然选择（这是他的学说核心）这种问题，他没能象对人工选择那样，彻底地进行研究，所以我们也无从知道他拥有哪些材料用来研究这个问题。
著书立说由于患病而中断过几次。有一次竟中断长达六个月之久。达尔文到莫尔文去作了一个月的水疗，可是这次水疗并没有把他的病治好，使他情绪十分沮丧。但是，他仍然积极地与朋友们通信。他非常关心赫胥黎的健康，劝他不要劳累过度。他一向反对象赫胥黎那样有才能的学者把自己“宝贵”的时间花费在编写教科书上或通俗的小册子上。不过他非常钦佩一八六三年出版的赫胥黎的通俗读物《对于在有机自然界起作用的那些原因的认识》，所以他开始劝说赫胥黎再写一本关于动物学的通俗读物。他写道：“我有时认为，为了科学的进步，一般的和通俗的著作几乎是同创作性的研究一样重要”。
他对旅行博物学家总是特别关心，鼓励他们描写自己的旅行，并出版理论书籍。例如，他很重视华莱士的朋友贝兹在亚马孙河上的观察，特别是在拟态和性的选择方面的观察，他坚决向贝兹提出建议，把这些观察在《林纳学会会报》上发表。达尔文给他写信说：“我甚至认为，一个好观察家确实等于一个好理论家”。贝兹的《一个博物学家在亚马孙河上的旅行记》一书使他非常赞赏。
达尔文非常乐意给开始写作的作者出主意。例如，在他给约翰·司各特（他把自己关于蕨亚目的争论而写的文章寄给他）的信中，首先他谈了几句关于约翰·司各特文章的重要性的客套话，然后关于文笔他提了意见：“文笔……比某些人所认为的要重要的多。我认为……如果您的文章写得言简意赅些。细节的分析少一些，象您的书信那样的话，那也许会更好一些。如果可能的话，就要永远使语言简练——这是一条黄金般的规则……如萌发的植物只依赖于特有的形态学趋向，这样的词句就需要改变……我仍然认为，每一单个的词如果可以省略，而又不失其真义的话，那就取得了决定性的胜利”。
他非常赞赏赫胥黎《人类在自然界中的地位》一书的文笔，所以在他给赫胥黎的信中指出他特别喜欢的那些页码。他说，培根本人也没有使自己的章节充满比赫胥黎更加集中和更加鲜明的内容。而同时，他又表示遗憾，赫胥黎却正好没有用这些页码来结束自己的书籍。他写道：“结束这本书应当象结束美好的白天一样，用徇丽多彩的落日晚霞来结束它”。
尽管达尔文的理论仍在遭到攻击，尽管他的每篇新作和新的版本都遭到激烈的批评，但是仍然可以看到他的《物种起源》一书由于年年大量销售新版本和新译本，所以拥护他的人越来越多。
这首先表现在达尔文的理论在生物学各个领域一定会引起新流派这一预言开始得到实现这一点上。有机体现在怎样，它们怎样变成这个样子，为什么会变成这个样子，这些描绘已被推测所代替和阐明。静态学被动态学所代替。对相似性和差异性简明的阐述，由于可以用血缘关系来解释它们，所以显得有声有色了。例如，一八六三年出版了古生物学家法更纳关于美洲古生象一书，作者在书中说道：“我从这些事实中得出的结果与达尔文的理论大纲不相矛盾。与他不同的是，我不认为猛犸象和其他的绝种象是骤然出现的……我觉得合理的想法是，它们是一些早于上述生物类型的经过变异的后代”。
刚才提到的贝兹（达尔文极力鼓励他编写科学著作并记叙自己的旅行），于一八六二年在《林纲学会会报》上登载了“关于亚马孙河河谷昆虫动物志资料”，在这些资料中，他根据进化论观点，第一次研究清楚他收集来的昆虫的仿效或称拟态的事实。贝兹指出，拟态昆虫从产生时起就涂上了色彩这一流行观点是多么不正确。他举了各种各样的例子。从这些拟态例子中可以清楚看到，在某些条件下，拟态生物就象Leptalis属的拟态生物一样，是同一个物种的简单变种的渐进系列，然而在另一些条件下。已变异的拟态生物都是真正的物种，而有时是属。造化说者也不得不认为，在某些条件下可能是生物基于变异法则而成为仿效者，而在其它条件下又可能是造物主创造出来的……这篇论文之所以重要，还因为达尔文的理论在美国特别顽固的反对者，都是集聚在伦敦昆虫学会周围的昆虫学家们。
