终王和顺带着20多人进入越南，其他人都解散了。历时半月的防城起义失败。
镇南关起义是孙中山亲临战场、向清军开炮的一次重要起义，也是孙中山被迫离开祖国12年后，第一次踏上自己的国土。
12月1日，在广西多年的黄明堂、关仁甫率乡勇和潘佩珠领导的越南光复会、菲律宾独立党等上百人，从镇南关背后小路向炮台迂回偷袭，内应守军配合，清军猝不及防，纷纷投降。义军乘胜占领镇南、镇中、镇北三座炮台。
此时，在河内坐镇指挥的孙中山，正在焦急地等待前方的信息。突见捷报传来，其喜悦心情难以言表。他立即与胡汉民、黄兴等乘越西线火车到同登。在车厢里，孙中山无限感慨地说：
祖国已有我立锥之地矣！我只有一个宿望，就是入中国帝国的镇南关，悬军万里，族旗堂堂，贯通中国帝国的中腹，而出中国帝国最北端的山海关。一出山海关，则即可送却爱新觉罗帝的末路了。盖战破满洲或彼遁窜，非脱出此重关门不可。今此宿望的前半，行将告成，其后半的成就，尚不知在于何日。
3日，当孙中山出现在战场并发表了一番即席讲话时，给义军以极大的鼓舞。起义军占领了右辅山炮台，与清军对抗，清军死伤60多人。但孙中山到镇中、镇南两炮台视察，发现情况并不乐观，每炮台有炮11门，但配件多不完备，也无标尺，还不如镇北炮台火力完备。
12月4日清晨，陆荣廷派军进攻义军。作战中，孙中山亲自发炮，还兴奋地说：“反对清政府20余年，此日始得亲自发炮击中清军耳！”黄兴后来回忆说：
孙先生和我们一道持枪作战。因为他是医生，当出现了伤员，就在附近进行抢救，他两者兼顾，忙得不可开交。加之这个炮台缺水，伤员要用的水，也由孙先生到隔几百公尺的溪谷里去取。所以，他是最忙的一个人。
战斗持续到10时左右，孙中山召集人员开会研究下一步部署。大家一致认为，革命军的形势不容乐观，力劝孙中山下山。孙中山激动地说：“我不愿意下去！我10多年没有踏过中国的土地，现在踏在这座山上，觉得很高兴，简直舍不得下去。我认为我们在这里总是有办法的。”
在黄兴和胡汉民的极力相劝下，孙中山当天夜里10点下了山回河内筹集武器。清军调动了4000人围攻镇南关革命军，黄明堂最终从毁炮台缺口退入越南。
镇南关起义后，孙中山在河内的行踪被清廷探知，他们要求法国当局将孙中山驱逐出越。1908年3月，孙中山离开河内，经西贡赴新加坡。又过起了“处处无家处处家”的海上漂流生活。
此后还有1908年3月的广东钦州、廉州和广西上思起义；4—6月的云南河口起义，加上前面的六次，粤、桂、滇八次起义都告失败。但孙中山从不为一时的失败而动摇自己的信念。他坚信：“吾党经一次失败即多一次进步。”而此时的清王朝已处于风雨飘摇之中，边疆和内陆的义举接二连三，遥相呼应；光绪皇帝在涵元殿卧床不起，病入膏肓；74岁的慈禧太后在革命炮火中，也感到自己的末日来临。8月，迫于形势，清政府公布了宪法大纲、议院选举法要领等，定预备立宪期为9年，但这已经无法挽回清廷日益临近的死亡。
继续论战保皇派
在孙中山为革命奔走的同时，康梁的保皇党也没有停止他们的活动。
1906年夏天，“保皇党”筹备改组政党，将组织定名为“帝国宪政会”，得到满清权贵的支助，后来闹了分裂。自同盟会成立以来，革命形势发展迅速，梁启超则意图筹组新党，与海外保皇会另成系统，杨度、张謇、郑孝胥、熊希龄等都是梁启超所物色的人选；袁世凯、端方、赵尔巽等满清权贵为其暗中赞助人，意欲拥戴载沣、载泽为正副总裁。梁启超认为，在革命党人已蔓延全国的情况下，他必须尽全力一争，甚至认为“今者我党与政府死战，犹是第二义，与革党死战，乃是第一义，有彼则无我，有我则无彼”。
