1910年2月，章太炎、陶成章便从同盟会分裂出来，公然在东京成立光复会总部，章太炎为会长，陶成章为副会长，李文和为南部执行员。一时间，光复会势力在南洋迅速蔓延，大有取代同盟会之势。正在法国的张继，也吵吵嚷嚷地要求孙中山“退隐深山”，或“布告天下，辞退同盟会总理”。
对孙中山来说，来自于同一阵垒的人的攻击和倒戈，比敌人的炮火镇压更可怕。长期以来，孙中山把实际领导起义的工作交给黄兴等人，自己的工作重心则是在华侨中募集起义经费。陶、章所散布的舆论，对他工作造成的危害可想而知。
但作为一个伟大的革命者，孙中山有着经历种种挫折而不气馁的高贵品质。孙中山一边致函吴稚晖，要求他在巴黎《新世纪》上撰文“加以公道之评判”；一边写信给张继，拒绝他的无理要求。
在此关头，黄兴再一次表达了对孙中山坚定的支持。在东京，他致书孙中山，表示“陶等虽悍，弟当以身力拒之”，要求美洲同志，趁孙中山来美之机，“相与同心协力，以谋团体之进步，致大业于成功”。
为了消除误会和影响，南洋同盟会派人去九龙调查了孙中山的经济情况，发现“先生九龙的家里，只有母亲，自己的夫人和女儿，几间旧房子，此外别无所有。还有先生的哥哥，是自己修了草房子，在那里耕种。假使先生为革命发了财，把钱寄到家里去，为什么家里的房子，家里的人，还是这样蹩脚呢？”南洋同志切实调查以后，就把实情宣布，这是一个很有力的反证。“南洋华侨对于先生的信仰，更为坚确，毫无动摇之余地”。
对孙中山来说，未知的革命之旅充满了各种艰难险阻，令人欣慰的是，孙中山并没有被骂倒，被吓怕，反而相当大度地表示，党有内讧时，既是“艰危困苦之时代”，也是“吾人当努力进取之时代”。的确，孙中山正是在经历了一次又一次的考验之后，才赢来了共和来临的“佳境”。
“倒孙风潮”终告平息，同盟会的内讧却造成了无法弥合的裂痕，两位革命党的泰山北斗孙中山与章太炎由同仇敌忾的战友一变而为不共戴天的冤家对头。尔后两三年间，章太炎纠缠不休，撰文多番攻击孙中山，诋毁孙中山是“背本忘初”的“小人”；孙中山素具雅量，也受不住他这般不依不饶的缠斗，终于大动肝火，痛詈章太炎是“丧心病狂”的“陋儒”。双方谩骂之际，已失去必要的理智。而刘师培对孙中山的反感更激化为鄙夷和仇恨。他本人也将自己脱离革命阵营的缘由归结为“失望”二字。他说：“东渡以后，察其隐情，遂大悟往日革命之非。”所谓“隐情”即指革命党人在公生活与私生活两方面的缺失。1908年冬，回到上海的刘师培出卖了同盟会会员，又投入端方幕中，最终完全投向清廷。
自古忠孝不能两全
1908年11月14日，光绪皇帝突然死亡。次日，慈禧太后也一命呜呼。光绪皇帝无子，由他的侄儿溥仪继承帝位，年号宣统。溥仪年仅3岁，他的父亲肃亲王载沣以摄政王的身份执掌朝政。清朝已进入它最后的挣扎。
孙中山估计到“虏家子母相继死亡，人心必大动，时局可为”，1909年5月，孙中山由新加坡启程赴欧洲，他希望“运动于欧美大资本家”，可是，这趟欧洲之行并不顺利。10月底，孙中山离开伦敦赴美国，在那里成立了同盟会纽约分会。期间，又为黄兴与胡汉民的军事起义募得8000元捐款。
1910年5月，孙中山决定秘密回日本，与黄兴等人会晤，研究起义之事。日本方面为此专门召开内阁会议，商讨对策，最终决定表面上由横滨警长劝令孙中山出境，但暗地里让孙中山改名在日本作短暂停留。6月11日，化名为Dokas、Dr。 Alaha的孙中山秘密到达东京，住在宫崎寅藏家一直到6月24日。宫崎寅藏夫人回忆：
此时孙先生的令兄也因在夏威夷的事业衰落而来到日本，和孙先生同住在我们家里。孙先生说带来点礼物，拿出占领广州时所发行的两枚银币和一些军票送给我。随后，他脱下汗渍斑斑的制服，里面穿的竟是我五六年前在穷困中缝做与洗烫的单衫。
