夫欧美社会之祸，伏之数十年，及今而后发见之，又不能使之遽去。吾国治民生主义者，发达最先，睹其祸害于未萌，诚可举政治革命、社会革命毕其功于一役。还视欧美，彼且瞠乎后也。
但孙中山在这800多字的发刊词中，并未具体阐释“三民主义”的详细内容。直到一年后，在东京举行的《民报》发行一周年纪念大会上，面对六七千听众，孙中山才在题为《三民主义与中国民族前途》的演讲中，第一次系统陈述他的建国思想。
关于民族主义，孙中山说：
民族主义，并非遇着不同种族的人，便要排斥他，是不许那不同种族的人，来夺我民族的政权，……民族革命的缘故，是不甘心满洲人来我们的国，主我们的政，定要扑灭他的政府，光复我们民族的国家。
在当时的历史条件下，同盟会把民族主义放在第一位，这应该说是正确的。因为，也许用民族复仇情绪比“自由、平等、博爱”更能煽动起人们的革命激情。但是，作为资产阶级革命的民族主义毕竟不同于会党农民的狭隘的“民族主义”。孙中山也逐渐认识到这一点，他特地澄清“民族主义”决不是单纯的种族复仇，也不是一些小革命团体和一些革命党人所持有的单纯的“种族革命”，“我们并不是恨满洲人，是恨害汉人的满洲人”。他更是在以后的文章和演说中极力加以辩解。以后甚至提出了“五族共和”这一带有民族平等思想的口号。
关于民权主义：
就是政治革命的根本。将来民族实行以后，现在的恶劣政治固然可以一扫而尽，却是还有刃。恶劣政治的根本，不可不去。中国数千年来都是君主专制政体，这种政体，不是平等自由的国民所堪受的。要去这政体，不是专靠民族革命可以成功。这由政体不好的原故，不做政治革命是断断不行的。讲到政治革命的结果，是建立民主立宪政体。所以我一定要由平民革命，建国民政府。
在如何实行民主政治方面，孙中山在演讲中已经提出“五权分立”的思想。他说：
还有一个问题，我们应要研究的，就是将来中华民国的宪法……兄弟历观各国宪法，成文宪法，是美国最好；不成文宪法，是英国最好。英是不能学的，美是不必学的。英的宪法，所谓三权分立，行政权、立法权、司法权各不相统属。这是从六七百年前，由渐而生，成了习惯；但界限还没有清楚。后来孟德斯鸠将英国的制度，作为根本，参合自己的理想，成为一家之学。美国宪法，又将孟德斯鸠学说，作为根本，把那三权界限，更分得清楚；在100年前，算是最完美的了。120年以来，虽数次修改，那大体仍然未变的。但是这百余年间，美国文明日日进步，土地财产亦是增加不已；当时的宪法，现在是已经不适用了。兄弟的意思，将来中华民国的宪法，是要创一种新主义，叫做“五权分立”。
除了行政权、立法权、司法权三权外，孙中山增加了两项：考选权和纠察权。孙中山解释，考选权本是中国创始的，将来中华民国宪法，也必须设立独立机构，专掌考选权，他希望借此“可以除却盲从滥选及任用私人的流弊”；至于纠察权，“专管监督弹劾的事”。
民生主义：
社会问题在欧美是积重难返，在中国却还是幼稚时代，但是将来总会发生的；到那时候，收拾不来，又弄成大革命了。革命的事情，是万不得已才用，不可频频伤国民的元气。我们实行民族革命、政治革命的时候，须同时想法子改良社会经济组织，防止后来的社会革命，这真是最大的责任。
可见，孙中山是有相当远见的一位革命者，对欧美工业发达以后，贫富日益悬殊的社会问题也看得十分透彻。他认为，问题根本在于没有解决土地问题，文明进步、地价日涨造成富者日富、贫者日贫。因此，他设想民生主义的具体内容，就是核定地价，增价归公。
解决的法子，社会学者所见不一，兄弟所最信的是定地价的法。比如地主有地价值一千元，可定价为一千，或者多至二千，就算那地将来因交通发达涨至一万，地主应得二千，已属有益无损；赢利八千，当归国家。这于国计民生，皆有大益。少数富人把持垄断的弊端自然永绝，这是最简便易行之法。欧美各国地价已涨至极点，就算要定地价，苦于没有标准，故此难行。至于地价未涨的地方，恰好虑行此法。
