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1939年1月，国民党的五届五中全会在重庆召开。武汉失守后，日本帝国主义改变了对国民党政府以军事打击为主的方针，逐渐将其主要兵力向敌后根据地转移。与此相应，国民党也逐渐将其政策的重点，向着反共反人民蜕变。会议以“整理党务”和研究“如何与共产党作积极之斗争”为主要议题，蒋介石发表讲话，要“唤醒党魂”，确定国民党的政策重点由对外转向对内，制定了一系列“溶共”、“防共”、“限共”、“反共”的政策。这些论调和做法，反映了历史在这一阶段出现的新特点，也与阎锡山的想法一拍即合，于是，他紧紧追随蒋介石，把自己的政策也由联共转向防共、反共。而且，对于蒋介石的种种做法，他还感到不满足，他标谤说：“共产党太左，国民党太右。在土地问题上，共产党让贫农分房分地，驱赶地主扫地出门，不公道；国民党对土地这个大问题，一袭旧制，让老百姓交了粮银便了事。我主张土地公有，实现耕者有其田，不赞成搞阶级斗争。……蒋先生重视军事反共，我则重视思想防共。思想防共，才是釜底抽薪的办法。”
1939年3月，阎锡山在陕西宜川秋林镇召开了“第二战区军政民高级干部会议”，标志着从此将防共反共放在了抗日之上。
会上，阎锡山在分析形势时说：“我们现在已处于抗日的最前线，陷入日军攻击与八路军包围之中，蒋介石不足畏，毛泽东……倒是个可怕人物。现在的形势是，蒋要抛弃异己，看来是想借日军之手消灭我们。处在这样的环境里，只抗日第二，防共第一才能立足。”他认为，抗战的前途是“中日不议而和，国共不宣而战”。他提出了“抗战走上最高峰”和“无条件存在”的口号。就是说，抗战已经到顶了，今后的任务是不择手段地谋求存在，因此，“抗战只是手段，复兴才是目的”。在阎锡山这些论调的操纵下，他手下的军政要员们对牺盟会群起而攻之，各地的地主豪绅还组织代表团，向阎锡山哭诉牺盟会、决死队和各抗日团体的所谓“暴行”。会议决定，取消新军决死队的政治委员制度，文官不得兼任军职。阎锡山还声称，这是蒋委员长的命令，山西不能不执行。薄一波等针锋相对地与他们进行了斗争，但经请示上级，为了维护抗日大局，决定暂不摊牌。于是，薄一波等人的决死纵队政治委员职务被解除。阎锡山又根据所谓“五统一”的方案，统一编制、统一训练、统一指挥、统一人事、统一待遇，取消了决死队原有的番号，把新军统一到旧军之中。
秋林会议是阎锡山由联共抗日变为积极反共的转折点。
会后，阎锡山以各种借口，阻止参加会议的牺盟会和决死队领导返回原地，企图用调虎离山计分化瓦解，伺机向他们开刀。同时，就不断派遣大批所谓“联络员”、“视察员”到新军中活动，并把新军的干部抽调到秋林“受训”，进行分化瓦解的“突击”。但这些措施没有取得期望的成效，阎锡山就变本加厉，撕下伪装，公开叫嚣“要破除情面，大刀阔斧地实行突击”，“哪个部队障碍进步，阻挠革命，要不客气地铲除了他”。指示地方政府，对八路军进行经济封锁，“绝不能用咱的粮食供给别人”，恶恨恨地说“要饿死八路军，困死八路军，赶走八路军”。同时施展各种手段，向新军发难。如：策动新军中的旧军官发动叛变，杀害军中的政工干部，杀害地方政府中进步人士等。阎的亲信和智囊赵戴文在秋林会议上曾宣称，“霸道不行，就要实行恐怖”，他们对新军的仇恨已经到了必欲置之死地而后快的地步。1939年10月，在秋林又举行了“民族革命同志临时代表大会”，出席会议的三百余人，都由阎锡山亲自指派，称得上是一次核心机密会议，为进行反共做最重要的准备。会议期间，秋林的街头贴出了匿名的漫画。漫画画的是：阎锡山骑着毛驴，席尚谦在前，手拉缰绳，口吹喇叭，吹出的是“反共”二字；杨吉贞跟在后面，腰插板斧，手持手枪，板斧上写着“特务”二字。漫画入木三分地揭露出了阎锡山内心的阴谋，说明即便在他控制森严的亲信队伍中，仍然有抗日爱国的明眼人。
