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确实，就在完成了对“伊玛的注射”的梦的分析之后，弗洛伊德决心沿着这条结论的方向进一步深入研究心理学。就在那年夏天，弗洛伊德到柏林拜访弗莱斯，兴致勃勃地提出了“科学心理学研究计划”。
在这里，他把两种根本不同的心理过程分为原发性和继续性两种。他认为，在梦中，原发性心理占据重要部分。这时候，在正常状况下抑制着原发性心理的“自我”处于相对沉寂状态。所以，原发性的心理才得以冲破“自我”的监视而自由地活动起来。弗洛伊德指出，“自我的相对沉寂”不同于“绝对沉寂”或“完全沉寂”。如果“自我”真的处于完全沉寂状态，睡眠时反而不会有梦。往往是在“自我”既要休息、又得不到完全休息的时候，即“自我”处于浑浑噩噩、懵懵懂懂状态的时候，被“自残’压制下的原发性心理，即“潜意识”或“下意识”，才开始活动，因而产生了梦。
在这里，我们也看到，弗洛伊德已把他在《歇斯底里研究》中所获得的成果应用于梦的分析中。他在《歇斯底里研究》中所得出的最重要的结论，也即精神分析学的中心理论，乃是关于潜意识的存在的观点。依据这种观点，人的精神分为三个层面：意识、前意识和潜意识（有时也称为“下意识”或无意识”。）
弗洛伊德认为，意识是人的心理状态的最高形式。用通俗的话来说，它是人的心理因素大家庭中的“家长”，它统治着整个精神家庭，使之动作协调。正是在意识的管辖和指挥下，人的精神生活才得以正常地进行。
意识的下面是“前意识”。这是曾一度属于意识的观念、思想，因与目前的实际生活的关系不大，或根本没有关系，被逐出意识的园地，而留在意识的近旁。在意识活动过程中，属于前意识的观念有时可以“溜”出来，参与人的现实生活。例如，我正在有意识地看书，突然，我的妻子闯进来问我一个电话号码。这号码曾经留在我的意识中，但后来被储藏在“前意识”的系统中。电话号码是在看书这个有意识的活动时被挤到“前意识”领域中去的。现在，妻子突然问起时，呆在前意识中的号码，经一种毫不费力的记忆行为被召唤出来。所以，前意识是意识附近的心理，它可以较快地、较易地闯到意识领域中。在完成一定的使命后，它又很快地退到它所属的前意识领域中。
在意识和前意识的下面是“潜意识”。这是人类精神心理之最原始的因素。潜意识压在最深处、最低层，但它又是最活泼、最不安分守己的分子。它们千方百计地想冒出来，每每想冲出前意识和意识的层面而直接地、赤裸裸地表现出来。但是，在正常人那里，意识和前意识的领域及其关系是稳固的。意识，作为最高统治者，发挥了它的威力，控制着潜意识继续留在最低层。这样，才能保证人的意识的正常活动。弗洛伊德指出，人的记忆行为并不能把原动的潜意识的内容送到意识中来。潜意识同前意识相比，远不是可以轻易地闯到意识生活中来的。弗洛伊德说，人的心理活动中，有一种保护意识生活不受干扰、不受潜意识侵犯的“压制作用”，强迫那些潜意识的冲动留在原处，并一次又一次地打回或顶回企图来闯的潜意识。
关于这种压制力，在弗洛伊德早期研究歇斯底里症时曾称之为“抑制作用”，并形象地把它比作一个“检查员”。为便于了解这个概念起见，我们可以把心理比作一个三层楼的住宅，在最高的一层住着心理家庭中最高尚的分子。在它们下面是前意识——它们是比较安静而守礼的人们，可以随便地访问他们上面的那些“意识先生”。诚然，有一位警察站在楼梯上，但他是一个和善的人，一般是很少禁止前意识分子通行的。住在最低层的“潜意识先生们”却是一群未受教化的、爱骚动的分子。他们经常吵吵闹闹，要通过那个楼梯，想躲过那位警察的监视；这警察的主要职责就是制止潜意识不要扰乱楼上的“意识先生”。那些不老实的潜意识，有时为了溜上去，就千方百计地伪装自己，把自己打扮成前意识的形态，或者，乘着夜深人静警察先生因操劳过度而麻痹大意的时候，闯了过去。
