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在当时的革命党人当中，很多人都对袁世凯寄予期望。11月18日，在上海的各省代表与宋教仁等，都倾向于“以大总统饵袁世凯而推翻清室”。整个上海包括革命党人都笼罩在妥协、拥袁的气氛中，当时已经形成这样一种心理：只要袁赞成共和，迫使清帝退位，就选他为大总统。
革命党人方面，由于原来同盟会内部的分歧和分裂，始终未能得到整合的机会，加之组织纪律松弛、涣散，亦很难有主导局面的统一意见。当武装推翻清政府的短期目标实现后，内部的分裂与不和再一次爆发出来。
而孙中山就在这个时刻回来了，等待他的，将会是一种什么样的局面？
就任临时大总统
1911年12月21日，孙中山抵达香港，胡汉民、廖仲恺乘兵舰到香港迎接；4天后，在胡汉民、宫崎寅藏、池亨吉、荷马里等人的陪同下，孙中山到达上海。
这天清晨，虽然下着蒙蒙细雨，但上海十六铺金利源码头上，布满了沪军都督府的卫队和军警，挤满了各国领事，中外记者和各机关团体的代表。马路边，码头上到处飘扬着各式各样的旗帜。黄兴、宋教仁和沪军都督陈其美走上船。他们背后，站立着成千上万的欢迎人群。
上午9点3刻，当穿着一套黑色西服的孙中山出现在海轮船舷旁时，欢迎的人群又一次轰动了。孙中山也高举着帽子，向久违的祖国人民致意。上海同盟会的同志们还为孙中山鸣放礼炮21响，以表示对他的敬意。这也是孙中山经过15年的国外流亡生活之后，第一次公开回到故土。黄兴、陈其美簇拥着孙中山，在欢呼声中登上码头。
12月26日，黄兴、陈其美等出面，邀请在上海的同盟会员在爱丽园宴请孙中山；当晚，孙中山不顾旅途劳累，立即召开同盟会最高干部会议，讨论组织临时政府问题。
讨论时，宋教仁主张采取内阁制，陈述总统制的多种弊端；而孙中山则主张采取总统制，不设总理。会议争论很长时间也没有定论。最后张静江表态说：“好！除了孙先生，没有第二人能说这样的话的了。我们惟有遵照孙先生的意见行事。”黄兴也说：“我赞成孙先生的意见。”
12月29日上午，南京17省代表会议正式选举中华民国临时大总统。选举前，浙江代表、大会主席汤尔和致词，他说这次选举是“中国4000年来历史别开生面”，代表们对此都报以热烈掌声。
投票结果，孙中山得16票，黄兴得1票。孙中山以超过投票总数2/3的票数，众望所归，当选为中华民国第一任临时大总统。当选举结果公布时，“众呼中华共和万岁3声，是时音乐大作，在场军学各界互相祝贺，喜悦之情，达于极点”。
对很多代表来说，直到选举前两天才是他们第一次见到传闻已久的孙中山本人。12月27日，孙中山接见各省代表，一位代表事后回忆说：当时感到惊异的是先生的语气真挚亢爽，直截了当，有当仁不让、舍我其谁之慨，一洗中国缙绅虚伪谦逊、矫揉造作之态，虽细微处，亦见伟大。可见，孙中山的个人魅力一举征服了那些革命者。
伟大的革命斗争造就了孙中山。这位中国近代史上最有威望、最有影响、最有经验的人物当选为中国第一任临时大总统，完全符合中国人民的意愿。代表会议立即做出决议：各省代表具签名书，交正、副议长到沪欢迎临时大总统来宁。
孙中山当选临时大总统的消息一经传出，全国人民和海外侨胞兴高采烈，一片欢腾。“自总统选举以来，南洋、澳、欧美各地贺电为日盈尺”。
12月31日，参议院决议1912年1月1日为中华民国元年正月一日，临时大总统孙中山来南京就职。孙中山赴南京就职前，唯恐铺张浪费，特别嘱咐沪军都督陈其美：“我们革命党，全不采仪式，只一车足矣。”
1912年1月1日上午11时，孙中山乘沪宁铁路专用花车起行。到站欢送者有各团体代表及军队等数千人，专军在礼炮声响后徐徐启动。途经苏州、无锡、常州、镇江等站时，均有数千至上万群众列队致敬，鼓乐齐鸣，欢声雷动，“共和万岁”、“总统万岁”的呼声响彻云宵。
