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逃难以来手稿、书籍遗散得太多，加上旅途的劳累，陈寅恪初到蒙自即染上疟疾，精神几近崩溃。当时动荡混乱的时局，独自一人谋生在战火连绵的他乡，心底不免生出无限的感慨和凄凉，尝有“南渡自应思往事，北归端恐待来生”之句。流求记道：
年后父亲必须赶往学校上课；母亲则因劳顿心脏病发，体力不能支持，决定先由父亲一人取道安南去云南蒙自。当时蒙自恶性疟疾猖狂，父亲亦未幸免。母亲闻知非常焦急。
是年
七夕，陈寅恪在蒙自一人度过，有诗曰：“银汉横窗照客愁，凉宵无睡思悠悠。人间从古伤离别，真信人间不自由。”客居他乡，与妻儿分居两地，逢佳节而难团聚，思亲念家之情溢于诗间，读来感人至深。
时值国破家亡，百姓流离失所，前路辗转艰辛，脚下的路也不知尚有多少风雨。年近五十的陈寅恪，处于一种无奈、落寞、忧心的境地，只有拿起手中的笔托诗言情：
家亡国破此身留，客馆春寒却似秋。
雨里苦愁花事尽，窗前犹噪雀声啾。
群心已惯经离乱，孤注方看博死休。
袖手沉吟待天意，可堪空白五分头。
受命于危难之际，为生计更为理想，陈寅恪不远千里，携带家人，历尽艰险，远赴西南联大任教。这里有必要对特殊条件下产生的特殊产物——国立西南联合大学，做一个简单的介绍。
抗战爆发，战火不断，北大、清华、南开三校辞别京城，长途跋涉，暂时建校址于衡山湘水之间，组成长沙临时大学，当时文学院设于衡山圣经书院。到1938年春间，文学院又迁至云南蒙自，蒙自为旧日法国租界，颇有些异域情调，城外又有一南湖。因此，联大学生戏称“昆明如北京，蒙自如海淀”。是年暑假过后，临时大学改成西南联合大学，文学院又搬迁至昆明西门外的昆华农业学校。三校原为久负盛名的大学，合组后的西南联大，更成为西南大后方的最高学府，其规模居于全国之首，师资阵容冠于当时。弹丸之地，却是群英荟萃。三校的暂时组合，实现精诚团结，共济时难，弘扬了科学与民主的优良传统，融入了北大的民主自由的风气，结合了清华的严谨和求实，吸纳了南开的活泼与创新，谱写出了中国教育史中一段华美动听的插曲，令人久久回味。
在共同的灾难面前，万千师生继续办学、教学、求学，同时将文化的种子散播到穷乡僻壤，产生出更多的力量，产生出新的文化。西南联大始于1938年，终于1946年。昆明位于云贵高原，四季如春。所谓：“四时不谢之花，八节长春之草。”当时中原学者云集，虽在战时，设备简陋，但士气甚高。短短八年的时间却培养出了无数出类拔萃的人才，它的名声响彻海内外，影响持久深远，堪称“人才摇篮、民主堡垒”。从这里走出的学子们踏进了各个领域，做出了巨大的贡献，为中国的教育史和新民主主义革命史留下了光辉而又灿烂的一页。联合大学不仅与抗战相始终，更与五四精神一脉而相承。民主与科学的精神，愈挫而弥坚。兼容并包的学气，被不断发扬广大。西南联大于斯时斯地成就如此辉煌，几可以称之为中国近代教育史上的“奇迹”。它是近代民主与科学精神的缩影与结晶。发荣于风雨如晦、颠沛流离之际，更可见其精神的珍贵。正如著名学者陈岱孙所指出的，身处逆境而正义必胜的信念、对国家民族的前途所具有的高度责任感，曾启发和支撑了
抗日战争期间西南联大师生对敬业、求知的追求。这种精神在任何时代都是可贵的，是特别值得纪念的。在民族危难之际，西南联大的应运产生和发展维系并保存住了当时脉息微弱的华夏文明，更好更有力地将这份宝贵的精神财富交由到一批批优秀的堪当重任的学子中，并在未来的数十年中被不断地发扬光大。
