1923年10月6日，鲍罗廷被苏联政府派遣来常驻广州。此后，鲍罗廷积极推动孙中山加快改组国民党的步伐。但国民党的改组并不顺利，国民党内部成员复杂，一些资深党员对孙中山改组国民党持怀疑甚至反对意见，他们集中攻击鲍罗廷。
11月29日，国民党右派邓泽如等11人以国民党广州支部名义上书孙中山，要弹劾共产党，反对改组。对这些意见，孙中山的态度很明确，他公开表示：“你们不赞成改组，可以退出国民党啊，你们若不赞成，我将来可以解散国民党，我一个人去加入共产党。”他还警告坚持反共立场的人，如不放弃自己的主张，便“开除你们的党籍”。国民党里，最支持孙中山联俄联共主张的，便是廖仲恺，“无论何人反对，我都不怕，就是击我杀我，也在所不惜”。
1924年1月20日上午，中国国民党第一次全国代表大会在广州召开。除了国民党代表外，李大钊、毛泽东、张国焘、李立三、林伯渠等26名共产党员代表也参加了大会。
孙中山在大会开幕词中说：
我们革命党用了30年工夫，流了许多热烈的心血，牺牲无数的聪明才力，才推翻满清，变更国体。但在这30年中，我们在国内从没有机会开全国国民党大会；所以今天这个盛会，是本党开大会的第一次，也是中华民国的新纪元。
孙中山为大会的顺利进行倾注了全部心力，大会期间他作过八次重要讲话。大会于30日闭幕，除中央和地方党务报告外，通过了13项议案，其中最重要的议决案共有五项：（一）第一次全国代表大会宣言案；（二）组织国民政府之必要案；（三）中国国民党章程案：（四）选举中央执行委员候补委员案；（五）选举中央监察委员候补监察委员案。
中国国民党“一大”《宣言》被孙中山称为“会中所办重要的事”。国民党“一大”宣言，据周恩来的回忆，“是孙中山先生委托鲍罗廷起草，由瞿秋白翻译，汪精卫润色的”。张国焘的回忆基本相同。他说：鲍罗廷当时住在广州的东山，忙于起草大会的各种文件。瞿秋白同鲍氏住在一起，任鲍的助手和翻译。大会的宣言草案，就是由鲍罗廷与汪精卫、瞿秋白共同草拟的——也就是说，这个宣言是由中国国民党、中国共产党与共产国际的代表共同制订的。宣言从起草到定稿，都是由孙中山指定胡汉民、廖仲恺、汪精卫和鲍罗廷四人组成的委员会，经过反复的讨论、审议和修改才完成的。
《宣言》的起草也经历了一个激烈的争论过程。汪精卫不满意初稿中突出工农将成为反帝、反军阀的国民革命运动的中坚力量，要求用“群众”、“人民”等概念代表，对初稿中强调工农利益的政策，汪精卫也提出异议，认为改革工农生活是革命胜利以后的事。鲍罗廷则认为宣言必须体现国民党对工农利益的关心，改变轻视工农的陈腐观点和政策，并对汪精卫不懂得新生国内民主力量的错误思想进行了批评，将“耕地农有”的口号列入宣言草案。
共产党代表根据中央指示，为保证一大朝革命方向发展而每日磋商，海外华侨代表则“每晚聚集在一起”，他们反对在宣言中过分“刺激”帝国主义，也不赞成分给农民土地的“赤化”政策，他们经常见孙中山，要求用“建国大纲”来代替宣言，孙中山也曾一度发生动摇，企图撤回宣言草案，改为“建国大纲”以便大会通过，1月23日午后，他特地约见了鲍罗廷，征求意见，经过了鲍罗廷对他的长时间说服后，他放弃了原来的打算。在下午的会议上，当他将宣言付诸表决时，居然整个会场“欢呼若狂”，一个有历史性的政治文件顺利通过了。
“一大”《宣言》通过以后，孙中山很快发表关于三民主义的演说，公布《建国大纲》。这说明《三民主义》演讲、《建国大纲》更准确地代表了当时孙中山的思想。“一大”《宣言》则是国共两党以及各派政治家论争及妥协的产物。把“一大”《宣言》视为百分之百地反映孙中山思想的看法显然是不妥的。正如一位学者所言，“我们必须将他同时期在同类问题上所发表的思想观点与《宣言》进行认真比较，才能真切地了解孙中山，而不致曲解孙中山，以至把他放到了不适当的位置上。”
