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在台湾政坛，有本省族和外省族之分。由于本地人占绝大多数，约 80％，外省人仅仅少部分。因此每一次选战，族群问题，都会被拿出来大做文章。民进党极力把马英九边缘化，让他成为外省族群的代表。在许多次选举过程中，陈水扁都以此作为攻击马英九的武器，说他是“香港脚走香港路”。陈水扁阴险毒辣，企图利用血统论，提醒那些台湾本土民众注意，马英九并不是土生土长的台湾人，而是出生在香港，是地地道道的外省人，因此马英九不会真正为台湾人着想。陈水扁为达到分裂祖国的险恶目的，故意割裂海峡两岸的历史，拒不承认自己是中国人，否认台湾和大陆千丝万缕的联系，用心极为险恶。
关于马英九在香港出生，马英九本人并不否认这一点，所以，面对陈水扁“香港脚走香港路”的攻击，马英九进行了巧妙的还击。有关马英九的这次还击，源自凤凰卫视著名女主持人吴小莉对马英九的采访。2004年 12 月 30 日下午 4时，在台北“市长”办公室，马英九接受了吴小莉的采访，在这个长篇采访的旁白中，吴小莉提到马英九是“大陆制造、香港出土、台湾加工”。同时还提到，马英九的祖籍是湖南省衡山县。
所谓“大陆制造、香港出土、台湾加工”一说，是指马英九的母亲秦厚修怀上这个儿子时，人在中国大陆，但马英九却在香港出生，迁移到台湾后长大。这话说得一点都不错。
有关马英九的祖籍，吴小莉提到是湖南衡山县。在国内和海外各媒体对马英九的介绍中，其籍贯也大都为湖南省衡山县。然而，如果翻查马英九的资料，便会发现，有关马英九的祖籍，存在几种不同的说法。基本一致的说法是，肯定马英九是湖南人，至于具体湖南哪里，又有三种不同的说法。一种是上面吴小莉提到的湖南衡山，一说是湖南湘潭，另还有一说，是湖南衡东。
如此之多的说法，真的把人给搞糊涂了。那么，马英九的真正祖籍，到底是哪里？有关祖籍，马英九的父亲马鹤凌有几句描述，目的是为了让子孙后代不忘祖不忘根。马英九年纪很小的时候，便开始牢记父亲的这几句描述：“自门前的湘江边，湘水涟漪，碧波荡漾，下望朱亭，上望石湾，空间辽阔。我家在这湘江岸畔，就像一只匍匐的大鹏，展翅欲飞。”这是马鹤凌所描述的祖籍地外景，而且是他本人的出生地，自然不应该错了。
马老先生所描述的这个如大鹏展翅欲飞之地，正在湖南湘潭，就在湘江边上。据马英九的嫡亲表兄、湘潭原政协主席刘肇礼先生介绍，马英九的准确祖籍，是现在的湖南湘潭县白石铺乡马家堰寺门前村。湖南话中，寺和自同一个发音，马老先生或许误以为寺便是自，所以，他的描述中才会有“自门前”一说。
在湘潭易俗河镇马英九的表哥刘肇礼家中，有马英九的父亲马鹤凌亲笔书写的个人简历说明。马鹤凌在说明中称，自己出生在湘潭县天马乡寺门前，即现湘潭县白石铺乡马家堰潭口村寺门前。上世纪 30 年代，马鹤凌在南岳衡山脚下的岳云中学就读 6年，在与亲朋好友通信以及相关学籍等资料上，马鹤凌均落款“衡山”，可能籍贯由此被媒体误传。刘肇礼说，马鹤凌先生在与其通信以及诗作中，均称自己是湘潭县马家堰人。而且，马家的祖坟在他的照看下，仍保留完好。马家堰东临湘江，至今还有一块记录着曾为望族的马家义渡两岸民众事迹的石碑。
刘肇礼先生是马英九的嫡亲表哥，马英九的父亲马鸽凌是他的亲舅舅。刘肇礼先生说：“舅舅有着很浓的家乡情结，从他的书法作品中就能够体味出来。”刘肇礼先生特意介绍了舅舅马鸽凌的一首七言律诗：“割别家乡四十年，乍看录影七情煎。独儿卓立谁呵护，节妇余生谁爱怜。庐墨已为衰草蚀，江乡抒共生槐眠。临安末许歌归去，老泪纵横感万千。”他解释说，当年他给马鸽凌寄去一本全家人在湘潭生活的录像带，马鸽凌看后百感交集，并写下了这首诗。
