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这一时期的孙中山，对“富者日富、贫者日贫”的根源上，认识更为深刻，并且提出中国革命防止出现欧美社会种种流弊的办法：“即防止少数人之垄断土地、资本二者而已”。民生问题是社会的原动力，是一切历史活动的重心，民生主义能够实行，社会问题才可以解决。建设一个强盛的发达的中国，人人都有生活保障，没有贫富悬殊，人人安居乐业，成为一个大同社会，这是孙中山的主义和理想。
孙中山看来，三民主义“实在是集合古今中外的学说，顺应世界的潮流，在政治上所得的一个结晶品，这个结晶品的意思，和美国大总统林肯所说的：‘of the people； by the people； for the people’的话是相通的。这句话的中文意思，没有适当的译文，兄弟把它译作：民有，民治，民享。……林肯所主张的这民有、民治、民享主义，就是兄弟所主张的民族、民权和民生主义。”
这一时间的孙中山对三民主义的阐释，是对以往三民主义理论的系统总结和进一步的论证说明。它简明扼要，很自然地成为以后撰述和讲演三民主义的母本和大纲，是孙中山三民主义理论发展过程中，承前启后的重要阶段，具有里程碑式的意义。
就任非常大总统
孙中山在1914年组建中华革命党时，并没有宣布如何处理由五党联合组成的国民党。而曾遭袁世凯强行解散的国民党，虽在袁死后又恢复了名誉，但并未恢复组织活动。1916年10月13日，孙中山致函国民党员，表示要恢复国民党。
1919年10月10日，即武昌起义8周年纪念日，正式以中国国民党名义发表《通告》及《中国国民党规约》，宣告中华革命党改建为中国国民党，党名前加“中国”二字，以示别于1912年的国民党，并公布了中国国民党规约。孙中山也自然被推举为总理。国民党国外各支分部的英文名称一直不统一，孙中山后来还亲自规定了统一的英文译名“The Kuo Min Tang（Chinese Nationalist Party）”。
此后不久，国内形势就发生了变化，被岑春煊、陆荣廷等人窃据的广州军政府，发生了桂系和滇系间的矛盾与斗争。1920年2月10日，驻粤桂滇两军发生武装冲突，唐继尧、伍廷芳、林森等宣布脱离军政府，经香港转赴上海。国会中很多议员也因不满桂系而离粤赴沪，一时到达上海的国会议员多达300余人，发表共同宣言，否认广州军政府。
6月3日，孙中山与唐绍仪、伍廷芳、唐继尧以“四总裁”名义，共同发表宣言，指责广州军政府私自与北京议和，牺牲护法主张，并声明将军政府及国会移往云南。不久，孙中山又派徐绍桢为两广讨贼军总司令，命朱执信、廖仲恺、蒋介石去福建漳州，敦促陈炯明誓师回粤，讨伐桂系。但陈炯明以“饷械不足”延缓出兵日期。
这时中国北方的情形是：直系首领冯国璋病死，皖系段祺瑞借机复出，直系头子曹锟又联合吴佩孚发动第一次直皖战争。北方皖系急盼闽粤军尽快回师广东驱逐桂系，于是派人与孙中山密谈，愿以接济50万元军费、600万发子弹为条件，助粤军回师。
1920年8月12日，陈炯明在漳州公园举行誓师大会后，兵分三路向粤东进军。10月29日攻占广州，桂系势力退守粤西一线，广东又重回孙中山领导的革命党人手中。
11月10日，孙中山任命陈炯明为广东省省长兼粤军总司令，不久，他与伍廷芳、唐继尧、宋庆龄等由上海回到广州，恢复了军政府，重开政务会议。流亡到各地的国会议员也纷纷回到广州。
此时，在北方打败了晥系段祺瑞的曹锟与吴佩孚，抬出徐世昌出任大总统，而徐世昌也以正式大总统自居，处理内政处交。孙中山认为，此时非常有必要建立一个强有力的新政府。
1921年4月2日，国会参众两院在广州联席召开非常会议，由居正等人联名提案，将总裁合议制改为总统制，取消军政府，组织正式政府。提案获得通过。依照参、众两院新通过的中华民国政府组织大纲，选举孙中山为新的正式政府的总统。