虽然孙中山在那时已详细论述了自己的三大主义，但当时还并未出现“三民主义”这一词汇。据冯自由回忆，当年12月，香港中国日报代售《民报》广告，时任中国日报社长的冯自由感觉在广告上登载“提倡民族主义民权主义民生主义”一语太过冗长，于是简称“三民主义”代之。第二年，中国日报在悼念陈天华的大会上，冯自由在挽联中写“誓覆满酋政府，实践三民”。但当时这个词语还曾一度遭到胡汉民的讥笑，认为冯自由用此简称并不恰当，“往往以此为谈柄”。然而随着孙中山的认可，“三民主义”由此确立。
“三民主义”和“五权宪法”构成了孙中山完整的思想体系。它们的提出，使革命派有了比较完整的理论基础，而且深深地影响了此后半个多世纪中国的命运。
萍乡醴陵起义
1906年秋，中国中部闹灾荒，而湖南和江西交界的萍乡、醴陵、浏阳等地特别严重。9月，同盟会会员刘道一和蔡绍南按总部指示回到湖南，和长沙的同盟会会员魏宗铨一道发动萍乡、醴陵、浏阳一带的洪江会党，以“灭满兴汉”为号召组织起义。
10月初，萍乡起义的风声被当地清政府官员知悉，开始采取行动，突袭麻石机关，缉拿捕杀会党头目。
12月4日，在会员意见不统一、思想准备尚未完全的情况下，醴陵的洪江会仓促发动起义，占领了萍乡县城以北90里的上栗市，成立了中华民国军湖南军先锋队，发布了《中华民国军起义檄文》，并以孙中山的名义向各地会党发布了《中华共和国革命军大总统照会》。浏阳的会党、萍乡的矿工、醴陵的兵勇都一呼百应，起义军达到三万多人，震惊了长江南北。
这次起义是会员而并非孙中山发起的。起义后，刘道一曾密电东京，但被湖北电信局扣压。12日，在日本的革命同志从日本报纸上获知起义消息后，纷纷要求回国。12月13日，清政府电令张之洞、端方、岑春煊合力围攻起义军，在清军重兵镇压下，轰轰烈烈的萍浏醴大起义，经过半个月的奋战，以失败告终。起义领导人刘道一、魏宗铨等都先后被杀害。
当时孙中山并没有及时得到起义失败的消息，次年1月，他还前往日本作家池亨吉寓所，邀请他去中国参加武装起义；而在国内，被震惊的清政府下令在全国各地大肆搜捕革命党人，张之洞、袁世凯等上奏朝廷，“革命排满之说，以孙中山为罪魁”。1907年2月13日，清廷致函伊藤博文，要求日本政府驱除孙中山出境。
考虑到孙中山已经在日本形成的影响，又顾及本国在华利益，日本政府于是采取秘密赠送旅费的方式，并设宴为孙中山饯行。原本就计划南下组织起义的孙中山表示同意，东京的股票商人铃木久五郎听说这个消息，也赠送一万元，表达对中国革命的同情——孙中山万万没有料到，这会成为日后他经历的一个惊涛骇浪般的“倒孙风潮”的源头，此为后话。
在筹集经费方面，孙中山还有过两个比较有趣的小插曲。
1905年6月，孙中山准备结束欧洲之行从巴黎返回日本。留德学生会会长宾敏陔记述：孙中山从巴黎来信，让“速筹速汇”，以便启程。接函后，几个留德学生，“彼此切实核计，算二等船费若干，由巴黎至马赛二等车费若干，统计汇去佛郎二千元”。不料没几天接到汇款的孙中山来电训斥，说：“吾乃中国革命领袖，若以来函所云，车船以二等计算，有失中国革命家脸面，绝对不可，望再筹汇。”宾敏陔与其他几位留学生领袖都不是什么富人，平时也不敢同人讲革命二字，他只好将会金2000多马克（合3000法郎）汇去，孙中山才得以成行，宾敏陔在剩下的两年内省下饭费陆续归还了会金。
1906年冬，东京同盟会本部急需经费，孙中山想起了与他有一面之缘的一个朋友张静江。