贝兹为维护达尔文的理论的发言，以及不久以后（一八六二年）出版他记叙自己旅行的名著《一个博物学家在亚马孙河上的旅行记》，也是很重要的。正如我从前所提到的那样，达尔文给予这本书特别高的评价，向自己的朋友极力夸奖这本书，认为贝兹在叙述热带森林方面“仅次于洪保德而居第二位”（达尔文说的这句话就是最高的赞扬），并在《博物学纪录杂志》上写了书评，这个书评在后来出版的《一个博物学家在亚马孙河上的旅行记》中以前言的形式发表①。
①前言俄译文见《达尔文全集》第3卷第725页，苏联科学院出版社出版。
达尔文觉得书中贝兹说出自己意见的地方特别重要，贝兹的意见是，他所观察到的为数甚多的Heliconius蝶种的地理分布和它们在辽阔的地方衰变成变种和种的事实证明，所谓“生理学”上的种（即没有同它所起源于的那个生物杂交，并且使它处于原先的条件下也没有发现返祖性状的生物），在自然界中能由近缘种的变种形成，并且正在形成。贝兹肯定说，在旅行中他观察到了许多这样的例子。法国植物学家德坎多尔给达尔文寄来了自己论柞树一书，这使达尔文很高兴。他在这本书中放弃了种的各个型态的生物不动性的概念，并以特别喜悦的心情（尽管是很冷静地）提到了《物种起源》。
达尔文根据自身的经验知道，要摒弃旧信念是何等困难，而他本人对自己理论的正确性也是逐渐相信起来的。所以他不期望他的读者马上同意书中所有的结论。为了感谢德坎多尔把柞树的学术机关刊物寄来，他给德坎多尔写信说：“我对您（对待达尔文的理论）相信的程度感到非常满意，并且对您所表现出来的审慎态度完全不感到惊奇。我清楚地记得，许多年我是如何围绕着旧信念打圈子的，我观察到，凡是跟我走了一英吋的人，经过一定时期后，他就要跟我走几英吋，而且甚至要跟我再走上几英尺远，这种观察在支持着我。”
不应忘记，科学和神学早在上个世纪（十八世纪），在英国和荷兰，特别是在封建主义比任何地方都严酷的德国，就如胶似漆难解难分地结合在一起。只是在十八世纪的法国，由于摧毁了导致法国革命的封建关系，唯物主义思想在自然哲学中才占了上风。上述科学和神学的联系，在上述三个国家里，表现为在那里出现了许多笃信宗教的作者，这些作者都力求表明，对自然界本身的研究，势必要得出事物来源于上帝这一信念。在斯瓦默达姆的《自然界的圣经》、博物学家和神学家约翰·雷伊（一六九一年）的《上帝的贤明体现在它的造物中》一书中，在皇家学会会员尼米亚·格柳（一七一一年）的《神圣宇宙论》和迪尔赫姆的《天体物理神学》中，就有这样的倾向。而在德国，由于受莱布尼茨和沃尔夫的哲学影响，最细小的自然科学细节也是本着这种精神来解释的。例如，克劳斯在他的论查理·达尔文的祖父《伊拉司马斯·达尔文》一书中，（我们要借用在这里所援引的事实），列举了许多（主要是德国的）“神学”。例如，科学家牧师列谢尔的《岩石神学》（一七三五年）、罗尔的《植物神学》（一七三九年）、上述那个列谢尔的《昆虫神学》（一七三八年）。甚至象蝗虫这些对人类是否有良好作用都值得怀疑的生物和自然现象，在罗兹斯列夫篇幅很大的《蝗虫神学》（一七四八年）里，也得到详细地研究。还可以把斯诺著名的《雪是上帝卓越的创造》或奥尔瓦尔特的《雷鸣闪电神学》（一七四五年）
列到这里来。
如果说这些“神学”是在以后才逐渐消失掉的话，那么在十九世纪所有的动植物构造的合理性，它们对生存条件的适应性，依旧是从创世主贤明和自然界协调的观点来加以解释的，并且唯心主义观点和神学观点恰恰是在博物学家当中广为传播，而在英国，牧师出身的博物学家特别多。这在某种程度上说明，在十九世纪上半叶发表了许多“布里治瓦特”论文，在这些论文中，如同在上面所援引的著作中一样，捍卫了目的论的原则。