尽管战火不断，导致陈寅恪十年的清华园黄金期戛然而止，但在西南联大这样充满民主自由和严谨创新的氛围中，在海纳百川，并蓄磅礴的新的环境，虽然陈寅恪身肩国仇家恨，但是在为学术而生存的理想的追逐中，他顶住了重重险阻，认真地履行着一份普通但神圣的教书育人的责任，他的人生轨迹，于时局的黑暗中划出了一片属于自己又福泽他人的绚丽的领地。陈寅恪讲学，似系考据学派，中外古今，旁征博引，论据卓越，听众如坐春风之中，敬佩其学问之渊博、熟谙各种语文之能力，与钻研不惜之精神，皆非常人所能望其项背也。其作品散见于《清华学报》，及其他著名刊物杂志中。当时历史系教授姚从吾先生有言曰：“陈寅恪先生为教授，则我们只能当一名小助教而已。”①
陈寅恪在昆明的住处是青云街靛花巷的青园学舍楼上。当时西南联合大学的教室在文林街的昆华北院和北门外临时修建的简易校舍，距离陈寅恪先生住处很远。寅恪上课经常抱着用黑布包袱包着的一大包书，沉重而缓慢地走在昆华路上，之所以每次上课要带这么多的书是因为他在上课时要引证很多史料。进入教室后，即打开所携带的包袱拿出书来，他把需要的主要史料一条条一字不略地写在黑板上，供学生抄录，总是写满整个黑板，然后坐下来，开始讲解，声音不高，又往往闭目授课。如果不集中精神注意他所讲的内容，自然感觉不出其中的精彩来。但是，若能够注意讲解，领悟内容，就可以知道，闭目授课是正在凝神运思的方式或模范，对下面听讲的学生也有激发思想的作用。他经常告诫学生，有一份史料就讲一分话，没有史料就不能讲，不能空说。给学生指导论文的时候，他总是预先警告，文字务必精简，若太冗长，必有浮滥，他表示不愿意批阅类似的论文。为人师表，他身体力行，以身作则，在讲课的时候，总是凭借史料说话，在提出了充分的史料之后，他才会讲课，这形成了他多年的教书习惯。这些原则和授课方法对他的诸多弟子产生了深远的影响。
依照向来成例，在联大陈寅恪每学年都开两个课程，一是文学课程，一是史学课程，每个课程每次各两个小时。但课程名目内容，则逐年更易，就史学课程来说，是“魏晋南北朝史”与“隋唐史”交替。陈寅恪到昆明的第一年，开的是“魏晋南北朝史”，在大西门外昆华农校大楼西北角楼上与公路隔墙相对的一间教室上课。在课堂上，他安排的课程都是专题研究性质的，只讲授自己在课程范围内的研究成绩，对于一些自己已经写成论文发表了的，他一般不会再讲。在国难南渡西迁以后，于“魏晋南北朝史”课程的第一课，陈寅恪先讲述的是一个关涉东晋南渡的故事，这并不是巧合，而是他面对当时南渡西迁局面下的特意安排，所以不循往例，将自己在1933年发表的论文《支愍度学说考》，对学生讲授了一次。南渡第一课讲授这一题目，借题表达出自己忠于学术良心，不妄立新义而藉以曲学阿世或哗众取宠的思想。忠于学术良心的精神，秉持“伧道人寄语支愍度”之义，在为陈垣所著《明季滇黔佛教考》而撰写的序文中就有所表示。该序文在论宗教与政治终不能无所关涉以后，即引述支愍度南渡后伧道人寄语故事，而有下列一段：
（引述伧道人致语支愍度一段略去）忆丁丑之秋，寅恪别先生于燕京，及抵长沙，而金陵瓦解。乃南驰苍梧瘴海，转徙于滇池洱海之区，亦将三岁矣。此三岁中，天下之变无穷，先生讲学著书于东北风尘之际，寅恪入城乞食于西南天地之间，南北相望，幸俱未树新义，以负如来。
读者从故事中的内涵，能够领悟到一些深意。寅恪毕生研究，著书立说，无非阐发新义，则必然深刻感知到世上诸多违反民族文化传统的种种新义。他心中的“如来”即华夏民族历代未悖“常”道的先贤们，至于他对支愍度故事的意兴，从初至蒙自“渡江愍度饥难救”和逃离香港抵桂林时后的“江东旧义饥难救”等诗句中，都有所体现，这些也是陈寅恪对于抗战时期实况的切身感触。①
