陈寅恪与王国维都深受清代乾嘉学风的影响，特别受晚清学者沈曾植（子培）的影响更大。沈子培专精音韵训诂，又深通梵文，精研我国西北史地与元蒙史，平生著述不下几十种。1915年王国维经过罗振玉介绍与沈曾植相识，从此他们过从甚密，王国维的《尔雅草木虫鱼鸟兽名释例》一书，直接受沈氏的启迪而作。王国维晚年从事元蒙史、西北史地、边疆之学的研究，都直接受沈氏的影响。王国维对沈曾植非常敬仰。1922年沈氏病逝时，王国维写的挽联中称沈是“大诗人”、“大学人”、“大哲人”、“世界先觉”，并悲痛陈辞：“一哀感知己，要为天下哭先生”。
陈寅恪的父亲陈三立（散原老人）与沈曾植的关系也十分密切。沈曾植自退官后，避地海滨，时与散原老人相唱酬。陈寅恪是晚辈，对沈曾植产生仰慕是很自然的。后来陈寅恪从事梵文、西北史地、元蒙史的研究，与沈曾植的影响，不无关系。这在前面已有过交待。
此外，王国维与西方著名的汉学家如法国的伯希和、沙畹等都有密切关系。陈寅恪在巴黎时结识伯希和，是由于王国维写信介绍推荐的。当年法国著名汉学家戴密微，虽然没有见过陈寅恪，但称陈寅恪是“最伟大的中国学者”。戴氏在悼念陈寅恪的文章中说，陈寅恪在巴黎时很可能听说过伯希和的各门课程。与陈寅恪是“两代姻亲、三代世交、七年同学”的俞大维也说，陈寅恪受瑞典汉学家高本汉、德国缪勒的影响很深。可见，陈寅恪的学术深受西方汉学的影响（其后来学术与伯氏的关系前文已有专门分析），这固然与他青年时代游学日本欧美十几年有关，但也包含有王国维推介、介绍和影响的因素。
1925年清华成立国学研究院，聘请王国维、梁启超、赵元任、陈寅恪为导师。陈寅恪因为侍父疾请假一年，于1926年秋才到清华园任教。从此与王国维共事于清华国学院。到1927年6月，王国维自沉于颐和园昆明湖，陈、王两人共事不到一年，但由于学识、思想感情及治学态度的契合，使得他们成了真正“相知”的朋友。一方面，他们经常往来，探讨学问，聊说掌故，另一方面，他们在工作中又密切配合。就是这段短暂的时间，是他们的友谊凝聚、升华极为重要的时期。所以在王国维遗体入殓时，清华国学研究院的师生只是行三鞠躬礼，惟有陈寅恪跪在地上行三跪九叩的大礼，一些学生见此情景也跟着行跪拜礼。
陈寅恪住在清华园的工字厅，王国维住在清华园西院，由于学识、志趣十分契合，王国维常常来工字厅与陈寅恪叙谈旧事。陈寅恪讲授“佛经翻译文学”时，王国维讲授“古史新证”、《尚书》、《仪礼》、《说文》等课程。在工作方面，研究院购买外文书籍及佛道典籍，由陈寅恪审定；采购中文书籍，由王国维审定。工作之余，他们更是经常互相往还，在他们的书斋、客厅，或者于晨风熹微之际，或者在荷塘月色之中，商量教学规划，探讨学问人生。他们之间的友谊和感情，像流水竹云一样自然、融洽。后来陈寅恪在《王观堂挽词》中说“回思寒夜话明昌，相对南冠泣数行”，指的就是这段友谊。
陈寅恪对王国维是十分敬仰的，在《王观堂挽词》中说：“鲁连黄鹤绩溪胡，独为神州惜大儒。学院遂闻传绝业，园林差喜适幽居。”这里说的是1925年清华创办国学研究院时，胡适（安徽绩溪人）推荐王国维主持其事。陈寅恪称王国维为“神州大儒”，称他的学问为“绝业”。胡适推荐王国维，自然使清华研究院的“绝业”得以继承和发扬。王国维逝世后，其学生赵万里辑录他的著作，编成《王静安先生遗书》，由陈寅恪作序，序文中说：“寅恪虽不足以知先生之学，亦尝读先生之书”，其学问“能开拓学术之区宇”，其著作“可以转移一时之风气”，其学问博大精深，“几若无涯岸之可望，辙际之可寻”。对王国维敬仰之情溢于言表。有一次，陈寅恪对研究院同学说，我送给你们一副对联：“南海圣人再传弟子；大清皇帝同学少年。”因为导师中梁启超是康有为的弟子，而王国维是宣统帝的师傅。结果引得哄堂大笑。
