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弗洛伊德极端蔑视种族主义的猖狂活动。当时，在欧洲大陆上，由沙俄统治的领土上首先刮起迫害犹太人的狂热运动。在俄国和波兰的领土内的犹太人首先遭到了残酷的迫害，接着，这种对犹太人的迫害迅速地波及到整个欧洲大陆。弗洛伊德把自己对排犹主义的愤怒转化为埋头进行科学研究的力量。在这一时期内，他的研究成果一再地遭到了种族主义的偏见的压抑和排斥，但他毫不灰心。在这五年中，弗洛伊德以凯旋式行进的姿态，骑着战马，直奔真理的王国，而把一切偏见、无理的指责和攻击都甩在后面。
弗洛伊德在一八九五年发表的《歇斯底里研究》标志着他的精神分析学的建立。但是，它一旦建立起来，就同时出现了新的矛盾和问题。正如弗洛伊德在《自传》中所说，《歇斯底里研究》揭示了歇斯底里症背后的那些深层原始意识的根源，但没有回答“在心智演进过程中，它们何时开始成为病态的现象”；换句话说，“在心智的演变过程中，那些原始意识什么时候才开始感受到它们自身受压、受阻而找不到宣泄的出口？”对于这些问题，布洛伊尔都企图用生理学的观点去回答。布洛伊尔认为歇斯底里症在本质上是处于被催眠状态的不正常的精神的产物。弗洛伊德则认为，歇斯底里症是多种复杂的精神力量同日常生活中常见的动机、目的等因素交互作用的产物。也就是说，歇斯底里症是那些正常的受压抑精神力量在反常的条件下转化为变态心理的结果。弗洛伊德曾经把他同布洛伊尔的分歧看法概括成“被催眠似的歇斯底里”与“防御性的神经质”的对立。
为了彻底解决上述基本问题，弗洛伊德从一八九五年后不停地进行探索。他在这一时期的探索线路主要是沿着两个渠道——自我分析和梦的分析来进行的。这两种基本方法体现了弗洛伊德的科学研究的一贯作风，即重视自己的亲身实践和实际生活中出现的精神现象。
但是，弗洛伊德决心分析自己的精神现象及梦的现象，也是经历了一段摸索、思考和分析的过程的。在这过程中，他要解决的根本问题是要把握住探索的方向。
弗洛伊德在出版《歇斯底里研究》以后，一直不断地发问，病态的心理现象究竟怎么产生的？在催眠疗法中，一个人的许许多多内在的和外在的生活细节、事件，究竟又经由怎样的机制程序而慢慢地恢复起来？这些问题是解决精神治疗及分析精神病病源的关键。弗洛伊德一天也没有停止观察他的病人。然后，他把临床获得的经验进一步同自我分析和梦的解析结合起来。
弗洛伊德经过详细的观察，逐渐认识到：每一件被遗忘的事情，都有其痛苦的一面。如果以该病人的人格标准来衡量，那么，这些事情就包含着不能令他苟同或使他引为羞耻的观念。由于这些不能苟同或引以为耻的观念在不知不觉间形成，所以它会被遗忘，或者说使它不能在意识界中存在。所以，如果想使它重新回到意识界，就必须首先克服某些内在的阻力，以极大的力量去驱逐或镇压这些阻力本身。医生在治疗过程中所作的努力要视病情而定，并和试图回忆的事情的难易成正比。在这过程中，医生所需耗费的功力，显然就代表了病人的内在心理的阻力。弗洛伊德在这方面的发现是继发表《歇斯底里研究》之后最重要的发展，它构成了弗洛伊德的“抑制学说”。
至此，精神病理过程就进一步明白起来，让我们来看一个简单的例子。某人心里产生了一种特别的冲动，但被另外一种强而有力的趋势所反对。我们可以猜想这时所产生的心理矛盾不外走下述一条路线，即两种活力——“本能”和“阻力”在完全意识的状态之下相持一段时间，直到“本能”的冲动被驳倒，而使其力量消失为止，这是一般正常人的解决途径。但是，在患有神经质病的患者身上，由于一种至今尚未明白的原因，上述冲突的宣泄方式就大为不同。在受到一种旨在压抑上述冲动矛盾冲突之后，“自我”受到震惊而退缩回去，从而阻止该冲动跑到意识界，并不让它的动力宣泄出去。结果该冲动所带来的“力量”还是原封不动。这种得不到宣泄的“潜能”就是发生歇斯底里的隐患。弗洛伊德把这一过程称为抑制作用。