因而令人惊异的是，马克思在一八六○年十二月阅读《物种起源》后，马上就深刻而广泛地了解到达尔文这本书所具有的全部重要意义，然而当时在德国还没有任何人维护这本书。所以，一八六一年一月十六日，他在给拉萨尔的信中写道：“达尔文的著作非常有意义，这本书我可以用来当做历史上的阶级斗争的自然科学根据。英国人的这种粗糙的阐述方式，我当然应当容忍。尽管还有许多缺点，但是在这里不仅第一次给了自然科学中的目的论以致命的打击，而且也根据经验阐明了它的合理的意义……”①
①见《马克思恩格斯书信选集》，人民出版社1962年版第127页。
马克思所谈论的“粗糙的”阐述，大概是暗指那种英国归纳法哲学的“真正的培根”派，因为这本书就是本着归纳法哲学的精神写成的。
至于谈到目的论遭到的打击，那么达尔文主义在生物学思想和学说史上所起的巨大作用的确在于，达尔文使发展的思想在他以前一直占统治地位的目的论——目的学说这一领域中取得了胜利。在达尔文以前，人们把动物结构的基础看作是体现在动物身上那些属于创世主的或者用“大自然”（大写）这个词所表示的某一整体的那些思想或计划。而达尔文则把有机物的各种形态看作是一连串事件结果的历史形成物。
人们以前看到的只是某种器官形成的目的，而达尔文却解释了为什么形成了器官，为什么最复杂、最合理的适应性器官不受创世主的任何干预就形成了。马克思由于深刻地研究了经济关系的具体事实，从自己浩瀚的调查材料中得出结论：（如他在给安年科夫的论蒲鲁东的信中所写的那样）人们借以进行生产、消费和交换的经济形式是暂时的和历史性的形式。十分明显的是，这本自然史书籍是以浩瀚的经验主义材料和具体材料为依据的，并从这些材料中得出主要结论：目前和从前的动物和植物的各种形态，也是暂时的和历史性的形式，换句话说，是进化形式，这本书确实是他的观点的“自然史基础”。这本书中根本就没有神学，没有神秘的原因，或者按马克思的说法，没有“不合常理的空话”，有的只是达尔文理论为了解释生物的进化而引用的一连串因果关系——总之，有的只是明确表示出来的历史主义与唯物主义的结合体——这就是吸引马克思来读这本书的内容。
如果达尔文对那些在改变常见的造化说观念方面迈出了最初几步的人表示欢迎，而认为这种改变只是向新的科学观点的过渡，那么他对自己的朋友们试图“使科学和神学不相矛盾”的作法所持的态度就完全不同。他对他们是毫不留情的。我们已经看到，当爱沙·葛雷说，创世主“用某些对人类‘有益的’方法指导变异”时，他就在刊物上同爱沙·葛雷进行论战。实际上，赖尔也是很接近这些思想的，因为他当时重复了这种陈词滥调，认为变异是由天意创造出来的，而人在选择这些变异时，可以塑造他需要的动植物的形态。达尔文对这些意见特别生气。他给赖尔写信说：“这使我想起西班牙人，因为当我试图向他们解释科迪列拉山脉是怎样形成的时候，他们回答说，你解释没用，因为科迪列拉山脉是上帝创造的……，您是否认为，连我的鼻子的形状也是由于合理原因形成的呢？”。——他冷嘲热讽地问赖尔道。
他接着写道：“如果您说，上帝决定在何时何地出现十分微弱的变种，并且其中的一个变种在生存竞争中保存下来，其它几个变种在第一代或下几代就会死掉，那么，我觉得对此表表议论都是废话。这只是重复说，一切现有的东西，都是上帝预先安排好的！为什么我们大家和我比讨论陨石坠落的天文学家更应该谈论变异是可以确定和指导的呢？或者你们认为连天文学家也必须说：陨石在某一定的时间要坠落到某一定的地点，毫无