佑辛怠�7 月 2日凌晨，人们发现他死在台湾大学宿舍楼下的草坪上，全身伤痕累累，显然经过刑讯或拷打。但“警总”却表示，当时只是约谈，其后便将他放回，至于后来发生了什么，警总不清楚。现场显示，陈文成是从楼上摔下而死，至于是自杀还是他杀，则难以定论。
这件事，迅速成为党外人士攻击国民党的炮弹。马英九就是在这种不太平的时候，回到了台湾。
得到马英九肯回台湾任职的答复，秘书室便将此事汇报给“总统府”秘书长马纪壮。既然是蒋经国看中的人，马纪壮自然不会有半句不满。但这是一个重要人选，职务虽然不高，却是最接近蒋经国的身边人，关系“总统”安危和“国家”的兴亡，过场还是要走一走的，他看过马英九的有关档案，又和马英九见了一面，印象不错，便向蒋经国递交了一份报告，蒋经国当天便在报告上签了字。
从这一天开始，马英九便正式跨进了台湾政坛，开始了他的从政生涯。
一进入政坛便能在拥有至高无上权威的“总统”身边工作，这是许多人梦寐以求的事，马英九却轻而易举地就得到了。这不能不说是一个奇迹。
马英九身材魁梧，刚从美国回来之时，当时的体重，竟然高达 180多斤。他第一天去“总统府”上班，恰好遇到蒋经国会见外国友人，彼此坐在蒋经国的会客室里，蒋经国和外国友人并排而坐，中间隔着一只茶几。按照惯例，马英九的位置，在那只茶几的后面，他所充当的，是翻译的角色。马英九因体重过重，一坐下小板凳，就挤到蒋经国与访宾间的小茶几。
这件事可苦了马英九，以前的英文秘书，包括宋楚瑜在内，个子都不大，也不重，坐在那里，没有任何问题。现在马英九坐在那里，差不多将整个空间塞满了，连动一下都没有可能，尤其是那张矮椅子，看上去有点弱不禁风，马英九始终担心，自己如果动作大了点，弄不好，便将椅子坐断了。真的那样，可是闹出“国际笑话”来了。所以，他坐在那里不仅不敢动，而且，还不敢完全将自己身体的重量压在那张椅子上。
想一想自己今后将无数次在这里“工作”，马英九有些害怕了。
可初来乍到，他又不敢将这一问题提出来，即使想提，也不知该找谁提。没料到蒋经国异常细心，他已经看出了这一点。会见结束，送走外国朋友，蒋经国特意走进来，对正在做收尾工作的马英九说：“怎么样？第一次工作，紧张吗？”
马英九摆了摆头，说他并不紧张。蒋经国却和他开玩笑，说你不紧张，我倒是紧张，我担心你那么胖，把椅子坐断了。后来蒋经国特别交代秘书室给马英九换一把宽大些的椅子，让他们给马英九多留一点活动空间，可见蒋经国对部属极其细心与体贴。
东森新闻“两蒋父子档案解密”节目专访马英九，马英九谈到追随经国先生六年往事时说，经国先生晚年的健康很差，再也没有像过去一下乡好几天的情形，后来发生视网膜剥离，又因为糖尿病，脚趾头切除，最后还坐轮椅，那段时间，大概是经国先生一生中健康最差的时候。马英九并说，“我刚回岛时体重超过 90公斤，当时钱复曾要我去减肥，而我自己也觉得坐在小板凳上，显然块头大了一点，还会挤到客人、挤到茶几，所以后来经国先生就指示秘书室主任要把位置换大一点，说是没想到新来的马秘书那么胖。”
马英九还说，他觉得经国先生在小地方蛮体贴的，他刚回岛时，拿到博士学位不到一年，回来后准备出版博士论文，很想再去美国更新数据，后来辗转开口，蒋经国马上答应，而且提供了一些财务支持。此外，经国先生平常过一段时间就会问，家里人怎么样，生活上有什么困难没有，需不需要帮什么忙，让大家感受非常亲切。
马英九虽然胸有成竹，博学多才，但给蒋经国当翻译，并非一帆风顺，也曾闹出过“幽默错误”，那是因为蒋经国的浙江口音所致。
