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日本也使用过几架 B…17 轰炸机，这些飞机是日本在早期征服太平洋和荷属东印尼一些地区时的战利品。经过鉴定后，这些飞机专门用于协助战斗机。它们的下落不明。
飞行的荷兰人
1945 年 USAAF 进行了一项将大约 130 架 B…17G 改装成搜索救援飞机的计划，这些飞机的改装与海岸警卫队的 PB…1G 非常类似，机腹下能够吊挂一艘救生艇，型号指定为 B…17H“飞行的荷兰人”。
一旦确定海上遇险人员的位置，救援飞机就可以借助降落伞将救生艇空投到附近。可空投的 A…1 救生艇具备自扶正，自排水的功能，并储存有完备的求生物资。救生艇外形流线，被挂装在机腹下，占据了从颚部雷达到机腹炮塔之间的区域，可经由三个降落伞空投至海面。
一些早期的 B…17H 由于要在作战地区使用而保留了防御武器，其余的全部去掉了防御武器并且使用一个搜索雷达代替颚部炮塔。直到二战将近结束这些飞机才投入使用，不管怎样，B…17H 在 B…29 轰炸日本的最后阶段还是救出了一些机组乘员。二战结束后，B…17H 的防御武器被逐渐拆除，到了 1940 年代后期，B…17H 基本无武装了。朝鲜战争爆发后，这些飞机又恢复安装了一些防御武器。例如在一些飞机中恢复了尾部和腰部机枪，颊部机枪以及顶部炮塔。美国空军成立之后，根据新的航空器型号命名体系，B…17H 被改为 SB…17G，“S”是指搜索和援救。
SB…17G 为美国空军遍及全球的部署提供了海空救援支援并一直服役到 1956 年。至少有两架 SB…17G 幸存到现在。1987 年，44…83575 被柯林斯基金会修复成可飞状态，恢复了 B…17G 的所有武器配置，B…17G…95…DL 44…83722 被用于核弹威力测试，严重毁损，现在它的残片正存放在仓库中准备用于其它飞行堡垒的修复。
B…17 无人机
在飞行堡垒的服役生涯中，有许多剩余的 B…17 被改为遥控靶机而消耗掉。二战中就有一些老旧的 B…17（主要是 F 型）被改装成 BQ…7 遥控炸弹用以对付具有重型防护的德军目标。
战后在核弹试验中曾使用过无人驾驶的遥控 B…17 接近或穿越蘑菇云。1946 年 5 月，16 架封存的 B…17 重新启用被改装成无人机，加装了无线电、雷达、电视摄像机和其他设备，另有六架 B…17 被改装成控制机。大部份工作在德克萨斯州凯利（Kelly）机场的圣安东尼奥（San Antonio）航空军械库完成的。1946 年美国在南太平洋的比基尼岛进行了原子弹试爆，代号“十字路口行动”（ Operation Crossroads），B…17 遥控机进行了空气采样。美国空军成立后，控制机型号改为 DB…17G，无人机的型号改为 QB…17G。在 1952年 进行的核弹试爆中，无人机主要由来自佛罗里达州埃格林（Eglin）空军基地的第 3205 无人机大队操作。
QB…17L 这个型号被赋予给那些战后改装的各种用途的 B…17G 无人机。这些飞机通常是作为导弹测试的靶机，有时也安装电视摄象机用于拍摄接近中的导弹。这些飞机通常涂成醒目的橘红色并镶以黑色斜纹以增加可视性。并在垂尾的序列号之前都加上个 O 以表明这些是废弃的飞机，不属于军队现役航空器。被改装成 QB…17 和 DB…17 的飞行堡垒都是崭新的战后封存的飞机。
大部份 QB…17L 在早期的耐基（Nike Ajax，MIM…3）地空导弹或者休斯猎鹰（Falcon，AIM…4）空空导弹的测试中被摧毁。其他一些 QB…17L 用于各种无人驾驶的破坏性测试，例如 NACA 在旧金山湾进行的水上迫降试验。1959 年 8 月 6 日 DB…17/QB…17 联合进行了最后一次任务，44…83727 号靶机被 F…101 巫毒（VOODOO）截击机发射的猎鹰导弹击落，最后一架 QB…17L 在 1960 年被一枚 IM…99 地空导弹摧毁。
QB…17N 是与 QB…17L 类似的无人机，但遥控系统不同并且没有安装电视摄象机。在翼尖吊舱内部安装光学跟踪设备，可以通过爆炸螺栓与飞机分离并伞降，这样无人机损失后可以回收测试数据。