下午5时，车抵南京下关，接着，换乘专车入城。南京城内，到处张灯结彩，百姓填街塞巷，欢声雷动，热烈欢迎孙中山的莅临。临时大总统府设在南京城内旧两江总督衙门，即太平天国的天王府旧址。当晚10时，举行临时大总统受任典礼。孙中山宣读誓词如下：
倾覆满洲专制政府，巩固中华民国，图谋民生幸福，此国民之公意，文实遵之，以忠于国，为众服务。至专制政府既倒，国内无变乱，民国卓立于世界，为列邦公认，斯时文当解临时大总统之职。谨以此誓于国民。
宣誓之后，代表会将大总统印授给了孙中山。
这一年，孙中山不满46岁。
新政府的财政危机（1）
所谓“百废待兴”，正是形容南京政府成立之初时最准确的一个词。对孙中山来说，这是他“革命”之后必须要面对的“建设”问题。
就在孙中山赴南京的前夕，据宫崎寅藏回忆，还有这么一件值得品味的事：黄昏，宫崎寅藏走进孙中山的寓所。孙中山部下的人，大都到了南京筹备成立临时政府的事。夕阳西下，平时闹闹嚷嚷的大院显得冷冷清清，人去楼空。
“你能给我借上500万元吗？我明天要到南京就任大总统了但却身无分文。”
“我又不是魔术师，一个晚上去哪里弄这么多钱。”
“明天没有钱也关系不大。但你如果不保证在一周之内给我借到500万元，我当了总统也只好逃走。”
话刚说完，孙中山脸上不由露出苦涩的笑容。
到达南京第二天，孙中山以临时总统身份召开各省代表会，通过了《临时政府组织大纲修正案》。民国政府设置陆军、海军、外交、司法、财政、内务、教育、实业、交通共9个部，并将“部长”改称“总长”。
根据组织大纲，各部总长由总统提名，但必须要经过各省代表大会同意。因此，各部总长人选的安排，实际上是一次权力再分配。省与省之间、代表与代表之间，旧官僚、政客、社会闻人都暗中较足了劲，一争高低。黄兴与孙中山商量，在人员安排上，采取“部长取其名，次长取其实”的原则。
1912年1月3日，代表大会正式表决、通过了新政府。名单如下：
临时大总统：孙中山
临时副总统：黎元洪
总统府秘书长：胡汉民
陆军总长：黄 兴 次长：蒋作宾
海军总长：黄钟瑛 次长：汤芗铭
外交总长：王宠惠 次长：魏宸组
司法总长：伍廷芳 次长：吕志伊
财政总长：陈锦涛 次长：王鸿猷
内务总长：程德全 次长：居 正
教育总长：蔡元培 次长：景耀月
实业总长：张 謇 次长：马君武
交通总长：汤寿潜 次长：于右任
至此，以孙中山为首的中国第一个以选举产生的民主共和国政府宣告组成。9位总长中，只有黄兴、王宠惠和蔡元培是同盟会成员，其余皆为清末官僚。这个成分复杂的政府组成名单，也为日后埋下了诸多动荡不安的种子。
为了保障刚刚诞生的民主体制能够健康运作，孙中山建议成立临时参议院，参议院组成人员也由各省选派。虽然同盟会成员占了参议员代表的多数，但意见分歧严重。在兴中会和同盟会时代就确认、用陆皓东设计的青天白日旗作革命军旗和国旗，但参议院在讨论后决定：以南京光复时用的五色旗作国旗，五色代表汉、满、蒙、回、藏五族共和之意，以武昌起义用的铁血十八星旗为陆军旗；以青天白日满地红旗为海军旗，这实际上是一个迁就各方的主张。
南京临时政府建立后，碰到的最迫切、最严重，也是最棘手的问题，就是财政问题，当时，国内有可能筹得现款的渠道如关税、盐税、厘金、田赋等，有的已被帝国主义控制，有的则一时无法征缴。而各地战事不断，军费耗用惊人。内无存储，外无支援，又无法贷款。这也是孙中山与革命党人放弃临时政府关键的财政、实业、内务、交通等诸总长位置的原因，他们正是期望借助于立宪派的声望、实力和经验来为新政府缓解财政困难，但立宪党人对此并不积极。