1921年5月5日，孙中山在广州就职非常大总统，在通电全国的《就任大总统宣言》中，他说：
文既为致力于创造民国之人，国会代表民意，复责文以戡乱图治，大义所在，其何敢辞？……际兹拨乱返治之始，事业万端。所望全国人才，各尽所能，协力合作，共谋国家文化之进步。
当日，20万广州居民举行了空前热烈的庆祝盛会，晚间举行提灯大会，以示祝贺。正式政府的总统府设在观音山（今越秀山）山腰的粤秀楼。孙中山其后又公布了政府人选，但被任命为财政总长的唐绍仪因不同意孙中山主张，并未就职。
建立了正式政府之后，孙中山立即写信劝徐世昌退位，以求全国统一。徐世昌则积极策划对广州革命政府的围剿，他先以重金收买失去广东地盘不久的陆荣廷出兵，向广东进犯。孙中山遂发出“大总统令”，任命陈炯明为援桂军总司令，率军反击。陈炯明的军队与陆荣廷的属下在灵山决战，打了个大胜仗。粤军势如破竹，桂军溃不成军一败涂地，以陆荣廷为首的旧桂系军阀覆灭。
与陈炯明的分歧
平息了桂系军阀后，孙中山开始积极整军北伐。作为孙中山倚重的一股重要军事力量，陈炯明却对“北伐”持强烈的反对意见。
在中国近现代史上，陈炯明算得上是一位叱咤风云的人物，也是一位充满争议的人物。孙中山与陈炯明之间的恩恩怨怨，也是各种正史与野史热衷于讨论的一个话题。在沉淀80多年后，我们再重新审视这段历史，也许得出的结论会更客观些。
陈炯明是前清举人，于清末广东法政学堂第一届毕业后，当选为广东咨议局议员，是维新运动所培养出来实行立宪的人才。他早年参加同盟会，策划了广东独立。辛亥革命后，他主政广东，致力于把广东建设成为全国模范省，禁烟禁赌，改革教育，发展经济，提倡新文化运动，还曾邀请陈独秀担任广东教育委员会秘书长，支持共产党领导的工会组织和报纸，推行地方自治，民选县长、县议员。
二次革命失败后，陈炯明对孙中山改组的中华革命党明确表示不满，赌气带了一批人去南洋开办橡胶公司，从1914年到1917年，他与孙中山断了音信，1916年袁世凯暴亡，陈回国充任国会议员，但是张勋复辟的时候，又悄然消失。后来，他从南洋到上海，专门拜见孙中山并且表示自己的悔过之心，孙中山也就宽容待之。因为陈炯明有军事才能，所以孙中山南下护法的时候，想建立一支由党人领导的军队，他亲自与省长朱庆澜交涉，把20营警卫军交给了陈炯明统率援闽，当时众人对如何打仗一筹莫展，陈炯明表现得非常卖力，他到泉州、漳州集训军队，1920年，他领导的粤军驱逐了盘踞在广东的桂军，而他的力量也逐渐加强，军权逐步集中到自己手中。
陈炯明和一般军阀不同的地方，在于他具有民主思想，反对军治、党制，提倡民治。孙中山的理想是成立一个正式的中央政府，领导全国革命，而陈炯明所倾心的，是联省自治。“五四”运动后，一些文人学者认为，既然南北政府都无力统一全国，与其连年征战，不如各省先行自治，把自己的事情办好了，再实行联省自治。如此便可以不通过武力而最终实现全国统一。因此，联省自治的主张一经提出，不仅风靡南方各省，而且迅速波及北洋政府治下的北方省份。
然而孙中山成立正式政府和选举总统的主意已定。1921年1月12日，非常国会在广州复会。孙中山号召国民党人，像推翻清政府、袁世凯那样，再发动一次全国性的革命，来推翻北洋政府，他宣称：“北京政府实在不是民国政府。我等要造成真正民国。”陈炯明则反对孙中山的意见，在他看来，一旦广东成立正式政府，结局只有一个：南北之间将再次陷入战争之中。在一次谈话中，他说，“因现下时机未熟，如广东选出总统，北方必借口来打，是自树目标，使人攻击”。陈炯明认为广东基础尚未巩固，一有战事，实在危险；届时他期望的“地方自治”还是建设“模范省”，统统都变成镜花水月。