这一时期尽管生活条件十分困难，工作环境极其恶劣，又加上体弱多病，但是陈寅恪一直坚持教学和研究工作，并做出了不俗的成绩。1937年到1938年间完成的论文有：《逍遥游向郭义及支遁义探原》、《敦煌石室写经题记汇编序》、《狐臭与胡臭》、《论李怀光之叛》、《庾信哀江南赋与杜甫咏怀古迹诗》。《陈垣明季滇黔佛教考序》、《顺宗实录与续玄怪录》、《读洛阳伽蓝记书后》。还有《读通志柳元景沈攸之传书后》一篇未成。
陈寅恪在昆明西南联大授课之余，也已经开始起草《隋唐制度渊源略论稿》。虽然在逃难的路上遗失了不少宝贵的手稿资料，但是陈寅恪一丝也没有放弃深入研究的希望，他以手边幸存的眉注本《通典》为基础，于1939年完成了《隋唐制度渊源略论稿》一书。①但是由于日寇横行，国运危急，书成后的印刷工作又遭遇种种困难，这一切对陈寅恪的著书事业造成了极大的破坏和打击。刚开始准备寄往上海商务印书馆印行，不幸稿子遗失。后来又交由香港商务印刷，又遭到了日寇残暴烧毁。后来我们见到的重庆商务出版的版本，并不是陈寅恪最初的定稿，它是由历史语言研究所同志根据旧稿凑成的。不管怎么样，经历了如此的波折，这部著作得以保护下来以让后来者共享，给身处苦涩中的陈寅恪带来了一丝安慰。
陈寅恪以中古史为专业，其中以唐史研究之成果最为丰硕。陈寅恪还认为，民族和文化问题是治中国中古史之最要关键。在这方面的论著中发挥了“有教无类”的观点，他以综合的方法研究民族融合，既着眼于社会政治，又强调文化的重要作用，为前人所未及。
《隋唐制度渊源略论稿》为若干专题的综合研究，包括《礼仪》（附都城建筑）、《职官》、《刑律》、《音乐》、《兵制》、《财政》，加上《叙论》和《附论》，一共八章。涵盖了魏晋南北朝史、隋唐史、民族学、社会学、考古学、文化史、语言文字学等与中古史相关的诸多领域，显示了他对中国传统文化内涵、中西文化的关系、种族与文化的界定、胡化汉化的实质等问题的高标卓识。《隋唐制度渊源略论稿》本不是为西域史立论，然通观各篇，与西域史研究有关的考索和证述却比比皆是，无处不在。无论是“中学为体，西学为用”的精彩阐释，还是“在文化不在种族”的独到见地，对西域史研究来说都堪称经典。全书的主旨正如《叙论》中所言：“兹综合旧籍所载及新出遗文之有关隋唐两朝制度者，分析其因子，推论其源流，成此一书。”②他精细入微考察了隋唐时期的主要制度，从礼仪开始，发其源而究其变，备述职官，刑律，音乐，兵制，财政各项制度渊源流变，分析东西南北各地域间文化输转的保存关系，提出关于“关陇集团”的概念，为后学提示了宏观把握西魏、北周、隋代至初唐历史发展基本线索的关键，具有重要的学术意义。首先点明隋唐制度的源流有三：第一是北魏北齐，二是梁陈，三是魏周。而魏齐的源流则含有东晋南朝前半期的因子，以及保存于河西凉州一带的汉文化；梁陈则为南朝文化因子的总结；魏周则系鲜卑野俗加上魏晋遗风的关陇文化。这一“三源流说”是陈寅恪的发现，也是他写作全书的理论基础。
陈寅恪能够把敏锐的观察力与缜密的思考力相结合，利用习见的史料，在政治、社会、民族、宗教、思想、文学等许多方面，发现别人从未注意到的联系与问题，从现象深入本质，做出了新鲜而令人折服、出乎意料之外而又入乎意料之中的解释。陈寅恪善于从小见大，在魏晋南北朝史研究方面虽没有写出像《隋唐制度渊源略论稿》那样综观全局、建立框架的论著，但除了经济而外许多重要方面的大问题都接触到了。陈寅恪长于贯通和观察发展变化。如从南北时朝分别找出唐代各种制度的渊源。他的魏晋南北朝时期史研究与唐史研究是相辅相成，互相促进的。