陈寅恪对王国维的思想最了解。因而，他们是相互信任的。王国维主张思想自由，学术自由，认为“今日之时代已入研究自由之时代，而非教权专制之时代”，他希望学术研究应脱离政治而独立发展。陈寅恪十分赞同这种主张。1929年研究院同学为王国维建立纪念碑，陈寅恪撰写了著名的《清华大学王观堂先生纪念碑铭》：
士之读书治学，盖将以脱心志于俗谛之桎梏，真理因得以发扬。思想不自由，毋宁死耳。斯古今仁圣所同殉之精义，夫岂庸鄙之敢望。先生以一死见其独立自由之意志，非所论于一人之恩怨、一姓之兴亡。呜呼！树兹石于讲舍，系哀思而不忘。表哲人之奇节，诉真宰之茫茫。来世不可知者也，先生之著述，或有时而不章。先生之学说，或有时而可商。惟此独立之精神，自由之思想，历千万祀，与天壤而同久，共三光而永光。①
在碑文中，陈寅恪三次提到学者对独立自由思想精神之追求，这已经不仅是在悼念王国维先生一人一身，而是抽象出近代学者的一种新的人格理想，即“独立之精神、自由之思想”，这也恰是陈寅恪先生自己对学术界影响最为深刻的一种精神力量。
对于王国维在学术领域的开创性和划时代贡献，陈寅恪在1934年的《王静安先生遗书序》中的评价可谓慧眼独具：“自昔大师巨子，其关系于民族盛衰学术兴废者，不仅在能承续先哲将坠之业，为其托命之人，而尤在能开拓学术之区宇，补前修之未逮。故其著作可以转移一时之风气，而示来者以轨则也。先生之学博矣、精矣，几若无涯岸之可望，辙迹之可寻。”
尽管王国维学术思想如此渊深，但是对其学术内容和方法，陈寅恪还是概括出三条：一是用地下新发现的文物材料与纸上流传后世的文字材料相互比较，互为释证；二是用少数民族的遗留材料与汉族史籍相互补正；三是用西方的理论来阐释中国古代的典籍。陈寅恪当时断言中国将来的文史研究尽管会在范围和方法上有所发展，但是大体格局不远出王国维的开创。从这七十年的学术史看，陈寅恪此语绝非虚美之词。
对于王国维投湖自尽的原因，学术界一直有不同的看法。陈寅恪力纠众说，以王国维为一文化精神凝聚之人求其解。他在《王观堂先生挽词序》中说：“凡一种文化值衰落之时，为此文化所化之人，必感其苦痛，其表现此文化之程量愈宏，则其所受之苦痛亦愈甚；殆既达极深之度，殆非出于自杀无以求一己之心安而义尽也。”又说：“盖今日之赤县神州值数千年未有之巨劫奇变；劫尽变穷，则此文化精神所凝聚之人，安得不与之共命而同尽也。”由此可见，所谓“文化精神所凝聚之人”，实际是系文化、人格、国家民族于一身，生死与共。王国维所处的时代，封建文化正值衰落之际，王国维被封建文化所化很深，因而十分的苦痛，“此观堂先生不得不死”。陈寅恪在纪念王国维的碑铭中，特别表彰他学术上独立自由的精神。他所谓独立自由，就是不受世俗所困，坚持学术己见，着意于创新，王国维是为其理想文化而献身的人。如果没有对王国维思想的深刻了解，不可能做出这种中肯的评价。于此可见，他们是真正的“相知”，可见他们之间“风义平生”的情感。
王国维深知陈寅恪最了解自己，因而在遗书中，把后事嘱托给他，说“书籍可托陈（寅恪）吴（宓）二先生处理。”陈寅恪亦不负王国维所托，在王国维死后，他写了挽联、挽词、挽诗、碑铭、书序等诗文，充分叙述了王国维的学术思想，学术成就及其治学方法，并使其发扬光大。
罗振玉在看到陈寅恪写的《挽词》之后评价说，“辞理并茂，为哀挽诸作之冠”，并说；“静安（王国维）以后学术所寄，端在吾公（指陈寅恪）矣”。罗振玉把王国维死后中国学术的希望寄托在陈寅恪身上，这不是有意恭维陈寅恪，而是由于他对陈寅恪、王国维的学术及友谊深刻了解的缘故。
中国人友朋相交的最高境界就是战国时管鲍相知的故事，这历来为人们所称道和激赏，但在历史上，真正能做到这个境界的并不很多。不过陈寅恪与王国维这两位我国现代学术文化史上的巨子，他们的友谊确当之无愧。
