，接收对象不仅仅是日伪财产，只要他们看中的，动手就抢夺。台湾民众对这个政权没有丝毫感情，他们原以为回归了可以过好日子了，没料到这个政权比日本统治者更可怕更可恨，因而迅速对这个政权失去了信任。
日据时代，为了控制台湾经济，日本人实行了严格的专卖制度，对于“樟脑、火柴、酒、烟、度量衡”等物品，一律实行专卖，并且成立专卖机构。同时对交通运输、货栈、农产品、渔业畜牧、钢铁、电力、水泥、机械制造、石油、工程、造纸、印刷、纺织、砖瓦、油脂、电工器材、化学药品、制盐等行业实行垄断经营。陈仪到来之后，全盘接收了日本人的这套搞法，有过之而无不及。那些由国民党政府派驻台湾的官员们，无不想利用这次机会为自己大捞好处，于是官场腐败，日甚一日，官商勾结，军纪败坏，盗匪横行。那些当官的可以巧取豪夺，普通当兵的，难以捞到好处，便白天是兵，晚上是匪，偷窃、耍赖、欺诈、恐吓、欺民扰民、无恶不作。政府对此却睁一只眼闭一只眼。军人开枪滋事，与民众冲突的案件，一再发生，但凡这类案件，政府支持的都是军人。据统计，国民政府接管台湾的前两年，刑事案件每年递增 28 ％，社会治安严重恶化。
正所谓那句老话，哪里有压迫，哪里就有反抗。为了生存，民众不得不以自己的方式和政府对抗，其中最为常见的，是走私以及私卖。
1947年 2月 27 日晚，台湾省专卖局专员叶德根带领查缉员傅学通等 6人和4 名警察，在台北市南京西路万里红酒店附近的天马茶房（现在的延平北路）前发现寡妇林江迈贩卖私烟，当即上前缉查。林江迈身上带有几十条香烟和 6000元现款（因为通货膨胀，纸币不值钱，这其实是一笔小钱）。钱虽然不多，可对于普通民众来说，却是命根子。
当时，专卖局官员便要将这些钱和烟予以没收，对于林江迈来说，这些财产可是命根子，自然不愿，于是和缉私官员抢夺，甚至跪地向他们求情。附近有很多民众开始围观，他们知道林江迈家庭经济状况很差，纷纷向官员求情，可官员“铁面无私”，丝毫不肯让步。抢夺中，因为林江迈不肯松手，警察便挥枪威胁，并且用枪托猛砸林的头部，致使她受伤流血。
当时有近百名民众围观，一些人早就对国民党官员不满，群情激愤，有人开始上前和官员们论理，甚至出现抢夺。场面一度出现混乱，致使一名查缉员和一名警察受轻伤。官员们恼羞成怒，鸣枪示警。混乱中，不知是有意还是无意，子弹竟然射中在自家楼下看热闹的市民陈文溪，后经抢救无效死亡。
此时，事件仍然是一次局部事件，若处理得当，应该可以迅速解决。但是，国民政府对此不闻不问，反而称陈文溪是因为妨碍公务被击毙，是咎由自取。
当晚，愤怒的民众便向当局提出诉求，要求惩办凶手，但当局根本不予答复。28日早晨，延平路一带的市民出于愤怒，鸣锣聚集，向民众公布事件真相，希望政府给予公正解决。当地警察获悉后，立即派出警员赶到现场驱赶民众。民众异常愤怒，双方迅速发生冲突。最后，愤怒的民众冲击了当地的警察所，所长出面弹压，被愤怒民众围殴。随后，这些人冲进警察所，抢夺了枪支，又前往省专卖局台北市分局，双方发生严重冲突，当场打死查缉员 6人，并将办公室内存放的东西推出门外，连同外面停放的汽车、自行车数辆放火烧毁。
后来人们将这一事件称之为“二二八事件”。台湾民众一直要求政府对这一事件予以平反。
所以当马英九说他担任“法务部长”时，“二二八补偿条例”就是他提出来的，