但精明圆滑的盛宣怀，马上派驻上海公司要员陈萌明于15日赴南京，当面直接探询有关借款及签订合办契约书的情况。但出乎陈萌明意料的是，孙中山答非所问地表示：
民国于盛并无恶感情，若肯筹款，自是有功。外间舆论过激，可代为解释。惟所拟中日合办，恐有流弊。政府接认，亦嫌非妥当办法。不若公司自借巨款，由政府担保，先将各欠款清偿，留一二百万作重新开办费，再多借数百万转借与民国。
盛宣怀原本也不愿中日合办，更不愿由自己签约“同意合办”，这样不仅断送汉冶萍的一半主权，从此沦为日方控制之手，还要承担卖国的骂名。但如果不同意签字，无法解决贷款问题，也无法担当来自于孙中山、黄兴的巨大压力。
1月26日，盛宣怀只能按照南京临时政府的指示，指派助手李维格，与三井方面在神户谈判，重新拟订草约十条，29日送盛宣怀过目。盛宣怀将第十条中的“以上所开新公司华日合办，已由中华民国政府电准……”中的“已”字改为“俟”字。后有学者评价盛宣怀这一字之改极为巧妙：既卸去了大总统孙中山批准“合办”，又不愿公开承担的“责任”，又为自己摆脱了两难的困境；既办完了借款手续，又为挽救汉冶萍免陷日手留下伏笔。签约后，2月10日藤濑即电告正金银行上海分行，立即拨款300万元给盛宣怀代表李维格。12日，李将其中的200万元赴南京交给孙中山。
整个借款过程都在秘密中进行，除孙中山、黄兴等少数人知情外，其余财政部、实业部、参议院一概不知。直至2月初，此事才为同盟会机关报《民立报》探知披露。消息传出，舆论大哗，参议院议员质询政府，张謇也反对此议，并辞去实业总长。孙中山在强大的舆论压力下，虽一再解释，但不得不宣布废约。
除了汉冶萍借款外，孙中山、黄兴还在酝酿新的贷款方案。他们想通过上海都督陈其美，说服轮船招商局，以招商局名义向日本借款1000万两，以该局全部财产作抵押。为此，孙中山、黄兴与日本政界、财界进行了频繁的秘密联系。而日本趁此机会，向孙中山提出东北满蒙问题，要求割让给日本接管，方借款支持中国革命。
1912年2月3日，日本财界、政界代表森恪与宫崎寅藏、山田纯三郎到南京拜访孙中山。森恪见面中单刀直入地提出转让“满洲”问题，森恪表示：日本认为满州最终难由中国独力保全，为抵制白种人先锋俄国之南下，希望先生将满州“完全委托给日本之势力”，以换取日本对革命的援助，并建议孙中山或黄兴秘密赴日与日本政界元老桂太郎商定此事。
当时革命党人普遍存有这样一个想法：满洲不是中国国土，满 人也非中国人。早在1898年，孙中山在日本东京，由宫崎寅藏介绍拜会内田良平时，就曾在谈话中流露类似想法：“原来吾人之目的，在于灭满兴汉，至革命成就之晓，即令满蒙西伯利亚送与日本亦可也。”1907年，当清朝要求日本政府驱逐孙中山，首相伊藤博文与内田良平商议，认为孙中山有利用价值，说：“孙文自前年以来，向我朝野诸人游说，言日本若能援助支那革命，将以满蒙让渡日本。”
而这一次，孙中山的答复比以往谨慎很多。他虽然对此前日本对中国革命的冷淡态度表示了不满，但仍表示希望日本能帮助自己应对财政困难。“万一此数日间无足够资金以救燃眉之急，许多军队要离散，革命政府将遭瓦解的命运”，孙中山对当前局势的分析是：如果在阴历年底得不到1500万元，就只有把政权让给袁世凯。
此后，孙中山连续两天致电森恪催促日本方面答复。但此事很快被英美所知晓，英驻日公使马上拜会日本外相，压迫日本停止借款谈判。而益田孝在回复森恪时，并没有允诺提供1000万元军费，反倒劝孙、黄二人与袁世凯妥协。此时国内舆论对此也强烈反对，借款条约不了了之。
临时政府财政困难到了极点，南京当时有十余万军队，但军费没有来源，黄兴已急得吐血。军队的伙食从干饭改为稀饭，以后连喝稀粥都不能保障。