一生摆脱不开穷神的纠缠，是中国革命家的常事。孙先生穷，我们也穷。为了迎接远来的贵客，虽然想烧一澡堂的水为他洗尘，却又无煤无柴。只好打发孩子们到隔壁的空房子捡拾一些木片回来，才把澡堂的水烧好，让两位孙先生洗了一个澡。
正在筹备再发动一次大起义的孙中山又马不停蹄地离开日本，先抵达新加坡，再奔赴槟榔屿，准备改善那里工作进展迟缓的状况，振奋大家精神。
1910年7月19日（阴历六月十三），正在由新加坡到槟榔屿路上的孙中山，接到母亲杨太夫人在香港九龙去世的噩耗。巧合的是，去世之日也正好是杨太夫人83岁寿辰，生辰卒日为同月同日，这极少遇到。
1895年，孙中山领导的第一次广州起义失败，陆皓东等人英勇就义。孙家家中田产房屋被清政府封没。孙中山在香港委托陆皓东的侄子陆灿将母亲杨太夫人、妻子卢慕贞和孩子带到夏威夷，交给哥哥孙眉照管。杨太夫人因为自己最喜欢的小儿子的革命生涯而不得不饱受艰难。1907年，孙眉带领全家迁居香港。
1903年，孙中山因为同保皇党人进行论战而赴檀香山，忙于公务的他只能抽空去茂宜岛看望自己的母亲杨太夫人、哥哥孙眉、妻子卢慕贞和儿女，此时杨太夫人年事已高。这么多年，孙中山一直在为革命奔走，不能在家赡养尽孝。而且，由于他革命的原因，母亲在年迈之时无法遵循中国人传统，叶落归根，而一直背井离乡。但因为孙中山仍然是清政府通缉的要犯，香港也禁止孙中山入境。母亲去世后，孙中山只好委托在香港的同志罗延年帮助料理丧事。杨太夫人被安葬在新界西贡濠涌白花林，墓碑题“香邑孙门杨氏太君墓”。无法为母亲奔丧，尽最后的孝道，是孙中山终生之遗憾。
实际上，孙家一家人都为孙中山的革命事业付出了巨大的牺牲。
孙眉也因为他的革命倾其所有资产直至破产。1906年冬，在回击章太炎和陶成章的攻击时，孙中山在吴稚晖所办的《新世纪报》发表声明，在为自己辩护的同时，对于胞兄孙眉多年来对自己革命的支持，也多有描述：
当日图广州之革命，以资助者，因无几人也，所得助者，香港一二人出资数千，檀香山人亦出资数千，合计不过万余耳。而数年之经营，数省之联络，及于羊城失事时所发现之实迹，已非万余金所能者也，则人皆知之。其余之财，来自何乎？皆我兄及我所出也……自此，我一人之财力已尽，而缓急皆赖家兄之接济，而妻子俯畜，亦家兄任之。是从事革命十余年来，所费资财，多我兄弟二人行之。所得自国人及日本人之资助者，前后共不过四五万元耳。……若为图利计，我亦何乐于革命，而致失我固有之地位，失我固有之资财，折我兄之恒产耶？（两年前家兄在檀已艰穷破产。其原因皆以资助革命运动之用，浮财已尽，则以恒产抵借贷，到期无偿，为债主拍卖其产业，今迁居香港，寄人篱下，以耕种为活，而近因租价未定，又将为地主所逐……）此庚子以前，我从事革命事业，关于一人得失之结果也。
这个声明生动地说明了孙眉为支持革命而倾尽家财的经过与事实，也令外界对多年默默无闻的幕后英雄孙眉充满了敬意。
1909年，已贫困破产的孙眉也加入到革命队伍中，成为同盟会南方支部的副支部长。中华民国成立后，广东都督陈炯明多次声言辞去都督一职，广东党政军各社团纷纷各自选举都督，其中以推举孙眉为多，教育总长蔡元培更是热心支持此议。但孙中山亲自致电大哥孙眉加以劝阻。据说孙眉起初还颇为不满，但后来深知局势之复杂，表示与孙中山立场一致，支持胞弟的工作。
1913年，二次革命失败，孙中山流亡日本，孙眉自故乡移居澳门。1915年2月11日，孙眉病逝于澳门，享年62岁。孙中山闻耗极为悲痛，但鉴于实际，仍然无法亲自主持其兄丧事。这位识文不多，但一生赤诚为国为革命立下汗马之功的功臣，眼见革命成果被袁世凯窃取，忧愤成疾，抑郁而逝，实可惋惜。1935年4月，中国国民党中央执行委员会决议以国币一万元将孙眉遗骸迁葬于翠亨村迳仔朗山，并立碑刻辞以表彰他为民国所作的贡献，汪精卫撰写碑文。
