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达尔文特别注意人的未发育器官（痕迹器官）。他强调指出，这些器官毫无用处，它们具有特别的变异性以及常有返祖现象。他描述了人的皮下肌肉能抽动皮肤的残存现象（其他哺乳动物，比如马的皮下肌肉都能抽动皮肤），肌肉能耸动眉毛和颈肌的残存现象，这种颈肌已经不能任意收缩；他谈到了一些返祖现象（收缩某些皮下肌肉的能力），这就是在个别人的身上作为例外现象出现的一种能力，例如摆动耳朵的能力，这种能力经常作为一个家庭的特点遗传下去。他指出，猩猩和黑猩猩的耳朵不能摆动，这是与人的耳朵相似的缘故，指出人的外耳存在特别的、微尖的突出部，后来这一部分被称之为“达尔文突出部”，他把这一部分看作是其他哺乳动物耳朵尖部的同系物。他举出人的眼睛上的半月形皱纹，说这是第三眼睑或者说是瞬膜的同系物。原始人种的嗅觉比较灵敏，他把这看作是过去留下来的遗传物。他认为，人的头发又长又密，这只是过去某个时候祖先周身都有浓密的毛发层这一现象的残余。对一些人眉毛中夹有几根长毛（这也是蛮猴和一些狒狒所具有的特征）的现象，他也是这样解释的。他用这一观点还研究了细毛——六个月的胎儿身上有的茸毛状的毛发层。
达尔文也确定了其他痕迹器官在特征范围上差异比较大的一些情况，例如智齿，对文明的种族来说，是无关紧要的，而对另一些人种来说，却是非常发达的。他强调指出阑尾——人的盲肠缩短部分的残余——的变异性。他指出foramen supra－condy loideum，——在凶猛的、有许多育儿袋的狐猴的肱骨下端，有一条发育得很好的管道（神经和动脉的通道），而人的这一管道，有时却只有它的明显的痕迹存在。他把人的尾骨看作是已经完全丧失功能的第三节尾椎骨早已形成的痕迹器官。他把脊髓的末端纤维、男子的乳腺和所谓的前列腺囊——男子子宫的同系物都列入痕迹器官。达尔文不同于他的前辈，即使是在这里，他也是以充分的事实来说明问题的，到目前为止，在所有关于人类起源的书籍中，用来证实人类起源于动物的大量实例都是引自达尔文的著作。
达尔文用《物种起源》中我们所熟悉的一段结论来结束这一章：“不能把那种理论称之为科学的解释，根据这种理论，它们（同系物器官）是按一个理想的计划创造出来的。”他还用起源于共同的祖先来解释同源说。“遵循另一观点就意味着认为我们本身的结构和我们周围所有动物的结构是预想出来以模糊我们理性的陷阱”。
从第一章最后一句话中，可以感觉到他自豪地认识到，他的理论在十年的斗争过程中，在认识上有了很大的转变。他说：“这一时刻即将来临，那时大家会认为，熟悉比较解剖学。熟悉人及其他哺乳动物胚胎学的博物学家们，居然会容忍每一个动物都是上帝逐个创造出来的这种想法，这是不可思议的。……”
决定人类起源的因素和原因，也就是决定其他动物的起源的因素和原因，这是关于人类由某种低等生物发展来的方式这一章的基本思想。人也具有动物那样的特征变异性和遗传性。人的变化规律也就是达尔文已指出的家养动物和栽培植物所具有的变化规律。和动植物的变化一样，达尔文很少把人类的变化归之为受条件直接而又明显的影响，只是容许这些条件能引起“数量几乎是无法确定的不稳定的变化”，使生物体达到一定程度的可塑性罢了。
这里达尔文也详细地研究了其他变化因素：器官的使用和不使用，发展的中断，作为畸形返回到从前的类型，例如妇女和男子多余的乳腺，双角子宫或者甚至是颌上部分开的，裸露出来的獠牙等等。然后他又谈到变化的相互关系，谈到人类增殖的速度，最后谈到自然选择，靠自然选择不仅得出身体构造上的特征，而且还得出智能和共同的本能。智能使人的语言发展得越来越清晰，使人发明工具，交通工具（船、木筏）和取火技术。达尔文补充说：“我不明白为什么华莱士先生主张（《每季评论》，一八六九年四月），通过自然选择野人只能得到一个比猴子稍稍发达的脑子！”