12月，经过充分准备的阴谋终于出笼了。此时，日军兵分三路，向决死2纵队所驻地合围进攻。阎锡山以第二战区司令长官的名义，下令对日军实行所谓“冬季攻势”，命令决死二纵队韩钧、张文昂部向同蒲路霍县至灵石段的日军发起进攻。在他们的背后，部署了晋绥军的两个军作为“总预备队”，而这个“总预备队”的真正任务却是与日军对决死二纵队形成两面夹攻之势，以便在日军未能消灭决死队时，伺机从决死队背后开刀，一举消灭。如果决死二纵队不听从命令，就给他们扣上“叛军”帽子，公开予以歼灭。这算盘也可谓精明而又不露声色。
12月5日，决死二纵队的196旅旅部遭到晋绥军的无端袭击，抗日将士们忍无可忍，被迫实行自卫，并以二纵队政治部主任韩钧的名义，向阎锡山发出电报。电报称：“伯川先生，王（靖国）、陈（长捷）两贼，欺我太甚，我不能不实行自卫，将在外君命有所不受。学生韩钧。”阎锡山接到电报，马上召集高干会议宣布了来电，并以鸡蛋里挑骨头的狡诈口吻说：“我是司令长官，他称我先生；他是我部下，而自称学生。明白表示不相隶属，韩钧反了。”于是，宣布“韩钧叛变”，任命陈长捷为“讨叛”总指挥，率兵向决死队进攻。按这个逻辑，阎锡山称蒋介石为先生，早已经是一个大叛逆。真所谓“莫须有”的罪名。阎锡山急不可耐地向抗日的决死队挥起了屠刀，这就是所谓“十二月政变”。阎锡山出动了47个团的兵力，分三路向决死二纵队和八路军晋西支队发起了进攻。接着，事变又扩展到晋西北、晋东南和晋东北，阎锡山向抗日武装全面开战。虽然经过了长时间的准备，但战事发展却与阎锡山的愿望背道而驰。在日军面前节节败退的军队，却向抗日的军队发起进攻，倒行逆施，难得人心。晋西北的战事，以阎锡山的彻底失败告终；晋东北，由于八路军的力量占绝对优势，阎锡山也损失惨重；在晋东南，决死队和抗日民主政权受到不同程度的伤害。在共产党的领导下，各新军部队在自卫反击中，都采取了顾全大局的克制态度。大敌当前，为了不在内部造成更大混乱，反击的矛头只是指向王靖国、陈长捷等军人，提出“抗日、拥阎、讨逆”的口号，给阎锡山留下回旋余地。在实施作战计划时，也只以击溃顽军为目标，没有采取全歼的方针。
面对阎锡山挑起的摩擦，中共中央以大局为重，认为在民族矛盾仍是国内主要矛盾的情况下，阎与日、蒋的矛盾依然存在，争取阎锡山留在抗日统一战线内，对抗战事业有利，而且也是可能的。因此，对山西以新、旧军冲突面目出现的破坏抗日统一战线的事变，还是采取了调解的姿态。阎锡山看到在军事上处境不妙，更危险的是，蒋介石提出新军由国民党中央改编，并派胡宗南的部队东渡黄河占领了晋西，于是赶忙表态同意中共的调解。1940年2月，萧劲光、王若飞持毛泽东的亲笔信来到秋林。毛泽东的信中说：“近来山西境内发生某些不幸事件，然大势所趋，终必和平解决，尤因先生领导提挈至明至慎，必能处理悉当，益臻进步、团结之途，无可疑者。”中共中央表示了赞成新、旧军团结，拥阎抗日，新军仍属晋绥而不受国民党中央政府改编，巩固阎的地位等意见，得到了阎及其高干们的欢迎。周恩来通过八路军驻秋林办事处，也给阎锡山一封亲笔信，劝他坚持抗日，继续走团结抗日的道路。此时已任山西新军总指挥的续范亭也写来亲笔信，在信中诚恳致词，说：“范于西安事变后就站在统一战线立场上。山西是最进步的，所以回到自己的家乡。蒙钧座优遇，待以国士之风。