安氏得书悚息，卒定阿贾之难。居龙场三年，动忍增益，中夜得致知格物之旨，默证《五经》，无不合，著《五经臆说》。
四年，瑾诛，升庐陵知县。其冬入觐，升南京刑部主事。即月调验封，升署员外郎。又调文选，始论晦庵、象山之学。七年，升考功郎。其冬，升南京太仆少卿，分署滁州。从游学者日众，始教人静坐，间天理人欲之分。九年，升南京鸿胪卿。是年，始揭“致良知”之教。
十一年七月，升佥都御史，巡抚南、赣、汀、漳。王思舆语季本曰：“阳明此行，必立事功。”本曰：“何以知之。”曰：“吾触之不动矣。”初，陈金、俞谏等讨华林、桃源群盗，多所招抚，贼未大创；又民间父兄被杀者不得报仇，汹汹不安，数年间转复啸聚。于是贼首谢志山、蓝天凤据南安、横水、桶冈诸寨，池大鬓据漳州、浰头诸寨，福建、江西、湖广、广东之界数千里皆乱。兵部尚书王琼知先生才，特荐用之。先生认为，兵不素练面徒恃机谋，不能力战，一时偶幸成功，非万全策。且客兵一万，不如乡勇一千。前者多调狼达土军，糜饷不赀，民苦兵甚苦寇，以故盗贼旋灭旋起。乃令四省兵备官于各属弩手、打手、机快中，选骁果有胆力者县千人，忧其廪饩，最者拔为将领。原额官军，汰老弱三之一，专守城隘。而以新募精兵随方出奇，由是战无不胜。首攻信丰、龙南流贼，连败之。兵既足用，上疏请申明赏罚以历士气，愿假便宜，临阵诛赏，不限以时，唯成功是责。
王琼请上即与先生兵符，改提督军务。先讨横水、左溪之贼，获谢志山。乘胜进攻桶冈，其帅钟景纳款，而横水、左溪奔入者持不可。先生遣使至锁匙笼促降，而别遣邢珣、伍文定等冒雨人。贼方聚议未决，兵已夺险。猝震愕，急奔入内隘，阻水为阵。珣麾兵渡水，张战冲其右，文定又自战右缘崖绕出贼旁。贼败，奔十八磊。唐淳先至，严阵迎出，贼又败。会日暮，扼险相持。明日合战，邢珣先破桶冈大巢，俘斩甚众。湖广兵亦至，余贼遁入山谷。遣诸将分道捕之，于是横水、左溪、桶冈之贼略尽，蓝天凤等皆就擒。凡出师两月，平贼巢八十四。设安远县，控制三省。晋右副都御史。
十三年正月，进讨浰头。先是，征横水、桶冈时，虑浰头乘虚出扰，使人招降羁縻之，池大鬓不从。及横水破，大鬓惧，遣弟池仲安以二百人叩军门降，阴觇虚实。先生令从别哨，远其归路；召近浰头被贼者，各授方略遣归。及桶冈破，大鬓益惧。先生遣使至浰头，赐牛酒。贼严备，诡曰：“龙川新民卢珂恐见袭，故备。非官兵虞也。”卢珂者，抗贼不被胁，贼仇之。先生佯信其言，檄龙川廉珂擅兵状，且令大鬓除道，候还兵讨之。大鬓谢：“无劳官兵，当自防御。”比兵还，珂来告变。先生佯怒珂，收缚，将斩之。曰：“大鬓方遣弟领兵报效，安得有此！”
十二月，至赣州，大享将士，下令：“横水、桶冈既平，浰头归顺。民久劳苦，宜休兵为乐。”遂散军，使归农。而遣仲安归报以卢珂被系，令其兄勿撤备，防珂党掩袭。大鬓意大安，乃购其所亲款贼：“官意良厚，何可不一往谢？”大鬓谓其下：“欲伸先屈。赣州伎俩，须自走观之。”至，则见军门无用兵形，珂等在狱，意益安。先生夜解珂，使归发兵；官属以次设牛酒宴犒，缓大鬓归。度兵已大集，乃廷犒伏甲，引大鬓等入，悉擒之。而促诸路兵同抵贼巢，亲兵由龙南、冷水径直捣下浰，诸路兵皆入三浰。贼久弛备，官兵骤集，惊悸，悉其精锐千余，倚险设伏。官军为三冲，犄角进，指挥余恩首击贼，战良久，贼败。王受等追之，伏发被扼。会推官危寿兵至，鼓噪前冲之。千户孟俊率兵绕其后，贼大溃，遂克三浰大巢。余贼尚八百人，屯九连山，山四面险绝，设礌石、滚木，官兵莫敢前。先生令军人衣贼衣，暮若败奔者上山。贼见，果相招呼。得度险，遂扼其路。贼觉，急御，则大众已阑入。退走溃出，四路皆遇伏，擒斩略尽。余徒二百人恸哭请降，纳之。相视险隘，设和平县，南、赣自此无盗。兵力精炼，用之以义，文武官吏并能敌忾，功成寇除而无跋扈，几复古者井田养兵遗制焉。
