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皇帝看罢奏流之后批示：李蛰应由锦衣卫捉拿治罪，他的著作应一律销毁。
在多数文官看来，李蛰自然是罪有应得，然而又不免暗中别扭。本朝以儒学治天下，排斥异端固然是应有的宗旨，但这一宗旨并没有经常地付诸实施。李蛰被捕之日，天主教传教土、意大利人利玛窦（此人和李蛰也有交往）早已在朝廷中活动，以后他还要继续传教，使一些大学上尚书乃至皇帝的妃嫔成为上帝的信徒。而万历皇帝和母亲想圣太后则对佛教感觉兴趣。虽说在1587年曾经因为利部的奏请，皇帝下令禁止士人在科举考试的试卷中引用怫经，但是在1599年，即李蛰被捕前3年，他却告诉文渊阁的各位大学土，他正在精研‘位藏“和”佛藏“。这还有行动可以作为证明：皇帝经常对京城内外的佛寺捐款施舍，又屡次派出宦官到各处名山巨刹进香求福，而好几次大赦的诏书中，更充满了佛家慈悲为本的语气。所以，要把提倡异端的罪魁祸首加之于李蛰，毕竟不能算做理直气壮。
但是另一方面，李蛰之所以罪有应得，则在于张问达的奏流具有煽动的力量，而他使用的’罗织”方法，也把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道。何况把可能的后果作为现实的罪行，也是本朝司法中由来已久的习惯。而全部问题，说到底，还在于它牵涉到了道德的根本。
从各种有关的文字记载来看，李蛰在监狱里没有受到折磨，照样能读书写字。审讯完毕以后，镇抚司建议不必判处重刑，只需要押解回淹了事。根据成例，这种处罚实际上就是假释，犯人应当终身受到地方官的监视。但不知何故，这项建议送达御前，皇帝却久久不作批示。
一天，李蛰要侍者为他剃头。乘侍者离开的间隙，他用剃刀自机但是一时并没有断气。侍者看到他鲜血淋漓，还和李蛰作了一次简单的对话。当时李蛰已不能出声，他用手指在侍者掌心中写字作了回答：
问：“和尚痛否？”
答：‘不痛。“
问：“和尚何自割？”
答：“七十老翁何所药”！
据说，袁中道的记载，在自刎两天以后，李蛰才脱离苦海。然而东厂锦衣卫写给皇帝的报告，则称李蛰“不食而死”。
从个人的角度来讲，李蛰的不幸，在于他活的时间太长。如果他在1587年即万历十五年，也就是在他剃度为僧的前一年离开人世，四百年以后，很少再会有人知道还有一个姚安知府名叫李蛰，一名李载蛰，字宏父，号卓吾，别号百泉居上，又被人尊称为李温陵者其事其人。在历史上默默无闻，在自身则可以省却了多少苦恼。李蛰生命中的最后两天，是在和创伤血污的挣扎中度过的。这也许可以看成是他15年余生的一个缩影。他挣扎，奋斗，却并没有得到实际的成果。虽然他的《焚书》和《藏书》一印再印，然而作者意在把这些书作为经筵的讲章，取土的标准，则无疑是一个永远的幻梦。
我们再三考虑，则又觉得当日李蛰的不幸，又未必不是今天研究者的幸运。他给我们留下了一份详尽的记录，使我们有机会充分地了解当时思想界的苦闷。没有这些著作，我们无法揣测这苦闷的深度。此外，孔孟思想的影响，朱高和王阳明的是非长短，由于李蛰的剖析争辩而更加明显；即使是万历皇帝、张居正、申时行、海瑞和戚继光，他们的生活和理想，也因为有李蛰的著作，使我们得到从另一个角度观察的机会。
当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。1587年，是为万历十五年，丁亥次岁，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文盲的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。
因此我们的故事只好在这里作悲剧性的结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。
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