感激之余，故始终以真诚报答，未敢以一言虚伪应付也。……新军是山西之子弟兵，不能离开山西之怀抱，更不能离开钧座之领导。大家正渴望钧座之宽大为怀，接受他们的请求也。共产党对于统一战线认为是长期的，不但抗战需此，建国亦需此。……蒋先生做法始终是清一色、一把抓的作风。这是使全国最害怕的。如甘肃、陕西、四川，本省士大夫阶级几无立足之地，到处特务横行，欺压群众，人民侧目，敢怒不敢言。如此下去，是危险的。现在是特务乱政，将来怕要特务乱国。独裁过甚，利用肖小，自古是危险结局。所以今天主要是开放民主，罢除特务，教育干部，才有正当出路，才可以图存。延安方面始终认为山西是统一战线的支柱，司令长官是对统一战线最努力最热心的。有些人说，到重庆才觉山西进步不少。这是事实。深信钧座于时局逆转风雨飘摇时，始终为国家民族之中流砥柱也。”通过这些努力，和平谈判得以顺利进行。谈判中，萧劲光还表明了中共的原则立场，即“人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人”。这大义凛然的坚决态度，令阎锡山感到不安，他表示：这“人不犯我，我不犯人”可以接受，可后面的八个字太强硬了，是否可改成“人若犯我，我必自卫”。当萧劲光他们回到陕北，向毛泽东汇报此事时，毛泽东坚定地说：一个字也不能改，就是要坚持“人若犯我，我必犯人”！
事变虽然在中共的调解下和平解决了，但阎锡山这次置民族利益于不顾，为着一己的权欲而打的算盘，却真正是搬起石头砸了自己的脚。他预计在一个月之内完全“解决”新军的计划完全落空不说，还给蒋介石向山西派兵创造了机会。中央军趁机进入晋西，并抢占了晋东南的一大块地盘。晋西北则完全脱离了阎的统治，成为巩固的抗日根据地。牺盟会召开了山西全省第二次代表大会，决定山西新军在八路军的领导下进行整军，并正式加入八路军的作战序列。经过这一番折腾，新军未能被消灭，阎锡山反倒损兵折将，丢失了四分之三的地盘，新军多达33个团的兵力加入了八路军的战斗序列。从此，阎锡山的实际势力就只能控制晋西一小块地方了。续范亭将军曾经嘲笑他：“阎王定下杀马计，跑了马儿又折兵”。更令阎锡山沮丧的是，这次破坏抗日民族统一战线的倒行逆施，在全国造成恶劣影响，受到了广大爱国进步人士的谴责和唾弃。许多进步人士和青年纷纷离山西而去，使一度被誉为“模范战区”的阎锡山威信一落千丈，内部也出现了众叛亲离的局面。集团军司令陈长捷等高级军官弃阎投蒋，军队陷入了不稳定状态。
某种意义上说，“十二月事变”给阎锡山的打击与刺激甚于中原大战的失败。他以山西的太上皇自居，认为牺盟会是自己一手栽培起来的，不应该反对自己。他气愤地说：“我给了他们地位，给了他们政权，给了他们兵和枪，他们却背叛了我。”对此，赵戴文开导劝慰说：“三十年前，你不也是前清的官员吗？你的兵和枪不也是清政府给的吗？今昔事虽各异，理有相似。”如赵戴文这样的饱学之士和忠诚下属，只用“理有相似”的笼统话给他宽心，却没有认真追究一下，为什么会有这样的相似？当时当地，阎锡山已经成了如清政府一样的阻碍历史前进的势力，属下造反当然也就是一种正义和革命行为了。
从1940年起，阎锡山驻扎到吉县西北30公里处的克难坡。这是一道东西长约一公里，南北宽约半公里，三面临沟河，一面通高原的葫芦状山梁，地势险要，易守难攻。原是一个有六户人家的小村，名叫南村。阎锡山讲迷信，认为南村与“难存”谐音，为了表示自己坚守阵地，克服困难的决心，将其改名为克难城。一般称为克难坡。经过二年多的修建，这个弹丸之地成了一个窑洞迭立，可容纳二万余人的小山城。移居到克难坡的阎