师还，至赣，立社学，举乡约，修濂溪书院，刻《大学古本》、《朱子晚年定论》。所至会讲明伦，武夫介士执兵环立，蹑跃担镫之夫千里远至。长揖上坐，一言开寤，终身诚服。风教四被，讫于江表岭峤。
十四年六月，宁王宸濠反，起兵吉安，讨之。先生久知宸濠且反，虑南、赣未平，得与群盗通，益不可制。及盗平，而先生已为提督，镇上游，濠乃起事。王琼言于朝曰：“王伯安在，何患！不出两月，捷疏至矣！”时福州三卫军人进贵作乱，琼谓主事应典：“进贵事，不足烦守仁。可假此便宜与敕书，待他变。”乃命先生出勘福建乱军。
甫至丰城，反状闻。几为濠追所及，匿渔舟潜走。临江知府戴德孺迎入城调度。先生以临江要冲，逼省会，不可驻兵。乃反吉安，与知府伍文定定谋。召邢珣等遣谍四出投檄，言京师、湖广、广东西、南京、淮安、浙江各发兵，共数十万，以疑宸濠，使不敢出南昌。贼果疑，迟回半月。始出攻南康、九江、安庆，则官兵大集矣。又密书与贼心腹李士实、刘养正，若有约内应者。宸濠搜得书，内相猜。士实劝去安庆，趋南京；否，径出蕲、黄，趋京师。皆不从。
七月癸卯，先生自吉安起师，会于樟树镇。知府戴德孺自临江，徐琏自袁州，邢珣自赣州，通判胡尧元。童琦自瑞州，及新淦知县李美、太和知县李楫、宁都知县王天马、万安知县王冕，各以其兵至。己酉，至丰城，议所向。或欲勿攻南昌，以大兵逼之江中，与安庆夹攻之。先生曰：“不然。我越南昌而趋江上，安庆之众仅能自保，岂能援我中流？而南昌兵议其后，绝我粮道，南康、九江合势乘之，是腹背受敌也，不如先攻南昌。宁王久困坚城，精锐皆出，守御必单。我兵新集，气锐可克。宁王闻之，解围还救，暨来，已失南昌。彼则夺气，首尾牵制，此成擒矣。”乃分兵十三哨，哨三千人，各攻一门，以四哨为游兵策应。宁王别伏兵坟厂，为城中声援。遣知县刘守绪夜袭，破之。二十日昧爽，至南昌，令曰：“一鼓，附城；再鼓，登；三鼓不登，诛。”遂援梯登。城中倒戈，门有不闭者。师入，擒居守宜春王拱樤及万锐等千余人，宫中皆纵火焚死。散遣胁从，府库被宸濠取充军资及兵士掠取不尽者籍封之，城中始定。
宸濠先遣兵二万还援江西，自以大军继之。众请坚守待四方援，先生曰：“不然。宁王兵力虽强，所至徒恃焚掠，劫众以威，未尝逢大敌，诱惑其下以事成封爵富贵。今遇一城不能克而南昌失据，众心已离。我乘锐邀之，将不战自溃。”遂进，遇于黄家渡。贼乘风鼓噪，气骄甚。伍文定、余恩佯却致之。贼争进，前后不相及。邢珣从后急击，横贯其阵，贼败走。文定、恩还乘之，徐琏、戴德孺合兵夹攻，贼大溃。追奔十余里，擒斩二千余级，溺水死者万计。贼退保八字脑。是日，建昌知府曾玙、抚州知府陈槐亦率兵至。遣槐攻九江，王与攻南康。宸濠尽发两郡兵，厚赏将士。丙辰合战，官兵败死者数百人。伍文定急斩先却者以徇，身立铳炮间，火燎其须不移足，士殊死斗。兵复振，炮及宸濠舟，贼遂大败。退保樵舍，联舟为方阵。文定等为火攻，邢珣击其左，徐琏、戴德孺击其右，余恩等四伏，火举兵合。
丁巳，遂破贼。执宸濠及其世子、郡王、仪宾、伪丞相、元帅等官，斩首三千余级，溺水死者约三万。弃衣甲财物与浮尸积聚，横亘如洲，余贼数百艘四逸溃逃。遣兵追击，破之樵舍，又破之吴城，擒斩略尽。曾玙、陈槐亦收服九江、南康，余党悉平。宸濠槛车入南昌，军民聚观，欢声动天地。仰见先生，呼曰：“吾欲尽削护卫，降为庶人，可乎？”先生曰：“有国法在。”遂俯首不言。以娄妃尝谏濠，求葬其尸。凡交通中外大小臣僚手籍，悉焚之。
前是，先生上宸濠伪檄，末谓：