有一次，蒋经国接见一名境外友人，此人非常熟悉前苏联事务，而蒋经国又曾在前苏联多年，在前苏联娶吱生子，甚至还在前苏联加入了共产党，前苏联可以说是他的第二故乡，对前苏联的熟悉程度，不是一般人可比。现在遇到一个熟悉前苏联事务的外宾，自然会谈起前苏联。蒋经国谈到了前苏联加盟共和国阿塞拜疆的首府巴库，他发出这个音的时候，用的是浙江口音的中国话，而马英九对前苏联几乎没什么了解。他想当然地以为，既然是首府，自然是什么“宫”之类，比如克里姆林宫，白金汉宫，而浙江话所说的“巴”，又和“白”极其相近，所以，马英九便翻译成“白宫”。
蒋经国并不清楚马英九是怎样翻译的，所以也不知道发生了什么错误，依然兴高采烈的和那个客人谈着，但那个客人是个“苏联通”，知道阿塞拜疆的首府不是“白宫”，却又不明白这个年轻人为什么会翻译成“白宫”，所以有些发愣。
马英九虽然感到外宾的神色有些不对，却也没有深究。直到这个词出现好多次，而他每次都以“白宫”翻译时，都发现外宾的神色有异，才意识到自己翻译可能错了。
那种情形是非常窘迫的，一般人，或许会想办法蒙混过关，而且蒋经国并不知道他的翻译出来错误，以后再遇到要翻译“巴库”的时候，干脆仅以首府代替，含混过去了事。可马英九非常认真，知道自己工作可能出错之后，内心极其不安。他找了个机会，将此事向蒋经国核实了一遍，并且告诉他，自己有可能翻译错了。蒋经国很耐心地对他解释了一番，才让他明白过来。
这件事，如果换一个人，很可能成为一大败绩，最终影响到他的整个政治生涯。但蒋经国却与众不同，当他知道马英九犯了一个大错后，他不仅没有批评马英九，反而对马英九这种知错改错的勇气，极为欣赏，竟然还表扬了他几句，结果坏事变成了好事，使得马英九在蒋经国面前赚足了印象分，工作起来也就更加认真负责了，以至于后来蒋经国夸他，是个“没有缺陷的年轻人”。
从此时开始，直到蒋经国逝世，马英九在蒋经国身边工作了将近 7年时间，二人关系十分密切。7 年的光阴，在整个历史长河里不过是弹指之间，瞬息即逝，可是在台湾，却是社会发生深刻变化的 7年，虽然有许多变化，在此之前，蒋经国已经打下了底子，还没有出现最终的根本性改变。后来台湾社会所经历的一系列重大事件，马英九都是目睹者或者参与者，他担任蒋经国英文秘书这种“贴身”身份，使得他对于蒋经国的思想脉络以及为人等，有一个相对别人更为透彻的了解。外人后来说他是蒋经国的真实信徒，甚至于说他是蒋经国暗中指定的隔代传人，这实在并不为过。
从后来马英九的一些谈话中可以看出，直到现在，他对蒋经国的政绩以及为人，都是极为推崇的。他多次说：“十五年来多次民调显示，经国先生最受民众肯定的政绩，正是十大建设。英九认为，如果以‘民之所欲，常在我心’的观点来说，经国先生在历任‘总统’中的评价最高，确实当之无愧。”但是，他显然不像宋楚瑜。当初，宋楚瑜将蒋经国视为父亲一般尊敬和崇拜，后来蒋经国逝世的一段日子里，他也像孝子一般，但凡一些重要的日子，都会去蒋经国的灵前参拜，并且痛哭流涕，虽然这一切并没有持续很久。
马英九不是那种在政治上广结善缘的人，就算他有那么多机会讨好蒋经国，以求蒋经国在政治上提拔他，可实际上，他并没有在这上面花很多的情感功夫，只是一心一意将自己份内的工作做好，务必事事精到。马英九和蒋经国的关系，可以说是一种纯粹的工作关系，尽管从感情上说，马英九对蒋经国从小就十分的崇拜，将其当成大英雄看待。而蒋经国对马英九也非常的满意，其体贴和关切程度超乎寻常，所以直到自己逝世，都一直把马英九留在自己的身边，当最亲近的人使用。
蒋经国除欣赏马英九的品德和才华外，马英九的那种“不沾锅”的性格尤其赞许，所谓“不沾锅”，指的便是他在政治上不拉派不结帮，我行我素，只要是对的，无论是谁，他都支持，只要是不符合他的观点的，他也会提出意见，如果对方是明显错误或者是在使阴谋，他知道之后，也会以自己的方式提出批评。平常在蒋经国身边工作，除了勤奋，就是认真，凡是份内的事，他一丝不苟，不该他知道的事，他从不打听从不过问，更不会替人说情。他知道的事，他也从不向外面任何人透露。谁也别想从他嘴中得到有关蒋经国和“总统府”的任何消息和秘密，哪怕是自己最亲近的家人。