广州起义，革命的前奏
从1907年5月的潮州黄冈起义开始，到1908年5月云南河口起义的失败，孙中山在粤、桂、滇边境连续发动了6次武装起义，在这些起义中，孙中山把会党作为起义主力的思想非常明显。
金冲及、胡绳武在《辛亥革命史稿》中对孙中山依靠会党发动武装起义一事，作了深刻分析。两位学者认为，中国近代的会党，主要是以游民、流氓无产者为主体的，优点在于这些人都处于社会底层，对社会现实有着强烈不满，富有反抗性，容易一呼百应，也倾向于接受革命党人反满宣传的影响。但缺点也很明显：他们缺乏真正的革命觉悟，难以从事持久的斗争，一受挫折，更容易一哄而散；缺乏严格的纪律，战场上不服统一指挥，各自行事；成分复杂，有些人甚至打家劫舍，杀人越货。
以河口起义的失败为契机，革命派策划武装起义的活动重点，开始转向正式军队，特别是新军。确立这一方针后，革命领导人把视线转向驻扎在广州的新军，集中力量在此策划起义，原计划起义时间在1910年正月元宵节前后。
1910年2月9日，广州新军因为一个偶然事件，与当地警察对峙起来；第二天，新军士兵结队持枪冲击警察局，发生枪战，两广总督袁树勋将闹事士兵集中，并收缴机枪、弹药。闻知消息的新军纷纷携枪离营，群情激愤。
事态发展完全处于自发状态，没有人主持大局。黄兴、胡汉民、赵声等紧急商议后，决定将起义日期提前。倪映典于2月11日夜赶回广州燕塘时，发现士兵情绪高涨、局势难以控制，但队伍内部涣散，缺乏明确的计划和组织，弹药也不足，而清兵已调集一些兵力严加防范。倪映典深知起义不能再拖，当机立断马上发动起义，义军3000人公推倪映典为总司令，分3路向广州城推进。
在推进到牛王庙时，义军主力遭到巡防营统领吴宗禹率领的兵力阻击。清军以商谈为名，将倪映典诱骗入兵营中杀害。义军一下子失去了指挥，陷入混乱，起义随之失败。
新军起义的当天，一个年轻人给孙中山和同志们留下一封告别信，慨然北上。起义一再失败的消息，让这位心中充斥着满腔热血的年轻人决意采取另一种革命方式，他便是27岁的汪兆铭——我们所熟悉的汪精卫。
见革命一再受挫，汪精卫认为只有暗杀清廷重臣才是革命成功之路，他的想法被孙中山、黄兴劝阻，但汪精卫与黄复生、喻培伦等7人组织了暗杀团。黄复生、喻培伦先期到了北京，在琉璃厂火神庙西夹道开了一家照相馆，作为活动据点。汪精卫与两位会合后，在摄政王载沣上下朝必经的什刹海旁之甘水桥下埋设地雷。不料，他们的行动被警察发现，4月16日汪精卫与黄复生被捕。审讯中，汪、黄争当“主谋”，连肃亲王也被感动，将极刑改为终身监禁。
自1895年孙中山发动第一次反清武装起义以来，革命党人已经发动过十几次起义了，这些起义都遭到了惨痛的失败，不少同盟会的干部及会员产生了严重的悲观失望情绪，在此关键时刻，孙中山再一次表现了一个革命家坚忍不拔的革命意志。
1910年年初，广州新军起义失败后，孙中山由美洲经檀香山、日本，于同年秋来到马来亚槟榔屿（又称庇能），打算再举起义。他约胡汉民、黄兴、赵声商议，其兄孙眉，华侨同盟会会员邓宏顺及雷铁毅、杨锡初等人也参加了会商。当讨论到革命前途和下一步革命计划时，几个人默默不语，精神不振，相顾无策。孙中山见状说：“一败何足馁，吾之失败，几为举世所弃，比之今日，其困难实百倍。今日吾辈虽穷，而革命之风潮已盛，华侨之思想已开，从今而后，只虑吾人之无计划无勇气耳！如果众志不衰，则财用一层，予当力任设法。”
孙中山的一番话，打破了会议的沉闷气氛，黄兴也表示同意孙中山再举起义的倡议，并陈述了选择广州作为发难地点的意见。孙眉更是催促孙中山召集南洋同志，开会商议并举行筹款。
在一次秘密的筹款会上