古史为易于见功力之微旨，非以上古与近现代史为不可专攻也。①
1941年12月14日，校读《新唐书》第二卷，书后附自记。次年正月，陈寅恪仍然校读《新唐书》。这年冬天，在坊肆中购得商务国学基本丛书本宋李心传《建炎以来系年要录》十二册，排印字既小，且多双行注，字尤小，陈寅恪现在的眼疾已经厉害，做这些研究非常吃力。第十二册末的跋中提到，他是在无意中于书肆廉价卖到了这本书。不过几天世界大战起，在万国兵戈饥寒疾病之中，研读此书也有利于消磨时光，于是匆匆读了一遍。以前家藏的殿本及学校所藏的本子都要远胜于这个本子。②以前陈寅恪读这本书的时候是在太平之世，而现在读的本子时值乱世，反而给人一种亲切熟悉的感觉，身逢乱世，能坐下来安静地读一本自己喜欢的书也许已经是很大的享受了，而对于那段时间长期辗转奔波的陈寅恪似乎更是难得和珍贵。
动荡岁月的纷乱，阻挡不住为学的热情，这一年，陈寅恪还著有《读东城老父传》、《读莺莺传》、《魏书司马睿传江东民族条释证及推论》诸文。
1942年春，陈寅恪一家仍然困居在香港。有《壬午元旦对盆花感赋》诗，末联：“劫灰满眼看愁绝，坐守寒灰更可哀”，由此可深刻的感知到陈寅恪当时困居香港的苦闷心情。这个时候，艰难的生活中却出现了另外的不尽人意的插曲。据陈流求笔记记录，这年春节过后不久，陈寅恪旧时的学生来访，说是奉命请他到当时沦陷区的上海或广州任教。陈寅恪对于日本人，身负国耻家仇，岂肯为侵略国家的敌人服务，他坚决地拒绝了。吴雨僧《答寅恪》诗自注有言：“闻香港日人以日金四十万圆强付寅恪办东方文化学院，寅恪力拒之，获免。”③日本人三番两次的骚扰利诱，这个时候陈寅恪想到的是，香港不是久留的地方，应该想办法尽快逃脱，离开这个是非之地。
5月5日，有船到广州湾（即湛江），陈寅恪一家带了简单的行李乘坐海轮由香港取道广州湾准备返回内地。途中，遇到风浪，一叶扁舟，惊险万状，但为了归死故丘，毫不犹豫。好不容易到达湛江，住进了一个嘈杂拥挤的旅社，与内地取得联系后，又由旱路经过赤坎、廉江、郁林、贵县，在贵县换船到桂平，换拖轮到柳州，在1942年六月末抵达桂林市。
陈寅恪在桂林留一年多，并任教于广西大学。
驻足广西大学
陈寅恪一家成功逃离香港抵达桂林后，他的亲朋好友都非常高兴。其兄陈隆恪有《闻六弟携眷自香港脱险至桂林》一诗：
蝉雀相乘劫，恢恢食报才。
穷愁羁我在，辛苦识君来。
正气吞狂贼，余生息祸胎。
危邦占剥复，未许后人哀。
吴宓听到老友脱险，亦有《答寅恪》诗：
喜闻辛苦贼中回，天为神州惜此才。
心事早从诗句解，德名不与世尘灰。
这段逃难经历陈寅恪深有感慨，有《壬午五月发香港至广州湾舟中作用义山无题韵》、《予挈家自香港抵桂林已逾两月尚困居旅舍感而赋此》，又有《壬午桂林雁山七夕》诗。从吴宓日记中又有《夜读简斋自湘入桂诗感赋》诗：
我行都在简斋诗，今古相望转自疑。
只谓潭州烧小刃，岂知杨獠舞多姿。
还家梦破恹恹病，去国魂销故故迟。
谁挽建炎新世局，昏灯掩卷不胜悲。①
陈寅恪原计划到四川李庄历史语言研究所，中英庚款会和广西大学既然相约讲学，就决定在桂林暂时休息，乃致书傅斯年辞去中研院专任研究职务，接受广西大学的聘任。任教广西大学的时候，陈家搬进背傍石山的广西大学宿舍中。据陈流求记录，当时敌机常来轰炸惊扰，经常逃警报。陈寅恪曾经冒着被轰炸的危险到粤边坪石当时的中山大学临时校址短期讲课，有“清谈与清谈误国”和“五胡问题及其他”两次学术讲演。陈寅恪到中山大学讲演是有一定原因的。老教育家金曾澄教授于1942年5月被当时的行政院任命为国立中山大学代理校长，他上任后，注意物色学有专长的著名学者来校任教。陈寅恪当时以教育部部聘教授身份任教于国立广西大学，金曾澄代校长只好用特殊的方式处理，用特约教授的名义聘他来校为国立中山大学研究院文科研究所讲学。于是便有了这两次著名的在中山大学的讲演，讲学的简况，当时的《国立中山大学日报》作了扼要的报道。