作为临时大总统的孙中山的心情，在后来答复章太炎关于合办汉冶萍的质询中可窥一斑：
此事弟非不知利权有外溢之处，其不敢爱惜声名，冒不韪而为之者，犹之寒天解衣付质，疗饥为急。先生等盖未知南京军队之现状也。每日到陆军部取饷者数十起。军事用票，非不可行，而现金太少，无以转换，虽强迫市人，亦复无益。……至于急不择荫之实情，无有隐饰，则祈达人之我谅。
孙中山为解决南京临时政府财政困难，可谓耗尽心血，但最终均了无结果，并招致一片反对乃至斥责之声，后来不少历史学者也对孙中山欲出让满洲之举颇多微词。
南北议和
武昌起义后，清廷仍试图作最后的努力，1911年11月1日，清皇族内阁辞职，被罢黜的袁世凯被任命为内阁总理。袁挥兵南下，占领了汉阳。与革命军形成南北割据的局面。
老谋深算的袁世凯一方面对清廷表示要“杀身成仁，以古圣贤之心为心……誓为清廷保全社稷”；另一方面却对其亲信的前方将领指示要“计出万全”，不可轻易督师进攻，要“慢慢走，等等看”。清廷和革命党人都在努力拉拢袁世凯，而袁的如意算盘是利用双方的矛盾和弱点，抬高自己身价，从而达到一箭双雕的目的。
早在10月19日，袁世凯电召自己的幕僚刘承恩从襄阳赶赴河南彰德，希望刘利用与黎元洪的交情来代其游说。刘承恩于是带话给黎，称袁可与革命军合作，不久就可以进行和平谈判。这应该是袁第一次传递出议和的信息。黎元洪在收到刘氏的信函后，“问大众应如何答复，一般同志均主张置之不理”。
当被清廷委以重任的袁世凯督师南下时，他又一次致函黎元洪。这一天，袁的两位代表刘承恩与海军正参领蔡廷干抵达武昌，要求承认君主立宪，与黎元洪代表汤化龙等议和。而黎元洪回复袁的信函，也由刘、蔡二人带回北京。此为南北议和正式开始接触。约11月下旬，袁世凯长子袁克定又派同盟会员朱芾煌为代表赴武汉，试图与黄兴有所接洽。清军第一军总统冯国璋不明真相，将朱抓到，直至袁克定亲自写信才获救。
袁世凯在秘密与南方革命党人单线联系的同时，又通过与其联系密切的英国驻华公使朱尔典出面，提议停战议和。
此时，奄奄一息的清廷对袁世凯也言听计从。袁世凯回到北京后，以内阁总理大臣的名义，借口非常时期、整理军事的需要，取得了京畿周围各路军队的指挥调遣大权，同时改编和掌握京师禁卫军，让自己的亲信冯国璋担任统领，轻而易举地解除了皇族掌管的京师禁卫大权。接着宣布停止各部衙门的“事权”，一切均由内阁办理。摄政王载沣监国，亦以与“君主立宪”、“责任内阁制”不合为由，奏请停止了他的职权，令其归藩邸休息。
至此，袁世凯实际已掌握控制了清廷的全部军政大权。他从多种信息渠道得到反馈，只要他能逼迫清帝退位，南方就可以选他担任临时大总统。
实际上，当时在革命党中也普遍存在着一种认为袁如能反正，借袁之力推翻清廷，以建民国最为有利的心态。这种认识在当时的革命军和临时政府中占有主导地位，所以，和议的呼声很高。1911年12月2日，由代表会议正式讨论决定：“若袁世凯反正，当公举袁为临时政府大总统。”
袁世凯闻知消息，决定正式举行南北议和。革命军推举伍廷芳为和议代表，袁世凯派了唐绍仪上海正式举行议和谈判。议和谈判从12月18日开始至31日，共进行5次会议。但孙中山12月25日自海外归来，后被选为临时大总统，一下子打乱了袁世凯的部署。谙于政道的袁世凯态度忽明忽暗，让革命党人一直被他所牵制、左右。
孙中山等革命党人长期以来以“排满”为第一目标，排满目标一旦实现，他们的主要任务也就完成，对于建立和发展新的共和政权，缺乏应有的思想、理论、组织准备。黄兴本人亦多次表示，和立宪党人旧官僚相比，自己能力与经验皆不足。他在致袁世凯的电文中说：“明公之才能，高出兴等万万……苍生霖雨，群仰明公……”这并非完全是客套的谦逊之辞。
