州政府。清总督府接电报，立即组织1500多名清军进入广州城内，开始了大搜捕，广州城内的农学会、王家祠等起义的指挥机关都被清军查获。
10月28日凌晨，当“保安”号开抵省河时，清兵已派兵在码头守候搜查。船上虽有起义军400多人，但分装在7大箱的枪支和子弹都被别的货压在底下，无法取出来武装自己。邱四和朱贵全等40人被捕，后来的人因伪装及时，才躲过了抓捕。
这时的广州当局，一面提审被捕人员，一面继续搜捕起义者。在搜捕中陆皓东不幸被捕。
陆皓东原本也可以逃脱搜捕，但他担心双门底机关的会中名册被搜去，将会累及许多会员受难，于是他不顾其他人劝阻，冒险前往。名册烧掉后，他也不幸被捕入狱。南海县令李征庸遵照两广总督的命令，提讯陆皓东。当李叱令陆跪下时，陆挺立不动，并拒绝供出任何会员。11月7日，陆皓东、邱四、朱贵全3人英勇就义，程奎光受600军棍的酷刑，伤重而逝，程耀宸也病死在狱中。这5位是最早为中国革命献身的烈士，孙中山后来在自传里称陆皓东“为中国有史以来为共和革命牺牲者之第一人”。
孙中山见城内风头已紧，立即告陈少白及手下各人迅速离开广州，摆脱了盯梢的人后，他半夜砸开了早年在意奥拉尼学校时的同学家，孙中山在这里听到了他最好的朋友和同学陆皓东不幸被捕的消息，不禁痛哭失声。躲藏了三天，等清军的搜捕和戒备有点松懈下来，便化装成一个商人，与尤列等人搭乘一艘小火轮，离开广州，经顺德又到了香山县，转澳门到达香港。
1895年12月7日，清朝以重金悬赏通缉孙中山等17人，其中孙中山名列榜首。两广总督谭钟麟派人到香港要求引渡孙中山等人，香港当局判令孙中山、杨衢云和陈少白三人出境5年，此后，清政府还向亚洲、美洲、欧洲各国的清使馆发出电文通缉孙中山。
领导广州起义的时候，孙中山年仅29岁。广州起义虽然流产，但“由于先生这一次的起义，才觉醒了醉生梦死的中国同胞，这是伟大的国民工作之开始，中国民族恢复自由平等的起点，在革命史上应该占最重要光荣的一页”（胡汉民：《贯彻总理首次起义精神》）。也是自广州起义后，孙中山开始在人们的心目中成为“革命党”的代表者和旗帜。
流亡生涯被跟踪
1895年11月2日晚，孙中山与陈少白、郑士良等一起乘日本货轮“广岛丸”号启航离港，经多日颠簸航行，11月10日到达神户。
孙中山到达日本没几天，中日战争结束，两国复交，清政府驻日公使即将到任。外面风传：日本政府可能按照清政府的要求引渡革命党人。孙中山难以在日本待下去，原计划与陈少白一起去美国，但当时美国方面已下禁令，不准华人入境，美国领事也面告不宜冒险前去，孙中山说明自己是檀香山出生，获得护照。这时的孙中山已身无分文，只好向横滨兴中会的同志们借钱。有些会员面有难色，见此情况，冯镜如与弟弟冯紫珊拿出500元交给了孙中山。孙中山这样分配这500元钱：拿出100元给没有取得入美签证的陈少白，作为留在日本开展活动和日常的费用；又给了郑士良100元，派他以合法身份再回香港进行革命组织工作。其余部分作为孙中山赴美经费。孙中山剪去了辫子，穿上了西装，留起了胡须，有人说这时的孙中山像一个干净利索的法国人。
孙中山上了船，开始了他的第四次檀香山之行。
1896年1月，孙中山抵达檀香山后，立即前往茂宜岛看望孙眉，那时，孙母杨太夫人、孙妻卢慕贞与儿子孙科、刚出生不久的长女孙娫，已由陆皓东的侄子陆灿护送先期至檀。孙中山对一家人心怀歉意，他向哥哥报告了广州起义失败经过，孙眉鼓励他说：“这不算一回事，还应继续干下去！”这使孙中山沉重之余又感到了一些慰藉。
孙眉又拿出一部分钱给弟弟，让他作革命活动的经费。孙中山拿到钱后，第一件事就是还在日本时冯氏兄弟借的那500元钱。冯紫珊在1920年写信给冯自由时提及此事，他说当时给这500元就是想作救国牺牲，但没想到孙中山后来又寄还回来，他由此感到孙中山是一个忠厚而有信义之人。