政府的运转要靠资金维持。孙中山不得不考虑采取一切可能的非常措施，以缓解财政紧急状态。
1月8日，孙中山批准发行中华民国军需公债，发行定额为1亿元。但临时政府根基未固，很难获取民间信任，民间应募者寥寥无几，向海外华侨所发售的公债应购者亦不踊跃，柏文蔚所领的公债券，派人到南洋劝募，最终竟如数带回，这笔公债只售出700多万。
当时在南京留守管辖之下的军人总共有30万人之众。一旦无饷可发的话，士兵随时有扰民之事发生。为了解救燃眉之急，1月31日，孙中山下令财政部发行总额100万元的南京军用钞票，“以维持市面”，规定3个月后，准持票到中国银行兑换银元。士兵领到军用票后，纷纷向各商店挤兑银元，或购买实物。商民甚为恐慌，发行数日后，即出现钱业、米业停市，市民以此来抵制军用钞票，这一政策同样宣告失败。
南京临时政府成立后，孙中山曾通过黄兴委托何天炯，请日本财政专家帮助设计筹组中央银行事宜，未获具体成果。2月5日，孙中山又批准原清廷在上海的大清银行改组为中国银行，但也无助于解决南京政府的财政困难。
按照张謇的预算，临时政府一年的军费需要5000万两、中央行政及外交经费至少需要3000万两，加上其他支出，一年的财政支出需要2亿两；但眼下海关税3000万两，两淮盐税仅1000万两，除此无其他进项，外省除江苏、浙江、广东稍有盈余补贴中央财政外，其他各省尚且不能自足，中央财政每年最少赤字8000万两。
新政府的财政危机（2）
府库空虚，庞大的军费开支无着落，连政府公务员的薪水都发不出。孙中山多次向英美银行协商借款，外国银行不愿借钱给临时政府，孙中山只好将目光再一次投向曾帮助过他革命的日本。
回到上海后，孙中山由宫崎寅藏陪同，与日本最大的企业三井物产会社上海分社支店长藤濑政次郎相见，商谈借款事宜。
藤濑立即与森恪商议，森恪是日本大阪人，早年在上海、长沙等地工作，与陈其美、张静江等人多有来往。武昌起义时，森恪原本正在三井物产会社纽约支店工作，三井财阀立即将他调回东京本店，充当与中国革命党人之间的联系人。
日本长期对中国的汉冶萍公司有所欲求。汉治萍公司为1898年盛宣怀所创办，但一直为资金不足所困扰。日本属于贫铁国，为发展重工业必须发展钢铁企业。由此日本便看上了汉冶萍公司，曾先后13次向汉冶萍贷款。
武昌起义爆发后，日本为巩固在汉冶萍利益，迅速派遣军舰前往武汉。当时日本海军大臣曾训令驻汉口第三舰队司令官：“关于大冶（铁矿山所在），如暴动波及该地，有理由以国家自卫权之名义进行防护。”其重视程度，可见一斑。
所以，当日本东京三井物产会社常务董事山本条太郎接到上海藤濑的报告后，立即征求日本外相及首相的意见，决定以中日合办汉冶萍公司为条件，贷款500万元给南京临时政府。
1912年元旦过后一周，三井物产会社将草拟的《中日合办汉冶萍公司契约书》送南京，交孙中山和黄兴签字。主要内容有：（1）公司资本定为日币3000万日元，由中日合办；（2）中日股金各半，股权相同；（3）公司已借日债1000万日元，此外再借500万日元共1500万日元，作为日方股金；（4）前项500万元由公司贷与南京临时政府，部分款项以现金交付余额作为向三井购买军火的费用。
但是根据国际法，这个契约书还须向汉冶萍公司总经理盛宣怀直接与三井签约，并由该公司股东半数以上同意才行。南京临时政府又与日本共同向盛宣怀施加压力。1月13日，南京临时政府驻日代表黄兴特命“赴东借募巨款”的全权代表何天炯，通知盛宣怀及正金银行神户分行，告知中日合办汉冶萍公司及500万日元借款契约已经签订。
但精明圆滑的盛宣怀，马上派驻上海公司要员陈萌明于15日赴南京，当面直接探询有关借款及签订合办契约书的情况。但