这是弗洛伊德的重要创造。在这以前，还没有人这样分析神经质机制。弗洛伊德把这一机制比喻为“防御机制”。
抑制作用的第一步还包括许多其他的步骤。首先，“自我”不得不长期消耗能量，即“对抗能量”，以对抗那些被抑制的冲动的再现的威胁，因此，“自我”最后必然达到精疲力尽的地步。另一方面，潜伏在潜意识里的被抑制冲动，也能找到宣泄的方法，或经由迂回的路线，找到适当的替代物，而使得抑制作用的目的化为泡影。在转换性歇斯底里的病人中，这种被抑制的冲动几经周折，到达全身的神经分支中去，而从不同的地方“突围”而出，遂产生特殊的症状。这些症状其实是折中协议的结果。因为它们虽然都是替代品，但由于有“自我”的阻力作用，它们都仍然保持自己的本来面目，都不曾被外来力量所歪曲或改造。
抑制作用这个学说是了解弗洛伊德精神病治疗法的关键。它是弗洛伊德的独创和发明，这个学说标志着弗洛伊德的精神分析法的正式诞生。
根据这种抑制作用学说，精神治疗的目标，已不再是反转那些走错了路线的效应，而是揭开被抑制的冲动的真相，代之以一种决定被驳倒的冲动的取舍的判断行为。由此之后，弗洛伊德不再把他的治疗方法称为涤清法，而是称之为“精神分析法”。
抑制作用学说是精神分析学的中心，它直截了当地把歇斯底里症看作是心理冲突和抑制作用等动力因素交互作用的产物。
由于对病态抑制作用及各种现象的研究，精神分析学实际上把潜意识看作是人的精神活动的最原始、最基本、最普遍、最简单的因素。这种潜意识就是所谓原动的无意识的“心”。它是一切意识行为的基础和出发点。人类的一切精神活动，不管是正常的或变态的、外在的或内在的、高级的或初级的、复杂的或简单的、过去的、现在的、将来的，都不过是这种潜意识的演变结果。依据这种学说，每种意识活动都在潜意识的心中深深地伏有其根株。人们要认识心理生活，要治疗变态心理，就必须探索意识行为及其潜意识的源头之间的联系。
在弗洛伊德看来，无意识的“心”，或“潜意识”，并不是被动的收容所。它却象蓄电池储存电能一样，随时可以发泄出去，可以主动地产生冲突。弗洛伊德也不赞成把潜意识看作凋谢了的记忆的消极、被动的保管库。潜意识在本质上是原动的。它那不断争取表露或升华为意识的内容，乃是精神活动背后的原动力量。归根结底，意识不过是由深藏的潜意识伏流所产生的心理生活的表面微波罢了。这种潜意识又是本能活动的源头，也是性冲动和感情经验的起源。这些潜意识虽然受到压制，但它们永不断地为得到自我满足而斗争。精神分析学的大部分任务就是考查这种被压制的东西的活动方式及规律，考察它们寻求满足时所采取的方法和途径。
“抑制作用”学说的初步建立，表明弗洛伊德终于明确了自己的研究方向，这就是要探索人的心理深层的神秘世界。
正是在这种正确认识的基础上，弗洛伊德开始在自己身上进行自我试验。这种自我试验的过程也就是“自我分析”的过程。
弗洛伊德的自我分析是从一八九七年七月正式开始的。虽然，弗洛伊德在这以前的理论研究和精神治疗的实践也可以算作是他进行自我分析的基础，但是，促使他进行自我分析的导火线是他爸爸在一八九六年十月的逝世。弗洛伊德写道：“我一直高度地尊敬和热爱他，他的聪明才智与明晰的想象力已经深深地影响到我的生活。他的死终结了他的一生，但却在我的内心深处唤起我的全部早年感受，现在我感到自己已经被连根拔起来。”由此之后，弗洛伊德说，就导致他写《梦的解析》那本书。实际上，《梦的解析》乃是自我分析的继续。