4月初春的一天，孙中山正走在路上，忽然看见有一辆马车迎面而来，他一眼看出车上坐着的正是当年的恩师康德黎夫妇。激动的孙中山一下子跳上了他的马车，老师却根本没认出改穿洋装的孙中山，差点把他当做歹徒。孙中山大笑起来，说：“我是孙逸仙。”康德黎大吃一惊，康氏夫妇是在回国途中经过檀香山，离船上岸坐车游览风光的，没想到却在这里见到了他一直牵挂的中国学生。
两人相认后，康德黎感慨学生的遭遇，从个人角度，他劝孙中山继续钻研医术，但关于未来，孙中山自有自己的一番想法，他告诉老师，自己计划周游世界，争取华侨对中国革命的支持，首选是华侨最多的美国大陆，不久后即将去英国，与老师再相见。
6月18日，孙中山独自到达旧金山，在所遇到的华侨那里继续积极鼓吹反清革命。但他的革命宣传并没有得到积极响应，欢迎革命的，每埠不过数人或十余人而已，而且很多人认为孙中山“谋反”是大逆不道的行为，“视为蛇蝎”，甚至连筹措旅费也遭到了华商们的拒绝。一举一动受到监视的孙中山通过朋友的关系，察觉了自己的危险处境，在美国停留了3个月后，孙中山决计赴英。
1896年9月30日，乘白星轮船公司“麦竭斯”号的孙中山，在利物浦上岸。
孙中山没有想到，远处已有一双眼睛暗中注视着自己，并悄悄记下他的所有行踪：坐二等舱、带了一件行李上岸，乘火车站的公共汽车，到利物浦密德兰车站（Midland Railway Station），坐下午2点50分的快车去伦敦，但是他没有赶上火车。等到下午4点45分他才上车，晚上9点50到达伦敦的圣班克拉斯（St。 Pancras）车站。从行李房取出行李，雇了12616号马车到斯屈朗赫胥（Haxeux Hotel）旅馆，此时已是深夜12点。
其实，早在孙中山到旧金山时，就已被清吏盯上。几天前，清政府驻美公使杨儒已收到来自总理衙门的来函：“粤东要犯孙中山谋乱发觉，潜逃赴美，希即确查密复。”杨儒立即密令驻旧金山总领事冯咏蘅查办。
然而，孙中山对清吏的跟踪一无所知。他在旧金山还曾摆姿势让人照相，而一张复制的照片就到了公使馆手里。有所警觉的孙中山虽然在登船时用了“孙逸仙”的英文简写，但这也没有逃过清政府密探的眼睛。
清政府驻英公使龚照瑗很快接到杨儒密函，他一再与英国外交部交涉，要求代拿孙中山，但遭到英国外交部拒绝。明暗两条线路，清政府都没有放过，龚照瑗于是托人找到英国一家私人侦探社——斯赖特侦探社一路侦查孙中山的行踪。
到达伦敦的第二天一早，孙中山前往覃文省街与老师康德黎会面，老师认为他还是住离自家近的地方更为安全，于是孙中山搬到了一间私人开设的葛兰旅馆。刚来的一个星期，孙中山的生活很平静。除了每天去和康德黎会面，他像个平常的旅人，参观大英博物馆，游览摄政公园，也会停驻在商店玻璃窗前。西方文明中的普通生活使他对平等和民主产生了直观感受，大英帝国的古老文化和法治社会一样让他着迷。对于跟踪，他毫不知情。
10月4日，孙中山照常在康家聊天，康德黎提醒他还是应该注意防范，因为清驻英使馆离他居住的地方非常近，孙中山用开玩笑的口吻说：“你要是愿意，倒可以进去拜访一下。”二人相视而笑。康的夫人严肃起来，说：“不行啊！使馆的人见了你，立刻就会缉捕你送回国。”孙中山在伦敦又拜访了在香港西医书院读书时的另一位老师孟生。在与孟生的谈话中，孙中山曾问到满清驻英使臣是谁，并问：“你认为我去使馆访问任何人是明智的吗？”孟生博士断然打消他的念头说：“慎勿行近中国使馆，致堕虎口。”孙中山也点头应允不去。
贸然闯馆遭不测
就在孙中山与康德黎、孟生谈话没过几天，1896年10月11日，他就被监禁在清朝驻英公使馆了，从而发生了轰动一时的“伦敦蒙难”。