1月28日的会议上，国民党人方佑麟提出，要在党章中更改，规定“本党党员不得加入他党”，就是针对加入了国民党的共产党员，张继也在会上大闹，结果被孙中山软禁了一个晚上，并且要开除他的党籍，孙中山最后在闭幕词里说：以前奋斗不充分，才把全党拿来改组，而奋斗不充分的原因，是因为没有办法，“而从此以后，拿了好办法去革命，便可以勇往直前，有胜无败。”
改组国民党（2）
国民党“一大”以后，孙中山对民生主义中“平均地权”进行了深入分析，他认为苏俄政府“把全国的田地都分到一般农民，让耕者有其田。耕者有了田，只对国家纳税，另外便没有地主来收租钱，这是一种最公平的办法。我们现在革命，要仿效俄国这种公平法，也要耕者有其田，才算是彻底的革命；如果耕者没有田地，每年还要纳田税，那还是不彻底的革命”。“我们解决农民的痛苦，归根结底是要耕者有其田”。
实行“耕者有其田”，反映了孙中山晚年对民生主义的思考。但孙中山生前并没有尝试，仍将“耕者有其田”的规划看成是将来努力的方向。
但是孙中山扶助农工，支持工农运动的思想主张，对国共合作初期的反列强反军阀亦即反帝反封建运动起了积极的作用。
“联俄联共扶助农工”的三大政策，后来被定义为孙中山的“新三民主义”，但这并不是这一时期孙中山自己的说法，他生前也没有讲过“三大政策”的话，这一概念是他去世后人们根据他为了实现新三民主义而确定的革命方略而概括出来的。
在第一届国民党中央委员名单中，孙中山拿掉了不赞成改组的孙科，决定让给一些“老同志”，当时冯自由不支持改组，还到北京告密，说孙中山拿了苏联的25万卢布，脱离革命党已经16年的章太炎在上海组织了一批老国民党员，讨论“挽救之策”，专门针对孙中山。可是孙中山都没有让步，在国民党左派和共产党人的努力下，广东的工人、农民、妇女等方面的工作都发展起来，广州当时被称为“东方莫斯科”。
创办黄埔军校
孙中山几度出任“大元帅”，却始终没有自己的军队，而依靠军阀势力则处处碰壁。1921年12月，共产国际代表马林在广西桂林会见孙中山时提出“创办军官学校，建立革命军”的建议。孙中山欣然接受了。中国共产党派李大钊、林伯渠等人与孙中山进行多次会谈，讨论了两党合作共同革命的问题和如何建立革命军队的问题。
在国民党一大上，正式决定建立“中国国民党陆军军官军校”，并成立了筹备委员会。1924年1月28日，孙中山指定以黄埔长洲岛的原清代水师学堂和陆军小学为军校校址。2月6日，黄埔军校筹备处设于广州南堤，负责筹建的具体工作。5月5日，黄埔军校正式成立，因校址设在广州黄埔长洲岛上，人们才习惯称之为“黄埔军校”。时间一久，它的正式校名——中国国民党陆军军官学校反而鲜为人知了。
孙中山将黄埔军校校长人选锁定了蒋介石。蒋介石与孙中山在“永丰”舰上共患难的经历，使孙中山说出这样的话：“新办的军校，如果不让介石来当校长，宁可不办。”但蒋介石虽然有孙中山的支持，还是觉得困难重重。在筹办工作展开的时候，2月21日，他就以“环境恶劣、办事多所掣肘”为辞，提出辞职，孙中山未予批准，但蒋还是回了上海。
开学选在6月16日，正是两年前陈炯明叛变的日子，显然别有意义。孙中山亲自为黄埔军校拟定的办学宗旨是“创造革命军，挽救中国的危亡”。这所军校完全是仿效苏联的军校建立的，原则是以党治军。孙中山在黄埔设立了党代表制度，军校直隶国民党中央执行委员会，廖仲恺任党代表，其权限与校长并行。