自我分析过程是从童年生活的自我再现开始的。对于童年生活经历的发掘，使弗洛伊德发现人类潜意识的基本成分恰恰就是幼年生活的凝缩物。因此，有目的地再现幼年生活经历，将有助于了解潜意识的内容及其形成过程。这是揭示潜意识神秘王国的捷径。
现在，弗洛伊德的心爱的父亲的逝世，把弗洛伊德的内心感情带回到以往的生活经历中。对父亲的怀念使他的脑海中重演了一幕又一幕旧日生活的图画。他想起的旧事越多，越可以在其中发现许多现有的感情和性格的痕迹，他发现自己在眼前的日常生活中的各种无意识动作、习惯性行为及感情都不过是童年时期的经历的翻版。因此，弗洛伊德进一步加强了回想、分析和研究童年生活的决心。
为了进行自我分析，进一步揭开覆盖着潜意识世界的帷幕，弗洛伊德在父亲逝世后，更频繁地询问自己的母亲，打听自己在小时候的生活情景。他试图从他母亲提供的线索和片断材料中，尽可能完美地回忆那些早已遗忘了的童年生活。他把母亲提供的材料同自己所能回忆到的印象联贯起来，又把自己在童年时代的心理表现同成年后的许多心理现象加以比较。这就为他的进一步的自我分析工作提供了丰富的和有价值的启示。
他的自我分析工作所取得的第一个重要成果就是发现儿童的“性本能”及其演变对于人类一生心理发展的决定性影响。
当他在自我分析中发现自己从小就有亲近母亲的特殊感情时，当他发现自己的亲母感情具有排他性、独占住——甚至由此产生妒忌父亲对母亲的关系时，他得出了一个极其重要的结论，即人从小就有一种“性欲”。而且这种“性欲”构成了人的最基本的“原欲”，它是人的一切精神力和生命力的原动力之一，弗洛伊德称之为“性动力”或“性原欲”。由此，他进一步创立了“奥底帕斯潜意识情意综”的理论。关于这个理论的详细内容及其发展过程，将在本书第九章进一步论述。这里要指出的是，“奥底帕斯潜意识情意综”的理论是弗洛伊德精神分析学的基本理论之一，而这个理论也和他的潜意识理论一样是在自我分析和他的临床实践的基础上建立和发展起来的。
一八九七年十月十五日，弗洛伊德在一封详述其自我分析的信中，宣布“奥底帕斯潜意识情意综”的两个基本因素是对双亲之一的爱和对另一方的妒恨。他认为，这是童年心理的基本内容，也是人类一切复杂的精神现象所由以发展的真正“胚芽”，是个人的和种族的“心理生活之树”的“种子”。此后，弗洛伊德的精神分析学始终都以“奥底帕斯潜意识情意综”为基本支柱而完善化和系统化。也正是在这个节骨眼上，许多人对弗洛伊德产生误解，将他的学说视之为“下贱的性变态理论”，或称之“为社会上一切猥亵行为辩护的污浊理论”。
当弗洛伊德在十九世纪末发现“奥底帕斯潜意识情意综”的时候，已经意识到他自己的理论所必然遭遇到的历史命运，但弗洛伊德毫不畏惧。
弗洛伊德自己在回顾这一段对于他的一生及他的精神分析学理论的发展都具有重要意义的历史时期时，说道：
如果撇开涤清法这个预备期不谈的话，在我看来，精神分析发展的历史可以分为两个时期。在第一个时期里，我一个人孤军奋斗，什么事都得自己去做。这一段时期就是一八九五和一八九六年左右到一九零六年和一九零七年。（见弗洛伊德著《自传》）
由于在自我分析中发现“奥底帕斯潜意识情意综”的结果，弗洛伊德在十九世纪末的最后几年中陷入了孤立的地位。这时候，连一向支持他进行科学研究的布洛伊尔教授也开始与他分离。
关于这一点，弗洛伊德在《自传》中进一步说道：
我在前面已经说过，我和布洛伊尔在《歇斯底里研究》一书中所建立的理论还很不完全；尤其很少触及有关