接着，达尔文以其非凡的智慧，发展了关于人的手和腿的构造在生存斗争中能取得胜利的作用的想法。他坚持这样的看法，为了把石块或梭标准确地抛出去，或者用石头刻制出笨重的工具，必须做一些复杂而准确的动作，这就要求大量的肌肉有完全充分的适应力。紧接着他断言，人的手对这些动作有惊人的适应能力，而且这种适应性人类的祖先也能得到，但是必须把手从行走、支撑身体和爬树的动作中解脱出来，也就是说，过渡到只用两条腿挺立，这就引起后肢出要有所变化，即后肢要发展站得稳的功能，失去抓东西的能力。人体直立的姿势也就导致了一系列解剖学上的其他变化，导致了脊椎要有特殊构造，骨盆加宽，脑和颅骨的体积和重量的增加等等。
所有这一切，都是达尔文在细致地比较了人和类人猿的四肢和牵动四肢的肌肉的构造，比较了他们这些器官的功能之后得出来的，因此毫无疑问，他驳斥了华莱士论据中说明人的手是按天意特殊发展起来的那个论据。但在这里没有提到华莱士的名字。然而当时达尔文在一些人（内格利、勃洛克等人）的文章的影响下，对承认他的主要进化因素——自然选择——在人的身体特征形成时的作用范围究竟有多大这一点有点犹豫不决。他承认，有许多形成物对有机体既无益也无害；诚然，他当时坚信，许多在我们看来是无用的形成物，将来可能是有用的，因此，它们也将承受到选择对它们所起的作用，但是不管怎样，自然选择原则，在该实例的应用范围内，对他来说，仍然是模糊不清的。
最后，当谈到自然选择对人的关系时，他强调说，对人和对所有其他社会动物一样，自然选择也间接地影响了一些单独的个体，保存下来的只是那些对全社会有益的变化物。
专门对人和动物的智能进行比较的那几章的主要思想是什么呢？达尔文证明说，他们之间尽管差别很大，但还只是数量上的而不是质量上的差别，而且存在无数的过度形态。
在这种情况下，达尔文主要不是要指出在人的心理和行为中存在的他在过去更低级状态时所留下来的那些痕迹（这一点他后来在另一部著作《表情》中也曾指出过）而是要确认，动物的智能比人们所想象的要高。遗憾的是，达尔文在这里没有表现出他通常所有的谨慎态度，他也没有对他所列举的事实和引自权威的资料作必要的审查和公正的分析①。
①在这方面，他的追随者罗玛内斯（此人长期被认为是这个领域的权威人士，达尔文主义者）在他的著名的《动物的智慧》一书中研究得更深一些。他把许多关于无脊椎动物智慧的天真想法和错误认识都带到科学里来了（关于这方面的材料见沃·瓦格涅尔的《动物心理学》。
因此，达尔文在遵照普舍的观点①时说道：“具有最出色的本能的昆虫自然是最聪明的”。当他引用“卓越的”观察家胡伯尔的著作时，他认为，昆虫是互相嬉戏的，因为胡伯尔看见过“蚂蚁竞跑，一边玩，一边象小狗似地互相咬着”。下面我们将看到，达尔文本来还打算把无脊椎动物体系中比较低等的蚯蚓也说成是有智慧的。
①《双月评论》（1870年2月）中关于昆虫的本能的一篇文章。
达尔文没有对自己提出低等动物的智能最初是怎样发展起来的这个问题，就象他在《物种起源》中没有对自己提出生命的起源和本能的由来这个问题一样。因为他认为，“如果只是在某个时候，人们命中注定要解决这些问题的话”，那么这些问题也是遥远的未来的任务。但是他却引用了人和低等动物同样的感觉器官，引用了某些共同的本能，如自我保护、性爱、母爱、婴儿吮吸奶汁的本能。达尔文在仔细研究本能和智慧的相互关系时，和往常一样，列举了能说明这种相互关系的不同意见的各式各样的大量事实，他没有对这些意见作出千篇一律的解答，相反，正如在《物种起源》里所说的一样，他认为大多数复杂的本能，是在自然选择的影响下，从很简单的本能发展而来的，并不取决于智慧的发展。另一方面他认为，简单的、下意识的机械的动作有可能被特别的、经过深思熟虑的、有毅力的动作所代替，反之，他也认为由于经常的反复，深思熟虑过的动作也有可能变为本能的动作。