但赞成孙中山意见、主张成立广东政府的还是主流派。1921年4月召开的非常国会上，表决通过了中华民国政府组织大纲，在这个大纲中，只规定了大总统的产生和权限，却没有任期，也没有规定政府的组织架构。一切政务、军务、内阁任免，均由大总统“乾纲独断”。会议采用记名投票，“以示负责”。结果孙中山得218票，陈炯明得3票，废票一张。孙中山当选为中华民国大总统。整个过程仅用了不到两个小时。
以下情势发展也正如陈炯明所料。1921年10月，国会非常会议通过了孙中山提出的北伐议案，在做北伐准备的巡视中孙中山到了南宁，多次召见陈炯明，商谈北伐事宜，反复向其说明北伐的重要意义，希望不要错过时机。但陈炯明仍然主张先定省宪，以确立民治的基础；再议国宪，循序渐进地推进统一。他说自己并不反对北伐，只是现在兵疲将惫，囊空如洗，根本不可能远征北方。
10月12日，孙中山致电陈炯明催付北伐费400万元，陈电复只允付200万元，而且还要等到北伐军出发后再交。孙中山得电后极为愤怒，想罢了陈炯明的职。胡汉民唯恐事情闹大、造成分裂，因此竭力调停。孙中山后来又多次电召陈炯明回广东，但陈一拖再拖，拒不回粤。
10月29日，孙中山在梧州设大本营，一面派汪精卫回广州筹饷；一面躬亲督师，溯江北上，向桂林前进。他愤然表明：“我已立誓不与竞存（陈炯明字）共事。我不杀竞存，竞存必杀我。”看得出，两人关系此时已几近崩溃。
炮轰总统府（1）
1922年2月3日，孙中山以大元帅名义发布动员令，10万余大军分路出师北伐。但由于连年战乱，湖南方面宣布保境息民，公开拒绝北伐假道。入湘计划于是告吹。3月26日，孙中山在桂林召开会议，决定班师回粤，改道江西北伐。
4月9日，孙中山决意变更计划，令在桂各军一律返粤，潜师而行，到了梧州，陈炯明才知道。16日，孙中山在梧州召开军事会议，陈炯明仍避而不见。孙中山再一次愤怒，想将陈炯明的总司令、陆军总长、内务总长、省长等职一概免去，但胡汉民以操之过急恐生变为由，极力劝阻；另一面，胡汉民又劝陈炯明去孙中山面前认错，“照总理素来待人宽大的胸襟，定可以不咎既往的”。但等了三天，陈炯明还是没有出现，孙、陈二人的矛盾再次激化。孙中山随后解除了陈炯明粤军总司令一职，令其所属部队直属于大元帅。
4月23日下午，孙中山在越秀山总统府召开全体幕僚会议。大本营内有两种意见，一是主张暂缓北伐，先清内患，解决“陈家军”；二是立即转道北伐，避免与陈炯明直接冲突，双方仍留转圜余地。
孙中山赞成第二种意见，“竞存叛迹未彰，在桂粤军数年奋斗，犹欲保存”，因此，他决定亲自督师北伐，“两广仍交竞存办理，给以殊恩，当能感奋”。
孙中山急图北伐，与北方形势的发展，不无关系。4月下旬，第一次直奉大战爆发。孙中山与奉、皖军阀一直有秘密接洽，结成三角同盟。孙中山深感这是联合奉、皖军阀，夹击直系的千载良机，必须立即出兵策应，他已无暇顾及解决陈炯明问题了。
但出乎意料的是，直奉开战，仅及一周，奉军便被吴佩孚击败，狼狈退回关外，南北夹击直系的计划，化为泡影。但南方的北伐，却如弦上之箭，不得不发了。
1922年5月4日，孙中山以陆海军大元帅名义下令从韶关北伐，李烈钧为北伐军总司令，许崇智为三路总指挥。北伐军在前进途中秋毫无犯，纪律严明，声势大振，势如破竹。
北洋总统徐世昌在巨大的压力之下，宣布辞职。由于孙中山曾一再发表政治宣言，承诺只要徐世昌下台，他亦将同时下野。因此，舆论普遍认为，徐世昌下台后，停止内战，和平统一，终现一线曙光。6月3日，蔡元培、胡适、高一涵等200多位各界名流，联名致电孙中山和广州非常国会，呼吁孙中山实践与徐世昌同时下野的宣言，可见这个要求在当时是颇得人心的。但徐世昌下台后，皖系又借机抬出黎元洪复任大总统，遭到孙中山的通电反对。
这一边，当陈炯明被孙中山罢黜的消息传出，驻守在广西的粤军，顿时沸反盈天。1922年５月８日