有了这段自港逃出的经历，陈寅恪虽然庆幸生还，但是“国门生人有新愁”。1943年春夏间仍然任教于广西大学，居住在桂林雁山别墅。陈寅恪有《癸未春日感赋》诗，给李庄史语所第一组诸友：
沧海生还又见春，岂知春与世俱新。
读书渐已师秦吏，钳市终须避楚人。
九鼎铭词争颂德，百年粗粝总伤贫。
周妻何肉尤吾累，大患分明有此身。
这首春日感赋，内含深意。首联是说时局好转，美国参战。次联藉汉时楚元王故事，喻士人不为世人所重视。穆生初受元王敬礼，因不嗜酒，王乃以醴，后王忘设醴，穆乃谢病去，且说：“醴之不设，王之意怠；不去，楚人将钳我于市。”第三联讽刺当局之虚矫，曾有请顾颉刚写九鼎铭词为元首祝寿一事，而不知道当时社会伤贫已甚，国家元气殆尽。末联之典出自《南史》：周颙、何胤崇佛法，但是周有妻子累，何有肉累，之所以不能摆脱世俗诸累，因为有身。老氏有言：“吾所以有大患者，为吾有身；及吾无身，吾有何患。”战事艰苦，物价飞涨，伤贫日甚，士人的生活穷困，此诗已经略见端倪。另一在桂林所作挽张荫麟二首之二，表达得更加清楚，隐约间我们还能感觉到那份深深的哀愤：
大贾便便腹满腴，可怜腰细是吾徒。
九儒列等真邻丐，五斗支粮更殒躯。
世变早知原尔尔，国危安用较区区。
闻君绝笔犹关此，怀古伤今并一吁。
陈寅恪任教广西大学一年多，他平日教人，言必信，行必果。奖掖后学，不遗余力。不但对古人不轻加訾议，即对当代人物亦不轻加品评。先生为人谦逊，虚怀若谷，而于学术问题上，是非分明，不以人废言，亦不以言废人。尊重历史事实，追求客观真理。著文立论，无一字无来历。每能因小见大，多发前人所未发之覆。博大精深，自辟蹊径。不特能阐事理之当然，且能解其所以然。①
陈寅恪重点的治学方面落在历史领域，对于历史的研究，他提到，其中重要的就是要根据史籍或其他资料以证明史实，认识史实，对该史实而有新的理解，或新的看法，这就是史学与史识的表现。凡是前人对历史发展所流传下来的记载或者追述，我们如果要证明它为“有”，相对而言是比较容易的，因为只要能够发现一、二种别的记录，以作旁证，就可以证明它为“有”了；如果要证明它为“无”，则是比较难的。因为如果只是查了一、二种有关的文籍而不见其“有”，那是还不能说定的，因为资料是很难齐全的，现有的文籍虽然全部查过了，但是可能还有地下未发现或者即将发现的资料仍然可以证明其并非“无”。陈寅恪的话分量是很重的，对日后扎根在史学研究的学生产生了极大的影响。
黑色岁月里，稳定的时候是很稀罕的，平静的日子是一点不敢奢望的。是年八月的一天，他们一家又不得不从桂林启程北行，原因是1943年的夏天战火逼近湖南，长沙等地的形势日益紧张。在这种形势下，无奈的陈寅恪携全家再次登上艰难漫长的逃难旅程。先是搭乘货车由桂林出发，经过宜山、金城江进入贵州境内，过独山到都匀后，唐筼染上痢疾，勉强走到贵阳市后，病情加重，中途暂时停下休养，找到中西药品，慢慢调理，但是疗效很慢，大约经过一个多月，她的病情才慢慢好转。于是，又勉强地登上川黔公路，这一路，波折坎坷，陈寅恪又着急上火，路上也患病，1943年冬天的11、12月间才到达重庆暂时在观音岩俞大维家休养。
这个时候蒋天枢与蓝孟博同在夏坝
复旦，听到老师陈陈寅恪到达重庆，住在观音岩俞宅，两位约同往谒。蓝氏往购奶粉，仅得三罐。陈寅恪和夫人都还在病中，虽然稍微痊愈，但是仅仅能在床上倚靠着被子坐起来。当时，陈寅恪说道：“我就是缺乏这个，才会病成这样。”战时学者之清苦，令人心寒。①