“外界的资料都说马英九是湖南衡阳人，其实这是一个笔误，有必要澄清一下。”刘肇礼透露了马英九不为人知的家史。原来马家的旧址就在湘潭县白石乡自门前，这里正是著名国画大师齐白石的故乡。马英九的爷爷开了家规模比较大的“自门前锅厂”，可以算得上是一个民族资本家。“当年舅舅在衡东云麓中学读了 6年中学，毕业以后他在档案中填写了‘湖南衡东’的字样，因此后来被误认为他的籍贯就是湖南衡阳。”
目前马家堰乡寺门前通往湘江的码头渡口，两只石狮子依稀能分辨眉目，三百块近百年前的大石碑铭刻着包括很多马姓人氏在内的马家堰人当初捐资兴建码头的功德。其中自然包括马英九的祖父马立安。来到码头南面不到一百米远的一片荒草地，拨开周围的乱草丛，一段残墙赫然出现。这就是马英九之父马鹤凌家昔日的院墙。当年，马英九的爷爷马立安在这里不仅经营铸铁锅厂，还拥有米厂和南货杂品店。此外，殷实的马家当年置地近四百亩，是当地一个最受人尊敬的乡绅家庭。刘肇礼先生解释说：“按照《扶风马氏五修族谱》的记载，马氏祖屋当称‘扶风堂’，早年供奉着‘扶风马氏祖先神位’”。
邻近的双阳村太王山上，安葬着马英九祖父马立安的坟墓。他的墓建于 1928年，由汉白玉石碑、花岗岩石柱和糯米混合“三合土”打造的墓园基本完好如初。这座坟墓足以显示出马家的显赫。当年，马鹤凌在著名教育家何炳麟（迥程先生）于 1909 年创办的南岳衡山脚下的岳云中学度过了他最幸福的少年时期，并且在那里受到了良好的教育。这所学校曾经培养出丁玲、贺绿汀及毛泽东的第一位夫人杨开慧等名人。
衡山的原岳云中学校长、现年八十一岁余为骐老先生谈起马鹤凌在岳云中学的情况，犹显激动地说：“在当时体育主任杨一南老师的培养下，马鹤凌成为一名国家级运动健将。他（指马鹤凌）在初中二年级就夺得湖南省运动会万米冠军。其后从政，还在湖南省运动会中夺得四百米、八百米、一千五百米和一万米四个冠军；全国运动会再次拿到‘全能大满贯’后，蒋介石亲书‘胜利第一’给他做奖品。”
刘肇礼先生说：“后来，马鹤凌把国学、体育精神都灌输到了马英九身上。儿时的马英九，天天随父晨跑，这个传统保留至今。因此，马英九的身体非常棒。”
真正祖籍在江西永新县其实，海内外各大媒体，包括马鹤凌先生和刘肇礼先生都没有把马家的真正祖籍说准。当然这与当时战乱频繁、人民流离失所、四处迁居有关。马英九的真正祖籍在江西省永新县象形乡的马家村。最近，江西安福发现修于清乾隆三十七年（1772）《永新溪冈马氏重修宦谱》，确定江西永新县系马英九先生真正的祖籍故里。
这事还得从远古说起。相传古代的帝颛顼有个孙女叫女修，因食燕子蛋而怀孕生子大业。大业之子伯益因辅佐大禹治水有功，帝舜赐他姓嬴。伯益之子大廉，传至季胜有个曾孙叫造父，是周穆王的驾车大夫，因平定徐偃王之乱有功，被封在赵城（今山西洪洞县北赵城），称为赵氏。后建立赵国。战国时赵王有子叫赵奢，以善于用兵着称。赵奢于公元前 270年率军在秦、赵瘀氏之战中大败秦军，赵惠文王因此把马服一地分封给赵奢，并赐其号为“马服君”，与廉颇、蔺相如职位相等。赵奢的子孙后代便以“马服”为姓，后又改为单姓“马”。此后，马家后代又在西汉武帝时期从马服迁到了当时的陕西右扶风茂陵（今陕西兴平东北）定居下来。《姓谱》一书中记载说，“马”姓的发源地是陕西扶风。
历史上的马姓，分布极广，人数众多。著名人物有东汉马融、三国蜀马谡、马超、元马致远、近代马建忠等。马姓的主要来源是马服君。马姓还有许多其它来源，如：东汉大司徒马宫本为马矢氏，后改为马氏；金人马庆祥原为西域人，名习礼吉恩，入居临洮后，改姓马氏；元人月乃和因祖先为金马步指挥史，改姓马等等。
赵奢之子牧，亦为赵将，居住在邯郸。公元前 100年，秦国灭赵国，将牧之子迁徙至陕西咸阳。马兴后人马何罗徙扶风茂陵（今陕西兴平东北）。从此，扶风茂陵成为马氏的发展繁衍中心。两汉至南北朝时期，马氏除在扶风茂陵成为望族外，还分布于今河南、河北、山东、湖南、湖北、四川、甘肃、江苏、浙江等省的一些地方。