在《人类的起源》中，有一个句子非常有趣，它谈的是关于达尔文对当时复杂而又艰难的问题的唯物主义态度，对这个问题他在这里作了细致的研究。这句话是：“关于大脑的情况我们了解得很少，但是从智能能够达到很大的发展这个情况来看，我们有权认为大脑各部分之间存在着很细的连接线，很可能，由于这一缘故，每一个单独的部分，就能渐渐地丧失以某种单调的（即本能的）方式来对感觉和联想作出回答的能力”。
看来，达尔文想用这一点来给自己解释人以记忆、预见、思考和想象作为基础而发出的动作同动物完全类似的本能动作之间的差别。他说，人应该学会自己的工作，例如造出船只，制出石斧，如同蜘蛛能立刻巧妙地结出蛛网，海狸能构筑屏障物，鸟能筑巢一样。
然而在把最接近人的动物，特别是猴子的行为进行比较时，达尔文断定，不论是在本能（母爱）的表现方面，还是在智慧、情感、模仿、注意力、想象力、记忆力等等的表现方面，都有许多相似之外。
接着，达尔文极力反驳，或者至少是减弱各式各样的作者多次谈到的关于有无某种明显的分界线的意见，这些人认为，这种分界线在人和动物两者的智能之间是存在的。有人认为，只有人类才能日臻完善。达尔文反驳说，落入陷阱的经常是幼小的动物，可见动物也能学会谨慎小心。有人说，只有人才会使用工具。达尔文指出，黑猩猩会用石块砸碎核桃；猴子用棍棒作杠杆；象用长鼻子卷住树枝或棍棒，并用这些东西来驱赶苍蝇；许多猴子用核桃或树枝作为投射的武器；猩猩用树叶盖在身上过夜。
有人提出，只有人才能得出抽象的概念。达尔文举了一个有趣的例子反驳说：当一条狗看见远处有另一条狗，它就会做出敌视的动作，但当它接近那条狗，并认出它是自己的朋友时，这些敌视动作突然就变为另一种动作。显然，起初它看见的是所谓“抽象的”狗。达尔文指出，狗如果听到“去！”这个词，它就得出一个概念，就是要它去找野味，等等。有人断言，只有人才掌握语言。达尔文举了一些例子，说明某些动物也能在各种情况下发出各种声音，这些声音所表达的意思同样能为它的同伴们领会。
接着，达尔文又证明，人们表达清楚的语言常为狗所理解，鹦鹉能够清楚地发出一些单词。他把鸟唱歌跟人说话作了对照，并且断言，鸟本能地在练习发出多种声音的技巧。达尔文进一步把这种同语言发展有关的现象作了对照。他说：“一种鸟（例如引进的蒂罗尔金丝雀）学会了另一种鸟啼声，它们就把这些鸟啼声教给自己的雏鸟，这样，这些声音就代代遗传下去了。权威们认为，不同地方的同种鸟的鸟啼声中，有细微的自然差别，这种差别可以比作各个地方的方言的差别，而虽然不是同种但有亲缘关系的鸟的啼声，则可以比作各个不同人种的语言。”关于清晰语言的起源和发展问题，达尔文又引用权威人士的话，他认为语言的起源，无疑都是借助于符号和手势，模仿并改变了各种自然声音，模仿并改变其他动物的声音和人本身的本能叫喊声结果。各种语言不是单独的创造行为创造出来的，语言的根源同社会的动物发出的信号和声音没有区别。毫无疑问，达尔文语言的这一章节，也驳斥了华莱士。
达尔文也反驳了这样一种意见：只有人才有美的感觉（让我们回忆一下华莱士的意见吧！）。达尔文提醒人们注意雄鸟在雌鸟面前喜欢打扮的动作，注意装有华丽饰物的窝巢，园丁鸟科的雄鸟