黄埔军校创办之初，一穷二白，为了筹措办校经费，学生张治中回忆当时廖仲恺经常“跑到他厌恶的军阀家，和在大烟榻上抽大烟的军阀谈笑”，借此来筹款。当时苏联政府援助了8000支枪，大家兴奋地去码头上当小工，把这些枪械搬回学校。苏联的军事理论和技术也在军校创办时起了重要作用。蒋介石为了不负孙中山的托付，也励精图治，他无论大小事均亲自顾问，经常和学生共同进餐，还题了“亲爱精诚”的校训。孙的苦心，苏联的帮助，共产党员的努力，蒋介石的认真工作，使一个完全不同于过去旧军队的新的军事学校生机勃勃地成长起来了。这些军校学员也成为未来许多年内影响中国的巨大力量。
黄埔军校创建时，正逢国共两党第一次合作期间。当时由孙中山任军校总理（一年后孙中山因病逝世）。蒋介石任校长，李济深任副校长，廖仲恺为党代表，奉党内命令从欧洲回国的周恩来担任政治部主任。恽代英、萧楚女、叶剑英、聂荣臻、熊雄等先后任政治教官。
黄埔前四期，堪称国共合作的典范。当时的蒋介石也频频邀请国民党中央委员、各部部长及来穗的各省省党部书记到黄埔参观讲演。因正处于第一次国共合作期间，身为共产党人的毛泽东此时代理国民党中央宣传部部长，也受邀到黄埔军校讲演。除此之外，据史料记载，1924年3月，以个人身份加入国民党的毛泽东来到上海，主持黄埔军校第一期上海考区的招生。当时的“招生总部”就设在今天南昌路的一处新式里弄公寓内。由于当时军阀割据，控制严密，上海考区是考生比较集中的一个秘密考点，负责招收、接送北方和长江流域的各省人。当时湖南也秘密选送了18名考生进沪赶考，毛泽东得知后嘱咐他们“以温习功课为重”。后来，这批湖南考生中有8人通过初试。
黄埔军校自1924年成立后，在广州共办了四期，学生总计近5000人。他们大都成了创建和壮大国民革命军的中坚力量，有的后来成为中国共产党的革命军队的领导人。在1955年被授予军衔的解放军将帅中，有不少出身于黄埔军校，其中元帅2人，大将3人，上将7人，中将9人，他们是：徐向前、林彪、陈赓、徐光达、罗瑞卿、陈明仁、陈奇涵、杨至成等。
黄埔军校从第五期随北伐军迁至武汉。1927年“四·一二”蒋介石发动政变后，黄埔军校开始大肆清党，许多共产党人被驱赶、逮捕、屠杀。国共合作的黄埔军校到此终结。1928年3月黄埔军校迁至南京，改名为“中央陆军军官学校”。
曲折的北上之路
1924年9月，第二次直奉大战开始，正当双方在榆林一带激战时，早就受孙中山“攻心战”影响的直系中冯玉祥部队突然从前线日夜兼程回京。1924年10月22日晚上9点，冯玉祥率领的部队已经从古北口驻地来到了北京城外围，把守了各个城门，占领了车站、电报局等交通电讯机构，更是包围了总统府，把刚刚靠贿选当上总统的曹锟囚禁在了北海的团城。发起政变的几个将领当晚就联名通电全国：主张和平停战，表示同“弄兵好战”者相周旋，24日，曹锟被迫免去吴佩孚的各种职位，改任青海屯垦督办。
10月25日，冯玉祥和发动政变的将领王承斌、胡景翼、孙岳，还有秘密参加政变的北京政府教育总长、老同盟会会员黄郛在北苑商议，决定把部队改编为中华民国国民军。胡、孙二人都是国民党党员，支持冯玉祥任总司令兼第一军军长，而更重要的决定是电请孙中山北上主持政局。
随着冯玉祥领导的政变，直系军阀一蹶不振，曾经喧嚣一时的吴佩孚一直幻想着杀回北京讨伐冯玉祥，但是此时即使是与其关系良好的日本人也放弃了对他的支持。11月3日，奉军又进占天津，吴佩孚不得不率领残部从天津大沽入海南下，加上各路军阀纷纷趁机强占直系的地盘，11月初，事实上孙中山北伐的目标对象——曹锟和吴佩孚都已经不存在了。
接到电报的孙中山当即回电表示即日北上。对冯玉祥，事实上孙中山并不陌生，按照冯玉祥的回忆，他与国民党人早有来往，孙曾经托人将自己写的《建国大纲》赠与冯玉祥。早在政变前孙中山就对冯玉祥做过堪称细致的工作，冯玉祥曾经派人去广东，拜见孙中山，他早就将希望寄托于孙中山“北上主持一切”，他和苏联顾问谈话时也说，他十分景仰孙中山，是