DB…17L 是指用退役 B…17G 改装的无人机控制机，通常在导弹测试期间用于遥控 QB…17L 和 QB…17N 无人机，当这些飞机由于损耗而不堪使用时，也被改装成无人机消耗掉。
最后一架在美国空军服役的飞行堡垒 44…83684 控制机于 1959 年在戴维斯…蒙森（Davis…Monthan）空军基地被封存。这些少量的 DB…17P 直到 1960 年才从空军飞机清单中除名，随后被移交给各地博物馆，如代顿（Dayton）的空军博物馆和奇诺的名机博物馆。
EB…17 试验机
1946 年两架 B…17G 被修改成涡轮螺旋桨发动机的测试机，波音公司赋予这些飞机公司型号Model299…Z。为此拆除了军用设备，飞行员座舱向后移，机鼻经过完全修改以适应安装实验用发动机。
第一架 EB…17G 改装自 B…17G…110…VE 44…85813，根据委托合同转交给赖特航空公司，“E”表示这个项目具有最高的技术优先级。这架飞机的机鼻处安装一具 5，500 马力的赖特 XT35“台风”涡轮螺旋桨发动机，比 EB…17 的四具“旋风”发动机的总功率还要大。“台风”发动机流产后，这架飞机又用于测试赖特的 XJ65 涡轮喷气发动机，发动机被吊装在流线型的机鼻结构下方，测试前进期口由整流帽所保护。
这架飞机在 1956 年 10 月型号被改为 JB…17G，“J”字母在 1955 年被引入型号命名体系，指航空器暂时性的用于测试用途。由于 E 前缀分配给了早期预警飞机，所以 EB…17 被改称为 JB…17。
1957 年赖特买下了这架飞机，民间注册号 N6694C。继续进行发动机测试。同一年，JB…17G 用于测试 R…3350 复合式涡轮螺旋桨发动机。最后飞机卖给一个灭火机飞行员，缺失的机鼻替以半球形的整流罩。N6694C 在 1980 年的一次灭火任务中在起飞时坠毁。
第二架进行改装的是一架剩余的 B…17G…105…VE，序列号 44…85734，被卖给普惠进行发动机测试，民间序列号 NX…5111N。飞机在西雅图进行改装，为了不影响气动性能，交付前机鼻被临时整流罩覆盖，随后转场至康涅狄格州哈法特（Hartford）的普惠工厂。普惠在机鼻安装了实验性的 XT…34 涡轮螺旋桨发动机。XT34 最后投产，并作为道格拉斯 C…133 运输霸王远程运输机的动力装置。普惠的 T64 涡轮螺旋桨发动机曾短期安装在这架 EB…17 上进行各种螺旋桨的搭配测试。
在 1967 年测试任务完成后，NX…5111N 被捐赠给布拉德利（Bradley）国际机场的康涅狄格航空历史协会，1979 在龙卷风中严重损伤。
第三架进行改装的是 B…17G…110…VE 44…85747，被艾利逊租用作为发动机测试机。不像前两架飞机，这次改装没有将驾驶舱后移。最后以 JB…17 的型号退役。
其余 EB…17 包括一些 SB…17G 在 1952 年起转交给佛罗里达州帕特里克（Patrick）空军基地的空军导弹测试中心。这些飞机装备有喇叭和特高频无线电用于在导弹测试期间驱赶进入此区域的船只和飞机，一直在帕特里克服役到 1958 年。
B…17 客机
战后由于客机的短缺，于是有一些 B…17 被改装成客机，但是 B…17 的机体设计不适合作为运输机，所以些改装都不很成功。
首先是一架剩余的 B…17G…105…VE 44…85728 被环球航空公司购买并在波音西雅图工厂改装成客机。所有的军用装备都被拆除，机身内安装了旅客座椅，并在机身两侧开出了的一排舷窗。由于波音已经为 Model299 系列的命名用完了 24 个字母，所以这架飞机的公司型号是 Model299AB。
Model299AB 的首个民间注册号是 NX…4600，很快改为 NL…1B，“L”是专门赋予那些退役军用飞机改装的民用机。由于这种原因，这架飞机只被颁发了 LTC…1 有限证书，不允许进行载客商业飞行。
环球航空将 Model299AB 用在中东的测量和联络工作上。1947 底飞机被赠予伊朗国王，伊朗的注册号是 EP…HIM，“HIM”代表国王陛下。1970 年辗转到法国塞瑞（Creil）机场并被拆解作为备件。