据《永新溪冈马氏重修宦谱》记载：江西省永新县象形乡有个马家村，村前有一条小溪，故又称为溪冈，居民亦称溪冈马氏，誉称“螺水无双族，禾川第一家”。溪冈马氏源出于陕西扶风，既马服的后人。南唐末年，有马十九郎者，从扶风流寓江西南昌黄金巷。十一传后，出了个马子仪，号浣溪，此人“具经世之才，爱游览名山大川”。时值宋末元初大乱，马子仪遂于游历之地永新县城北 50里的西山“筑屋以居，买田以膳”，成为永新西山马氏始祖。西山马氏传至 5世，“子孙益盛，资产益增”，因地狭人繁，西山马氏子孙又分徙于县内的象形乡溪冈等地。现西山没有马氏居民。
元末明初，又是天下纷乱之时，永新溪冈马成中，毅然投笔从戎，离开江西永新溪冈家乡，在湖南安仁县参加了朱元璋的军队，与陈友谅所部激战，后又参加平息湖南武岗动乱，立下了战功，57岁时，殁于军中，葬于长沙。于是，马成中之子马光佑，从安仁县携母转居于株洲县王十万乡，后子孙发旺，族人分徙于湖南株洲、衡东、衡山、湘潭湖田各地，至今湖南这支马氏人口达 6万人之多。仅湖田之裔就达 3万人之众。
马英九先生属湘潭县湖田马氏转徙衡山的支裔，是江西永新马氏始迁祖马子仪的第 22 世孙，他的父亲马鹤凌 1920 年生，毕业于政大。抗战时，在重庆投笔从戎。去台后，曾任国民党中央党部考纪会副主委。1988年蒋经国逝世时，由马鹤凌代表国民党政要宣读祭文。现为台湾马氏宗亲总会理事长，台湾世界华人和平促进会会长。
2005年，湖南湘潭县湖田马氏，决定重修马氏族谱，经多方努力，寻访到了祖居地的江西永新马氏，并在永新迁安福的柘田马氏处找到了修于清干乾隆三十七年（1772）《永新溪冈马氏重修宦谱》，经与湘潭 1933 年所修的《湖田马氏五修族谱》核对，确定湖南湘潭湖田马氏出于江西永新县无误。
值得一提的是，马英九的前辈中有多人在民国政府中担任要职，与国民党首要人物关系密切，因此 1933 年的《湖田马氏五修族谱》修成后，国民党总栽蒋介石写下“化家族为国族”、胡汉民写下“世世守之”、汪兆铭写下“世德长留”、何键写下“敬宗收族”的题词。
2005年清明节，湖南湘潭湖田马氏派出代表，至江西永新祭扫始祖马子仪之墓。5 月 10 日，湖南、江西马氏代表数百人，在湖南株洲召开《溪冈湖田马氏重修族谱》会议，研究重修族谱事宜。据悉，远在台湾的马英九之父马鹤凌先生得知此事，欢喜异常，来电热烈祝贺，表达了将台、港、澳及在海外的马氏后裔入谱的希望，并请将会议情况录像光盘寄台湾一睹盛况。
由此可见，各个媒体以及马英九嫡亲表兄刘肇礼先生早年说的“马英九的祖籍地系湖南省湘潭县马家堰自门前村”之语，并非马英九的真正祖籍地。
2005年 7月 18 日，马英九在湖南湘潭易俗河镇百花社区的嫡亲表哥、现任湖南省政协委员、湘潭市政协常委的刘肇礼先生在得知马英九当选国民党主席的消息后，马上致电祝贺。刘肇礼先生对《大公报》记者说，当马英九听到他的祝贺后，亦显得相当激动。刘肇礼先生说，在此之前，他一直关注着国民党主席选举，一直期待表弟能够当选。刘肇礼先生说，表弟当选国民党主席后，希望他能够加强两岸、国共两党的交流。在促进两岸贸易、农业、教育、科技、卫生、文化、旅游等多方面体现他的魄力和才能，为两岸和平统一作贡献，为两岸同胞谋福祉。
刘肇礼先生同时还表示，因台湾当局的政策，马英九从来没有回过故乡。所以，希望马英九当选国民党主席后，能够像连战、宋楚瑜一样，多回祖国大陆，回家乡看看亲人，拜拜祖坟，踏上这块故乡的土地。
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