梁启超在“保皇党”机关报《新民丛报》对孙中山提出的“民生主义”大事抨击。《民报》也立即与他展开论战，当时民报已出刊十号，梁启超痛感穷于应付，受梁之托的徐应奎于是前往游说《民报》主编章太炎，又拜访宋教仁，说梁“已改变方针，其保皇会已改为国民立宪会矣，君可与《民报》社相商，以后和平发言，不互相攻击。
宋教仁将此番话告知孙中山与胡汉民，但两人皆不以为然。因政见迥异，两派论战依旧如火如荼进行。
1907年10月17日梁启超等在东京成立“政闻社”，以配合清政府的“预备立宪”。举行成立仪式时，张继率领革命党员出席。当梁启超致词时提到朝廷下诏，实行君主立宪时，张继等人上前，将会议捣散。保皇派与革命派之间，已由文攻转为武斗了。
1908年9月11日，“保皇党”机关报《南洋总汇报》记者以“平实”的笔名，发表《论革命不可强为主张》的文章，提出革命不能行于今日，以及革命足以瓜分中国的看法。孙中山也以“南洋小学生”的笔名，在新加坡《中兴日报》上发表《平实开口便错》一文，指出：“时势者，纯乎人事之变迁也；革命者，大圣人大英雄能为，常人亦能为”。9月12日，孙中山再发表《论惧革命召瓜分者乃不识时务者也》一文，引土耳其、摩洛哥为证，指出革命决不招致瓜分。论战辨明了真理，最终就连新加坡保皇分会会长、侨商中向保皇党捐钱最多的邱菽园也与保皇党脱离了关系，并在报上批评康有为。
算起来，这已是革命党人与保皇党人的第3次论战，这次论战在海外引起很大反响，当时南洋、香港甚至日本的报纸，几乎天天都有关于中国前途大论战的文章，从某种角度可以说，这次论战决定了中国的政治前途和命运。
第一次倒孙风潮
同盟会成立后，革命内部出现了分裂，章太炎、陶成章、张继、刘师培等掀起倒孙风潮，无疑使艰难的革命雪上加霜，孙中山又面临一场新的考验……
促使同盟会分裂的导火线，是孙中山离日时所接受的捐款。据日本方面记载：经与外务省政务局长山座圆次郎会商结果，以孙中山3年以后可以重返日本为条件，由山座给一笔7000元的离开费用。就在孙中山离开日本的当天，革命派内部传出“孙文被日本人收买”的责难声。
第一次倒孙风潮的主角是同为革命党人的《民报》主编章太炎。
当日本政府被迫下令驱逐孙中山时，同情革命的日本股票商人铃木久五郎也赠送了一万元，孙中山拨了2000元交给章太炎作为《民报》经费，但章太炎嫌太少。这时，章太炎等人又听说了日本政府赠款以“换取”孙中山永远离境的传闻，张继、刘师培也加入到责难孙中山的队伍中，声讨孙中山“受贿”、“被收买”。
章太炎不喜欢孙中山，这是公开的秘密，对孙中山的领导地位，他从心里也没有认可。这一次，章太炎更是把挂在民报社的孙中山相片撕下来，批上“卖《民报》之孙文应即撤去”几个字，寄到同盟会香港分会，表示羞辱孙中山。
一时间，同盟会本部议论纷起，闹得不可开交。正在这时，黄冈起义、七女湖起义失败的消息陆续传到东京。同盟会内部的矛盾，犹如干柴遇烈火，火上再加油，终于掀起了第一次倒孙风潮。
反对孙中山的人日益增多，张继等于是催促同盟会庶务干事刘揆一召集大会，罢免孙中山，改选黄兴为总理。
一波未平，一波又起。1907年6月17日，为筹备钦、廉起义，孙中山派萱野长知回日本购买武器。在宫崎寅藏帮助下，购得村田式快枪2000支，子弹120万发。村田式快枪在日本虽说已经落后，但在当时的中国，还不失为先进武器。这事，本来是无可非议的，但给平山周他们知道了，转告了章太炎，立即又掀起了一场风波。
章太炎大吵大嚷：“孙某所购的村田式军火在日本老早不用了，用到中国去不是使同志白白丢了性命吗？可见得孙某实在不是道理，我们要破坏他！”他出于意气，用民报社名义明码电告香港《中国日报》：“械劣难用，请停止另购。”购械计划由此搁浅。