当时任清驻法使馆商务随员兼巴黎通运公司经理张静江，在法国轮船上获悉孙中山同船，便拐着一条残足，主动走访孙中山。张静江对孙中山说：他深信非革命不能挽救中国，而自己在法经商，愿意助先生一臂之力。他把名片给孙说：“这上面有我在巴黎的地址，我必当尽其所能。孙先生需要多少，我就付多少！”孙中山十分高兴，与张静江约定了通电的暗号：即给张发去“ABCDE”五个英文字母中任何一个字母的电文。这些字母分别代表1、2、3、4、5万法郎。来电只写暗号，不必说出原因，他也会如数汇去。
当孙中山日后提出找张静江一试时，黄兴不信，但病急乱投医，还是让胡汉民按地址向巴黎发了一个只有“C”字母的电报。同盟会人听说此事，或笑孙幼稚可笑，或说孙滑稽荒唐，或跟孙打赌：“就凭一个C，能讨来三万法郎，岂非太阳从西边出？”不到20天，一纸三万法郎的汇票，从巴黎汇到东京的同盟会总部，令孙黄大喜过望。孙中山称赞他是同盟会时期“出资最勇而多者”。张静江与蔡元培、吴稚晖、李石曾后来被并称为“国民党四大元老”，当时像他这样一位政府随员和富商，也愿意资助孙中山的革命事业，确实是革命迅猛发展的一个重要信息。
风起云涌的六次起义
1907年3月，孙中山偕胡汉民、汪精卫等乘船离开横滨前往越南。在河内甘必达街61号设置了领导粤、桂、滇武装起义的总机关。这样，革命的大本营由东京转移到了河内。孙中山接受的日本捐款，除2000元交给《民报》，其余作为起义军费。
1907年初，同盟会会员许雪秋准备在潮州首先起义，起义定在正月初七。不巧，这一天风雨大作，气候恶劣，不利于军事行动，联络的会党行动不一致，起义被迫停止。
5月22日，黄冈两会党成员被巡逻的防勇逮捕。当地会党首领密商后，在当日晚向清军驻扎的协署发起进攻，1000多人加入起义队伍，第二天占领了黄冈。但在清军的围攻下，起义军因伤亡过重，接济缺乏，被迫解散。
按照孙中山原来的整体战略，由惠州、潮州和钦廉同时发动起义，以分散清军的兵力，所以在潮州黄冈筹备起义的同时，孙中山在新加坡派黄耀廷、邓子瑜和余绍卿三人到香港去做军事谋划。
孙中山原对黄耀廷寄予很大希望，但黄在香港后就被香港当局注意上了，无奈之下返回新加坡；而余绍卿去了内地后杳无音信。这样邓子瑜就担负起策划惠州起义之事。邓子瑜原来计划分3路起义，但最后只有七女湖一路起义了。七女湖起义有会党100多人响应，一举夺取清军防营枪械，周围各乡会党纷纷响应，一时声势大振。惠州清官吏赶紧向广州告急，两广总督调集惠州清军、水师前去镇压，起义军和清军鏖战十多天，终因寡不敌众而宣布解散。
1907年春，广东钦州、廉州两地人民反抗当地官吏实行糖捐制度，推出几十人作代表，向当地官府请愿，结果这些代表被扣押，引起了农民的愤怒，他们组织“万人会”进城，要求释放请愿代表。官吏向农民开枪，几十个人被打死。农民运动声势更加浩大，官府请粤都督派兵镇压，造成无数农民惨遭杀害，许多房屋毁于炮火。钦廉的百姓派两名代表到河内找到孙中山，寻求革命党的支援。当时孙中山正在河内与黄兴等人策划攻下广东、广西、云南3省，建立根据地。他派人先去了钦州，了解到当地民团也痛恨清官吏后，作出了在钦廉举兵起义的决策。
孙中山派黄兴、胡汉民和王和顺等人来到当地，做当地民团的策反工作。1907年9月1日，王和顺率领钦州王光山义军起义。起义军一路告捷，4天后就占领了防城，活捉并杀掉了知县。王和顺率军冒大雨行军一天一夜，直逼钦州城下，计划与已被策反的郭人漳里应外合。黄兴虽在军中，但郭人漳见革命力量薄弱，不敢举兵。义军不足500人，而城中却驻扎数千清军，不可硬拼，王和顺决定改道攻打灵山，取道入桂。但此时清军已有布防，久攻不下，革命军也弹尽粮绝，便退到了廉州，之前允诺响应起义的新军统领赵声也不敢贸然起义。最终王和顺带着20多人进入越南，其他人都解散了。历时半月的