不仅黄兴如此，孙中山经过一个多月临时大总统的折腾，也深感心有余而力不足。他说：“清帝退位，民国统一，继此建议之事，自宜让熟有政治经验之人”去完成。“欲治民国，非具新思想、旧经验、旧手段者不可，而袁总统适足当之”。孙中山、黄兴的思想状态反映了当时大多数人革命党人的心态。
1912年1月14日，唐绍仪奉令致电伍廷芳，说明清廷正在筹商有关退位事宜，再次试探孙中山的态度。孙中山答复：“如清帝实行退位，宣布共和，则临时政府决不食言。文即可正式宣布解职，以功以能，首推袁氏。”
这是孙中山在南京临时政府成立后不到半个月之内，第二次有关“如袁反正当举为总统”的公开表态。袁氏犹不放心，又指派多人到南方进一步摸底，并得到孙、黄的再次保证。加之张謇、汪精卫、杨士琦、唐绍仪等纷纷要求袁痛下决心，立即筹商清帝退位。至此袁世凯也认为时机已成熟，该是行动的时候了。
此时，以英国为代表的国际社会，也公开表态对袁世凯的支持。他们认为，“中国当代……找不出一个比袁更能干的人”，“是能使中国避免出现一个混乱时期的唯一力量”。相反，他们认为孙中山是好说“大话”、“空话”的政治家。此前，南京总统府以外交总长王宠惠的名义，正式照会各国：已建立临时政府、选举临时总统、组织内阁，请求各国承认。但这一要求被列强拒绝。
让位
1912年1月16日，四川革命党人杨禹昌、黄之萌、张元培3人在北京的丁家街向袁世凯投掷炸弹，炸死卫队长及卫士十多人，三位勇士当场被捕，英勇就义。袁世凯利用这次遇刺事件，令人四处散布“革命党人已遍布北京”的谣言，希望给清廷的遗老遗少造成心理恐慌。
唐绍仪让伍廷芳转告南京政府，要求清政府退位后的两天内，解散南京政府。孙中山命令伍廷芳给袁世凯去电，明确四条：一、清廷退位，放弃一切主权；二、清廷不得干预临时政府组织之事；三、临时政府地点须在南京；四、孙总统须俟列国承认临时政府，国内改革成就，和平确立，方行解职；袁世凯在孙总统解职以前，不得干预临时政府一切之事。但由于受到党内和谈主张的困扰，孙中山不得已又作了修正，其中有袁世凯必须宣布绝对赞成共和，然后由参议院推为总统。
孙中山将秘密和议的内容公诸于世，袁世凯立即遭到皇亲贵族中的极右势力、为维持君主立宪而成立的宗社党的激烈反对，威胁要和袁世凯同归于尽。袁世凯无力逼迫清帝退位，就假称生病，不再入朝。他的另一个意图是让革命党和良弼的宗社党决战，自己可伺机从中渔利。并借此称病不入朝、不理事。
1月19日，袁世凯会见朱尔典，设计由清廷授权他组织临时政府的方案，让朱尔典出面斡旋；另一方面，袁世凯收买隆裕太后身边的亲信不断散播“倘能退位，则有优待”，“否则性命难保”的信息。但由于皇亲贵族的反对，隆裕太后一时难以下定退位的决心。
1月22日，袁世凯又接到孙中山最后提出议和办法五条，其中第三条提到，“（孙）文接到外交团或领事团通知清帝退位布告后，即行辞职”，并郑重申明“此为最后解决办法”，如果袁不能实行，则无议和可言。
袁世凯于是运用他的力量开始要挟清帝退位。1月26日，革命志士彭家珍在良弼的住宅炸死了良弼，宗社党人吓得四处逃亡，于是袁世凯又指使以段祺瑞为首的北洋军前线将领，以联名通电的形式，向清廷提出语带威胁的警告，充满杀气。
这时的清政府气数已尽——再召集会议时，也无人上朝。2月12日，隆裕太后终于不得不以宣统皇帝的名义下诏退位，公布天下。据称，当天晚上，袁世凯在外交部大楼里把拖在脑后的辫子剪掉，一边剪，一边不断哈哈大笑，“这种开心的狂欢在其一生中极其罕见”。
2月13日，袁世凯拍电报向南京临时政府表示：“共和为最良政体，清帝既明昭辞位，永不使君主政体再行于中国。”孙中山接到电报后即履行诺言，向参议院送交了辞去临时大总统职务的咨文，并向参议院推