另外，陈寅恪与吴宓的友谊，也是可以比之管鲍而不愧的，可以说，与陈寅恪结交最早、持续时间最长、感情最深的朋友就是吴宓了。陈寅恪比吴宓大四岁，前文讲到两人相识是1919年初在哈佛大学留学期间，经由陈寅恪的表弟俞大维的介绍，开始订交。
陈寅恪与吴宓订交后，两人在美国期间经常来往，或相约参观，或外出散步，或一起吃饭，或同伴购书，但更多的是在一起谈论学问。他们在一起谈学问的内容非常广泛，既有中西文学，又有中外历史，也有中外文化，还有中西哲学及伦理道德，甚至还谈到中西婚姻及爱情观。
1921年7月，吴宓从美国回国，到南京大学任教；同年7月，陈寅恪自美国到了德国柏林大学研究院研究梵文及东方古文字学。吴宓回国后先后到上海，拜谒了陈寅恪的父亲陈三立，向他汇报了陈寅恪在美国的情况。陈寅恪在德国期间，一直与吴宓保持通信联系，吴宓还按期把他编辑的《学衡》杂志寄给陈寅恪指教。
1925年，吴宓负责筹建清华国学研究院后，即向清华大学曹云祥校长推荐陈寅恪担任国学研究院的导师。开始陈寅恪有过迟疑，吴宓便不时给他去信，介绍有关情况。陈寅恪答应就聘后，吴宓便为他的住房、预支薪金等事忙碌。次年7月，陈寅恪到清华报道后，吴宓除陪他参观图书馆、拜会学术界的新老朋友外，主要是与陈寅恪相互到对方住处访谈，如1927年5月19日吴宓在《日记》中写道：“陈寅恪日夕常来谈。”所谈内容多位学术问题及课程安排，当然有时也谈论政治问题，如1927年4月30日的《雨僧日记》记载：“陈寅恪于晚间来访，谈中国人之残酷，有感于李大钊等之绞死也。”
在清华期间，陈寅恪对吴宓也非常关心，曾到吴宓家中力劝他“隐居读书，以作文售稿自活，肆力于学，谢绝人事，专心致志若干年。不以应酬及杂务扰其心，乱其思，费其时，则进益必多而功效殊大云。”劝说吴宓“屏弃杂务，专心读书著作，生活种种，均不足计也。”两人共事于一处，相互扶持，不论是顺利也好，挫折也好，他们总是真诚不欺，相濡以沫。直到晚年，在恶劣的国内政治环境下，仍然互相通信，吴宓在生命的最后，还在大声朗诵陈寅恪的《王观堂先生挽词》，“涕泪横流，久之乃舒”。把他与陈寅恪先生的友谊升华到醇美的诗的境界，管鲍地下有知，也要自叹弗如了吧！
此外，陈寅恪与陈垣都是史学界的大家，素有南北二陈之说，他们的友谊主要体现在学术上。陈寅恪到清华报到还不到一周，就由吴宓介绍与陈垣见面，谈其所学，从晚七时一直谈到十时。此后直到七·七事变，二陈交往比较密切，两人在学术上互相推重，互相帮助。陈垣的《敦煌劫余录》、《元西域人华化考》、《明季滇黔佛教考》等重要著作，均由陈寅恪作序。陈寅恪对陈垣的著作也极其敬佩，给陈垣的信中常有“快聆教论，欣慰钦佩之至”；“顷读大作讫，佩服之至”，拜诵之后，心悦诚服，谨上数行，以致钦仰之意等语。陈垣佩服西洋汉学家伯希和的学问，陈寅恪即介绍陈垣与伯希和通信联系；陈寅恪想查阅有关资料线索，即向陈垣借书，陈垣都能满足他的要求。1952年初，全国文化界、思想界、教育界等领域掀起了规模较大的“思想改造运动”。不久，时任辅仁大学校长的陈垣在《大公报》发表了《我在三反运动中的思想体会和检讨》；《光明日报》很快转载了此文。向来推重陈垣学问的陈寅恪；对此颇有看法。刘梦溪先生认为；“寅恪先生作于一九五二年的《男旦》诗：‘改男造女态全新；鞠部精华旧绝伦’，极可能是为此而发。而同年所作的《偶观十三妹新剧戏作》：‘涂脂抹粉厚几许，欲改衰翁成姹女’。恐怕或者说至少也都与此类事件有关。”尽管如此，1954年当国务院派人到广州迎接陈寅恪赴京出任科学院哲学社会科学部历史研究第二所所长时，陈寅恪“谢不就，荐陈垣代己”。由