陛下在位一十四载，屡经变难，民情驿骚，尚尔巡幸不已，以致宗室黠者谋动于戈，冀窃大实。且今天下之觊觎，何特一宁王！天下之奸雄，岂直在宗室？兴言及此，悚骨寒心。昔汉武帝有轮台之悔，而晚节奠安；唐德宗下奉天之诏，而士民感泣。陛下宜痛自克责，易辙改弦，罢绌奸谀以回天下豪杰之心，绝迹巡游以杜天下奸雄之望，则太平尚有可图，臣民不胜幸甚！
左右多弗悦。以方起义师，不能难也。而上则自称威武大将军镇国公，总督军务，帅京边骁卒数万，假亲征南游。至良乡，捷书至。大学士梁储、蒋冕等请回銮，不听。
九月，上至南京。先生虑沿途奸党潜伏，欲自献俘阙下。是月，发南昌。太监张忠、安边伯许泰以数千人浮江而上，抵江西。先生乃俘宸濠，取道浙河以进。忠、泰使人要之广信，弗听。时太监张永已至钱塘。先生夜见永，颂其诛刘瑾功，永悦。因极言江西遭乱，民困已极，不堪六师之扰。永深然之，曰：“吾出，为君小在侧，欲左右默辅圣躬，非为掩功来也。第事不可直致耳。”先生乃以濠付永，身至京口，欲竭驾。江彬等诬先生“初附濠，度势败乃擒之为功。”张永语家人曰：“王都御史忠臣为国，今欲以此害之，异时朝廷有事，何以复使人？”乃见上，具道状，彬等毁遂不入。张忠又诬先生将反，试召之，必不来。先生闻召即奔命，至龙江，忠等又阻之。乃纶巾野服，入九华山，日坐草庵。上使人觇之，曰：“王守仁，学道人也。宁有反乎！”会有巡抚江西命，乃还南昌。
忠、泰奉内降讨宸濠余党，根搜罗织。京边军万余驻省城五阅月，糜费繁浩，公私骚然。北军旦暮呼先生名谩骂，或冲道启衅，先生略不为动。先令市人移家乡落，以老稚应门。给示内外，述北军离家苦楚，居民当致客礼。每出，遇北军丧，必停车问故，厚与之榇，嗟叹乃去。久之，北军咸曰：“王都堂待我有礼，我安得犯之！”会冬至，新经濠乱，民间哭亡酹酒，北人无不思家泣下。忠、泰自挟所长校射教场，江西官军射多不中，乃强先生。先生故不得已，应之。三发三中，北军同声踊跃，呼应远近。忠、泰不乐而罢，曰：“我军皆附彼矣！”遂班师。
当是时，宸濠未死，诸奸佞先通濠得金钱者多在上左右，颇有异谋。畏先生、不敢发。先生沉机曲算，内战凶幸，外防贼徒，抚定疮痍，激励将士，日夜如封劫敌，宸濠竟得伏诛。内阁大臣素恶王琼，忌先生以提督专制讨贼，归功琼。久之不赏。居南昌，求录陆象山子孙，集门人于白鹿洞。
世宗即位，封奉天诩卫、推诚宣力守正文臣、特进光禄大夫、柱国、新建伯。诏至，直父华生日，奉觞为寿。
嘉靖元年二月，丁外艰居越，弟子益进。黄绾荐先生才可入相，而他疏刺讥杨一清，故与辅臣龃龉。而其乡人之忌者至诬之史，诋其讲学收召朋徒共为名高。形奏牍，上亦不能无疑也。服阕，不召，不与铁券。岁录勤王诸臣，唯伍文定得副都御史，余并闲废。先生上疏辞爵，论白诸有功者，竟格不行。廷推本兵、三边、围营，皆不用。
二年，南宫策士问“心学”，阴辟先生，门人徐珊不对而出。三年八月，宴门人天泉桥。四年，会龙泉山中天阁。十月，立阳明书院于越城。
六年，起总督两广、江西、湖广军务，征思、田。至南浦，民欢迎夹道。讲《大学》于明伦堂，诸生拥蔽，多不得闻。唐尧臣代献茶者，上堂旁听，惊曰：“三代后安得有此气象耶！”师至田州，开示恩信，卢苏、王受等自缚来归，束甲受杖。上疏言：“思、田久苦兵革，况外捍交址，纵克之而置流官，饷穷兵弱，必生他变。岑氏世有功，因其俗可，请降田州府为田州，以岑猛子邦相为判官，苏、受为巡检。别立思恩府，设流官统之。”上皆从焉。
师旋，以苏、受为先锋，合永顺、保靖兵讨断藤峡诸盗，进剿八寨，瑶贼悉平之。方欲移府治、建卫所、增兵设官而病作，疏乞骸骨。十二月，度大庚，疾剧，谓布政使王大用曰：“尔知孔明所以托姜维乎？”大用拥兵护卫，且敦匠事。舟次南安，门人推官周积来见，问何遗言。曰：“此心光明，亦复何言！”卒，年五十八。官属、师生、士民远近遮道，自赣送榇至会城，哭声震地，