蒋经国在有些事情上，还会询问马英九的意见。这是蒋经国的一种工作方法。像他这种人，高高在上，听到下层意见不那么容易，许多事，都是从身边人那里了解的。正因为如此，便有一些谄媚之辈趁此机会打击他人抬高自己。蒋经国身边，这样的人自然也不会少，他听到类似的话，也一定很多。有些他听进去了，结果在处理某些事情的时候，导致了错误，事后即使意识到，想改，也已经晚了。有些事，他想调查取证，可下面的人都有各种关系，调查也不容易。因此，对于身边人，他不能不有一种特别的警惕，却又不能离开这些人。尤其是他晚年的时候，只能坐在轮椅上理政，就更加少不了这些身边人了，同样对这些身边人也最亲近。
据蒋孝勇回忆说，到了晚年，蒋经国已经没有几个信任的人，因为那些人对他所说的话，大多都带有强烈的个人目的，许多话是不能信的。马英九是难得的一个大好人，一个肯对他说真话的人，一个毫无私心杂念的人。但马英九也有他的缺点，他不喜欢品评人物，往往是就事论事，涉及个人的人品，从不评价。
虽然马英九没有想方设法让蒋经国对自己产生一种亲子般的感情，蒋经国却非常喜欢这个年轻人。蒋经国身处高位，平常见到太多为自己私利，争得头破血流的蝇营狗苟之徒，也见到太多的拉帮结派，所有官场的黑幕，蒋经国是全都见尽，可以说见怪不怪了。同时，他对这一切，也深恶痛绝，却又无力根除。正因为如此，当他遇到一个不结帮不谋私利的年轻人时，那种仿佛大草丛之中见到珍珠的感觉，是何等的强烈。
蒋经国对马英九评价是：这是一个“没有缺陷的年轻人”。
人是不可能没有缺陷的。但对蒋经国这样一个浸淫官场大半生，处于权力高峰几十年，又处于人生终点的垂暮老人来说，他所指的缺陷，应该说是大缺陷，而不是小缺点。
日后，马英九的支持者拿这句话当成“最高指示”，以此告诉人们，蒋经国对他的评价是如何之高。而马英九的反对者，同样用这句话来攻击他，要让人们相信，他的没有缺陷，正是他最大的缺陷。公说公有理，婆说婆有理，不过，对于普通的台湾民众来说，更多的人都希望选择一个像马英九这样看上去没有缺陷的官员，而不愿选一个像李登辉那样全身都是缺陷的官员。
平步青云超速升迁1984年，蒋经国对班子进行了一次大调整。这次调整的一个大基调，就是本土化和年轻化。这次调整，对于整个台湾的未来，可以说举足轻重，关系深远，并且影响到了“党国”的命运。因为正是这次调整，推出了台湾两个引人注目的人物，那就是李登辉和马英九——后来李登辉成了接班人，担任了“副总统”；而马英九则平步青云，担任国民党中央党部副秘书长。
最初蒋经国让李登辉担任“政务委员”，看中的是李登辉是个农业方面的人才。此后，蒋经国每次下乡调查农村问题，都将李登辉带在身边，李登辉一方面对蒋经国极尽讨好，另一方面，也确实有些学者作风，颇为务实。当时 49 岁的李登辉，大概不可能想到日后还有政治上发达的机会，能够坐上“政务委员”的高位也就满足了，政治上大概没有野心，便很愿意在实际工作中发挥一些作用。既然没有野心，也就没有顾忌，遇到蒋经国向他征求某些问题的意见时，他也就可以直言。正是这一点，令蒋经国大为欣赏。
1978年，蒋经国当上“总统”，10天后，他便任命孙运璇为“行政院长”。而新的“行政院”阁员，自然都是由蒋经国钦定，蒋经国给了李登辉一个更佳的位置：“台北市长”。李登辉一上任，便给了蒋经国又一个好印象，他辞掉了除“市长”薪水之外应得的一切，如研究费、车马费、制装费等。