上面所说的“警察”就是压制或抑制作用的形象化表现。而所说的潜意识装扮成前意识，指的是弗洛伊德的这样一种观点，即潜意识一般是无法进入意识层的，前意识则可以在符合一定规定、经过审查制度的考核之后进入意识层；所以，潜意识为了达到意识领域，往往借着某种与前意识相类似或有密切关连的观念形式，把自己的强度转移过去，掩盖着自己。这种伪装与前面提到的“转移”在本质上是一样的。
弗洛伊德总结梦和精神病患者的各种症状，得出结论说：
“潜意识比较喜欢和前意识中那些不被注意、被漠视或刚被打入冷宫（受排挤）的概念攀上关系。”为什么呢？因为通过这种手法，潜意识可以偷偷地闯到意识层去。
弗洛伊德为了进一步说明心理过程的原动性质，认为有必要用新的概念说明人身上所表现的潜意识和前意识及意识之间的能动的、复杂的、变动的关系。他说，用潜意识、前意识和意识作为分析心理活动的概念是必要的，但还不充分。这些概念容易给人一种心理之静止性的印象。因此，弗洛伊德又发明了三个新概念与上述三种形式的心理状态相对应：原我（又称“爱德”，即id）、自我（ego）和超自我（superego）。
“原我”，是指那些包含着不合理的、荒谬的内容的心理，它与意识的人格无关。“原我”的原字“id”是弗洛伊德从尼采（1844—1900）那里借来的。从字面上讲，它是从拉丁文的非人称的代名词生发出来的。它的原意相当于英文的“it”，即“它”。因此，它可以很恰当地表明它与意识生活的矛盾性。这种矛盾就是上面所说的那种潜意识与意识的关系——它本身不属于意识，却又时时处处想表现为意识。
说得更确切一点，“原我”就是一种本能的冲动。它不问时机、不看条件、不顾后果地一味要求自我满足。因此，在正常人的心理活动中，它很自然地要被压抑、受阻止。事情很明显，如果不对它们压制，任其表现或泛滥，就会使人变为疯狂，不可收拾，以致最后牺牲自己的一切。现实生活是不容许“原我”为所欲为的。
在人类的现实生活中，“原我”的一部分由于在与外界的实际接触中不断遭到打击而失败，它就得到了修改。这部分得到修改的“原我”便成为“自我”。“自我”限制和驾驭着“原我”，以便寻求适当的时机，在现实的原则的基础上使“原我”的一部分要求得到满足。“自我”好象成了“原我”的侦察兵和调度员。所以，弗洛伊德说：“就全体说，自我必须满足原我的意向。假如它能制造实现这些意向的条件，它便尽了它的责任。”弗洛伊德把自我与原我比作骑马人与他的马的关系。马供给运动的力量，但骑马者具有决定方向和向着该方向前进的指导权。然而，在原我与自我的关系中，有时也出现一些不合情理的情形，即骑马者必须在为自己所要去的方向上来指导他的马。
在人的一生中，“自我”往往是在幼年时期慢慢形成的。而在儿童时期，人与其父母之间还保持着强固的感情联系。那时，儿童的“自我”刚刚形成，还没有强固到足以完全驾驭“原我”的程度。因此，儿童还要借助父母的威信压制“原我”的冲动。父母的权威在儿童看来是绝对的、无条件的，由于儿童经常受到父母权威的压制，在他的内心中也同样形成了一种反映父母绝对权威的精神因素，这就是“超自我”的雏型。“超自我”从儿童时代起，就比“自我”更高一等，可以监视着“原我”的冲动，并强迫“自我”去压制那些它所不容许的冲动。所以，“超自我”的胚胎是父母权威在儿童心理的“内部化”。到了成人以后，“超自我”随着人的生活经验的丰富和知识的完善而不断得到充实和巩固，最后，甚至自然而然地作为一种所谓的“良心”的形式表现出来。我们所说的“某人没有良心”，指的就是他没有巩固的“超自我”心理，因而不以理智和意识作指导，以致使他胡作非为。