玻利维亚的民航机队战后总共获得了 26 架 B…17，其中大部分都是从民间市场购得的，但其中 8 架是 1956 年美国空军从剩余物资中直接调拨的，玻利维亚民间注册号从 CP…620 到 CP…627。图森（Tucson）市的汉密尔顿（Hamilton）飞机公司获得玻利维亚政府的合约为飞机进行改装并提供维修服务，有另外 7 个 B…17 机体作为备件提供给汉密尔顿公司以维持机队飞行。
唯一使用 B…17 进行载客飞行的国家是瑞典。战争期间，有 68 架轰炸德国的 B…17 迫降瑞典。由于瑞典是中立国家，扣留这些飞机和人员。1944 末，B…17 机组人员才允许返回英国。作为交换，美国政府同意瑞典以 1 美元的价格购买其中的 9 架飞行堡垒。
瑞典当局将其中的 7 架改装成民航机提供给 SAAB 航空公司，这些飞机拆除了军用装备并安装旅客座椅，机鼻被加长以容纳更多的乘客。这些 B…17 客机运营了多年。
瑞典注册号 型号 USAAF 序列号
SE…BAH B…17F…75…DL 42…3543
SE…BAK B…17F…115…BO 42…30661
SE…BAM B…17G…5…BO 42…31163
SE…BAN B…17F…70…DL 42…3490
SE…BAO B…17G…40…BO 42…97115
SE…BAP B…17G…35…BO 42…32076
SE…BAR B…17G…35…DL 42…107067
SE…BAR 和 SE…BAP 在 1945 末卖给了丹麦航空公司，编号改为 OY…DFE 和 OY…DFA。1948 年，OY…DFA 又转卖给了丹麦陆军航空队，军队序列号 67…672。1949 年，它又被转交给丹麦皇家海军，后在 1952 年转交给丹麦皇家空军。在空军中，它以 ESK…721 的序列号进行运输、绘制地图和联络等工作，1953 末被封存。1955 年丹麦空军将其卖给法国国家地理院（Institut Geographique National），加入其 B…17 机队进行遍及全球的照相和地球物理学调查任务。法国民间注册号是 F…BGSP。最后这架飞机被露天遗弃并作为备件提供机。1972 年，美国空军博物馆将其购回美国。修复一新后展出在俄亥俄州达顿莱特…帕特森（Wright…Patterson）空军基地博物馆并恢复了最初的涂装“Shoo Shoo Shoo Baby”。
别国空军的 B…17
除了丹麦空军外，战后还有一些国家的空军装备了 B…17。
巴西：
根据 1947 年签订的里约热内卢公约，巴西获得了总数 13 架 B…17。1951 年有 6 架 B…17 交付巴西，其中 5 架是 SB…17G，一架 RB…17G。1954…55 年间又交付了 7 架。这些飞机以累西腓（Recife）为基地执行搜索救援和照相侦察任务。1955 年，剩余的飞机转交给巴西空军，序列号从 5400 到 5411，并于 1960 年代末退役，其中的 3 架幸存到今天，两架在博物馆展出，一架封存。
以色列：
以色列建国后不久，以色列政府就通过中介从民间市场秘密购买了 4 架B…17。这些飞机进行了飞越大西洋的回国之旅，但是其中一架在葡萄牙亚速尔群岛（Azores）降落加油时被扣留，其余 3 架设法在捷克安装了机枪和炸弹，在飞回以色列的途中对埃及目标进行了轰炸。最后这 3 架 B…17 顺利抵达以色列并参加了 1948 年第一次中东战争和 1956 年第二次中东战争。1950 年代末退役，并在 1961 年拆解。
多米尼加共和国：
1947 年 2 月，多米尼加空军获得了两架 B…17G，并一直服役到 1954 年 7 月。退役后其中一架可飞的被卖出，另外一架拆解作为备件。
葡萄牙：
1947 到 1960 年间，葡萄牙空军操作 5 架 SB…17G，基地位于亚述尔群岛的拉杰斯（Lajes）机场，用于执行搜救任务。
法国：
二战中艾森豪威尔曾将 B…17F 42…30177 赠与自由法国作为克宁（M。 P。 Koening）将军的专机。战后被用作法国驻德国高级专员座机。后又辗转到法国国家地理院，注册号 F…GBSG，用作备件维持国家地理院机队的飞机，最后于 1973 年被拆解。
民间 B…17
虽然 B…17 没有获得 FAA 的客运认证，还是有一些进入了美国的商业航空货运领域，
B…17 进行的货机改装与战时进行的 CB…17/XC…108