这一路走来真可谓身心俱疲，备尝艰辛。陈寅恪病情稍为好转之后，启程去了成都，抵达成都时，已在1943年的12月底，后任教于燕京大学。
这是一段辛苦波折的历程，顶着巨大压力的陈寅恪在1942年到1943年年间，依然写出了《朱延丰突厥通考序》、《姚薇元北朝胡姓考序》、《陈述辽史补注序》、《杨树达积微居小学金石论丛续稿序》、《邓广铭宋史职官志考证序》、《陶渊明之思想与清谈之关系》等文，这种治学的毅力和精神是令人佩服和感动的。
执教燕京大学
1943年冬天，成都燕京大学校长梅贻宝在学校的周会上说：“我校迁徙西南，设备简陋，不意请得海内著名学者陈寅恪先生前来执教。陈先生业已到校，即可开课。这是学校之福。”不久，教务处公布了陈寅恪所开课目，当时陈寅恪兼任历史和中文两系，所开课为《魏晋南北朝史》及《元白诗》。下半年陈寅恪又开《唐史》及《元白刘诗》。那个时候，燕京大学借一女子中学的旧址上课，地小房少，听陈寅恪讲课者为教室所不容，且先生住房亦狭隘。所以，第二年开设《唐史》及《元白刘诗》时候，改到城外华西大学广益学舍之大教室，以便所谓华西五大学学生，均可共同听课，陈寅恪亦迁至广益学舍居住。
陈寅恪先生在燕京大学教书，一直到抗战胜利。在抗战胜利的前二三年间，通货膨胀厉害，物价飞涨，生活极为艰苦。执教燕京大学的时候，陈家与李方桂教授家同住在陕西街燕大校本部宿舍，李家住楼下，陈家住楼上。那时物质条件很差，灯光昏暗，物价飞涨，间或还要躲警报，生活如此艰难，陈寅恪用唯一还有视力的左眼，仍然不断地从事着学术研究和著述。
1944年，陈寅恪仍然执教燕京大学，因为燕京大学上课地点改在华西大学文学院，所以又要搬家到华西坝广益宿舍居住。在华西坝期间，陈寅恪除了上课外，基本上完成《元白诗笺证稿》一书。此书意在阐述唐代社会史事，不是在说诗。陈寅恪凭藉其精深的旧学根底和深厚的史学素养，把史学和文学打成一片，以诗证史，以史证诗，融会贯通，在史学和文学研究中开创了一条新道路，他的《元白诗笺证稿》就是这方面的代表作。前面陈寅恪所作的《隋唐制度渊源略论稿》和《唐代政治史略稿》二书，一论唐代制度，一论唐代政治，此书则言唐代社会风俗。
陈寅恪刚到燕京大学不久，先开设“魏晋南北朝史”和“元、白诗”两门课，讲课的地点就在城内陕西街燕大校本部。到1944年秋季，又继续开“唐史”和“晋至唐史”专题研究两门课。这时，陈寅恪已经搬到城外华西坝华西大学的广益宿舍，住房条件有了改善，课堂也随之移往华西大学文学院。当时陈寅恪的右眼已盲，走路略感吃力。穿长袍马褂，手拿黑布包袱，包着书本、讲义，另手拿着一瓶冷开水，步入教室，入座即开课，了无闲言。陈寅恪一面讲，一面板书，不时喝水。由于他讲课内容精辟，极富启发性，当时慕名前来听讲者，不乏百数人，讲堂座无虚席，待立门窗两旁，几无容足之地。听讲的不仅是学生，华西坝其他大学也有不少教师来听课，当时学术界不少人私下里尊称陈寅恪为“教授之教授”。他在讲述曹魏之所以兴起与南北朝之所以分裂，以及唐初李渊起兵太原，隋何以亡，唐何以兴，源源本本，剖析入微，征引简要，论证确凿。陈寅恪的课程每一堂有每一堂的创获和新意，多发前人未发之覆。陈寅恪讲诗亦如讲史，即以诗证史，而非纯诗之讲解。不先读元白（后加刘禹锡）之诗，是听不懂陈寅恪所讲的。追忆他所讲的内容，既专且深，自然有诸多听不懂的地方，两课能坚持听讲到底者，不过二十人，其中大多数今已成为在文史研究方面学有专长的专家。①
陈寅恪当时将元白诗并讲是有自己的深意的。当时比较研究之法已有所滥觞，陈寅恪对此有独具的看法，以语言为例，他在《与刘叔雅论国文试题书》中，即指出各种语言有其特殊之文法