冯自由连忙将这件事转告孙中山。购买枪弹事属军事秘密，章太炎竟以明码泄露。孙中山非常气恼，便令胡汉民写信给东京同盟会本部，谴责章太炎。接着，又派林文返回东京，禁止章太炎、宋教仁再干预军事。
1907年初，黄兴曾因国旗图式问题也与孙中山发生过争执。孙中山主张沿用兴中会的青天白日旗，黄兴则认为青天白日旗与日本旗相近，“有日本并华之象”，必须迅速毁弃。黄兴的坚决态度让孙中山也很激动，争论中，他厉声说：“仆在南洋，托命于是旗者数万人，欲毁之，先摈仆可也。”黄兴也因而激动起来，发誓要退出同盟会。但冷静下来后，黄兴接受了孙中山的方案，他致书胡汉民说：“余今为党与大局，已勉强从先生意耳！”
尽管国旗风波没有使孙黄关系破裂，但是，却在孙中山和宋教仁之间投下了阴影。宋教仁本来就认为孙中山“待人做事，近于专制跋扈”，闻知此事，宋对孙中山更加不满。1907年3月1日，宋教仁向孙中山辞去了孙盟会庶务干事一职，并一度加入到倒孙行列中。
但紧要关头，被章太炎、刘师培拥戴的黄兴从革命大局出发表现出了高姿态。他回刘揆一说：“革命为党员生死问题，而非个人名位问题。孙总理德高望重，诸君如求革命得以成功，乞勿误会而倾心拥护，且免陷兴于不义。”由于黄兴拒任同盟会总理，东京的倒孙风潮暂时平息下来，但双方的对立情绪仍然存在。这年7月6日，光复会会员徐锡麟在安庆发动起义失败，清吏在审讯时问及行刺是否为孙文指使，徐锡麟答道：“我与孙文宗旨不合，他亦不配使我行刺。”在此之前，徐锡麟因为与孙中山“宗旨不合”而拒绝加入同盟会，这也反映出光复会领导人对孙中山远非一般的不满。
风潮虽然暂时平息了，但却给同盟会留下了难以愈合的创伤。风潮之后，孙中山对东京同盟会本部持冷淡态度。章太炎则对中国革命感到迷茫、失望，醉心于佛教，想到印度去当和尚。张继、刘师培则提倡无政府主义，否定三民主义。
第二次倒孙风潮
1909年，章太炎、陶成章掀起了第二次倒孙风潮，终于使同盟会走上了分裂的道路。
这一次由陶成章而起。
1908年9月，陶成章远赴新加坡，此行目的有二：一是为民报的继续生存筹款，二是为筹备中的五省革命协会募集经费。
自第一次“倒孙风潮”之后，伤心失望的孙中山将热情和心血都投到南洋方面，对东京同盟会愈来愈冷淡，而《民报》在章太炎的主持下，渐渐倾向于谈论国粹与佛学，失去了对最热点问题的关注，销路锐减，经费紧张。
来到新加坡后，陶成章提出拨3000元给《民报》作经费。孙中山无款可拨，把自己的手表等物变卖，给陶以支持。陶成章又要求筹五万元回浙江办事，孙中山则表态“近日南洋经济恐慌”，很难办到。
陶成章于是决计“独自经营”，他带着孙中山的介绍信到缅甸仰光、槟榔屿等地，以江、浙、皖、赣、闽五省革命军的名义筹饷。可是，那些地方的华侨认捐都很少，常常仅仅是二三百元，陶成章便怀疑是孙中山从中作梗。
陶成章开始公然与孙中山对立，声称河口起义所用军费不过1000多元，孙中山将各地同志的捐款攫为己有，家中发了大财。接着，陶成章以七省同志的名义起草了《孙文罪状》。
《孙文罪状》指责孙中山在汇丰银行储款20万；孙眉在九龙建造房屋，是由孙中山汇款助建；罗列孙中山“谎骗营私”，有“残害同志”、“蒙蔽同志”、“败坏全体名誉”等“罪状”3种12项；提出善后办法9条，要求“开除孙文总理之名，发表罪状，遍告海内外”。
陶成章带着这份《孙文罪状》，跑回东京，找到了黄兴，要求同盟会本部开会讨论。但被黄兴断然拒绝。
陶成章的反孙行为将章太炎再一次激发起来。章太炎也印发传单《伪〈民报〉检举状》，分送南洋，美洲各地、攻击孙中山“怀挟巨资，而用之公务者十不及一”。
1910年2月，章太炎、陶成章便从同盟会分裂出来，公然在东京成立光复会总部，章太炎为会长，陶成章为副会长，李文和为南部执行员。一时间，光复会势力在南洋迅速蔓延，大有取代同盟会之