“自我”，在与现实接触的过程中，要在满足“原我”要求与严峻的和不讲情面的“超自我”之间保持平衡。在《梦的解析》中，弗洛伊德曾把前意识比作“一道筛子”，立于潜意识与意识之间，它不但阻隔着潜意识与意识的交通，而且控制着随意运动的力量，负责那能变动的潜能的分布——其中一部分所谓的“注意力”乃是我们经常在日常生活中看到的。
“超自我”对于意识的严格控制，使意识引起紧张的忧虑。为了免除这种忧虑，“自我”必须有计划、有节制地采取行动，一方面慰抚“超自我”，一方面给“原我”的要求以部分的或间接的实现，有时则给以适当的修改或改装。“自我”所起的调节作用，有时表现为对现实的退让，有时则表现为适当地缓和“超自我”的苛刻要求。这样，经过“自我”调节而得到修改、调整的“原我”的要求就可以适当地表现出来。
为了描述“自我”的这种处境，弗洛伊德说：“有一句成语告诉我们，人不能同时侍候两个主人。但可怜的‘自我’比这里所说的还要困难，它必须侍候三个严厉的主人，并且必须得尽力和解这三个人的主张和要求……这三个暴君便是外部世界、‘超自我’和‘原我’……‘自我’觉得它受到了三面包围和威胁，当它被压迫得太厉害的时候，它的忧虑便越来越厉害。因为它起源于知觉体系的经验，它命定要代表外部世界的要求；但它也愿意作‘原我’的忠仆……在另一方面，它的每个动作都为严厉的‘超自我’所监视。这种‘超自我’坚持一定的行为标准，根本不关心‘原我’和外部世界的任何困难。假如这些标准未被遵守，它就用紧张的感情来责罚‘自我’，使‘自我’产生一种劣等的和犯罪的感觉。正是这样，为‘原我’所激动、为‘超自我’所包围、又为现实所阻挠的‘自我’努力负起了调剂这种内外夹攻的势力的任务。我们大可以明白为什么我们时常抑制不住地喊出这种呼声：‘人生不是容易的’。”（弗洛伊德著《精神分析学新论》）
意识与无意识之间的因果联系，在对梦的研究中表现得最为清楚。弗洛伊德说：“一个梦是一个被压迫的愿望之假装的满足，它是被压制的冲动与自我的检查力的阻挠之间的一种妥协。”
在梦的分析中，弗洛伊德发现其中的心理活动规律和他所熟知的神经质病症状，颇有相似之处。
一八九六年五月二日，弗洛伊德在犹太学术厅对一群年青人作关于梦的讲演。第二年他又对该会作了一次更深入的讲演。这个犹太学术厅是属于一个犹太人组织的团体的，该团体名为“VereinB’ naiB’ ritb”，即“伯奈伯利兹社”。这是犹太人中的优秀分子组成的团体。从十九世纪末开始，这个团体经常邀请犹太裔学者作讲演，弗洛伊德自己也是该团体的成员之一。在这以前，卡尔·马克思也到那里作过报告。
弗洛伊德在这个团体的学术报告厅作了连续两个晚上的关于梦的报告。
一八九七年七月，当他开始进行自我分析的时候，他在一封信中把对于自己的了解引人梦的诸问题中去，包括梦的成因与法则问题。由于当时心理学界对于梦还没有认真地进行科学研究，所以，他的见解并没有得到普遍的响应。那时候，他已经看出梦和神经质病在构造上的相似之点。他在信中说：“梦包含着简要的神经质病的心理学。”
对于梦的解析所得出的结论，都是在“梦是愿望的达成”这个重要原逐的指引下逐步取得的。这一过程显示，由于对于梦的解析是从医疗实践中直接导引出来的，所以，它和自我分析过程一样，从一开始就紧紧地围绕着潜意识问题而进行。这一特点，使弗洛伊德对梦的解析活动始终沿着健康的、科学的轨道发展下去，以致使他能够通过对梦的解析的完成，终于全面地创立了精神分析学的理论体系。
弗洛伊德第一次提及要写一本有关梦的书的念头，是在一八九七年五月十六日的一封信上，那是在他的自我分析真正开始前的几个月。可见，自我分析与梦的