孙中山究竟是如何进使馆被囚禁起来的呢？是被绑架、挟持、诱骗进去的，还是自己闯进去的呢？关于孙中山“伦敦蒙难”的经历，多年来历史学家也写了不少文章专门探讨，事情的真相也渐渐清晰。
孙中山被“诱骗”进清驻英使馆，是流传了数十年的一个说法，至今还被很多人作为信史引用，包括孙中山的孙女孙穗芳所著《我的祖父孙中山》一书，这种说法也源自孙中山当年自己提供的一个解释：
10月11日是个星期天，上午10点半，我自葛兰旅店出来，准备和康德黎夫妇一同去教堂做礼拜，路上忽然遇到一个广东同乡用粤语和我交谈，这个人显得很进步的样子，两个人相谈融洽。这时，又过来一个中国人，两个人和我一起走，请我去寓所喝点茶坐坐，好叙一下乡谊。于是这两个人“或推予，或挽予”，推推拉拉走到一个住所前，刚一进门，大门就被关上了，看见大厅里坐的人穿着清朝的官衣，顿时明白是被骗进了清政府驻英使馆。
然而伦敦蒙难的真相，是孙中山自己冒险闯进了使馆，从而遭到一直求之而不得的清官员们的囚禁的。
一心鼓吹革命的孙中山曾经在清廷驻美使馆宣讲过革命，但是使馆人表面赞成孙中山的想法，实际上却想从香港富商那里捞取好处，根本不关心革命。不过孙中山对于驻英使馆并没有畏惧，他想尝试。另外，孙中山一直不知道自己被跟踪的事情，还以为在伦敦并没有认识化名“陈文”并且已剪掉辫子的自己。孙中山还认真研究了中英外交关系的有关文件，认为“钦差（指清驻英公使龚照瑗）在英无办犯之权，中国与英国又无交犯之约”，这些或许都增加了他闯使馆的勇气。
在被抓前一天，孙中山已经闯过一次使馆。
10月10日上午，孙中山路过清使馆的门口，遇到专学造炮的留学生宋芝田，向他询问是否有广东人在使馆，宋回答“有”。孙中山请他引见，于是进入了使馆内，见到了广东“老乡”的四等翻译官邓廷铿，孙中山在海外“遇同乡分外惬意”。
邓廷铿是广东人，孙中山在广州行医时曾与他有过一面之缘，但双方都不知道对方的姓名，所以两人在使馆见到时格外亲热。不幸的是，孙中山一个不小心的动作还是暴露了自己的身份——告别之前，孙中山拿出金表看时间，邓也抓住孙中山的胳膊观赏金表，一眼看到了上面露出了“sun”的英文刻字，他立即恍然大悟，站在自己对面的竟然就是清廷重金悬赏的对象，但他不动声色，稳住了孙中山。
孙中山心满意足地告辞后，使馆内已是如临大敌，一片忙乱。邓立刻把自己的大发现告诉了驻英公使龚照瑗的侄子龚心湛，继而龚照瑗大使与马格里等几位参赞商量的结果是，第二天采取行动。
清使馆早已得知孙文的动向，却不曾料想他会自动送上门来。10月11日上午，按约定时间，孙中山又兴冲冲地进了使馆。他并不知道，这时使馆已作好捉拿他的准备。吃过午饭，邓廷铿请孙登楼，参观使馆的会客厅、签押室和卧室等，假装无意间碰到了参赞马格里。邓廷铿邀请孙中山参观自己的房间，邓、马二人一起引着孙中山继续上楼。马格里先进了预备好的空房，作开门待客状，而邓廷铿则守在门外。待孙中山一进房门，外面立即加了锁。马格里开口说，你并不姓陈，你的金表内刻的“孙文”二字，你一定是孙文，“现奉钦差之谕将你扣留”。马格里告诉孙中山，他必须待在这个房间，“不作犯人看待，只不许出门，如要看书均可取来”。这时，马格里出来，邓廷铿又进去问：你是孙文，号逸仙，再号帝象，字载之否？“孙低头不答，唯云：‘可准我回客栈然后再来或与人同去否？’邓答：皆不能准。”
对于孙中山当时贸然前往清使馆的行为，很多史学家认为过于草率，不应是他的作为。然而当时的孙中山远没有深思熟虑的习惯，革命的情势错综复杂，往往掺杂着机会主义和盲目乐观的情绪。虽然孙中山当年在脱险后所写的《伦敦蒙难记》里形容自己被诱骗、劫持到清驻英使馆，但这些说辞在晚年时被他自己几次在戴季陶、胡汉民、陈少白等多人面前推翻，他说这种被劫持的说法，是为了表示清使